# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5161 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.017 0.019 0.015 0.025 0.070 0.004 0.822 2 W 0.028 0.039 0.032 0.025 0.059 0.088 0.004 0.725 3 K 0.038 0.067 0.028 0.028 0.052 0.138 0.007 0.644 4 A 0.065 0.153 0.023 0.020 0.030 0.132 0.010 0.568 5 V 0.132 0.412 0.047 0.029 0.042 0.066 0.014 0.258 6 M 0.051 0.581 0.071 0.039 0.054 0.032 0.009 0.162 7 N 0.037 0.571 0.055 0.041 0.066 0.026 0.014 0.191 8 A 0.093 0.450 0.073 0.033 0.066 0.035 0.029 0.221 9 W 0.142 0.435 0.061 0.029 0.040 0.047 0.035 0.212 10 N 0.175 0.245 0.093 0.040 0.035 0.073 0.066 0.273 11 G 0.312 0.089 0.071 0.019 0.021 0.058 0.057 0.375 12 T 0.214 0.066 0.143 0.022 0.045 0.099 0.017 0.394 13 E 0.015 0.025 0.033 0.010 0.020 0.087 0.005 0.807 14 S 0.060 0.062 0.025 0.015 0.031 0.178 0.011 0.617 15 Q 0.217 0.090 0.041 0.011 0.024 0.151 0.019 0.446 16 S 0.155 0.186 0.043 0.020 0.034 0.174 0.016 0.372 17 K 0.098 0.124 0.031 0.015 0.028 0.097 0.016 0.591 18 N 0.126 0.109 0.016 0.011 0.024 0.189 0.022 0.503 19 V 0.286 0.125 0.037 0.014 0.030 0.088 0.025 0.395 20 S 0.074 0.154 0.054 0.037 0.040 0.201 0.024 0.415 21 N 0.134 0.054 0.038 0.011 0.022 0.110 0.039 0.592 22 I 0.356 0.056 0.117 0.017 0.035 0.094 0.012 0.313 23 Q 0.073 0.060 0.216 0.077 0.065 0.140 0.018 0.351 24 S 0.044 0.015 0.059 0.014 0.029 0.042 0.012 0.786 25 Y 0.097 0.016 0.460 0.047 0.051 0.070 0.011 0.248 26 S 0.014 0.006 0.026 0.011 0.016 0.506 0.003 0.419 27 F 0.009 0.008 0.025 0.003 0.035 0.022 0.001 0.896 28 E 0.004 0.007 0.004 0.001 0.006 0.246 0.001 0.730 29 D 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.758 0.001 0.218 30 M 0.037 0.817 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.135 31 K 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 32 R 0.021 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 33 I 0.178 0.764 0.003 0.001 0.002 0.001 0.022 0.028 34 V 0.086 0.814 0.008 0.007 0.011 0.004 0.015 0.055 35 G 0.090 0.536 0.027 0.013 0.014 0.024 0.049 0.246 36 K 0.204 0.264 0.046 0.016 0.015 0.038 0.065 0.351 37 H 0.103 0.072 0.037 0.012 0.013 0.048 0.064 0.650 38 D 0.083 0.021 0.052 0.026 0.024 0.116 0.025 0.654 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 N 0.027 0.001 0.085 0.078 0.125 0.299 0.011 0.375 41 V 0.264 0.001 0.291 0.050 0.064 0.059 0.010 0.261 42 V 0.002 0.001 0.867 0.078 0.040 0.004 0.001 0.009 43 L 0.001 0.001 0.659 0.076 0.100 0.006 0.001 0.159 44 V 0.001 0.001 0.948 0.018 0.031 0.001 0.001 0.003 45 D 0.001 0.001 0.790 0.065 0.074 0.011 0.001 0.058 46 V 0.001 0.001 0.715 0.030 0.082 0.012 0.001 0.160 47 R 0.003 0.001 0.229 0.024 0.104 0.481 0.002 0.157 48 E 0.012 0.001 0.024 0.012 0.028 0.231 0.002 0.692 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 S 0.004 0.001 0.004 0.010 0.022 0.198 0.002 0.760 51 E 0.282 0.009 0.005 0.006 0.013 0.142 0.010 0.533 52 Y 0.292 0.267 0.018 0.043 0.077 0.057 0.007 0.239 53 S 0.170 0.351 0.039 0.062 0.087 0.069 0.012 0.210 54 I 0.104 0.200 0.034 0.036 0.047 0.030 0.019 0.531 55 V 0.241 0.168 0.060 0.104 0.097 0.033 0.049 0.247 56 H 0.074 0.063 0.061 0.049 0.068 0.040 0.043 0.601 57 I 0.075 0.033 0.139 0.143 0.231 0.050 0.014 0.315 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 A 0.010 0.006 0.048 0.057 0.129 0.116 0.007 0.627 60 S 0.523 0.011 0.063 0.026 0.035 0.048 0.011 0.283 61 I 0.155 0.018 0.222 0.187 0.120 0.041 0.018 0.241 62 N 0.087 0.008 0.150 0.068 0.115 0.045 0.014 0.514 63 V 0.045 0.006 0.447 0.154 0.158 0.031 0.005 0.155 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 65 Y 0.005 0.002 0.042 0.031 0.151 0.094 0.002 0.673 66 R 0.118 0.010 0.043 0.033 0.039 0.173 0.011 0.574 67 S 0.221 0.014 0.025 0.017 0.030 0.083 0.024 0.585 68 H 0.306 0.015 0.048 0.033 0.041 0.084 0.008 0.465 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 