# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.425 0.016 0.011 0.016 0.017 0.048 0.014 0.007 0.078 0.305 2 W 0.089 0.512 0.011 0.010 0.014 0.017 0.040 0.013 0.005 0.055 0.233 3 K 0.075 0.232 0.007 0.016 0.025 0.030 0.066 0.012 0.003 0.164 0.369 4 A 0.034 0.281 0.010 0.031 0.031 0.038 0.086 0.008 0.004 0.148 0.329 5 V 0.056 0.245 0.011 0.049 0.041 0.052 0.082 0.010 0.004 0.132 0.318 6 M 0.059 0.073 0.011 0.065 0.049 0.064 0.086 0.011 0.004 0.204 0.375 7 N 0.053 0.045 0.013 0.074 0.047 0.062 0.105 0.008 0.005 0.151 0.437 8 A 0.092 0.026 0.004 0.053 0.032 0.038 0.107 0.009 0.002 0.101 0.537 9 W 0.086 0.019 0.003 0.064 0.020 0.023 0.114 0.007 0.002 0.097 0.565 10 N 0.024 0.018 0.001 0.036 0.015 0.017 0.134 0.003 0.001 0.053 0.699 11 G 0.047 0.045 0.002 0.036 0.020 0.033 0.107 0.007 0.001 0.082 0.619 12 T 0.156 0.041 0.002 0.034 0.024 0.029 0.108 0.009 0.001 0.134 0.460 13 E 0.069 0.044 0.002 0.047 0.026 0.030 0.111 0.004 0.001 0.091 0.574 14 S 0.057 0.039 0.002 0.032 0.023 0.035 0.108 0.005 0.001 0.083 0.614 15 Q 0.087 0.062 0.002 0.024 0.029 0.034 0.082 0.008 0.001 0.056 0.615 16 S 0.150 0.041 0.003 0.030 0.036 0.047 0.115 0.006 0.002 0.141 0.430 17 K 0.026 0.016 0.004 0.024 0.033 0.036 0.133 0.003 0.001 0.070 0.654 18 N 0.150 0.055 0.004 0.023 0.028 0.044 0.146 0.009 0.002 0.062 0.477 19 V 0.247 0.035 0.002 0.019 0.022 0.036 0.096 0.006 0.001 0.048 0.487 20 S 0.042 0.014 0.001 0.028 0.032 0.038 0.103 0.002 0.001 0.053 0.688 21 N 0.043 0.015 0.001 0.030 0.030 0.086 0.142 0.003 0.001 0.073 0.576 22 I 0.036 0.005 0.001 0.031 0.061 0.054 0.114 0.003 0.001 0.097 0.599 23 Q 0.026 0.004 0.001 0.117 0.072 0.088 0.112 0.001 0.001 0.050 0.529 24 S 0.002 0.005 0.001 0.110 0.038 0.051 0.115 0.001 0.001 0.021 0.657 25 Y 0.004 0.041 0.001 0.060 0.054 0.046 0.167 0.003 0.001 0.034 0.589 26 S 0.061 0.882 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.005 0.032 27 F 0.077 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.015 28 E 0.011 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.024 0.038 29 D 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 30 M 0.039 0.855 0.009 0.001 0.002 0.001 0.004 0.010 0.004 0.036 0.037 31 K 0.036 0.804 0.015 0.001 0.003 0.003 0.013 0.008 0.009 0.040 0.067 32 R 0.093 0.537 0.012 0.002 0.006 0.007 0.020 0.009 0.009 0.064 0.240 33 I 0.179 0.156 0.048 0.006 0.009 0.007 0.053 0.023 0.025 0.164 0.331 34 V 0.280 0.027 0.017 0.004 0.003 0.008 0.046 0.018 0.016 0.048 0.532 35 G 0.163 0.004 0.004 0.005 0.004 0.006 0.067 0.005 0.005 