# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5161 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.019 0.456 0.013 0.015 0.224 0.002 0.001 0.022 0.067 0.026 0.081 0.063 2 W 0.012 0.012 0.334 0.022 0.024 0.352 0.003 0.001 0.027 0.042 0.041 0.030 0.101 3 K 0.018 0.008 0.132 0.032 0.055 0.533 0.003 0.002 0.025 0.041 0.044 0.052 0.054 4 A 0.037 0.005 0.077 0.028 0.055 0.527 0.006 0.005 0.036 0.031 0.033 0.044 0.117 5 V 0.056 0.006 0.076 0.021 0.037 0.525 0.010 0.007 0.046 0.024 0.030 0.062 0.099 6 M 0.076 0.007 0.076 0.033 0.034 0.442 0.018 0.013 0.061 0.021 0.044 0.074 0.100 7 N 0.060 0.011 0.110 0.021 0.038 0.441 0.012 0.013 0.033 0.034 0.063 0.055 0.110 8 A 0.029 0.011 0.158 0.015 0.053 0.427 0.006 0.007 0.028 0.059 0.100 0.050 0.058 9 W 0.015 0.008 0.186 0.011 0.067 0.322 0.004 0.004 0.022 0.097 0.180 0.027 0.057 10 N 0.004 0.010 0.182 0.009 0.050 0.143 0.002 0.002 0.012 0.164 0.378 0.022 0.021 11 G 0.002 0.016 0.295 0.003 0.016 0.044 0.001 0.001 0.008 0.319 0.265 0.012 0.018 12 T 0.001 0.017 0.692 0.002 0.018 0.057 0.001 0.001 0.006 0.145 0.037 0.012 0.013 13 E 0.001 0.018 0.293 0.004 0.115 0.223 0.001 0.001 0.006 0.121 0.190 0.006 0.021 14 S 0.002 0.021 0.229 0.005 0.186 0.211 0.001 0.001 0.004 0.111 0.208 0.012 0.011 15 Q 0.003 0.021 0.304 0.004 0.183 0.222 0.001 0.001 0.005 0.104 0.119 0.007 0.028 16 S 0.003 0.018 0.353 0.005 0.133 0.206 0.001 0.001 0.004 0.123 0.120 0.018 0.016 17 K 0.002 0.016 0.195 0.004 0.157 0.206 0.001 0.001 0.003 0.109 0.285 0.009 0.015 18 N 0.002 0.024 0.283 0.003 0.133 0.167 0.001 0.001 0.003 0.111 0.250 0.007 0.017 19 V 0.002 0.015 0.467 0.006 0.107 0.100 0.001 0.001 0.006 0.153 0.115 0.013 0.015 20 S 0.002 0.015 0.281 0.016 0.152 0.069 0.001 0.001 0.007 0.179 0.253 0.012 0.013 21 N 0.001 0.017 0.311 0.005 0.066 0.045 0.001 0.001 0.015 0.126 0.399 0.005 0.009 22 I 0.002 0.010 0.643 0.010 0.055 0.024 0.002 0.002 0.032 0.139 0.055 0.010 0.018 23 Q 0.002 0.011 0.471 0.003 0.027 0.018 0.003 0.003 0.158 0.172 0.063 0.050 0.019 24 S 0.003 0.101 0.433 0.002 0.022 0.014 0.004 0.005 0.197 0.067 0.072 0.005 0.075 25 Y 0.001 0.084 0.591 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.179 0.071 0.001 0.059 0.006 26 S 0.001 0.005 0.932 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.028 0.001 0.001 0.014 27 F 0.001 0.001 0.019 0.001 0.030 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.845 0.001 0.001 0.001 0.006 0.124 0.001 0.001 35 G 0.001 0.001 0.065 0.001 0.059 0.299 0.001 0.001 0.001 0.020 0.555 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.061 0.001 0.066 0.122 0.001 0.001 0.001 0.051 0.697 0.001 0.001 37 H 0.001 0.007 0.152 0.001 0.025 0.022 0.001 0.001 0.002 0.242 0.549 0.001 0.002 38 D 0.001 0.002 0.861 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.105 0.019 0.001 0.001 39 P 0.001 0.002 0.187 0.014 0.193 0.005 0.001 0.001 0.017 0.122 0.455 0.001 0.002 40 N 0.001 0.006 0.121 0.018 0.031 0.001 0.001 0.004 0.069 0.258 0.482 0.005 0.003 41 V 0.013 0.005 0.182 0.009 0.003 0.001 0.026 0.125 0.521 0.066 0.002 0.014 0.036 42 V 0.020 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.089 0.475 0.388 0.002 0.001 0.010 0.007 43 L 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.788 0.098 0.001 0.001 0.001 0.004 44 V 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.124 0.728 0.116 0.001 0.001 0.002 0.003 45 D 0.033 0.002 0.055 0.003 0.001 0.001 0.063 0.241 0.536 0.011 0.003 0.031 0.021 46 V 0.011 0.009 0.364 0.004 0.007 0.002 0.017 0.038 0.352 0.086 0.048 0.011 0.052 47 R 0.002 0.016 0.417 