# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.018 0.545 0.009 0.037 0.109 0.002 0.001 0.044 0.079 0.036 0.031 0.079 2 W 0.005 0.011 0.475 0.022 0.059 0.196 0.003 0.001 0.035 0.055 0.053 0.021 0.064 3 K 0.007 0.007 0.233 0.028 0.158 0.311 0.004 0.003 0.052 0.057 0.066 0.026 0.049 4 A 0.012 0.009 0.150 0.025 0.106 0.348 0.010 0.008 0.088 0.061 0.077 0.028 0.078 5 V 0.034 0.016 0.172 0.019 0.070 0.254 0.024 0.024 0.126 0.055 0.049 0.066 0.092 6 M 0.047 0.021 0.192 0.022 0.044 0.220 0.028 0.034 0.134 0.049 0.049 0.058 0.104 7 N 0.040 0.019 0.209 0.023 0.062 0.208 0.022 0.032 0.115 0.057 0.065 0.082 0.066 8 A 0.029 0.023 0.245 0.022 0.068 0.188 0.013 0.027 0.099 0.076 0.098 0.035 0.078 9 W 0.014 0.018 0.334 0.017 0.064 0.144 0.006 0.008 0.049 0.117 0.151 0.041 0.037 10 N 0.004 0.013 0.287 0.011 0.053 0.090 0.002 0.002 0.024 0.161 0.316 0.014 0.025 11 G 0.002 0.017 0.333 0.006 0.034 0.064 0.001 0.001 0.014 0.255 0.241 0.016 0.016 12 T 0.003 0.022 0.541 0.003 0.053 0.065 0.001 0.001 0.011 0.197 0.064 0.015 0.025 13 E 0.003 0.031 0.353 0.006 0.099 0.136 0.001 0.001 0.016 0.147 0.150 0.017 0.039 14 S 0.004 0.028 0.342 0.007 0.153 0.141 0.001 0.001 0.015 0.107 0.147 0.021 0.032 15 Q 0.005 0.037 0.369 0.009 0.101 0.145 0.002 0.001 0.018 0.151 0.100 0.019 0.045 16 S 0.003 0.016 0.593 0.004 0.055 0.052 0.001 0.001 0.012 0.138 0.053 0.034 0.038 17 K 0.002 0.019 0.302 0.006 0.134 0.125 0.001 0.001 0.009 0.105 0.248 0.009 0.039 18 N 0.002 0.022 0.473 0.006 0.084 0.068 0.001 0.001 0.009 0.133 0.152 0.026 0.024 19 V 0.003 0.024 0.394 0.006 0.139 0.074 0.001 0.001 0.009 0.154 0.131 0.012 0.053 20 S 0.002 0.012 0.394 0.013 0.056 0.054 0.001 0.001 0.017 0.200 0.195 0.035 0.020 21 N 0.002 0.015 0.318 0.009 0.072 0.094 0.002 0.001 0.033 0.172 0.238 0.011 0.035 22 I 0.004 0.014 0.506 0.011 0.140 0.041 0.003 0.001 0.022 0.127 0.076 0.020 0.034 23 Q 0.010 0.019 0.323 0.007 0.108 0.057 0.012 0.002 0.081 0.112 0.066 0.133 0.070 24 S 0.024 0.041 0.289 0.004 0.031 0.029 0.011 0.006 0.154 0.056 0.051 0.026 0.279 25 Y 0.006 0.076 0.579 0.002 0.002 0.008 0.002 0.002 0.050 0.137 0.006 0.114 0.016 26 S 0.001 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.015 27 F 0.001 0.001 0.021 0.001 0.049 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.138 0.856 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.016 0.001 0.013 0.793 0.001 0.001 0.001 0.011 0.165 0.001 0.001 35 G 0.001 0.003 0.116 0.001 0.050 0.405 0.001 0.001 0.002 0.062 0.358 0.002 0.002 36 K 0.001 0.004 0.135 0.001 0.028 0.153 0.001 0.001 0.002 0.147 0.525 0.001 0.004 37 H 0.001 0.028 0.496 0.001 0.055 0.040 0.001 0.001 0.008 0.204 0.161 0.002 0.003 38 D 0.001 0.003 0.824 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.014 0.113 0.013 0.002 0.005 39 P 0.001 0.002 0.082 0.018 0.087 0.006 0.001 0.001 0.040 0.087 0.672 0.001 0.004 40 N 0.001 0.004 0.060 0.015 0.023 0.001 0.001 0.001 0.033 0.311 0.542 0.008 0.002 41 V 0.017 0.004 0.559 0.011 0.005 0.001 0.024 0.031 0.162 0.058 0.004 0.006 0.119 42 V 0.037 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.042 0.234 0.637 0.003 0.001 0.023 0.004 43 L 0.024 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.280 0.476 0.188 0.001 0.001 0.005 0.019 44 V 0.017 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.123 0.623 0.214 0.001 0.001 0.007 0.003 45 D 0.034 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.058 0.226 0.610 0.004 0.001 0.016 0.024 46 V 0.009 0.005 0.278 