# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.288 0.020 0.025 0.038 0.064 0.076 0.395 2 W 0.157 0.330 0.024 0.019 0.035 0.054 0.121 0.261 3 K 0.046 0.191 0.035 0.038 0.050 0.081 0.154 0.404 4 A 0.036 0.213 0.066 0.047 0.093 0.079 0.122 0.345 5 V 0.061 0.208 0.091 0.057 0.103 0.067 0.101 0.311 6 M 0.044 0.059 0.177 0.066 0.099 0.090 0.189 0.275 7 N 0.036 0.058 0.147 0.064 0.094 0.100 0.180 0.321 8 A 0.075 0.042 0.118 0.038 0.073 0.102 0.118 0.435 9 W 0.079 0.046 0.076 0.038 0.053 0.119 0.083 0.506 10 N 0.031 0.023 0.066 0.021 0.044 0.153 0.096 0.567 11 G 0.049 0.072 0.051 0.029 0.043 0.147 0.125 0.483 12 T 0.142 0.060 0.029 0.023 0.028 0.110 0.210 0.399 13 E 0.097 0.075 0.020 0.026 0.030 0.110 0.088 0.554 14 S 0.050 0.049 0.018 0.011 0.029 0.135 0.089 0.618 15 Q 0.047 0.103 0.022 0.031 0.038 0.133 0.073 0.552 16 S 0.227 0.069 0.012 0.015 0.028 0.083 0.214 0.351 17 K 0.022 0.021 0.021 0.036 0.034 0.141 0.165 0.561 18 N 0.081 0.035 0.026 0.020 0.042 0.117 0.097 0.582 19 V 0.205 0.020 0.012 0.023 0.024 0.092 0.059 0.566 20 S 0.038 0.009 0.027 0.021 0.030 0.128 0.050 0.697 21 N 0.050 0.009 0.069 0.022 0.030 0.163 0.054 0.603 22 I 0.051 0.007 0.086 0.013 0.020 0.101 0.169 0.553 23 Q 0.009 0.012 0.186 0.051 0.045 0.108 0.041 0.548 24 S 0.003 0.005 0.053 0.020 0.035 0.111 0.014 0.759 25 Y 0.001 0.017 0.291 0.033 0.036 0.075 0.030 0.515 26 S 0.051 0.865 0.010 0.003 0.004 0.006 0.045 0.017 27 F 0.058 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 28 E 0.009 0.866 0.006 0.002 0.001 0.006 0.066 0.044 29 D 0.022 0.845 0.011 0.001 0.004 0.008 0.074 0.035 30 M 0.056 0.719 0.015 0.004 0.004 0.017 0.146 0.038 31 K 0.053 0.442 0.016 0.012 0.005 0.046 0.251 0.176 32 R 0.075 0.280 0.007 0.005 0.006 0.043 0.042 0.543 33 I 0.223 0.205 0.034 0.010 0.007 0.064 0.071 0.386 34 V 0.272 0.020 0.021 0.004 0.002 0.044 0.042 0.595 35 G 0.254 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.009 0.694 36 K 0.004 0.001 0.016 0.002 0.003 0.095 0.009 0.871 37 H 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 0.112 0.004 0.859 38 D 0.552 0.006 0.004 0.002 0.002 0.052 0.036 0.346 39 P 0.004 0.001 0.109 0.002 0.005 0.153 0.021 0.706 40 N 0.001 0.001 0.418 0.018 0.048 0.110 0.058 0.346 41 V 0.001 0.001 0.388 0.054 0.072 0.086 0.024 0.376 42 V 0.001 0.001 0.869 0.061 0.044 0.005 0.010 0.010 43 L 0.002 0.001 0.510 0.143 0.121 0.028 0.055 0.141 44 V 0.001 0.001 0.813 0.037 0.047 0.013 0.019 0.069 45 D 0.029 0.002 0.396 0.103 0.163 0.063 0.043 0.200 46 V 0.008 0.001 0.160 0.077 0.119 0.143 0.043 