# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5161 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.033 0.005 0.029 0.026 0.055 0.125 0.002 0.001 0.004 0.673 2 W 0.049 0.058 0.004 0.041 0.028 0.075 0.101 0.001 0.001 0.005 0.638 3 K 0.042 0.112 0.003 0.030 0.036 0.057 0.154 0.001 0.001 0.006 0.558 4 A 0.050 0.182 0.002 0.023 0.021 0.030 0.117 0.003 0.001 0.004 0.568 5 V 0.082 0.421 0.006 0.036 0.028 0.054 0.042 0.004 0.001 0.003 0.325 6 M 0.054 0.528 0.006 0.036 0.038 0.054 0.039 0.004 0.001 0.003 0.239 7 N 0.055 0.590 0.005 0.027 0.041 0.043 0.026 0.009 0.001 0.002 0.202 8 A 0.112 0.492 0.005 0.032 0.025 0.033 0.020 0.022 0.001 0.002 0.258 9 W 0.148 0.449 0.014 0.036 0.024 0.029 0.053 0.023 0.001 0.002 0.222 10 N 0.168 0.292 0.021 0.038 0.022 0.027 0.073 0.026 0.001 0.010 0.324 11 G 0.230 0.098 0.046 0.038 0.009 0.020 0.060 0.034 0.001 0.017 0.447 12 T 0.190 0.064 0.127 0.060 0.010 0.019 0.129 0.008 0.001 0.005 0.387 13 E 0.019 0.018 0.005 0.021 0.007 0.010 0.105 0.002 0.001 0.005 0.808 14 S 0.038 0.039 0.008 0.025 0.010 0.022 0.271 0.003 0.001 0.006 0.580 15 Q 0.212 0.137 0.006 0.047 0.010 0.026 0.135 0.006 0.001 0.008 0.413 16 S 0.130 0.279 0.007 0.029 0.018 0.033 0.121 0.006 0.001 0.009 0.367 17 K 0.108 0.181 0.007 0.019 0.011 0.017 0.077 0.009 0.001 0.013 0.558 18 N 0.148 0.178 0.018 0.021 0.010 0.019 0.142 0.018 0.001 0.006 0.441 19 V 0.275 0.215 0.016 0.026 0.014 0.026 0.088 0.012 0.001 0.007 0.320 20 S 0.088 0.202 0.018 0.027 0.032 0.041 0.140 0.013 0.001 0.010 0.428 21 N 0.146 0.093 0.009 0.030 0.017 0.035 0.077 0.019 0.001 0.016 0.558 22 I 0.304 0.111 0.057 0.039 0.020 0.035 0.097 0.011 0.001 0.009 0.316 23 Q 0.085 0.055 0.009 0.070 0.092 0.069 0.218 0.007 0.001 0.011 0.383 24 S 0.117 0.034 0.014 0.060 0.025 0.059 0.084 0.013 0.001 0.003 0.592 25 Y 0.303 0.044 0.026 0.187 0.093 0.132 0.047 0.002 0.001 0.004 0.161 26 S 0.006 0.012 0.003 0.019 0.015 0.021 0.562 0.001 0.001 0.002 0.360 27 F 0.004 0.010 0.001 0.053 0.004 0.029 0.019 0.001 0.001 0.003 0.875 28 E 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.004 0.643 0.001 0.001 0.003 0.333 29 D 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.001 0.001 0.005 0.041 30 M 0.048 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 31 K 0.001 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 32 R 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 33 I 0.052 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.010 34 V 0.081 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.009 35 G 0.102 0.633 0.028 0.001 0.001 0.001 0.004 0.132 0.001 0.001 0.097 36 K 0.244 0.287 0.054 0.004 0.001 0.002 0.008 0.214 0.001 0.001 0.185 37 H 0.249 0.168 0.093 0.011 0.002 0.003 0.029 0.073 0.001 0.003 0.368 38 D 0.148 0.016 0.041 0.022 0.007 0.006 0.083 0.012 0.001 0.008 0.656 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.987 40 N 0.019 0.001 0.002 0.126 0.019 0.023 0.429 0.001 0.001 0.005 0.377 41 V 0.192 0.002 0.003 0.305 0.035 0.049 0.094 0.001 0.001 0.007 0.313 42 V 0.004 0.001 0.001 0.847 0.068 0.056 0.008 0.001 0.001 0.001 0.015 43 L 0.003 0.001 0.001 0.623 0.066 0.109 0.013 0.001 0.001 0.001 0.184 44 V 0.001 0.001 0.001 0.859 0.046 0.085 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 45 D 0.002 0.001 0.001 0.385 0.112 0.103 0.077 0.001 0.001 0.002 0.316 46 V 0.003 0.003 0.001 0.449 0.055 0.114 0.057 0.001 0.001 0.004 0.314 