# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5161 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.449 0.016 0.019 0.024 0.056 0.086 0.304 2 W 0.084 0.567 0.010 0.012 0.020 0.037 0.097 0.173 3 K 0.047 0.336 0.019 0.025 0.034 0.058 0.200 0.281 4 A 0.030 0.372 0.035 0.027 0.042 0.067 0.150 0.278 5 V 0.084 0.357 0.053 0.036 0.050 0.068 0.111 0.242 6 M 0.060 0.085 0.107 0.047 0.062 0.091 0.195 0.355 7 N 0.087 0.067 0.065 0.037 0.049 0.095 0.128 0.473 8 A 0.170 0.033 0.047 0.022 0.032 0.115 0.100 0.481 9 W 0.054 0.020 0.028 0.016 0.024 0.134 0.049 0.674 10 N 0.016 0.014 0.028 0.015 0.029 0.134 0.037 0.726 11 G 0.036 0.040 0.021 0.013 0.019 0.124 0.062 0.686 12 T 0.173 0.139 0.029 0.025 0.022 0.091 0.185 0.336 13 E 0.128 0.158 0.020 0.012 0.016 0.101 0.077 0.489 14 S 0.050 0.121 0.030 0.015 0.022 0.099 0.108 0.555 15 Q 0.109 0.174 0.025 0.019 0.022 0.085 0.132 0.435 16 S 0.219 0.115 0.021 0.017 0.024 0.081 0.179 0.345 17 K 0.034 0.035 0.026 0.023 0.029 0.120 0.140 0.593 18 N 0.099 0.047 0.024 0.013 0.024 0.102 0.094 0.596 19 V 0.188 0.031 0.020 0.013 0.019 0.116 0.062 0.551 20 S 0.032 0.010 0.029 0.013 0.028 0.123 0.051 0.714 21 N 0.075 0.015 0.031 0.017 0.041 0.109 0.072 0.641 22 I 0.034 0.007 0.041 0.039 0.051 0.121 0.062 0.646 23 Q 0.011 0.016 0.131 0.059 0.114 0.105 0.056 0.508 24 S 0.009 0.027 0.047 0.028 0.051 0.095 0.023 0.720 25 Y 0.006 0.051 0.135 0.103 0.046 0.086 0.034 0.539 26 S 0.025 0.909 0.005 0.003 0.003 0.007 0.014 0.035 27 F 0.035 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 28 E 0.007 0.950 0.005 0.002 0.001 0.003 0.009 0.022 29 D 0.012 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 30 M 0.073 0.898 0.004 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 31 K 0.101 0.564 0.051 0.005 0.003 0.011 0.188 0.078 32 R 0.201 0.333 0.011 0.002 0.002 0.021 0.042 0.386 33 I 0.343 0.034 0.042 0.006 0.004 0.051 0.086 0.434 34 V 0.107 0.006 0.011 0.009 0.005 0.059 0.056 0.746 35 G 0.082 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.010 0.873 36 K 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.092 0.014 0.881 37 H 0.069 0.001 0.008 0.002 0.002 0.119 0.019 0.782 38 D 0.328 0.002 0.007 0.001 0.002 0.092 0.049 0.520 39 P 0.002 0.001 0.055 0.003 0.008 0.199 0.015 0.718 40 N 0.001 0.001 0.670 0.014 0.082 0.065 0.039 0.126 41 V 0.001 0.001 0.396 0.096 0.089 0.032 0.088 0.298 42 V 0.001 0.001 0.908 0.043 0.028 0.003 0.008 0.008 43 L 0.001 0.001 0.672 0.064 0.104 0.014 0.045 0.100 44 V 0.004 0.001 0.670 0.158 0.083 0.016 0.018 0.052 45 D 0.056 0.004 0.441 0.050 0.088 0.068 0.062 