0.006 0.005 0.001 0.028 0.042 0.446 0.039 0.029 0.009 0.102 47 R 0.002 0.019 0.470 0.009 0.004 0.002 0.003 0.004 0.094 0.323 0.031 0.030 0.008 48 E 0.001 0.002 0.839 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.131 0.003 0.003 0.013 49 P 0.001 0.005 0.257 0.003 0.194 0.146 0.001 0.001 0.003 0.112 0.269 0.002 0.010 50 S 0.001 0.005 0.070 0.005 0.373 0.226 0.001 0.001 0.002 0.080 0.228 0.005 0.004 51 E 0.004 0.005 0.072 0.002 0.458 0.326 0.001 0.001 0.002 0.036 0.058 0.003 0.032 52 Y 0.010 0.019 0.151 0.016 0.196 0.378 0.003 0.001 0.015 0.033 0.095 0.014 0.067 53 S 0.016 0.012 0.108 0.016 0.095 0.400 0.007 0.002 0.022 0.059 0.128 0.104 0.032 54 I 0.068 0.018 0.145 0.014 0.075 0.246 0.011 0.013 0.036 0.074 0.124 0.022 0.154 55 V 0.057 0.021 0.221 0.015 0.026 0.128 0.013 0.011 0.030 0.127 0.106 0.199 0.045 56 H 0.049 0.048 0.408 0.010 0.016 0.046 0.008 0.020 0.063 0.103 0.066 0.025 0.138 57 I 0.017 0.014 0.627 0.009 0.016 0.013 0.002 0.005 0.032 0.101 0.022 0.105 0.037 58 P 0.004 0.005 0.217 0.077 0.067 0.027 0.001 0.001 0.029 0.095 0.423 0.007 0.046 59 A 0.002 0.002 0.096 0.016 0.080 0.024 0.001 0.001 0.010 0.099 0.652 0.009 0.008 60 S 0.030 0.013 0.443 0.010 0.103 0.030 0.013 0.013 0.087 0.096 0.030 0.022 0.111 61 I 0.049 0.036 0.176 0.004 0.019 0.025 0.049 0.023 0.150 0.074 0.021 0.269 0.105 62 N 0.060 0.042 0.260 0.015 0.009 0.015 0.038 0.027 0.148 0.038 0.034 0.045 0.269 63 V 0.011 0.020 0.455 0.018 0.004 0.008 0.006 0.007 0.076 0.124 0.010 0.235 0.026 64 P 0.003 0.005 0.724 0.002 0.009 0.008 0.002 0.001 0.020 0.059 0.018 0.008 0.141 65 Y 0.003 0.018 0.237 0.013 0.327 0.084 0.002 0.001 0.019 0.081 0.163 0.025 0.027 66 R 0.003 0.009 0.273 0.007 0.190 0.066 0.001 0.001 0.010 0.139 0.259 0.022 0.021 67 S 0.002 0.032 0.242 0.002 0.214 0.061 0.001 0.001 0.007 0.179 0.218 0.008 0.034 68 H 0.001 0.033 0.603 0.001 0.043 0.033 0.001 0.001 0.005 0.200 0.049 0.014 0.017 69 P 0.001 0.011 0.204 0.003 0.164 0.161 0.001 0.001 0.004 0.127 0.314 0.003 0.008 70 D 0.001 0.010 0.076 0.001 0.291 0.111 0.001 0.001 0.003 0.118 0.386 0.002 0.002 71 A 0.001 0.012 0.165 0.001 0.521 0.065 0.001 0.001 0.002 0.093 0.131 0.002 0.006 72 F 0.001 0.027 0.278 0.002 0.152 0.053 0.001 0.001 0.009 0.122 0.336 0.007 0.013 73 A 0.001 0.030 0.443 0.001 0.039 0.029 0.001 0.001 0.015 0.216 0.208 0.006 0.012 74 L 0.001 0.046 0.625 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.004 0.268 0.021 0.005 0.002 75 D 0.001 0.001 0.958 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 76 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.088 0.874 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.069 0.909 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.120 0.871 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 83 I 0.001 0.003 0.026 0.001 0.022 0.734 0.001 0.001 0.001 0.022 0.188 0.001 0.002 84 G 0.001 0.004 0.122 0.001 0.030 0.246 0.001 0.001 0.003 0.055 0.534 0.003 0.002 85 I 0.001 0.017 0.462 0.001 0.040 0.066 0.001 0.001 0.004 0.212 0.190 0.004 0.005 86 P 0.001 0.020 0.523 0.001 0.025 0.025 0.001 0.001 0.005 0.193 0.197 0.003 0.007 87 K 0.001 0.038 0.471 0.001 0.031 0.009 0.001 0.001 0.013 0.291 0.129 0.009 0.006 88 P 0.001 0.052 0.670 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.007 0.180 0.046 0.003 0.012 89 D 0.001 0.014 0.822 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.004 0.099 0.021 0.009 0.011 90 S 0.001 0.005 0.103 0.005 0.108 0.008 0.001 0.001 0.004 0.068 