0.449 47 R 0.008 0.005 0.076 0.026 0.052 0.133 0.026 0.674 48 E 0.338 0.102 0.019 0.012 0.020 0.077 0.113 0.317 49 P 0.231 0.067 0.008 0.010 0.008 0.089 0.142 0.445 50 S 0.055 0.108 0.020 0.012 0.022 0.098 0.117 0.567 51 E 0.119 0.064 0.041 0.023 0.052 0.108 0.100 0.493 52 Y 0.129 0.035 0.039 0.053 0.064 0.118 0.122 0.440 53 S 0.050 0.026 0.031 0.045 0.086 0.110 0.066 0.586 54 I 0.011 0.004 0.044 0.026 0.101 0.128 0.050 0.634 55 V 0.003 0.007 0.173 0.139 0.217 0.110 0.059 0.291 56 H 0.021 0.007 0.063 0.053 0.060 0.117 0.025 0.653 57 I 0.201 0.037 0.075 0.069 0.054 0.103 0.120 0.340 58 P 0.047 0.021 0.096 0.025 0.041 0.110 0.083 0.578 59 A 0.035 0.023 0.266 0.035 0.079 0.092 0.100 0.372 60 S 0.020 0.007 0.138 0.038 0.086 0.110 0.073 0.529 61 I 0.006 0.012 0.310 0.122 0.142 0.076 0.036 0.297 62 N 0.051 0.011 0.071 0.049 0.083 0.097 0.040 0.600 63 V 0.038 0.009 0.119 0.082 0.054 0.115 0.085 0.498 64 P 0.231 0.037 0.063 0.027 0.046 0.085 0.053 0.457 65 Y 0.537 0.007 0.009 0.005 0.010 0.055 0.036 0.341 66 R 0.009 0.012 0.036 0.023 0.030 0.179 0.039 0.673 67 S 0.023 0.023 0.012 0.007 0.026 0.104 0.017 0.788 68 H 0.424 0.101 0.006 0.024 0.011 0.058 0.154 0.224 69 P 0.136 0.068 0.010 0.020 0.011 0.106 0.041 0.608 70 D 0.293 0.081 0.026 0.006 0.020 0.066 0.026 0.482 71 A 0.231 0.072 0.035 0.011 0.019 0.070 0.115 0.448 72 F 0.057 0.012 0.043 0.020 0.028 0.105 0.069 0.666 73 A 0.003 0.015 0.038 0.013 0.030 0.133 0.032 0.735 74 L 0.005 0.046 0.068 0.005 0.009 0.076 0.027 0.764 75 D 0.107 0.801 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.029 76 P 0.040 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.019 77 L 0.007 0.914 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.044 78 E 0.015 0.823 0.010 0.001 0.001 0.008 0.105 0.037 79 F 0.061 0.682 0.024 0.006 0.004 0.019 0.169 0.035 80 E 0.180 0.157 0.028 0.010 0.008 0.038 0.443 0.135 81 K 0.162 0.088 0.015 0.006 0.007 0.052 0.046 0.624 82 Q 0.156 0.027 0.040 0.006 0.010 0.097 0.048 0.616 83 I 0.021 0.009 0.106 0.012 0.012 0.142 0.034 0.664 84 G 0.052 0.006 0.012 0.003 0.004 0.088 0.007 0.828 85 I 0.078 0.013 0.017 0.008 0.006 0.094 0.026 0.759 86 P 0.018 0.002 0.027 0.003 0.005 0.082 0.012 0.852 87 K 0.019 0.008 0.052 0.005 0.008 0.102 0.053 0.752 88 P 0.030 0.002 0.036 0.003 0.002 0.081 0.014 0.834 89 D 0.505 0.009 0.022 0.004 0.003 0.041 0.058 0.357 90 S 0.056 0.002 0.023 0.001 0.002 0.088 0.018 0.811 91 A 0.012 0.002 0.026 0.002 0.004 0.098 0.017 0.840 92 K 0.001 0.003 0.225 0.025 0.055 0.177 0.086 0.429 93 E 0.001 0.002 0.561 