# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.064 0.198 0.248 0.005 0.052 0.013 0.006 0.004 0.002 0.039 0.066 0.217 0.004 0.008 0.018 2 W 0.009 0.044 0.097 0.208 0.004 0.191 0.012 0.007 0.004 0.003 0.034 0.053 0.313 0.004 0.006 0.012 3 K 0.010 0.079 0.061 0.372 0.002 0.051 0.003 0.007 0.004 0.001 0.082 0.036 0.272 0.001 0.005 0.013 4 A 0.013 0.048 0.074 0.488 0.003 0.066 0.005 0.002 0.006 0.001 0.024 0.072 0.178 0.003 0.002 0.017 5 V 0.014 0.034 0.191 0.326 0.007 0.062 0.016 0.002 0.001 0.001 0.020 0.024 0.282 0.006 0.004 0.010 6 M 0.004 0.054 0.115 0.456 0.008 0.034 0.010 0.007 0.001 0.001 0.014 0.018 0.255 0.005 0.007 0.012 7 N 0.007 0.027 0.063 0.413 0.017 0.095 0.013 0.011 0.005 0.003 0.018 0.014 0.279 0.007 0.008 0.021 8 A 0.016 0.048 0.088 0.302 0.046 0.125 0.020 0.022 0.009 0.004 0.060 0.023 0.184 0.014 0.009 0.029 9 W 0.013 0.061 0.033 0.099 0.211 0.063 0.156 0.022 0.009 0.006 0.044 0.035 0.052 0.173 0.011 0.013 10 N 0.016 0.095 0.093 0.132 0.004 0.031 0.006 0.245 0.008 0.003 0.020 0.018 0.044 0.002 0.262 0.022 11 G 0.033 0.039 0.074 0.109 0.006 0.049 0.010 0.003 0.172 0.192 0.030 0.023 0.064 0.004 0.003 0.190 12 T 0.434 0.042 0.068 0.060 0.011 0.130 0.008 0.007 0.003 0.001 0.087 0.044 0.089 0.004 0.007 0.006 13 E 0.011 0.139 0.144 0.189 0.007 0.080 0.008 0.018 0.007 0.004 0.147 0.136 0.082 0.006 0.007 0.016 14 S 0.026 0.108 0.106 0.231 0.012 0.120 0.026 0.008 0.015 0.003 0.040 0.138 0.113 0.009 0.016 0.029 15 Q 0.019 0.088 0.205 0.288 0.003 0.029 0.014 0.010 0.006 0.002 0.064 0.040 0.182 0.002 0.013 0.036 16 S 0.025 0.048 0.124 0.144 0.020 0.280 0.030 0.006 0.012 0.006 0.019 0.068 0.177 0.011 0.004 0.025 17 K 0.031 0.053 0.127 0.236 0.007 0.033 0.007 0.025 0.003 0.001 0.257 0.023 0.161 0.005 0.016 0.014 18 N 0.011 0.134 0.084 0.181 0.011 0.121 0.017 0.007 0.026 0.007 0.021 0.213 0.093 0.009 0.010 0.055 19 V 0.046 0.045 0.155 0.170 0.029 0.079 0.060 0.013 0.005 0.002 0.086 0.020 0.212 0.024 0.022 0.033 20 S 0.017 0.204 0.177 0.156 0.008 0.112 0.013 0.041 0.009 0.005 0.040 0.068 0.088 0.007 0.027 0.029 21 N 0.045 0.105 0.101 0.202 0.012 0.088 0.014 0.008 0.059 0.006 0.067 0.032 0.142 0.012 0.009 0.097 22 I 0.097 0.061 0.282 0.190 0.012 0.080 0.022 0.008 0.007 0.002 0.040 0.070 0.070 0.017 0.016 0.024 23 Q 0.033 0.108 0.268 0.378 0.001 0.019 0.006 0.012 0.004 0.003 0.022 0.036 0.043 0.002 0.019 0.046 24 S 0.021 0.040 0.147 0.559 0.005 0.085 0.004 0.001 0.013 0.001 0.004 0.007 0.022 0.001 0.002 0.088 25 Y 0.011 0.057 0.510 0.412 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 26 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.001 0.003 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.002 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.001 0.011 33 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.661 0.301 0.003 0.017 34 V 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.506 0.022 0.419 0.021 35 G 0.004 0.007 0.023 0.005 0.002 0.009 0.054 0.002 0.005 0.007 0.006 