# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.500 0.218 0.155 0.074 0.039 0.014 0.001 2 W 0.325 0.215 0.182 0.170 0.075 0.030 0.003 3 K 0.495 0.220 0.159 0.078 0.032 0.014 0.002 4 A 0.379 0.253 0.185 0.103 0.051 0.025 0.005 5 V 0.165 0.150 0.159 0.205 0.179 0.116 0.025 6 M 0.172 0.175 0.169 0.196 0.157 0.104 0.027 7 N 0.201 0.186 0.170 0.172 0.134 0.104 0.033 8 A 0.147 0.133 0.141 0.179 0.189 0.159 0.051 9 W 0.143 0.138 0.145 0.196 0.187 0.144 0.047 10 N 0.232 0.198 0.164 0.163 0.127 0.088 0.028 11 G 0.280 0.241 0.178 0.145 0.088 0.054 0.013 12 T 0.261 0.186 0.173 0.167 0.130 0.068 0.015 13 E 0.331 0.260 0.161 0.146 0.067 0.030 0.005 14 S 0.382 0.236 0.173 0.111 0.067 0.029 0.004 15 Q 0.303 0.220 0.179 0.166 0.091 0.036 0.004 16 S 0.420 0.294 0.149 0.091 0.034 0.011 0.001 17 K 0.371 0.282 0.154 0.125 0.052 0.016 0.001 18 N 0.346 0.242 0.183 0.135 0.069 0.023 0.002 19 V 0.258 0.205 0.210 0.198 0.100 0.026 0.002 20 S 0.508 0.289 0.118 0.062 0.018 0.005 0.001 21 N 0.359 0.272 0.189 0.106 0.055 0.018 0.002 22 I 0.163 0.174 0.214 0.241 0.142 0.060 0.005 23 Q 0.231 0.285 0.219 0.154 0.073 0.034 0.003 24 S 0.116 0.234 0.259 0.211 0.130 0.045 0.004 25 Y 0.033 0.069 0.146 0.258 0.280 0.198 0.016 26 S 0.056 0.190 0.247 0.241 0.177 0.078 0.011 27 F 0.015 0.040 0.122 0.311 0.346 0.152 0.014 28 E 0.218 0.404 0.273 0.078 0.019 0.007 0.001 29 D 0.028 0.157 0.344 0.313 0.133 0.024 0.002 30 M 0.004 0.007 0.013 0.067 0.407 0.473 0.029 31 K 0.034 0.177 0.389 0.310 0.075 0.014 0.001 32 R 0.192 0.517 0.233 0.045 0.011 0.003 0.001 33 I 0.021 0.094 0.250 0.405 0.190 0.040 0.001 34 V 0.023 0.056 0.119 0.320 0.380 0.100 0.003 35 G 0.348 0.448 0.165 0.033 0.006 0.001 0.001 36 K 0.597 0.304 0.074 0.021 0.004 0.001 0.001 37 H 0.531 0.350 0.092 0.022 0.004 0.001 0.001 38 D 0.382 0.330 0.195 0.075 0.017 0.002 0.001 39 P 0.315 0.404 0.184 0.081 0.015 0.002 0.001 40 N 0.089 0.296 0.351 0.173 0.074 0.016 0.001 41 V 0.001 0.009 0.061 0.186 0.502 0.235 0.007 42 V 0.001 0.002 0.009 0.041 0.209 0.582 0.158 43 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.339 0.630 44 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.336 0.635 45 D 0.001 0.004 0.021 0.125 0.269 0.325 0.256 46 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.122 0.505 0.358 47 R 0.004 0.027 0.108 0.251 0.346 0.227 0.037 48 E 0.119 0.348 0.269 0.172 0.058 0.030 0.003 49 P 0.160 0.238 0.271 0.204 0.099 0.026 0.001 50 S 0.409 0.335 0.151 0.075 0.021 0.008 0.001 51 E 0.137 0.231 0.225 0.212 0.158 0.035 0.002 52 Y 0.135 0.132 0.203 0.276 0.178 0.071 0.005 53 S 0.354 0.298 0.197 0.102 0.037 0.012 0.001 54 I 0.322 0.276 0.191 0.130 0.057 0.021 0.003 55 V 0.203 0.215 0.205 0.166 0.133 0.070 0.008 56 H 0.089 0.144 0.208 0.235 0.187 0.112 0.024 57 I 0.066 0.076 0.116 0.192 0.250 0.239 0.060 58 P 0.126 0.233 0.218 0.208 0.130 0.067 0.018 59 A 0.085 0.171 0.217 0.237 0.158 0.097 0.035 60 S 0.028 0.032 0.057 0.107 0.233 0.388 0.156 61 I 0.035 0.084 0.125 0.223 0.233 0.230 0.071 62 N 0.054 0.112 0.162 0.201 0.224 0.191 0.056 63 V 0.041 0.066 0.102 0.199 0.246 0.271 0.075 64 P 0.078 0.179 0.225 0.223 0.174 0.100 0.021 65 Y 0.058 0.089 0.147 0.275 0.265 0.148 0.019 66 R 0.359 0.323 0.193 0.085 0.027 0.011 0.002 67 S 0.281 0.341 0.202 0.111 0.047 0.016 0.002 68 H 0.096 0.100 0.136 0.269 0.279 0.110 0.008 69 P 0.315 0.293 0.218 0.126 0.036 0.011 0.001 70 D 0.456 0.298 