0.059 0.118 0.060 0.043 0.156 94 L 0.001 0.001 0.548 0.160 0.153 0.024 0.039 0.074 95 I 0.001 0.001 0.870 0.057 0.044 0.004 0.009 0.015 96 F 0.001 0.001 0.797 0.077 0.071 0.007 0.022 0.025 97 Y 0.003 0.001 0.778 0.042 0.066 0.018 0.029 0.063 98 C 0.139 0.009 0.357 0.053 0.064 0.086 0.071 0.221 99 A 0.138 0.023 0.055 0.018 0.026 0.143 0.070 0.527 100 S 0.029 0.060 0.024 0.011 0.019 0.126 0.045 0.686 101 G 0.047 0.111 0.019 0.021 0.026 0.121 0.124 0.531 102 K 0.035 0.218 0.046 0.047 0.033 0.096 0.200 0.326 103 R 0.045 0.708 0.006 0.006 0.012 0.016 0.074 0.134 104 G 0.022 0.854 0.001 0.003 0.003 0.006 0.081 0.030 105 G 0.003 0.924 0.001 0.004 0.002 0.003 0.049 0.014 106 E 0.006 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.010 107 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 108 Q 0.016 0.652 0.004 0.002 0.004 0.013 0.288 0.021 109 K 0.011 0.189 0.006 0.003 0.003 0.026 0.709 0.053 110 V 0.005 0.197 0.061 0.005 0.006 0.065 0.551 0.108 111 A 0.019 0.177 0.172 0.014 0.002 0.071 0.464 0.082 112 S 0.362 0.106 0.007 0.002 0.001 0.051 0.057 0.415 113 S 0.055 0.013 0.014 0.001 0.001 0.128 0.030 0.759 114 H 0.008 0.013 0.063 0.001 0.003 0.161 0.041 0.708 115 G 0.019 0.008 0.018 0.002 0.002 0.148 0.033 0.773 116 Y 0.085 0.021 0.023 0.008 0.004 0.133 0.066 0.661 117 S 0.010 0.008 0.095 0.004 0.012 0.135 0.052 0.683 118 N 0.009 0.011 0.316 0.014 0.025 0.099 0.076 0.451 119 T 0.008 0.004 0.325 0.023 0.033 0.098 0.035 0.474 120 S 0.005 0.004 0.613 0.036 0.046 0.064 0.032 0.200 121 L 0.022 0.010 0.224 0.015 0.028 0.092 0.066 0.543 122 Y 0.162 0.097 0.142 0.014 0.022 0.090 0.128 0.346 123 P 0.057 0.058 0.059 0.008 0.010 0.118 0.141 0.548 124 G 0.013 0.165 0.050 0.011 0.020 0.102 0.115 0.524 125 S 0.040 0.778 0.013 0.005 0.011 0.023 0.056 0.074 126 M 0.033 0.857 0.004 0.005 0.007 0.015 0.026 0.052 127 N 0.034 0.300 0.009 0.012 0.015 0.040 0.463 0.127 128 D 0.019 0.281 0.031 0.026 0.047 0.055 0.394 0.147 129 W 0.053 0.062 0.128 0.048 0.031 0.055 0.518 0.106 130 V 0.335 0.017 0.021 0.027 0.013 0.060 0.153 0.375 131 S 0.121 0.003 0.006 0.003 0.004 0.074 0.016 0.772 132 H 0.025 0.002 0.032 0.004 0.011 0.125 0.012 0.789 133 G 0.012 0.002 0.007 0.004 0.007 0.102 0.006 0.860 134 G 0.009 0.001 0.006 0.014 0.010 0.105 0.008 0.847 135 D 0.054 0.004 0.053 0.042 0.069 0.105 0.043 0.630 136 K 0.116 0.004 0.029 0.022 0.026 0.076 0.033 0.695 137 L 0.085 0.003 0.032 0.016 0.026 0.089 0.023 0.726 138 D 0.054 0.008 0.031 0.041 0.063 0.095 0.034 0.673 139 L 0.049 0.008 0.022 0.043 0.076 0.097 0.039 0.665