0.032 0.707 36 K 0.007 0.001 0.003 0.006 0.005 0.006 0.102 0.001 0.002 0.009 0.858 37 H 0.025 0.004 0.004 0.007 0.004 0.005 0.213 0.003 0.001 0.019 0.715 38 D 0.375 0.003 0.002 0.017 0.006 0.023 0.147 0.006 0.001 0.082 0.338 39 P 0.004 0.002 0.001 0.058 0.010 0.006 0.217 0.001 0.001 0.015 0.688 40 N 0.001 0.002 0.001 0.437 0.032 0.257 0.065 0.001 0.001 0.027 0.178 41 V 0.001 0.001 0.001 0.320 0.088 0.148 0.119 0.001 0.001 0.049 0.274 42 V 0.001 0.001 0.001 0.686 0.106 0.168 0.011 0.001 0.001 0.011 0.016 43 L 0.002 0.001 0.001 0.434 0.112 0.235 0.026 0.001 0.001 0.043 0.147 44 V 0.002 0.001 0.001 0.594 0.241 0.067 0.011 0.001 0.001 0.010 0.073 45 D 0.009 0.001 0.001 0.306 0.079 0.255 0.049 0.001 0.001 0.043 0.257 46 V 0.006 0.002 0.001 0.206 0.081 0.094 0.097 0.001 0.001 0.067 0.446 47 R 0.008 0.005 0.001 0.097 0.057 0.063 0.115 0.001 0.001 0.024 0.629 48 E 0.235 0.102 0.003 0.032 0.034 0.041 0.071 0.011 0.001 0.045 0.425 49 P 0.328 0.031 0.001 0.018 0.011 0.016 0.085 0.009 0.001 0.075 0.426 50 S 0.050 0.107 0.002 0.030 0.013 0.019 0.161 0.002 0.001 0.074 0.541 51 E 0.054 0.053 0.005 0.044 0.026 0.059 0.131 0.005 0.001 0.081 0.541 52 Y 0.079 0.029 0.012 0.036 0.074 0.087 0.098 0.012 0.002 0.085 0.487 53 S 0.124 0.010 0.002 0.040 0.084 0.135 0.079 0.010 0.001 0.053 0.463 54 I 0.025 0.003 0.001 0.074 0.095 0.085 0.111 0.002 0.001 0.056 0.547 55 V 0.004 0.003 0.002 0.132 0.099 0.100 0.141 0.001 0.001 0.022 0.496 56 H 0.021 0.012 0.002 0.051 0.046 0.065 0.143 0.005 0.001 0.029 0.625 57 I 0.236 0.021 0.003 0.044 0.045 0.051 0.116 0.013 0.001 0.078 0.391 58 P 0.062 0.018 0.004 0.056 0.031 0.026 0.171 0.004 0.001 0.049 0.579 59 A 0.112 0.019 0.002 0.118 0.028 0.091 0.096 0.006 0.001 0.063 0.464 60 S 0.040 0.003 0.001 0.151 0.051 0.088 0.113 0.004 0.001 0.075 0.474 61 I 0.005 0.002 0.001 0.305 0.073 0.096 0.125 0.001 0.001 0.014 0.377 62 N 0.011 0.004 0.001 0.153 0.067 0.106 0.101 0.003 0.001 0.028 0.527 63 V 0.088 0.012 0.005 0.092 0.141 0.060 0.177 0.015 0.001 0.036 0.373 64 P 0.446 0.019 0.001 0.025 0.016 0.026 0.056 0.018 0.001 0.017 0.376 65 Y 0.578 0.007 0.001 0.028 0.009 0.011 0.040 0.008 0.001 0.021 0.298 66 R 0.011 0.005 0.001 0.041 0.014 0.019 0.171 0.001 0.001 0.009 0.728 67 S 0.024 0.040 0.002 0.019 0.013 0.023 0.102 0.007 0.001 0.017 0.753 68 H 0.658 0.044 0.002 0.008 0.016 0.012 0.050 0.033 0.001 0.036 0.140 69 P 0.235 0.058 0.002 0.010 0.014 0.010 0.078 0.007 0.001 0.032 0.554 70 D 0.191 0.047 0.001 0.010 0.008 0.014 0.072 0.008 0.001 0.034 0.614 71 A 0.207 0.025 