# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2637 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.189 0.107 0.108 0.134 0.141 0.118 0.079 0.057 0.032 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 2 W 0.177 0.115 0.120 0.146 0.143 0.104 0.078 0.052 0.033 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 3 K 0.299 0.149 0.139 0.122 0.092 0.072 0.049 0.032 0.022 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 4 A 0.258 0.146 0.122 0.123 0.111 0.088 0.059 0.035 0.026 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 5 V 0.085 0.064 0.077 0.109 0.140 0.144 0.113 0.102 0.065 0.045 0.027 0.016 0.008 0.003 6 M 0.096 0.069 0.079 0.111 0.144 0.127 0.111 0.098 0.067 0.049 0.026 0.015 0.005 0.003 7 N 0.109 0.069 0.075 0.093 0.113 0.112 0.103 0.097 0.085 0.061 0.045 0.023 0.010 0.005 8 A 0.069 0.047 0.060 0.077 0.112 0.117 0.123 0.121 0.091 0.073 0.062 0.030 0.013 0.007 9 W 0.070 0.058 0.074 0.096 0.133 0.120 0.118 0.108 0.083 0.061 0.042 0.021 0.010 0.007 10 N 0.090 0.064 0.070 0.096 0.116 0.119 0.108 0.110 0.085 0.064 0.041 0.022 0.011 0.005 11 G 0.136 0.111 0.109 0.135 0.141 0.111 0.096 0.068 0.042 0.028 0.015 0.005 0.002 0.002 12 T 0.137 0.097 0.107 0.123 0.136 0.122 0.094 0.073 0.049 0.031 0.018 0.008 0.003 0.002 13 E 0.261 0.141 0.128 0.131 0.113 0.079 0.062 0.038 0.022 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 14 S 0.260 0.161 0.131 0.138 0.111 0.079 0.054 0.030 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.158 0.119 0.112 0.141 0.156 0.120 0.082 0.054 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 16 S 0.392 0.184 0.137 0.099 0.072 0.047 0.034 0.014 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 K 0.346 0.176 0.129 0.120 0.088 0.066 0.036 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 18 N 0.216 0.146 0.129 0.148 0.143 0.091 0.061 0.029 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 19 V 0.156 0.117 0.118 0.153 0.161 0.119 0.073 0.047 0.030 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 20 S 0.443 0.186 0.118 0.079 0.056 0.049 0.033 0.013 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 21 N 0.222 0.161 0.129 0.144 0.126 0.103 0.052 0.027 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 22 I 0.093 0.080 0.089 0.133 0.165 0.148 0.110 0.081 0.048 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 23 Q 0.148 0.100 0.122 0.144 0.153 0.119 0.087 0.057 0.036 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 24 S 0.154 0.111 0.102 0.137 0.144 0.122 0.083 0.057 0.046 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 25 Y 0.179 0.104 0.092 0.118 0.149 0.115 0.085 0.078 0.035 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 26 S 0.119 0.117 0.145 0.164 0.158 0.124 0.072 0.040 0.040 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 27 F 0.035 0.049 0.073 0.152 0.203 0.178 0.134 0.090 0.056 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 28 E 0.608 0.193 0.120 0.039 0.020 0.010 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.189 0.295 0.258 0.123 0.060 0.053 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.009 0.014 0.018 0.082 0.165 0.219 0.249 0.152 0.069 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 31 K 0.080 0.217 0.281 0.190 0.119 0.069 0.025 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.621 0.244 0.086 0.023 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.032 0.070 0.094 0.287 0.241 0.167 0.070 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.043 0.061 0.078 0.202 0.275 0.172 0.093 0.055 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.567 0.236 0.132 0.037 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.642 0.169 0.104 0.044 0.021 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.366 0.168 0.260 0.102 0.055 0.024 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.330 0.216 0.255 0.095 0.051 0.031 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.161 0.214 0.221 0.160 0.102 0.072 0.042 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 40 N 0.022 0.060 0.069 0.163 0.230 0.187 0.111 0.080 0.047 0.017 0.006 0.005 0.001 0.001 41 V 0.003 0.004 0.008 0.018 0.045 0.084 0.158 0.162 0.204 0.151 0.071 0.058 0.029 0.006 42 V 0.002 0.002 0.004 0.007 0.021 0.038 0.082 0.135 0.161 0.168 0.197 0.112 0.047 0.024 43 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.022 0.047 0.103 0.152 0.185 0.237 0.146 0.085 44 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.017 0.038 0.111 0.199 0.159 0.252 0.152 0.053 45 D 0.002 0.005 0.006 0.014 0.032 0.051 0.129 0.161 0.148 0.155 0.145 0.073 0.034 0.044 46 V 0.002 0.003 0.005 