D 0.010 0.008 0.015 0.016 0.048 0.160 0.005 0.737 71 A 0.479 0.026 0.028 0.013 0.019 0.067 0.014 0.353 72 F 0.276 0.047 0.029 0.014 0.022 0.151 0.011 0.450 73 A 0.336 0.046 0.105 0.027 0.040 0.124 0.017 0.305 74 L 0.162 0.050 0.104 0.019 0.024 0.115 0.012 0.513 75 D 0.079 0.040 0.029 0.019 0.042 0.284 0.008 0.500 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 L 0.005 0.006 0.003 0.002 0.007 0.570 0.001 0.406 78 E 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.946 0.001 0.028 79 F 0.101 0.831 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.059 80 E 0.005 0.880 0.002 0.001 0.003 0.013 0.001 0.095 81 K 0.045 0.793 0.002 0.002 0.002 0.016 0.010 0.130 82 Q 0.220 0.732 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.024 83 I 0.139 0.784 0.007 0.005 0.007 0.002 0.024 0.033 84 G 0.143 0.370 0.039 0.011 0.014 0.020 0.131 0.273 85 I 0.200 0.136 0.079 0.023 0.026 0.039 0.040 0.457 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 87 K 0.021 0.005 0.027 0.027 0.028 0.065 0.004 0.823 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 D 0.021 0.003 0.016 0.041 0.102 0.120 0.002 0.694 90 S 0.102 0.002 0.010 0.010 0.015 0.049 0.004 0.809 91 A 0.100 0.003 0.010 0.014 0.020 0.457 0.011 0.386 92 K 0.548 0.002 0.031 0.037 0.025 0.182 0.021 0.154 93 E 0.067 0.002 0.170 0.060 0.063 0.200 0.008 0.431 94 L 0.004 0.001 0.506 0.168 0.211 0.040 0.002 0.069 95 I 0.001 0.001 0.598 0.176 0.206 0.005 0.001 0.013 96 F 0.001 0.001 0.719 0.107 0.157 0.001 0.001 0.015 97 Y 0.001 0.001 0.865 0.045 0.069 0.002 0.001 0.019 98 C 0.001 0.001 0.756 0.076 0.107 0.010 0.001 0.050 99 A 0.001 0.001 0.343 0.042 0.161 0.113 0.001 0.340 100 S 0.005 0.001 0.069 0.012 0.044 0.225 0.004 0.639 101 G 0.177 0.002 0.025 0.009 0.011 0.114 0.022 0.641 102 K 0.173 0.004 0.031 0.010 0.012 0.320 0.010 0.441 103 R 0.040 0.016 0.012 0.013 0.021 0.259 0.005 0.633 104 G 0.079 0.134 0.021 0.016 0.050 0.123 0.005 0.572 105 G 0.020 0.135 0.008 0.007 0.018 0.086 0.003 0.723 106 E 0.016 0.264 0.003 0.003 0.006 0.135 0.003 0.570 107 A 0.013 0.801 0.001 0.002 0.004 0.045 0.002 0.131 108 Q 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 109 K 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 110 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 S 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.018 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 114 H 0.170 0.714 0.006 0.002 0.001 0.001 0.096 0.011 115 G 0.753 0.022 0.012 0.002 0.001 0.002 0.167 0.041 116 Y 0.029 0.020 0.872 0.010 0.010 0.011 0.007 0.040 117 S 0.002 0.006 0.048 0.009 0.013 0.034 0.002 0.886 118 N 0.018 0.007 0.137 0.017 0.025 0.094 0.007 0.696 119 T 0.219 0.010 0.303 0.023 0.025 0.093 0.011 0.315 120 S 0.011 0.004 0.891 0.031 0.015 0.013 0.004 0.032 121 L 0.021 0.006 0.246 0.037 0.065 0.042 0.010 0.573 122 Y 0.019 0.005 0.587 0.057 0.125 0.055 0.003 0.148 123 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 124 G 0.009 0.003 0.047 0.011 0.028 0.144 0.005 0.753 125 S 0.410 0.004 0.012 0.003 0.004 0.086 0.010 0.471 126 M 0.131 0.039 0.110 0.019 0.043 0.089 0.007 0.562 127 N 0.033 0.044 0.024 0.013 0.043 0.249 0.005 0.589 128 D 0.066 0.168 0.016 0.010 0.021 0.150 0.005 0.564 129 W 0.051 0.660 0.007 0.006 0.018 0.030 0.004 0.223 130 V 0.020 0.878 0.006 0.004 0.013 0.011 0.004 0.063 131 S 0.034 0.889 0.004 0.004 0.005 0.005 0.010 0.049 132 H 0.313 0.465 0.009 0.006 0.006 0.007 0.091 0.101 133 G 0.700 0.091 0.013 0.005 0.003 0.005 0.096 0.089 134 G 0.152 0.067 0.281 0.018 0.015 0.053 0.053 0.362 135 D 0.020 0.017 0.064 0.013 0.021 0.071 0.007 0.788 136 K 0.004 0.002 0.008 0.002 0.004 0.018 0.001 0.962 137 L 0.055 0.013 0.054 0.013 0.020 0.354 0.007 0.484 138 D 0.100 0.021 0.045 0.012 0.013 0.305 0.011 0.492 139 L 0.104 0.054 0.037 0.023 0.040 0.085 0.006 0.652