# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.042 0.007 0.036 0.051 0.064 0.138 0.002 0.001 0.004 0.579 2 W 0.024 0.045 0.003 0.041 0.058 0.101 0.096 0.001 0.001 0.002 0.629 3 K 0.041 0.068 0.004 0.059 0.077 0.148 0.110 0.002 0.001 0.004 0.485 4 A 0.071 0.104 0.003 0.059 0.054 0.078 0.125 0.002 0.001 0.004 0.499 5 V 0.128 0.159 0.009 0.057 0.061 0.104 0.088 0.004 0.001 0.004 0.386 6 M 0.084 0.198 0.014 0.130 0.085 0.135 0.079 0.007 0.001 0.004 0.265 7 N 0.059 0.197 0.011 0.082 0.108 0.133 0.067 0.010 0.001 0.005 0.329 8 A 0.080 0.145 0.012 0.077 0.092 0.160 0.049 0.010 0.001 0.004 0.371 9 W 0.088 0.131 0.012 0.078 0.068 0.120 0.109 0.009 0.001 0.006 0.380 10 N 0.101 0.061 0.010 0.044 0.035 0.068 0.116 0.006 0.001 0.009 0.550 11 G 0.202 0.048 0.014 0.043 0.025 0.049 0.141 0.007 0.001 0.016 0.454 12 T 0.270 0.045 0.033 0.042 0.022 0.031 0.141 0.005 0.001 0.011 0.400 13 E 0.031 0.023 0.003 0.026 0.013 0.018 0.152 0.001 0.001 0.003 0.730 14 S 0.058 0.027 0.007 0.023 0.025 0.047 0.228 0.002 0.001 0.011 0.572 15 Q 0.266 0.069 0.006 0.035 0.022 0.041 0.126 0.004 0.001 0.015 0.416 16 S 0.112 0.098 0.013 0.033 0.032 0.044 0.220 0.006 0.001 0.011 0.432 17 K 0.096 0.050 0.007 0.024 0.017 0.027 0.079 0.003 0.001 0.006 0.691 18 N 0.038 0.038 0.006 0.028 0.027 0.044 0.323 0.003 0.001 0.010 0.483 19 V 0.247 0.048 0.011 0.027 0.026 0.034 0.131 0.004 0.001 0.014 0.458 20 S 0.050 0.052 0.008 0.041 0.036 0.050 0.228 0.003 0.001 0.011 0.521 21 N 0.139 0.024 0.010 0.048 0.041 0.039 0.160 0.003 0.001 0.013 0.524 22 I 0.186 0.048 0.029 0.131 0.047 0.087 0.075 0.003 0.001 0.013 0.381 23 Q 0.055 0.019 0.005 0.235 0.174 0.137 0.164 0.002 0.001 0.007 0.202 24 S 0.097 0.010 0.007 0.090 0.040 0.083 0.057 0.002 0.001 0.006 0.609 25 Y 0.118 0.024 0.013 0.422 0.071 0.139 0.078 0.002 0.001 0.005 0.127 26 S 0.014 0.007 0.001 0.048 0.015 0.019 0.453 0.001 0.001 0.002 0.440 27 F 0.009 0.007 0.001 0.023 0.004 0.014 0.048 0.001 0.001 0.001 0.894 28 E 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.553 0.001 0.001 0.003 0.434 29 D 0.074 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.861 0.001 0.001 0.002 0.056 30 M 0.029 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.035 31 K 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 32 R 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.041 33 I 0.035 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.022 34 V 0.021 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.009 35 G 0.028 0.861 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.025 36 K 0.125 0.615 0.070 0.001 0.001 0.001 0.002 0.129 0.001 0.001 0.055 37 H 0.282 0.232 0.041 0.002 0.002 0.004 0.009 0.102 0.001 0.001 0.324 38 D 0.133 0.022 0.042 0.010 0.010 0.006 0.071 0.020 0.001 0.001 0.685 39 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 40 N 0.009 0.001 0.004 0.105 0.020 0.029 0.381 0.001 0.001 0.005 0.445 41 V 0.518 0.001 0.010 0.097 0.018 0.019 0.062 0.001 0.001 0.012 0.263 42 V 0.002 0.001 0.001 0.850 0.054 0.044 0.027 0.001 0.001 0.001 0.022 43 L 0.001 0.001 0.001 0.676 0.052 0.113 0.020 0.001 0.001 0.001 0.138 44 V 0.001 0.001 0.001 0.961 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 D 0.001 0.001 0.001 0.824 0.028 0.053 0.011 0.001 0.001 0.001 0.083 46 V 0.001 0.001 