0.002 0.239 0.101 0.027 0.509 36 K 0.324 0.029 0.019 0.006 0.003 0.019 0.049 0.007 0.004 0.001 0.028 0.013 0.184 0.042 0.216 0.056 37 H 0.032 0.238 0.291 0.046 0.001 0.006 0.015 0.006 0.017 0.003 0.017 0.029 0.052 0.004 0.024 0.219 38 D 0.132 0.024 0.121 0.021 0.011 0.424 0.068 0.003 0.013 0.007 0.005 0.027 0.089 0.014 0.008 0.034 39 P 0.028 0.134 0.126 0.047 0.002 0.043 0.006 0.059 0.002 0.001 0.467 0.008 0.051 0.004 0.014 0.008 40 N 0.003 0.763 0.026 0.159 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.058 0.001 0.797 0.138 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 V 0.003 0.006 0.825 0.164 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.003 0.945 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.069 0.009 0.911 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.004 0.002 0.729 0.025 0.235 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.006 0.086 0.036 0.476 0.027 0.210 0.001 0.019 0.002 0.001 0.127 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.002 0.296 0.015 0.592 0.005 0.023 0.001 0.007 0.006 0.003 0.010 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.014 0.059 0.083 0.367 0.023 0.385 0.005 0.006 0.004 0.006 0.012 0.017 0.014 0.001 0.001 0.004 49 P 0.009 0.026 0.030 0.080 0.003 0.363 0.001 0.016 0.002 0.002 0.406 0.022 0.036 0.001 0.002 0.002 50 S 0.005 0.136 0.007 0.067 0.002 0.061 0.002 0.004 0.007 0.002 0.226 0.428 0.047 0.002 0.002 0.003 51 E 0.018 0.084 0.069 0.132 0.004 0.033 0.014 0.003 0.004 0.001 0.079 0.233 0.269 0.007 0.018 0.032 52 Y 0.006 0.023 0.303 0.082 0.004 0.054 0.026 0.003 0.003 0.001 0.015 0.054 0.370 0.011 0.011 0.036 53 S 0.011 0.076 0.145 0.175 0.008 0.043 0.037 0.009 0.005 0.002 0.018 0.016 0.384 0.022 0.014 0.035 54 I 0.023 0.046 0.123 0.479 0.005 0.020 0.016 0.014 0.011 0.002 0.026 0.013 0.142 0.018 0.020 0.042 55 V 0.027 0.025 0.330 0.409 0.006 0.032 0.012 0.008 0.009 0.004 0.009 0.013 0.065 0.004 0.016 0.031 56 H 0.020 0.032 0.201 0.598 0.027 0.034 0.005 0.007 0.004 0.002 0.008 0.003 0.025 0.001 0.002 0.033 57 I 0.005 0.007 0.014 0.067 0.691 0.084 0.045 0.005 0.001 0.004 0.010 0.003 0.007 0.055 0.001 0.002 58 P 0.002 0.051 0.017 0.061 0.029 0.062 0.004 0.668 0.001 0.002 0.038 0.007 0.008 0.004 0.046 0.001 59 A 0.004 0.076 0.009 0.111 0.004 0.019 0.002 0.016 0.547 0.062 0.036 0.035 0.008 0.001 0.005 0.063 60 S 0.618 0.018 0.096 0.067 0.017 0.018 0.025 0.002 0.026 0.005 0.027 0.036 0.014 0.009 0.003 0.018 61 I 0.034 0.051 0.706 0.142 0.002 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.001 0.010 0.005 62 N 0.011 0.030 0.138 0.662 0.006 0.067 0.002 0.001 0.019 0.006 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.043 63 V 0.055 0.041 0.156 0.648 0.017 0.033 0.003 0.007 0.001 0.001 0.022 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 64 P 0.003 0.027 0.018 0.089 0.053 0.756 0.004 0.012 0.001 0.004 0.010 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.004 0.036 0.007 0.062 0.008 0.103 0.003 0.025 