0.690 0.002 0.007 91 A 0.001 0.006 0.196 0.017 0.054 0.003 0.001 0.001 0.015 0.212 0.486 0.005 0.007 92 K 0.002 0.011 0.452 0.017 0.022 0.001 0.001 0.001 0.030 0.366 0.022 0.048 0.028 93 E 0.011 0.013 0.324 0.057 0.003 0.001 0.039 0.020 0.260 0.084 0.008 0.026 0.154 94 L 0.084 0.003 0.024 0.027 0.001 0.001 0.132 0.247 0.386 0.005 0.002 0.067 0.024 95 I 0.127 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.173 0.578 0.089 0.001 0.001 0.006 0.019 96 F 0.102 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.244 0.542 0.076 0.001 0.001 0.024 0.008 97 Y 0.110 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.146 0.456 0.208 0.002 0.001 0.018 0.039 98 C 0.034 0.009 0.254 0.083 0.009 0.007 0.072 0.106 0.198 0.064 0.027 0.057 0.079 99 A 0.008 0.006 0.290 0.028 0.027 0.025 0.006 0.008 0.067 0.276 0.207 0.022 0.029 100 S 0.002 0.007 0.168 0.004 0.039 0.041 0.001 0.001 0.009 0.334 0.376 0.006 0.012 101 G 0.002 0.012 0.169 0.002 0.047 0.150 0.001 0.001 0.003 0.310 0.292 0.006 0.006 102 K 0.004 0.016 0.173 0.002 0.031 0.513 0.001 0.001 0.002 0.147 0.095 0.006 0.010 103 R 0.006 0.015 0.079 0.001 0.016 0.762 0.001 0.001 0.002 0.071 0.033 0.003 0.013 104 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.236 0.001 0.001 0.001 0.010 0.745 0.001 0.001 115 G 0.001 0.002 0.082 0.001 0.007 0.071 0.001 0.001 0.001 0.032 0.803 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.009 0.762 0.001 0.013 0.037 0.001 0.001 0.004 0.117 0.049 0.003 0.005 117 S 0.001 0.015 0.293 0.011 0.038 0.055 0.001 0.001 0.060 0.293 0.219 0.006 0.009 118 N 0.001 0.008 0.242 0.010 0.075 0.040 0.002 0.007 0.109 0.168 0.317 0.011 0.010 119 T 0.005 0.019 0.413 0.011 0.037 0.040 0.018 0.059 0.165 0.117 0.043 0.007 0.065 120 S 0.019 0.024 0.098 0.005 0.026 0.044 0.049 0.184 0.310 0.052 0.018 0.151 0.020 121 L 0.015 0.027 0.081 0.005 0.018 0.041 0.052 0.278 0.302 0.019 0.027 0.011 0.125 122 Y 0.014 0.017 0.415 0.035 0.023 0.085 0.013 0.042 0.105 0.103 0.043 0.087 0.018 123 P 0.004 0.007 0.284 0.013 0.050 0.175 0.003 0.004 0.033 0.192 0.200 0.007 0.029 124 G 0.003 0.009 0.190 0.003 0.073 0.222 0.001 0.001 0.014 0.223 0.244 0.008 0.009 125 S 0.005 0.019 0.260 0.002 0.056 0.412 0.001 0.001 0.008 0.136 0.071 0.009 0.019 126 M 0.003 0.013 0.105 0.003 0.049 0.684 0.001 0.001 0.004 0.052 0.064 0.004 0.018 127 N 0.003 0.003 0.036 0.002 0.055 0.819 0.001 0.001 0.001 0.023 0.048 0.003 0.005 128 D 0.004 0.001 0.016 0.002 0.091 0.813 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.001 0.012 129 W 0.002 0.001 0.009 0.003 0.054 0.848 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.001 0.008 130 V 0.003 0.004 0.019 0.003 0.136 0.740 0.001 0.001 0.001 0.010 0.068 0.006 0.010 131 S 0.006 0.005 0.047 0.003 0.066 0.645 0.001 0.001 0.003 0.027 0.164 0.012 0.021 132 H 0.004 0.008 0.100 0.005 0.032 0.276 0.001 0.001 0.004 0.096 0.439 0.018 0.016 133 G 0.002 0.008 0.185 0.004 0.013 0.065 0.001 0.001 0.003 0.194 0.502 0.011 0.012 134 G 0.002 0.013 0.550 0.004 0.014 0.025 0.001 0.001 0.007 0.216 0.127 0.020 0.021 135 D 0.002 0.023 0.627 0.003 0.017 0.022 0.001 0.001 0.018 0.150 0.055 0.035 0.045 136 K 0.004 0.047 0.550 0.007 0.042 0.031 0.002 0.001 0.031 0.096 0.056 0.041 0.093 137 L 0.003 0.038 0.523 0.013 0.049 0.026 0.002 0.001 0.030 0.126 0.062 0.059 0.067 138 D 0.002 0.011 0.702 0.007 0.020 0.017 0.001 0.001 0.017 0.093 0.045 0.026 0.060 139 L 0.002 0.014 0.631 0.006 0.058 0.034 0.001 0.001 0.013 0.124 0.051 0.022 0.045