0.232 46 V 0.017 0.005 0.092 0.045 0.073 0.173 0.052 0.543 47 R 0.013 0.005 0.049 0.019 0.030 0.118 0.024 0.743 48 E 0.277 0.062 0.016 0.015 0.018 0.118 0.111 0.384 49 P 0.127 0.052 0.016 0.015 0.017 0.134 0.145 0.493 50 S 0.073 0.086 0.020 0.018 0.036 0.104 0.111 0.552 51 E 0.100 0.057 0.024 0.027 0.072 0.105 0.109 0.505 52 Y 0.060 0.017 0.035 0.065 0.087 0.126 0.065 0.547 53 S 0.057 0.016 0.029 0.082 0.165 0.088 0.062 0.500 54 I 0.022 0.006 0.025 0.035 0.072 0.114 0.035 0.690 55 V 0.004 0.003 0.123 0.099 0.144 0.201 0.048 0.378 56 H 0.016 0.008 0.061 0.034 0.045 0.130 0.053 0.653 57 I 0.287 0.049 0.054 0.044 0.029 0.099 0.193 0.245 58 P 0.061 0.028 0.066 0.016 0.031 0.115 0.106 0.577 59 A 0.116 0.028 0.166 0.027 0.089 0.114 0.155 0.305 60 S 0.019 0.007 0.105 0.025 0.043 0.096 0.089 0.614 61 I 0.010 0.007 0.337 0.100 0.131 0.115 0.044 0.256 62 N 0.024 0.008 0.129 0.028 0.093 0.125 0.074 0.519 63 V 0.061 0.006 0.160 0.098 0.068 0.151 0.068 0.388 64 P 0.073 0.010 0.074 0.028 0.053 0.113 0.078 0.572 65 Y 0.127 0.012 0.029 0.011 0.020 0.132 0.052 0.617 66 R 0.018 0.008 0.057 0.035 0.039 0.166 0.038 0.639 67 S 0.024 0.014 0.011 0.005 0.007 0.085 0.017 0.838 68 H 0.516 0.105 0.017 0.009 0.008 0.070 0.062 0.213 69 P 0.155 0.083 0.017 0.009 0.011 0.105 0.073 0.547 70 D 0.211 0.060 0.012 0.005 0.010 0.065 0.028 0.609 71 A 0.096 0.038 0.024 0.021 0.028 0.119 0.067 0.607 72 F 0.089 0.077 0.016 0.007 0.013 0.137 0.047 0.613 73 A 0.043 0.068 0.023 0.011 0.016 0.138 0.030 0.671 74 L 0.011 0.040 0.010 0.004 0.003 0.081 0.020 0.831 75 D 0.161 0.776 0.002 0.001 0.001 0.007 0.027 0.026 76 P 0.080 0.866 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.036 77 L 0.018 0.824 0.006 0.002 0.002 0.013 0.018 0.119 78 E 0.023 0.839 0.012 0.001 0.002 0.013 0.047 0.062 79 F 0.144 0.726 0.011 0.002 0.002 0.016 0.063 0.037 80 E 0.199 0.232 0.103 0.007 0.007 0.035 0.258 0.160 81 K 0.181 0.130 0.017 0.004 0.006 0.049 0.047 0.567 82 Q 0.212 0.022 0.030 0.004 0.005 0.075 0.050 0.601 83 I 0.024 0.007 0.017 0.010 0.012 0.120 0.035 0.775 84 G 0.080 0.005 0.007 0.004 0.007 0.071 0.010 0.817 85 I 0.046 0.003 0.006 0.016 0.013 0.101 0.016 0.798 86 P 0.035 0.003 0.009 0.014 0.016 0.132 0.023 0.769 87 K 0.028 0.002 0.010 0.018 0.024 0.131 0.046 0.742 88 P 0.058 0.001 0.005 0.003 0.003 0.062 0.017 0.851 89 D 0.894 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.023 0.067 90 S 0.056 0.001 0.007 0.001 0.004 0.132 0.011 0.788 91 A 0.003 0.001 0.042 0.003 0.027 0.180 0.015 0.730 92 K 0.001 0.001 0.207 0.066 0.132 0.159 0.069 0.365 93 E 0.001 0.001 