# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5161 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.450 0.175 0.167 0.094 0.038 0.045 0.012 0.001 0.015 0.002 0.001 2 W 0.608 0.098 0.132 0.080 0.025 0.033 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 3 K 0.716 0.091 0.093 0.039 0.027 0.016 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 4 A 0.693 0.068 0.108 0.058 0.022 0.033 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 5 V 0.616 0.184 0.097 0.045 0.014 0.028 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 6 M 0.644 0.132 0.097 0.048 0.020 0.033 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 7 N 0.606 0.091 0.100 0.102 0.030 0.044 0.013 0.002 0.011 0.001 0.001 8 A 0.622 0.080 0.104 0.108 0.021 0.031 0.017 0.003 0.013 0.002 0.001 9 W 0.511 0.101 0.116 0.186 0.024 0.022 0.020 0.002 0.016 0.002 0.001 10 N 0.221 0.066 0.162 0.330 0.040 0.026 0.125 0.007 0.019 0.004 0.001 11 G 0.083 0.020 0.097 0.043 0.111 0.018 0.081 0.304 0.007 0.236 0.001 12 T 0.257 0.175 0.395 0.068 0.047 0.032 0.004 0.001 0.017 0.003 0.001 13 E 0.539 0.052 0.227 0.087 0.022 0.032 0.015 0.004 0.009 0.006 0.006 14 S 0.456 0.111 0.160 0.135 0.054 0.030 0.023 0.009 0.016 0.004 0.001 15 Q 0.435 0.128 0.194 0.137 0.024 0.046 0.011 0.002 0.018 0.001 0.002 16 S 0.405 0.131 0.265 0.081 0.028 0.032 0.014 0.002 0.037 0.004 0.002 17 K 0.704 0.034 0.140 0.066 0.015 0.016 0.010 0.004 0.006 0.002 0.002 18 N 0.391 0.072 0.125 0.234 0.021 0.066 0.059 0.011 0.017 0.003 0.001 19 V 0.351 0.169 0.270 0.132 0.017 0.025 0.011 0.001 0.021 0.002 0.001 20 S 0.548 0.060 0.182 0.100 0.029 0.018 0.038 0.006 0.012 0.006 0.003 21 N 0.195 0.103 0.110 0.232 0.063 0.059 0.152 0.047 0.028 0.009 0.001 22 I 0.200 0.224 0.336 0.135 0.027 0.042 0.014 0.002 0.019 0.001 0.002 23 Q 0.286 0.245 0.276 0.106 0.034 0.024 0.012 0.002 0.010 0.002 0.003 24 S 0.066 0.502 0.198 0.081 0.058 0.040 0.018 0.001 0.032 0.001 0.001 25 Y 0.013 0.718 0.181 0.031 0.029 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 26 S 0.004 0.181 0.621 0.002 0.055 0.054 0.001 0.001 0.079 0.002 0.001 27 F 0.883 0.001 0.094 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 28 E 0.979 0.003 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.934 0.005 0.007 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.993 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.968 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.888 0.008 0.027 0.053 0.001 0.006 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 35 G 0.722 0.007 0.030 0.138 0.004 0.009 0.072 0.016 0.002 0.002 0.001 36 K 0.501 0.030 0.075 0.365 0.007 0.005 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 37 H 0.315 0.048 0.122 0.397 0.013 0.032 0.041 0.014 0.015 0.004 0.001 38 D 0.029 0.119 0.347 0.013 0.037 0.023 0.022 0.001 0.402 0.006 0.001 39 P 0.696 0.001 0.234 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 40 N 0.118 0.050 0.062 0.590 0.011 0.017 0.084 0.050 0.017 0.001 0.001 41 V 0.015 0.625 0.272 0.039 0.020 0.006 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 42 V 0.017 0.653 0.271 0.006 0.013 0.025 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 43 L 0.011 0.418 0.511 0.008 0.008 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 44 V 0.023 0.704 0.135 0.008 0.066 0.023 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 