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.063 0.382 0.068 0.032 0.006 48 E 0.001 0.011 0.518 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.405 0.037 0.001 0.011 49 P 0.001 0.011 0.266 0.004 0.265 0.125 0.001 0.001 0.001 0.118 0.202 0.002 0.004 50 S 0.001 0.004 0.039 0.003 0.493 0.176 0.001 0.001 0.001 0.034 0.243 0.003 0.003 51 E 0.007 0.011 0.097 0.003 0.440 0.238 0.001 0.001 0.002 0.036 0.133 0.006 0.026 52 Y 0.023 0.022 0.153 0.014 0.256 0.318 0.003 0.001 0.007 0.050 0.095 0.024 0.035 53 S 0.036 0.023 0.189 0.019 0.141 0.239 0.004 0.002 0.014 0.071 0.145 0.057 0.061 54 I 0.038 0.016 0.168 0.019 0.147 0.157 0.005 0.002 0.018 0.070 0.183 0.033 0.144 55 V 0.039 0.025 0.227 0.013 0.057 0.082 0.009 0.004 0.036 0.119 0.168 0.139 0.082 56 H 0.027 0.063 0.355 0.007 0.025 0.053 0.009 0.006 0.043 0.131 0.074 0.051 0.154 57 I 0.003 0.018 0.717 0.006 0.006 0.017 0.001 0.001 0.025 0.115 0.019 0.040 0.030 58 P 0.002 0.006 0.186 0.020 0.092 0.071 0.001 0.001 0.010 0.108 0.480 0.005 0.018 59 A 0.002 0.006 0.085 0.012 0.125 0.039 0.001 0.002 0.007 0.139 0.566 0.010 0.006 60 S 0.015 0.017 0.321 0.010 0.182 0.041 0.006 0.009 0.033 0.194 0.071 0.021 0.082 61 I 0.057 0.035 0.257 0.006 0.059 0.035 0.025 0.027 0.152 0.098 0.056 0.102 0.091 62 N 0.038 0.102 0.291 0.017 0.042 0.034 0.025 0.024 0.088 0.108 0.081 0.030 0.119 63 V 0.008 0.045 0.506 0.009 0.009 0.009 0.004 0.007 0.051 0.190 0.041 0.096 0.025 64 P 0.003 0.023 0.720 0.006 0.018 0.014 0.001 0.001 0.022 0.095 0.035 0.009 0.054 65 Y 0.003 0.018 0.364 0.008 0.174 0.072 0.001 0.001 0.011 0.146 0.172 0.011 0.020 66 R 0.002 0.014 0.184 0.004 0.183 0.080 0.001 0.001 0.007 0.135 0.364 0.016 0.011 67 S 0.003 0.050 0.265 0.002 0.158 0.063 0.001 0.001 0.005 0.175 0.245 0.005 0.026 68 H 0.001 0.024 0.570 0.002 0.033 0.031 0.001 0.001 0.005 0.253 0.057 0.016 0.006 69 P 0.001 0.023 0.293 0.004 0.158 0.104 0.001 0.001 0.003 0.144 0.251 0.004 0.015 70 D 0.001 0.015 0.184 0.005 0.146 0.063 0.001 0.001 0.002 0.131 0.443 0.004 0.004 71 A 0.001 0.014 0.250 0.003 0.257 0.091 0.001 0.001 0.004 0.151 0.208 0.008 0.011 72 F 0.002 0.034 0.325 0.002 0.157 0.076 0.001 0.001 0.011 0.148 0.213 0.006 0.024 73 A 0.002 0.068 0.433 0.002 0.079 0.057 0.001 0.001 0.013 0.146 0.161 0.023 0.015 74 L 0.001 0.094 0.409 0.001 0.014 0.025 0.001 0.001 0.011 0.335 0.080 0.010 0.019 75 D 0.001 0.007 0.872 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.097 0.005 0.001 0.003 76 P 0.001 0.001 0.017 0.001 0.081 0.869 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.098 0.872 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.071 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.037 0.001 0.016 0.692 0.001 0.001 0.001 0.014 0.238 0.001 0.001 84 G 0.001 0.003 0.125 0.001 0.028 0.159 0.001 0.001 0.001 0.050 0.630 0.002 0.002 85 I 0.001 0.006 0.541 0.001 0.015 0.037 0.001 0.001 0.006 0.216 0.170 0.004 0.004 86 P 0.001 0.012 0.695 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.012 0.144 0.099 0.002 0.009 87 K 0.001 0.018 0.742 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.011 0.162 0.043 0.005 0.004 88 P 0.001 0.021 0.751 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.007 0.135 0.047 0.002 0.010 89 D 0.001 0.009 0.663 0.003 0.065 0.004 0.001 0.001 0.005 0.145 0.098 0.004 0.003 90 S 0.001 0.004 0.141 0.006 0.175 0.006 0.001 0.001 0.005 0.156 0.498 0.004 0.004 91 A 0.001 0.006 0.186 0.008 0.029 0.001 0.001 0.001 0.007 0.195 0.559 0.002 0.006 92 K 0.004 0.014 0.514 0.026 0.005 0.001 0.001 0.002 0.048 0.290 0.012 0.073 0.009 93 