0.545 0.122 0.136 0.030 0.069 0.097 94 L 0.001 0.001 0.773 0.071 0.064 0.007 0.042 0.043 95 I 0.001 0.001 0.884 0.051 0.035 0.003 0.012 0.014 96 F 0.001 0.001 0.881 0.038 0.040 0.005 0.019 0.016 97 Y 0.006 0.003 0.685 0.060 0.092 0.033 0.058 0.063 98 C 0.092 0.012 0.286 0.043 0.074 0.145 0.079 0.270 99 A 0.102 0.018 0.073 0.026 0.047 0.179 0.093 0.462 100 S 0.029 0.037 0.034 0.009 0.028 0.155 0.052 0.656 101 G 0.054 0.144 0.033 0.017 0.033 0.157 0.091 0.472 102 K 0.045 0.294 0.023 0.030 0.023 0.122 0.065 0.398 103 R 0.031 0.770 0.004 0.004 0.005 0.022 0.043 0.121 104 G 0.013 0.912 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.020 105 G 0.004 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.010 106 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 107 A 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.003 108 Q 0.008 0.291 0.004 0.001 0.002 0.004 0.683 0.008 109 K 0.004 0.098 0.006 0.002 0.002 0.005 0.864 0.017 110 V 0.059 0.362 0.028 0.006 0.008 0.039 0.397 0.101 111 A 0.254 0.093 0.085 0.015 0.012 0.076 0.207 0.258 112 S 0.467 0.018 0.004 0.002 0.003 0.032 0.034 0.438 113 S 0.032 0.003 0.002 0.001 0.001 0.048 0.018 0.895 114 H 0.003 0.002 0.031 0.004 0.008 0.376 0.033 0.543 115 G 0.035 0.005 0.041 0.007 0.011 0.170 0.075 0.656 116 Y 0.086 0.007 0.047 0.009 0.007 0.126 0.083 0.635 117 S 0.027 0.010 0.244 0.008 0.015 0.102 0.066 0.528 118 N 0.045 0.009 0.312 0.024 0.060 0.093 0.092 0.366 119 T 0.010 0.003 0.255 0.021 0.029 0.072 0.047 0.563 120 S 0.003 0.002 0.642 0.051 0.070 0.066 0.026 0.141 121 L 0.012 0.007 0.195 0.025 0.049 0.108 0.047 0.557 122 Y 0.178 0.039 0.181 0.061 0.035 0.108 0.138 0.261 123 P 0.044 0.042 0.078 0.013 0.024 0.113 0.081 0.605 124 G 0.036 0.120 0.080 0.021 0.041 0.109 0.099 0.494 125 S 0.033 0.588 0.049 0.021 0.030 0.052 0.037 0.190 126 M 0.051 0.733 0.018 0.010 0.015 0.030 0.025 0.118 127 N 0.043 0.415 0.047 0.022 0.023 0.031 0.304 0.115 128 D 0.036 0.467 0.034 0.015 0.018 0.035 0.299 0.095 129 W 0.223 0.167 0.090 0.020 0.029 0.043 0.286 0.143 130 V 0.453 0.048 0.036 0.032 0.029 0.057 0.076 0.268 131 S 0.109 0.008 0.006 0.005 0.009 0.045 0.025 0.794 132 H 0.015 0.005 0.005 0.004 0.008 0.093 0.012 0.858 133 G 0.018 0.005 0.008 0.010 0.017 0.146 0.017 0.779 134 G 0.049 0.006 0.011 0.016 0.013 0.117 0.029 0.760 135 D 0.235 0.024 0.017 0.018 0.019 0.083 0.052 0.552 136 K 0.154 0.014 0.024 0.014 0.020 0.093 0.051 0.631 137 L 0.034 0.006 0.023 0.016 0.026 0.098 0.033 0.764 138 D 0.037 0.011 0.025 0.023 0.043 0.097 0.051 0.712 139 L 0.028 0.012 0.028 0.033 0.052 0.121 0.042 0.684