0.002 0.012 0.016 0.027 0.062 0.017 0.001 0.041 0.591 72 F 0.073 0.008 0.001 0.016 0.021 0.021 0.076 0.004 0.001 0.033 0.747 73 A 0.009 0.014 0.001 0.019 0.022 0.023 0.129 0.002 0.001 0.017 0.764 74 L 0.009 0.078 0.001 0.006 0.012 0.007 0.139 0.004 0.001 0.020 0.723 75 D 0.112 0.804 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.009 0.001 0.010 0.051 76 P 0.104 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.027 77 L 0.018 0.861 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.031 0.068 78 E 0.034 0.856 0.008 0.002 0.001 0.002 0.011 0.006 0.003 0.029 0.048 79 F 0.147 0.681 0.020 0.002 0.003 0.002 0.011 0.019 0.008 0.041 0.066 80 E 0.286 0.354 0.034 0.005 0.007 0.007 0.035 0.029 0.018 0.055 0.169 81 K 0.281 0.119 0.006 0.005 0.007 0.011 0.046 0.015 0.004 0.046 0.460 82 Q 0.145 0.016 0.004 0.012 0.006 0.008 0.108 0.009 0.003 0.136 0.552 83 I 0.029 0.006 0.007 0.024 0.011 0.013 0.133 0.003 0.003 0.054 0.719 84 G 0.091 0.002 0.001 0.023 0.010 0.021 0.108 0.006 0.001 0.034 0.701 85 I 0.060 0.001 0.001 0.022 0.013 0.015 0.061 0.003 0.001 0.018 0.807 86 P 0.008 0.001 0.001 0.038 0.010 0.010 0.109 0.001 0.001 0.010 0.814 87 K 0.017 0.001 0.001 0.045 0.010 0.029 0.152 0.001 0.001 0.017 0.728 88 P 0.039 0.001 0.001 0.009 0.008 0.009 0.099 0.001 0.001 0.011 0.823 89 D 0.468 0.001 0.001 0.015 0.006 0.015 0.093 0.001 0.001 0.043 0.357 90 S 0.010 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.076 0.001 0.001 0.008 0.892 91 A 0.005 0.001 0.001 0.020 0.007 0.025 0.218 0.001 0.001 0.045 0.679 92 K 0.001 0.001 0.001 0.083 0.031 0.063 0.171 0.001 0.001 0.080 0.571 93 E 0.001 0.001 0.001 0.287 0.123 0.210 0.072 0.001 0.001 0.155 0.152 94 L 0.001 0.001 0.001 0.385 0.114 0.301 0.021 0.001 0.001 0.132 0.046 95 I 0.001 0.001 0.001 0.786 0.095 0.055 0.005 0.001 0.001 0.037 0.022 96 F 0.001 0.001 0.001 0.649 0.092 0.154 0.009 0.001 0.001 0.072 0.023 97 Y 0.003 0.003 0.001 0.402 0.142 0.177 0.048 0.001 0.001 0.103 0.120 98 C 0.074 0.023 0.002 0.179 0.099 0.160 0.083 0.003 0.001 0.123 0.252 99 A 0.161 0.045 0.002 0.060 0.058 0.062 0.126 0.005 0.001 0.076 0.404 100 S 0.025 0.078 0.001 0.032 0.027 0.037 0.130 0.002 0.001 0.038 0.630 101 G 0.036 0.233 0.003 0.023 0.030 0.060 0.094 0.006 0.001 0.069 0.446 102 K 0.040 0.486 0.004 0.011 0.034 0.029 0.053 0.009 0.001 0.059 0.275 103 R 0.019 0.828 0.002 0.004 0.013 0.008 0.012 0.003 0.001 0.025 0.086 104 G 0.014 0.887 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.002 0.001 0.034 0.039 105 G 0.007 0.880 