0.001 0.834 0.020 0.046 0.020 0.001 0.001 0.001 0.078 47 R 0.005 0.001 0.002 0.507 0.020 0.066 0.195 0.001 0.001 0.006 0.198 48 E 0.012 0.001 0.001 0.059 0.018 0.013 0.204 0.001 0.001 0.005 0.687 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 50 S 0.006 0.001 0.001 0.018 0.006 0.026 0.201 0.001 0.001 0.002 0.740 51 E 0.377 0.007 0.001 0.006 0.003 0.006 0.112 0.001 0.001 0.012 0.475 52 Y 0.392 0.120 0.004 0.019 0.013 0.023 0.062 0.002 0.001 0.004 0.360 53 S 0.172 0.186 0.019 0.041 0.066 0.093 0.060 0.007 0.001 0.004 0.353 54 I 0.088 0.172 0.005 0.048 0.026 0.044 0.035 0.008 0.001 0.003 0.571 55 V 0.191 0.146 0.011 0.083 0.069 0.115 0.049 0.015 0.001 0.006 0.315 56 H 0.198 0.044 0.023 0.062 0.042 0.076 0.071 0.014 0.001 0.006 0.465 57 I 0.063 0.028 0.050 0.079 0.073 0.073 0.081 0.004 0.001 0.004 0.544 58 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 59 A 0.016 0.002 0.001 0.093 0.063 0.150 0.078 0.001 0.001 0.001 0.595 60 S 0.324 0.016 0.003 0.083 0.047 0.078 0.056 0.001 0.001 0.009 0.383 61 I 0.134 0.039 0.005 0.226 0.086 0.135 0.069 0.002 0.001 0.004 0.299 62 N 0.115 0.024 0.025 0.196 0.084 0.174 0.051 0.005 0.001 0.009 0.318 63 V 0.054 0.014 0.006 0.150 0.116 0.130 0.071 0.002 0.001 0.004 0.452 64 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 65 Y 0.008 0.001 0.001 0.030 0.018 0.099 0.041 0.001 0.001 0.001 0.800 66 R 0.130 0.009 0.001 0.035 0.010 0.032 0.187 0.001 0.001 0.014 0.582 67 S 0.446 0.015 0.003 0.013 0.004 0.010 0.085 0.001 0.001 0.006 0.416 68 H 0.490 0.040 0.016 0.012 0.013 0.023 0.050 0.002 0.001 0.004 0.348 69 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.989 70 D 0.040 0.007 0.001 0.024 0.006 0.016 0.128 0.001 0.001 0.001 0.778 71 A 0.367 0.035 0.002 0.010 0.005 0.006 0.061 0.001 0.001 0.005 0.508 72 F 0.227 0.103 0.005 0.020 0.010 0.013 0.129 0.004 0.001 0.003 0.487 73 A 0.330 0.075 0.036 0.029 0.013 0.031 0.044 0.010 0.001 0.006 0.425 74 L 0.216 0.128 0.014 0.049 0.013 0.036 0.080 0.010 0.001 0.004 0.449 75 D 0.043 0.056 0.003 0.013 0.009 0.009 0.198 0.004 0.001 0.002 0.663 76 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 77 L 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.003 0.471 0.001 0.001 0.002 0.509 78 E 0.265 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.001 0.001 0.005 0.253 79 F 0.066 0.832 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.082 80 E 0.007 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.032 81 K 0.015 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.071 82 Q 0.120 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.036 83 I 0.122 0.796 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.001 0.001 0.029 84 G 0.130 0.518 0.087 0.004 0.002 0.005 0.009 0.132 0.001 0.001 0.113 85 I 0.182 0.281 0.169 0.009 0.013 0.014 0.017 0.056 0.001 0.002 0.256 86 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 87 K 0.034 0.006 0.014 0.010 0.028 0.048 0.154 0.003 0.001 0.005 0.699 88 P 0.113 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.868 89 D 0.016 0.001 0.001 0.034 0.009 0.010 0.155 0.001 0.001 0.001 0.773 90 S 0.211 0.003 0.003 0.011 0.020 0.015 0.062 0.001 0.001 0.009 0.664 91 A 0.013 0.001 0.001 0.032 0.006 0.009 0.435 0.001 0.001 0.041 0.461 92 K 0.561 0.001 0.007 0.013 0.035 0.045 