0.009 0.023 0.047 0.091 0.136 0.171 0.144 0.220 0.069 0.049 0.030 47 R 0.014 0.040 0.056 0.117 0.155 0.159 0.129 0.134 0.086 0.054 0.026 0.015 0.010 0.006 48 E 0.082 0.121 0.118 0.177 0.139 0.126 0.096 0.053 0.048 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 49 P 0.152 0.142 0.216 0.141 0.126 0.098 0.057 0.029 0.027 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 50 S 0.449 0.184 0.141 0.075 0.054 0.043 0.029 0.009 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.201 0.148 0.107 0.139 0.139 0.117 0.075 0.035 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.097 0.073 0.073 0.125 0.168 0.149 0.120 0.094 0.048 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 53 S 0.306 0.148 0.141 0.103 0.086 0.078 0.050 0.031 0.028 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 54 I 0.135 0.084 0.083 0.125 0.140 0.127 0.091 0.076 0.054 0.036 0.022 0.016 0.007 0.003 55 V 0.079 0.061 0.069 0.094 0.130 0.134 0.126 0.105 0.075 0.057 0.038 0.019 0.009 0.004 56 H 0.059 0.048 0.064 0.102 0.143 0.129 0.130 0.121 0.078 0.061 0.033 0.019 0.008 0.006 57 I 0.036 0.026 0.029 0.046 0.076 0.098 0.111 0.123 0.141 0.117 0.100 0.057 0.029 0.012 58 P 0.068 0.069 0.084 0.099 0.115 0.115 0.111 0.107 0.077 0.065 0.050 0.022 0.010 0.008 59 A 0.048 0.043 0.055 0.079 0.113 0.111 0.114 0.116 0.100 0.088 0.061 0.043 0.017 0.012 60 S 0.023 0.021 0.025 0.038 0.059 0.093 0.102 0.132 0.157 0.134 0.096 0.060 0.044 0.016 61 I 0.028 0.027 0.040 0.062 0.103 0.113 0.153 0.153 0.109 0.094 0.061 0.035 0.013 0.009 62 N 0.043 0.052 0.060 0.079 0.113 0.117 0.120 0.110 0.119 0.079 0.062 0.025 0.011 0.010 63 V 0.048 0.039 0.051 0.070 0.097 0.117 0.115 0.127 0.109 0.091 0.073 0.034 0.022 0.008 64 P 0.077 0.101 0.117 0.160 0.165 0.125 0.096 0.071 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 0.002 65 Y 0.056 0.057 0.070 0.105 0.138 0.146 0.121 0.112 0.098 0.050 0.024 0.013 0.006 0.003 66 R 0.283 0.170 0.150 0.127 0.101 0.063 0.051 0.025 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 67 S 0.342 0.213 0.144 0.101 0.070 0.065 0.032 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 68 H 0.119 0.113 0.105 0.157 0.175 0.139 0.091 0.051 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 69 P 0.323 0.187 0.161 0.127 0.082 0.053 0.036 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.451 0.192 0.138 0.078 0.052 0.042 0.025 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.235 0.158 0.123 0.144 0.140 0.091 0.056 0.023 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 72 F 0.168 0.117 0.116 0.165 0.173 0.116 0.069 0.042 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 73 A 0.302 0.153 0.129 0.121 0.118 0.072 0.052 0.022 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 74 L 0.265 0.160 0.134 0.149 0.127 0.076 0.041 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.412 0.180 0.134 0.091 0.071 0.051 0.034 0.011 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.254 0.171 0.163 0.131 0.110 0.081 0.052 0.016 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.479 0.180 0.100 0.101 0.070 0.036 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.366 0.271 0.142 0.092 0.057 0.044 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.050 0.052 0.069 0.154 0.225 0.194 0.122 0.073 0.043 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 80 E 0.287 0.224 0.207 0.116 0.078 0.045 0.025 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.586 0.230 0.090 0.037 0.019 0.026 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.074 0.114 0.147 0.213 0.210 0.139 0.063 0.021 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.075 0.076 0.088 0.187 0.239 0.158 0.087 0.057 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 84 G 0.526 0.202 0.145 0.055 0.030 0.023 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.299 0.160 0.178 0.140 0.102 0.065 0.032 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.341 0.178 0.160 0.133 0.090 0.049 0.032 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.484 0.233 0.143 0.065 0.034 0.027 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.313 0.181 0.135 0.145 0.117 0.060 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.340 0.213 0.167 0.130 0.080 0.033 0.025 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.341 0.246 0.163 0.109 0.055 0.052 0.023 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.207 0.173 0.264 0.138 0.094 0.052 0.043 0.009 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 K 0.021 0.069 0.097 0.162 0.178 0.188 0.112 0.081 0.054 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 93 E 0.004 0.010 