45 D 0.037 0.189 0.513 0.018 0.023 0.108 0.014 0.003 0.087 0.001 0.006 46 V 0.168 0.430 0.229 0.068 0.047 0.038 0.005 0.002 0.010 0.001 0.002 47 R 0.067 0.441 0.289 0.049 0.067 0.037 0.004 0.001 0.043 0.002 0.001 48 E 0.016 0.091 0.632 0.003 0.040 0.030 0.004 0.001 0.177 0.004 0.003 49 P 0.553 0.002 0.380 0.014 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 50 S 0.658 0.060 0.100 0.114 0.022 0.014 0.011 0.011 0.007 0.003 0.001 51 E 0.554 0.125 0.113 0.128 0.019 0.027 0.014 0.003 0.015 0.001 0.001 52 Y 0.401 0.229 0.166 0.112 0.036 0.022 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 53 S 0.413 0.190 0.179 0.101 0.052 0.036 0.013 0.002 0.012 0.002 0.001 54 I 0.341 0.283 0.134 0.140 0.040 0.024 0.011 0.001 0.024 0.001 0.001 55 V 0.166 0.406 0.130 0.098 0.134 0.020 0.024 0.006 0.012 0.003 0.001 56 H 0.071 0.511 0.187 0.065 0.071 0.053 0.017 0.002 0.021 0.001 0.001 57 I 0.005 0.416 0.247 0.001 0.019 0.016 0.001 0.001 0.293 0.001 0.001 58 P 0.120 0.002 0.803 0.018 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 59 A 0.103 0.060 0.077 0.100 0.101 0.014 0.102 0.408 0.008 0.027 0.001 60 S 0.088 0.385 0.289 0.081 0.084 0.030 0.011 0.005 0.023 0.003 0.001 61 I 0.041 0.749 0.108 0.029 0.054 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 62 N 0.041 0.258 0.307 0.069 0.046 0.174 0.029 0.003 0.067 0.002 0.003 63 V 0.014 0.570 0.212 0.004 0.052 0.015 0.001 0.001 0.131 0.001 0.001 64 P 0.116 0.009 0.789 0.012 0.003 0.041 0.002 0.001 0.005 0.001 0.023 65 Y 0.433 0.119 0.204 0.139 0.033 0.029 0.013 0.008 0.016 0.005 0.002 66 R 0.517 0.090 0.139 0.137 0.053 0.018 0.021 0.006 0.011 0.007 0.002 67 S 0.233 0.092 0.126 0.389 0.032 0.052 0.038 0.013 0.017 0.007 0.001 68 H 0.046 0.160 0.419 0.024 0.043 0.036 0.015 0.001 0.248 0.007 0.001 69 P 0.861 0.002 0.106 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 70 D 0.340 0.033 0.045 0.486 0.010 0.012 0.049 0.014 0.010 0.002 0.001 71 A 0.412 0.051 0.117 0.248 0.025 0.021 0.065 0.041 0.014 0.006 0.001 72 F 0.308 0.174 0.246 0.154 0.020 0.025 0.051 0.006 0.013 0.003 0.001 73 A 0.238 0.198 0.361 0.117 0.018 0.036 0.010 0.002 0.016 0.001 0.003 74 L 0.171 0.213 0.357 0.170 0.015 0.039 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 75 D 0.012 0.104 0.496 0.015 0.034 0.084 0.010 0.001 0.241 0.002 0.001 76 P 0.959 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 77 L 0.973 0.004 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.932 0.007 0.009 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.970 0.006 0.009 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 E 0.987 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.965 0.002 0.006 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.870 0.006 0.008 0.106 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.454 0.029 0.134 0.353 0.002 0.004 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 84 G 0.182 0.009 0.050 0.073 0.047 0.010 0.228 0.314 0.004 0.082 0.001 85 I 0.088 0.243 0.500 0.027 0.038 0.021 0.006 0.001 0.073 0.002 0.001 86 P 0.269 0.014 0.546 0.066 0.002 0.056 0.006 0.002 0.005 0.001 0.035 87 K 0.042 0.288 0.345 0.020 0.094 0.024 0.019 0.007 0.154 0.006 0.001 88 P 0.188 0.008 0.715 0.016 0.002 0.027 0.002 0.001 0.005 0.001 0.035 89 D 0.157 0.125 0.432 0.122 0.033 0.043 0.017 0.005 0.055 0.007 0.004 90 S 0.603 0.036 