E 0.029 0.013 0.171 0.015 0.001 0.001 0.048 0.049 0.391 0.050 0.007 0.018 0.209 94 L 0.078 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.187 0.441 0.207 0.004 0.001 0.041 0.021 95 I 0.058 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.206 0.653 0.063 0.001 0.001 0.005 0.008 96 F 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.687 0.072 0.001 0.001 0.007 0.004 97 Y 0.045 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.153 0.554 0.209 0.001 0.001 0.008 0.014 98 C 0.030 0.006 0.268 0.008 0.002 0.002 0.043 0.091 0.402 0.062 0.012 0.036 0.039 99 A 0.005 0.008 0.378 0.010 0.009 0.009 0.006 0.010 0.124 0.263 0.143 0.011 0.025 100 S 0.002 0.011 0.283 0.004 0.039 0.028 0.002 0.002 0.016 0.311 0.285 0.006 0.012 101 G 0.002 0.010 0.249 0.002 0.052 0.095 0.001 0.001 0.005 0.357 0.212 0.006 0.008 102 K 0.003 0.016 0.188 0.001 0.060 0.419 0.001 0.001 0.002 0.165 0.125 0.007 0.011 103 R 0.002 0.009 0.076 0.001 0.024 0.792 0.001 0.001 0.001 0.042 0.044 0.002 0.007 104 G 0.001 0.001 0.017 0.001 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.837 0.001 0.001 0.001 0.005 0.116 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.025 0.188 0.001 0.001 0.001 0.025 0.749 0.001 0.001 115 G 0.001 0.004 0.098 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.108 0.749 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.005 0.861 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.007 0.085 0.018 0.003 0.002 117 S 0.001 0.006 0.239 0.020 0.174 0.022 0.001 0.001 0.026 0.158 0.344 0.002 0.006 118 N 0.001 0.007 0.114 0.019 0.094 0.014 0.002 0.008 0.057 0.224 0.446 0.007 0.006 119 T 0.015 0.010 0.181 0.014 0.027 0.010 0.029 0.115 0.366 0.128 0.022 0.016 0.067 120 S 0.015 0.006 0.027 0.003 0.001 0.002 0.053 0.312 0.500 0.013 0.002 0.051 0.013 121 L 0.011 0.011 0.015 0.001 0.001 0.002 0.066 0.505 0.343 0.005 0.002 0.004 0.034 122 Y 0.010 0.015 0.213 0.016 0.002 0.007 0.022 0.154 0.415 0.070 0.011 0.052 0.013 123 P 0.004 0.014 0.400 0.007 0.013 0.046 0.005 0.010 0.113 0.213 0.117 0.006 0.054 124 G 0.002 0.011 0.288 0.005 0.023 0.083 0.002 0.003 0.023 0.315 0.227 0.011 0.008 125 S 0.002 0.012 0.425 0.003 0.055 0.247 0.001 0.001 0.008 0.159 0.062 0.006 0.020 126 M 0.001 0.003 0.035 0.001 0.069 0.845 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.001 0.002 127 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.065 0.903 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 128 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.058 0.900 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 129 W 0.002 0.001 0.007 0.001 0.057 0.903 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.002 130 V 0.002 0.001 0.011 0.001 0.072 0.865 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.002 0.001 131 S 0.002 0.002 0.024 0.001 0.120 0.664 0.001 0.001 0.001 0.015 0.164 0.002 0.005 132 H 0.001 0.002 0.042 0.001 0.074 0.372 0.001 0.001 0.001 0.043 0.458 0.002 0.004 133 G 0.001 0.005 0.238 0.001 0.023 0.079 0.001 0.001 0.002 0.146 0.497 0.004 0.004 134 G 0.001 0.013 0.679 0.001 0.012 0.018 0.001 0.001 0.004 0.191 0.067 0.007 0.007 135 D 0.001 0.009 0.784 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.148 0.035 0.003 0.004 136 K 0.001 0.012 0.667 0.002 0.051 0.025 0.001 0.001 0.009 0.128 0.097 0.002 0.006 137 L 0.001 0.017 0.603 0.003 0.071 0.029 0.001 0.001 0.023 0.129 0.106 0.008 0.008 138 D 0.001 0.035 0.647 0.003 0.063 0.024 0.001 0.001 0.048 0.093 0.045 0.012 0.025 139 L 0.002 0.042 0.687 0.003 0.026 0.028 0.001 0.002 0.076 0.073 0.013 0.020 0.028