0.148 0.069 0.022 0.006 0.001 71 A 0.266 0.270 0.201 0.158 0.079 0.024 0.002 72 F 0.184 0.190 0.212 0.212 0.139 0.060 0.003 73 A 0.298 0.266 0.223 0.130 0.064 0.018 0.001 74 L 0.217 0.296 0.213 0.191 0.063 0.018 0.001 75 D 0.372 0.315 0.168 0.083 0.046 0.015 0.001 76 P 0.344 0.301 0.207 0.111 0.031 0.006 0.001 77 L 0.479 0.377 0.089 0.044 0.009 0.002 0.001 78 E 0.091 0.248 0.338 0.216 0.093 0.013 0.001 79 F 0.014 0.023 0.062 0.221 0.500 0.174 0.006 80 E 0.101 0.343 0.339 0.176 0.037 0.005 0.001 81 K 0.322 0.497 0.125 0.043 0.011 0.002 0.001 82 Q 0.069 0.178 0.301 0.285 0.140 0.027 0.001 83 I 0.035 0.052 0.116 0.314 0.351 0.126 0.007 84 G 0.242 0.432 0.230 0.072 0.020 0.004 0.001 85 I 0.332 0.328 0.189 0.107 0.036 0.007 0.001 86 P 0.383 0.314 0.187 0.083 0.027 0.005 0.001 87 K 0.493 0.357 0.099 0.042 0.008 0.002 0.001 88 P 0.282 0.272 0.242 0.130 0.067 0.006 0.001 89 D 0.341 0.501 0.089 0.060 0.008 0.001 0.001 90 S 0.337 0.361 0.181 0.078 0.041 0.003 0.001 91 A 0.179 0.486 0.138 0.160 0.030 0.006 0.001 92 K 0.041 0.139 0.281 0.305 0.203 0.030 0.001 93 E 0.010 0.088 0.277 0.383 0.193 0.047 0.003 94 L 0.001 0.003 0.016 0.062 0.304 0.551 0.064 95 I 0.001 0.003 0.009 0.026 0.109 0.521 0.331 96 F 0.001 0.002 0.004 0.013 0.037 0.326 0.618 97 Y 0.001 0.003 0.006 0.021 0.066 0.301 0.601 98 C 0.003 0.009 0.021 0.075 0.169 0.334 0.390 99 A 0.016 0.049 0.097 0.130 0.177 0.293 0.237 100 S 0.017 0.050 0.085 0.142 0.196 0.328 0.182 101 G 0.020 0.052 0.092 0.167 0.251 0.293 0.125 102 K 0.048 0.130 0.168 0.202 0.203 0.175 0.074 103 R 0.022 0.055 0.109 0.195 0.242 0.245 0.131 104 G 0.005 0.010 0.022 0.052 0.161 0.430 0.319 105 G 0.016 0.058 0.122 0.199 0.268 0.235 0.103 106 E 0.011 0.058 0.131 0.254 0.268 0.176 0.101 107 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.060 0.440 0.480 108 Q 0.002 0.010 0.031 0.095 0.218 0.384 0.260 109 K 0.014 0.103 0.173 0.263 0.210 0.160 0.078 110 V 0.008 0.029 0.085 0.213 0.290 0.285 0.089 111 A 0.004 0.008 0.015 0.043 0.162 0.512 0.255 112 S 0.022 0.106 0.183 0.311 0.236 0.121 0.023 113 S 0.078 0.227 0.240 0.235 0.143 0.064 0.013 114 H 0.049 0.144 0.204 0.275 0.177 0.134 0.017 115 G 0.048 0.126 0.174 0.218 0.258 0.146 0.030 116 Y 0.026 0.076 0.155 0.303 0.271 0.145 0.025 117 S 0.156 0.304 0.282 0.153 0.068 0.031 0.006 118 N 0.037 0.158 0.251 0.286 0.171 0.081 0.016 119 T 0.007 0.011 0.026 0.079 0.300 0.461 0.117 120 S 0.019 0.082 0.158 0.226 0.222 0.215 0.079 121 L 0.012 0.032 0.058 0.129 0.206 0.358 0.205 122 Y 0.007 0.022 0.045 0.125 0.245 0.373 0.183 123 P 0.042 0.143 0.222 0.226 0.165 0.135 0.067 124 G 0.027 0.070 0.137 0.199 0.237 0.255 0.077 125 S 0.011 0.026 0.054 0.113 0.239 0.404 0.153 126 M 0.022 0.059 0.106 0.195 0.263 0.281 0.074 127 N 0.117 0.283 0.248 0.199 0.109 0.037 0.009 128 D 0.096 0.320 0.252 0.221 0.078 0.030 0.004 129 W 0.023 0.031 0.081 0.207 0.421 0.224 0.014 130 V 0.072 0.157 0.235 0.298 0.182 0.053 0.004 131 S 0.298 0.381 0.196 0.091 0.027 0.006 0.001 132 H 0.353 0.318 0.193 0.097 0.033 0.006 0.001 133 G 0.344 0.277 0.198 0.124 0.045 0.011 0.001 134 G 0.554 0.321 0.085 0.031 0.007 0.001 0.001 135 D 0.358 0.279 0.190 0.125 0.043 0.006 0.001 136 K 0.623 0.271 0.079 0.022 0.004 0.001 0.001 137 L 0.526 0.283 0.108 0.064 0.017 0.001 0.001 138 D 0.782 0.182 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 139 L 0.414 0.255 0.195 0.093 0.040 0.004 0.001