0.197 0.098 0.018 0.015 0.009 0.006 0.004 0.007 0.008 91 A 0.155 0.087 0.141 0.439 0.033 0.025 0.082 0.014 0.016 0.005 0.003 92 K 0.050 0.330 0.402 0.077 0.057 0.011 0.032 0.005 0.031 0.003 0.002 93 E 0.035 0.144 0.741 0.021 0.011 0.017 0.010 0.001 0.016 0.001 0.005 94 L 0.005 0.784 0.170 0.004 0.024 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 I 0.003 0.853 0.098 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 96 F 0.005 0.824 0.098 0.002 0.033 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 Y 0.013 0.741 0.112 0.009 0.068 0.033 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 98 C 0.041 0.333 0.409 0.022 0.067 0.053 0.007 0.001 0.060 0.005 0.001 99 A 0.382 0.136 0.224 0.098 0.063 0.042 0.020 0.008 0.013 0.012 0.002 100 S 0.184 0.064 0.143 0.347 0.092 0.023 0.098 0.014 0.013 0.023 0.001 101 G 0.063 0.007 0.036 0.021 0.090 0.006 0.070 0.323 0.003 0.381 0.001 102 K 0.460 0.085 0.276 0.094 0.024 0.032 0.013 0.001 0.011 0.003 0.001 103 R 0.536 0.056 0.144 0.175 0.025 0.042 0.011 0.001 0.007 0.002 0.001 104 G 0.819 0.011 0.056 0.031 0.046 0.007 0.009 0.004 0.003 0.014 0.001 105 G 0.991 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.977 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.915 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.172 0.004 0.038 0.760 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 115 G 0.014 0.001 0.005 0.008 0.008 0.001 0.314 0.560 0.001 0.089 0.001 116 Y 0.083 0.150 0.613 0.094 0.016 0.021 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 117 S 0.319 0.096 0.305 0.155 0.053 0.028 0.017 0.008 0.009 0.009 0.002 118 N 0.096 0.143 0.138 0.264 0.066 0.092 0.134 0.031 0.032 0.003 0.001 119 T 0.077 0.710 0.113 0.043 0.035 0.010 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 120 S 0.086 0.651 0.138 0.019 0.069 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 121 L 0.073 0.366 0.323 0.051 0.042 0.093 0.006 0.001 0.042 0.002 0.002 122 Y 0.019 0.357 0.340 0.005 0.041 0.027 0.005 0.001 0.203 0.002 0.001 123 P 0.174 0.007 0.733 0.034 0.002 0.016 0.005 0.001 0.004 0.001 0.024 124 G 0.092 0.011 0.064 0.036 0.067 0.009 0.060 0.510 0.005 0.145 0.001 125 S 0.221 0.056 0.293 0.104 0.143 0.052 0.023 0.025 0.013 0.070 0.001 126 M 0.667 0.054 0.139 0.075 0.023 0.022 0.006 0.001 0.005 0.005 0.003 127 N 0.831 0.020 0.044 0.063 0.013 0.012 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 128 D 0.869 0.016 0.028 0.055 0.009 0.011 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 129 W 0.911 0.016 0.023 0.033 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 130 V 0.925 0.018 0.027 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 131 S 0.896 0.009 0.018 0.059 0.003 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 132 H 0.299 0.012 0.043 0.578 0.005 0.005 0.047 0.003 0.006 0.001 0.001 133 G 0.017 0.001 0.012 0.024 0.017 0.001 0.164 0.606 0.001 0.158 0.001 134 G 0.134 0.037 0.290 0.055 0.084 0.012 0.060 0.128 0.009 0.191 0.001 135 D 0.096 0.141 0.561 0.083 0.026 0.049 0.013 0.002 0.022 0.004 0.004 136 K 0.353 0.078 0.326 0.091 0.032 0.056 0.021 0.017 0.011 0.008 0.006 137 L 0.344 0.232 0.199 0.145 0.032 0.020 0.007 0.003 0.013 0.002 0.002 138 D 0.175 0.155 0.281 0.149 0.057 0.071 0.041 0.010 0.052 0.005 0.004 139 L 0.335 0.184 0.254 0.104 0.038 0.032 0.022 0.006 0.017 0.005 0.002