0.004 0.001 0.701 0.026 0.015 0.002 0.003 0.001 66 R 0.005 0.120 0.012 0.051 0.003 0.018 0.004 0.009 0.017 0.007 0.072 0.636 0.027 0.002 0.011 0.007 67 S 0.038 0.084 0.194 0.113 0.003 0.036 0.010 0.004 0.015 0.003 0.026 0.121 0.187 0.002 0.013 0.152 68 H 0.044 0.015 0.189 0.037 0.009 0.137 0.034 0.003 0.004 0.004 0.051 0.057 0.372 0.010 0.005 0.031 69 P 0.011 0.082 0.105 0.043 0.013 0.075 0.021 0.021 0.002 0.001 0.231 0.063 0.276 0.031 0.015 0.013 70 D 0.005 0.040 0.019 0.060 0.004 0.052 0.010 0.015 0.012 0.003 0.083 0.200 0.402 0.019 0.032 0.042 71 A 0.016 0.016 0.067 0.019 0.004 0.018 0.045 0.003 0.009 0.002 0.065 0.095 0.499 0.032 0.040 0.069 72 F 0.047 0.043 0.120 0.056 0.001 0.018 0.017 0.009 0.003 0.002 0.037 0.113 0.385 0.006 0.054 0.086 73 A 0.021 0.018 0.091 0.033 0.003 0.183 0.027 0.002 0.008 0.003 0.018 0.030 0.439 0.008 0.012 0.104 74 L 0.034 0.266 0.260 0.201 0.001 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.029 0.031 0.109 0.001 0.006 0.047 75 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.001 0.005 82 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.749 0.001 0.008 83 I 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.004 0.750 0.014 84 G 0.002 0.004 0.045 0.007 0.001 0.003 0.004 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.050 0.005 0.004 0.860 85 I 0.675 0.009 0.023 0.008 0.015 0.044 0.076 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.042 0.068 0.010 0.016 86 P 0.013 0.454 0.217 0.146 0.001 0.011 0.002 0.053 0.003 0.001 0.011 0.013 0.019 0.001 0.042 0.014 87 K 0.043 0.050 0.131 0.384 0.008 0.122 0.011 0.001 0.074 0.033 0.012 0.021 0.034 0.001 0.002 0.073 88 P 0.145 0.068 0.289 0.252 0.015 0.073 0.005 0.007 0.001 0.001 0.087 0.015 0.037 0.001 0.002 0.004 89 D 0.004 0.078 0.042 0.070 0.043 0.583 0.015 0.013 0.005 0.004 0.036 0.081 0.016 0.006 0.002 0.003 90 S 0.018 0.176 0.054 0.141 0.010 0.020 0.011 0.059 0.009 0.001 0.393 0.028 0.025 0.005 0.034 0.014 91 A 0.011 0.341 0.132 0.140 0.001 0.023 0.006 0.009 0.085 0.003 0.006 0.137 0.008 0.001 0.016 0.080 92 K 0.077 0.102 0.537 0.221 0.001 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.036 93 E 0.029 0.031 0.536 0.394 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 L 0.006 0.006 0.299 0.684 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.002 0.020 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.004 0.002 0.852 0.042 0.095 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.001 0.010 0.001 0.072 0.022 0.860 0.001 0.014 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.188 0.001 0.031 0.173 0.037 0.004 0.020 0.008 0.006 0.478 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 100 S 0.006 0.077 0.007 0.030 0.006 0.036 0.002 0.368 0.005 0.006 0.024 0.291 0.013 0.001 0.124 0.001 101 G 0.007 0.011 0.072 0.016 0.005 0.046 0.011 0.006 0.087 0.219 0.083 0.032 0.224 0.004 0.007 0.169 102 K 0.168 0.024 0.016 0.010 0.007 0.026 0.023 0.004 0.003 0.006 0.172 0.227 0.284 0.018 0.006 