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.058 0.034 106 E 0.005 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 107 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 108 Q 0.012 0.578 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.362 0.031 109 K 0.008 0.413 0.007 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.004 0.528 0.025 110 V 0.028 0.457 0.052 0.010 0.004 0.002 0.020 0.003 0.016 0.349 0.059 111 A 0.133 0.135 0.241 0.017 0.007 0.011 0.030 0.021 0.071 0.193 0.143 112 S 0.491 0.041 0.012 0.006 0.003 0.009 0.054 0.012 0.011 0.033 0.328 113 S 0.089 0.007 0.003 0.016 0.005 0.007 0.106 0.003 0.002 0.058 0.704 114 H 0.005 0.003 0.003 0.031 0.006 0.005 0.270 0.001 0.001 0.026 0.648 115 G 0.068 0.006 0.002 0.027 0.005 0.019 0.215 0.009 0.001 0.063 0.585 116 Y 0.112 0.003 0.001 0.025 0.009 0.009 0.100 0.003 0.001 0.052 0.686 117 S 0.015 0.005 0.001 0.101 0.015 0.013 0.110 0.001 0.001 0.029 0.710 118 N 0.017 0.003 0.001 0.171 0.022 0.095 0.069 0.002 0.001 0.065 0.557 119 T 0.009 0.001 0.001 0.124 0.029 0.029 0.166 0.001 0.001 0.099 0.541 120 S 0.004 0.003 0.001 0.326 0.048 0.064 0.128 0.001 0.001 0.048 0.376 121 L 0.011 0.010 0.001 0.071 0.017 0.019 0.072 0.001 0.001 0.051 0.749 122 Y 0.204 0.092 0.001 0.075 0.023 0.020 0.066 0.009 0.001 0.107 0.404 123 P 0.041 0.063 0.001 0.026 0.006 0.009 0.157 0.002 0.001 0.149 0.547 124 G 0.025 0.297 0.001 0.030 0.007 0.010 0.071 0.003 0.001 0.205 0.351 125 S 0.051 0.702 0.002 0.010 0.007 0.010 0.018 0.009 0.001 0.054 0.135 126 M 0.032 0.825 0.001 0.005 0.006 0.006 0.009 0.004 0.001 0.044 0.067 127 N 0.036 0.446 0.002 0.011 0.018 0.025 0.028 0.006 0.001 0.330 0.096 128 D 0.036 0.502 0.014 0.013 0.029 0.025 0.042 0.004 0.004 0.250 0.081 129 W 0.181 0.177 0.061 0.022 0.041 0.054 0.053 0.014 0.018 0.196 0.183 130 V 0.411 0.033 0.024 0.011 0.029 0.051 0.055 0.013 0.010 0.062 0.302 131 S 0.169 0.005 0.002 0.007 0.014 0.023 0.063 0.004 0.001 0.024 0.687 132 H 0.031 0.003 0.001 0.008 0.009 0.010 0.134 0.001 0.001 0.019 0.784 133 G 0.015 0.004 0.001 0.009 0.010 0.015 0.156 0.001 0.001 0.018 0.771 134 G 0.040 0.006 0.001 0.012 0.017 0.023 0.119 0.002 0.001 0.032 0.747 135 D 0.073 0.009 0.001 0.019 0.030 0.043 0.089 0.002 0.001 0.035 0.698 136 K 0.068 0.008 0.001 0.021 0.020 0.035 0.073 0.001 0.001 0.031 0.743 137 L 0.051 0.008 0.001 0.028 0.024 0.044 0.077 0.001 0.001 0.034 0.732 138 D 0.022 0.009 0.001 0.019 0.028 0.048 0.103 0.001 0.001 0.031 0.740 139 L 0.018 0.014 0.001 0.018 0.037 0.057 0.111 0.001 0.001 0.035 0.708