47 R 0.013 0.002 0.001 0.216 0.043 0.093 0.277 0.001 0.001 0.019 0.335 48 E 0.019 0.001 0.001 0.017 0.004 0.008 0.181 0.001 0.001 0.003 0.766 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 50 S 0.005 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.176 0.001 0.001 0.002 0.784 51 E 0.245 0.014 0.001 0.007 0.009 0.016 0.124 0.001 0.001 0.007 0.577 52 Y 0.260 0.204 0.002 0.018 0.038 0.072 0.040 0.002 0.001 0.005 0.361 53 S 0.094 0.332 0.003 0.033 0.128 0.100 0.059 0.002 0.001 0.004 0.245 54 I 0.075 0.241 0.003 0.027 0.101 0.094 0.030 0.005 0.001 0.003 0.422 55 V 0.239 0.177 0.006 0.033 0.056 0.108 0.041 0.012 0.001 0.005 0.323 56 H 0.172 0.055 0.014 0.041 0.028 0.049 0.079 0.016 0.001 0.007 0.539 57 I 0.075 0.035 0.032 0.096 0.081 0.088 0.145 0.005 0.001 0.003 0.440 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.984 59 A 0.005 0.002 0.001 0.042 0.035 0.054 0.081 0.001 0.001 0.002 0.777 60 S 0.143 0.019 0.004 0.090 0.078 0.063 0.112 0.001 0.001 0.007 0.483 61 I 0.212 0.024 0.001 0.158 0.121 0.160 0.052 0.001 0.001 0.009 0.263 62 N 0.076 0.021 0.002 0.099 0.037 0.084 0.087 0.002 0.001 0.009 0.582 63 V 0.160 0.016 0.005 0.266 0.095 0.137 0.066 0.001 0.001 0.006 0.247 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.977 65 Y 0.009 0.006 0.001 0.050 0.059 0.164 0.072 0.001 0.001 0.002 0.638 66 R 0.102 0.032 0.001 0.044 0.035 0.045 0.108 0.001 0.001 0.010 0.621 67 S 0.242 0.017 0.004 0.013 0.010 0.023 0.133 0.003 0.001 0.008 0.545 68 H 0.497 0.028 0.004 0.030 0.016 0.036 0.066 0.002 0.001 0.008 0.313 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.983 70 D 0.021 0.006 0.002 0.007 0.007 0.015 0.388 0.001 0.001 0.006 0.547 71 A 0.499 0.043 0.002 0.008 0.004 0.010 0.070 0.003 0.001 0.036 0.325 72 F 0.257 0.114 0.013 0.019 0.018 0.025 0.164 0.011 0.001 0.012 0.368 73 A 0.346 0.100 0.018 0.038 0.023 0.033 0.107 0.012 0.001 0.010 0.313 74 L 0.254 0.115 0.020 0.036 0.025 0.038 0.093 0.009 0.001 0.007 0.402 75 D 0.051 0.073 0.011 0.024 0.013 0.028 0.415 0.008 0.001 0.008 0.369 76 P 0.007 0.006 0.001 0.010 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.011 0.954 77 L 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.753 0.001 0.001 0.005 0.227 78 E 0.088 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.001 0.001 0.007 0.029 79 F 0.102 0.831 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.054 80 E 0.006 0.890 0.015 0.007 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.068 81 K 0.021 0.849 0.004 0.003 0.008 0.002 0.015 0.005 0.001 0.001 0.093 82 Q 0.125 0.800 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.030 0.001 0.001 0.036 83 I 0.254 0.576 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.088 0.001 0.001 0.070 84 G 0.243 0.298 0.080 0.013 0.005 0.011 0.018 0.096 0.001 0.004 0.231 85 I 0.189 0.131 0.161 0.022 0.008 0.008 0.031 0.062 0.001 0.002 0.387 86 P 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.980 87 K 0.045 0.008 0.010 0.029 0.022 0.038 0.119 0.003 0.001 0.002 0.723 88 P 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.948 89 D 0.043 0.003 0.001 0.014 0.027 0.047 0.127 0.001 0.001 0.002 0.737 90 S 0.055 0.003 0.001 0.023 0.009 0.011 0.061 0.001 0.001 0.011 0.827 91 A 0.061 0.002 0.002 0.023 0.013 0.016 0.414 0.001 0.001 0.009 0.459 92 K 0.474 0.002 0.001 0.054 0.054 0.047 0.187 0.001 0.001 0.036 0.145 93 E 0.020 0.001 0.001 0.067 0.021 