0.139 0.001 0.001 0.152 0.048 93 E 0.045 0.001 0.001 0.096 0.023 0.025 0.537 0.001 0.001 0.007 0.264 94 L 0.009 0.001 0.001 0.226 0.207 0.280 0.068 0.001 0.001 0.001 0.208 95 I 0.001 0.001 0.001 0.581 0.109 0.205 0.026 0.001 0.001 0.001 0.078 96 F 0.001 0.001 0.001 0.482 0.197 0.239 0.013 0.001 0.001 0.001 0.067 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.528 0.141 0.144 0.026 0.001 0.001 0.001 0.159 98 C 0.001 0.001 0.001 0.338 0.156 0.225 0.058 0.001 0.001 0.002 0.219 99 A 0.001 0.001 0.001 0.142 0.059 0.099 0.151 0.001 0.001 0.002 0.544 100 S 0.004 0.001 0.001 0.068 0.033 0.061 0.256 0.001 0.001 0.009 0.568 101 G 0.070 0.003 0.002 0.021 0.012 0.020 0.247 0.001 0.001 0.040 0.585 102 K 0.086 0.015 0.004 0.010 0.005 0.008 0.335 0.001 0.001 0.014 0.522 103 R 0.024 0.026 0.001 0.005 0.007 0.015 0.357 0.001 0.001 0.003 0.562 104 G 0.044 0.121 0.003 0.004 0.014 0.035 0.178 0.001 0.001 0.004 0.595 105 G 0.024 0.371 0.002 0.002 0.008 0.016 0.091 0.001 0.001 0.002 0.482 106 E 0.019 0.662 0.002 0.001 0.002 0.004 0.094 0.001 0.001 0.001 0.215 107 A 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.050 108 Q 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 109 K 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 110 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 113 S 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 114 H 0.164 0.618 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.001 0.001 0.017 115 G 0.522 0.081 0.061 0.002 0.003 0.003 0.008 0.198 0.001 0.001 0.121 116 Y 0.020 0.007 0.907 0.009 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.041 117 S 0.015 0.013 0.014 0.087 0.032 0.043 0.154 0.003 0.001 0.003 0.637 118 N 0.037 0.006 0.008 0.076 0.018 0.021 0.104 0.001 0.001 0.006 0.724 119 T 0.178 0.017 0.005 0.466 0.025 0.055 0.046 0.001 0.001 0.007 0.199 120 S 0.033 0.016 0.005 0.283 0.043 0.071 0.210 0.001 0.001 0.007 0.331 121 L 0.047 0.016 0.013 0.401 0.035 0.077 0.088 0.002 0.001 0.008 0.312 122 Y 0.040 0.021 0.005 0.252 0.059 0.077 0.171 0.001 0.001 0.007 0.367 123 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.983 124 G 0.027 0.006 0.001 0.051 0.015 0.040 0.197 0.001 0.001 0.004 0.659 125 S 0.444 0.034 0.006 0.012 0.007 0.008 0.156 0.001 0.001 0.014 0.317 126 M 0.061 0.221 0.005 0.033 0.012 0.025 0.150 0.001 0.001 0.002 0.491 127 N 0.024 0.178 0.003 0.022 0.027 0.072 0.218 0.001 0.001 0.004 0.451 128 D 0.060 0.275 0.002 0.022 0.010 0.020 0.139 0.002 0.001 0.003 0.467 129 W 0.063 0.746 0.003 0.010 0.007 0.013 0.032 0.005 0.001 0.001 0.120 130 V 0.035 0.877 0.007 0.008 0.007 0.013 0.008 0.010 0.001 0.001 0.035 131 S 0.038 0.858 0.005 0.006 0.006 0.011 0.005 0.023 0.001 0.001 0.048 132 H 0.139 0.653 0.013 0.007 0.009 0.015 0.009 0.048 0.001 0.001 0.105 133 G 0.295 0.229 0.039 0.010 0.016 0.026 0.028 0.062 0.001 0.004 0.291 134 G 0.156 0.044 0.082 0.013 0.014 0.014 0.074 0.015 0.001 0.004 0.584 135 D 0.022 0.004 0.008 0.012 0.008 0.009 0.036 0.001 0.001 0.001 0.899 136 K 0.035 0.007 0.009 0.028 0.023 0.031 0.069 0.001 0.001 0.003 0.793 137 L 0.040 0.013 0.004 0.041 0.025 0.039 0.141 0.001 0.001 0.007 0.689 138 D 0.067 0.012 0.002 0.036 0.035 0.064 0.145 0.001 0.001 0.009 0.629 139 L 0.103 0.023 0.004 0.041 0.031 0.077 0.104 0.001 0.001 0.008 0.607