0.016 0.050 0.100 0.146 0.167 0.176 0.137 0.097 0.038 0.037 0.014 0.007 94 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.018 0.049 0.075 0.167 0.189 0.203 0.175 0.079 0.031 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.030 0.088 0.140 0.242 0.260 0.148 0.073 96 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.050 0.114 0.212 0.300 0.196 0.108 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.029 0.089 0.156 0.168 0.268 0.170 0.101 98 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.048 0.084 0.133 0.187 0.220 0.149 0.085 0.067 99 A 0.003 0.009 0.014 0.025 0.043 0.066 0.105 0.147 0.162 0.152 0.142 0.067 0.035 0.030 100 S 0.009 0.020 0.030 0.059 0.097 0.124 0.133 0.140 0.139 0.112 0.072 0.035 0.018 0.012 101 G 0.031 0.063 0.085 0.120 0.136 0.138 0.123 0.110 0.086 0.058 0.025 0.015 0.005 0.003 102 K 0.124 0.139 0.145 0.125 0.122 0.104 0.089 0.069 0.042 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 103 R 0.074 0.075 0.084 0.107 0.146 0.149 0.135 0.098 0.070 0.040 0.012 0.006 0.002 0.001 104 G 0.040 0.036 0.048 0.083 0.123 0.160 0.163 0.167 0.085 0.050 0.027 0.010 0.006 0.003 105 G 0.161 0.138 0.110 0.149 0.134 0.100 0.080 0.055 0.033 0.021 0.009 0.006 0.003 0.001 106 E 0.129 0.153 0.152 0.164 0.141 0.100 0.066 0.048 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 107 A 0.016 0.015 0.021 0.047 0.088 0.154 0.207 0.202 0.120 0.055 0.051 0.012 0.009 0.004 108 Q 0.035 0.071 0.089 0.164 0.193 0.178 0.131 0.080 0.034 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 109 K 0.289 0.227 0.177 0.128 0.078 0.056 0.021 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.043 0.056 0.078 0.170 0.207 0.183 0.121 0.084 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 111 A 0.032 0.032 0.046 0.090 0.152 0.192 0.196 0.146 0.064 0.021 0.018 0.006 0.004 0.001 112 S 0.189 0.208 0.180 0.164 0.121 0.083 0.031 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.406 0.169 0.148 0.104 0.072 0.055 0.024 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 114 H 0.125 0.094 0.130 0.171 0.189 0.144 0.081 0.036 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 115 G 0.185 0.117 0.138 0.146 0.150 0.118 0.073 0.036 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.180 0.113 0.084 0.135 0.155 0.118 0.088 0.064 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 117 S 0.260 0.164 0.136 0.130 0.093 0.077 0.056 0.035 0.023 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 118 N 0.114 0.102 0.119 0.155 0.164 0.129 0.078 0.061 0.035 0.021 0.011 0.007 0.003 0.002 119 T 0.052 0.039 0.041 0.065 0.100 0.127 0.134 0.133 0.109 0.079 0.062 0.032 0.020 0.007 120 S 0.090 0.065 0.082 0.105 0.124 0.121 0.116 0.108 0.075 0.055 0.032 0.016 0.006 0.004 121 L 0.050 0.042 0.050 0.076 0.112 0.108 0.127 0.131 0.105 0.077 0.065 0.032 0.016 0.010 122 Y 0.028 0.023 0.033 0.052 0.081 0.109 0.110 0.129 0.141 0.120 0.085 0.054 0.026 0.011 123 P 0.079 0.088 0.088 0.127 0.147 0.125 0.114 0.090 0.058 0.044 0.023 0.009 0.004 0.004 124 G 0.076 0.055 0.056 0.073 0.100 0.118 0.113 0.125 0.095 0.079 0.062 0.027 0.015 0.006 125 S 0.047 0.059 0.075 0.125 0.169 0.150 0.129 0.110 0.064 0.040 0.018 0.008 0.004 0.003 126 M 0.031 0.034 0.049 0.085 0.116 0.139 0.148 0.131 0.131 0.069 0.038 0.019 0.007 0.004 127 N 0.194 0.163 0.175 0.142 0.110 0.079 0.055 0.033 0.027 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 128 D 0.246 0.209 0.193 0.135 0.088 0.066 0.027 0.015 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 129 W 0.053 0.060 0.065 0.150 0.202 0.169 0.130 0.090 0.049 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 130 V 0.174 0.163 0.141 0.190 0.150 0.091 0.049 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.618 0.183 0.088 0.039 0.026 0.023 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.350 0.176 0.167 0.120 0.087 0.052 0.028 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 133 G 0.403 0.166 0.122 0.112 0.087 0.050 0.040 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.553 0.169 0.101 0.067 0.046 0.029 0.023 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 135 D 0.475 0.147 0.112 0.089 0.074 0.047 0.032 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.448 0.160 0.130 0.091 0.069 0.040 0.033 0.010 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.253 0.137 0.124 0.153 0.128 0.092 0.052 0.030 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 138 D 0.420 0.162 0.144 0.094 0.070 0.043 0.030 0.013 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 139 L 0.169 0.104 0.105 0.145 0.152 0.119 0.077 0.056 0.032 0.021 0.009 0.007 0.003 0.001