0.018 0.128 0.001 0.001 0.002 0.741 94 L 0.006 0.001 0.002 0.518 0.149 0.190 0.037 0.001 0.001 0.001 0.097 95 I 0.003 0.001 0.001 0.783 0.069 0.126 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 96 F 0.001 0.001 0.001 0.847 0.044 0.090 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.938 0.018 0.030 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 98 C 0.001 0.001 0.001 0.704 0.056 0.096 0.033 0.001 0.001 0.003 0.106 99 A 0.003 0.002 0.001 0.362 0.027 0.061 0.177 0.001 0.001 0.006 0.361 100 S 0.009 0.001 0.001 0.061 0.009 0.021 0.331 0.001 0.001 0.013 0.554 101 G 0.126 0.004 0.002 0.034 0.006 0.015 0.191 0.001 0.001 0.038 0.584 102 K 0.159 0.016 0.008 0.020 0.006 0.010 0.238 0.001 0.001 0.012 0.529 103 R 0.038 0.020 0.005 0.011 0.008 0.014 0.179 0.001 0.001 0.006 0.719 104 G 0.064 0.079 0.008 0.018 0.010 0.048 0.122 0.001 0.001 0.004 0.646 105 G 0.038 0.145 0.002 0.011 0.005 0.018 0.060 0.001 0.001 0.004 0.716 106 E 0.030 0.334 0.004 0.005 0.006 0.008 0.154 0.001 0.001 0.004 0.454 107 A 0.019 0.756 0.002 0.002 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.188 108 Q 0.007 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.065 109 K 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 110 V 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 111 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 112 S 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 113 S 0.024 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.004 114 H 0.157 0.686 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.134 0.001 0.001 0.016 115 G 0.490 0.125 0.040 0.004 0.001 0.001 0.003 0.268 0.001 0.008 0.061 116 Y 0.030 0.005 0.878 0.004 0.001 0.001 0.035 0.006 0.001 0.001 0.041 117 S 0.015 0.004 0.018 0.041 0.009 0.008 0.108 0.004 0.001 0.006 0.787 118 N 0.013 0.004 0.005 0.093 0.015 0.017 0.140 0.001 0.001 0.004 0.709 119 T 0.044 0.009 0.004 0.201 0.027 0.037 0.139 0.001 0.001 0.003 0.534 120 S 0.061 0.006 0.001 0.621 0.068 0.098 0.049 0.001 0.001 0.011 0.085 121 L 0.022 0.009 0.003 0.122 0.028 0.050 0.071 0.001 0.001 0.004 0.691 122 Y 0.054 0.007 0.001 0.548 0.076 0.143 0.045 0.001 0.001 0.004 0.120 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.984 124 G 0.009 0.004 0.001 0.046 0.041 0.067 0.117 0.001 0.001 0.010 0.704 125 S 0.247 0.007 0.004 0.015 0.007 0.014 0.197 0.001 0.001 0.012 0.496 126 M 0.117 0.040 0.004 0.038 0.021 0.054 0.198 0.001 0.001 0.009 0.518 127 N 0.023 0.078 0.002 0.018 0.015 0.031 0.202 0.001 0.001 0.008 0.623 128 D 0.023 0.232 0.001 0.009 0.013 0.023 0.190 0.001 0.001 0.003 0.505 129 W 0.036 0.785 0.001 0.005 0.007 0.019 0.021 0.003 0.001 0.001 0.121 130 V 0.017 0.921 0.001 0.003 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 131 S 0.027 0.915 0.001 0.002 0.012 0.005 0.004 0.009 0.001 0.001 0.025 132 H 0.250 0.605 0.003 0.002 0.003 0.004 0.006 0.084 0.001 0.001 0.042 133 G 0.489 0.214 0.015 0.003 0.002 0.004 0.004 0.177 0.001 0.007 0.085 134 G 0.103 0.020 0.641 0.005 0.001 0.002 0.041 0.023 0.001 0.002 0.160 135 D 0.014 0.002 0.018 0.007 0.002 0.002 0.107 0.004 0.001 0.001 0.843 136 K 0.018 0.003 0.002 0.016 0.004 0.012 0.075 0.001 0.001 0.002 0.867 137 L 0.044 0.017 0.003 0.037 0.010 0.019 0.399 0.001 0.001 0.006 0.464 138 D 0.168 0.037 0.002 0.037 0.020 0.028 0.258 0.002 0.001 0.017 0.432 139 L 0.142 0.090 0.005 0.042 0.035 0.051 0.070 0.002 0.001 0.008 0.554