0.007 103 R 0.002 0.007 0.015 0.006 0.002 0.046 0.015 0.009 0.001 0.001 0.065 0.269 0.530 0.010 0.017 0.004 104 G 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.072 0.821 0.001 0.003 0.005 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.038 0.945 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.979 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.986 0.001 115 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 116 Y 0.876 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 0.044 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.033 0.002 0.003 117 S 0.003 0.315 0.169 0.022 0.001 0.034 0.003 0.285 0.003 0.001 0.028 0.020 0.041 0.001 0.070 0.005 118 N 0.015 0.102 0.028 0.294 0.003 0.026 0.005 0.002 0.285 0.023 0.046 0.039 0.020 0.003 0.002 0.106 119 T 0.441 0.010 0.307 0.070 0.002 0.031 0.010 0.002 0.002 0.001 0.016 0.045 0.054 0.002 0.004 0.004 120 S 0.007 0.088 0.388 0.276 0.007 0.038 0.008 0.011 0.002 0.004 0.016 0.027 0.110 0.002 0.005 0.011 121 L 0.009 0.042 0.056 0.721 0.024 0.038 0.007 0.006 0.007 0.002 0.009 0.010 0.047 0.002 0.002 0.018 122 Y 0.015 0.020 0.101 0.193 0.259 0.107 0.136 0.018 0.004 0.008 0.023 0.019 0.044 0.043 0.003 0.007 123 P 0.006 0.055 0.040 0.128 0.074 0.153 0.030 0.338 0.005 0.006 0.052 0.015 0.033 0.010 0.050 0.004 124 G 0.012 0.123 0.031 0.267 0.003 0.036 0.004 0.048 0.097 0.103 0.110 0.082 0.037 0.001 0.009 0.038 125 S 0.136 0.007 0.011 0.016 0.002 0.299 0.002 0.002 0.010 0.030 0.061 0.217 0.199 0.001 0.002 0.005 126 M 0.004 0.004 0.004 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.031 0.109 0.002 0.001 0.001 127 N 0.001 0.061 0.005 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.741 0.149 0.003 0.005 0.002 128 D 0.001 0.002 0.016 0.014 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.903 0.003 0.009 0.019 129 W 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.924 0.002 0.002 0.014 130 V 0.001 0.004 0.010 0.012 0.002 0.006 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.923 0.008 0.008 0.004 131 S 0.001 0.002 0.003 0.004 0.021 0.003 0.069 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.081 0.792 0.002 0.014 132 H 0.006 0.008 0.022 0.006 0.010 0.002 0.056 0.070 0.001 0.001 0.004 0.004 0.053 0.121 0.624 0.013 133 G 0.005 0.009 0.072 0.019 0.002 0.005 0.007 0.017 0.045 0.033 0.002 0.002 0.028 0.004 0.107 0.644 134 G 0.632 0.016 0.036 0.021 0.004 0.014 0.012 0.002 0.036 0.026 0.010 0.004 0.034 0.004 0.005 0.145 135 D 0.291 0.134 0.182 0.101 0.009 0.086 0.007 0.023 0.007 0.005 0.044 0.038 0.053 0.004 0.008 0.009 136 K 0.018 0.130 0.210 0.279 0.025 0.129 0.012 0.014 0.015 0.006 0.065 0.043 0.029 0.006 0.004 0.016 137 L 0.024 0.070 0.136 0.391 0.016 0.086 0.017 0.021 0.007 0.004 0.066 0.091 0.050 0.003 0.009 0.009 138 D 0.014 0.066 0.086 0.167 0.064 0.183 0.067 0.017 0.017 0.012 0.066 0.092 0.111 0.014 0.006 0.018 139 L 0.038 0.083 0.068 0.213 0.022 0.056 0.023 0.070 0.012 0.004 0.192 0.067 0.108 0.008 0.022 0.014