# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.009 0.366 0.015 0.019 0.068 0.001 0.001 0.014 0.148 0.158 0.141 0.048 2 W 0.009 0.004 0.660 0.007 0.014 0.044 0.001 0.001 0.021 0.073 0.054 0.010 0.103 3 K 0.033 0.009 0.158 0.054 0.016 0.088 0.004 0.003 0.020 0.185 0.059 0.317 0.053 4 A 0.196 0.004 0.052 0.006 0.022 0.051 0.045 0.016 0.047 0.012 0.007 0.021 0.521 5 V 0.277 0.003 0.013 0.054 0.007 0.058 0.094 0.194 0.062 0.005 0.004 0.205 0.025 6 M 0.263 0.001 0.017 0.016 0.007 0.083 0.112 0.224 0.121 0.002 0.006 0.019 0.129 7 N 0.292 0.002 0.020 0.028 0.007 0.114 0.122 0.179 0.083 0.005 0.020 0.082 0.045 8 A 0.130 0.005 0.075 0.026 0.023 0.167 0.060 0.091 0.189 0.018 0.091 0.037 0.090 9 W 0.062 0.006 0.225 0.016 0.026 0.183 0.013 0.020 0.114 0.081 0.145 0.050 0.059 10 N 0.021 0.015 0.266 0.022 0.049 0.114 0.007 0.006 0.030 0.149 0.261 0.026 0.034 11 G 0.015 0.016 0.240 0.008 0.065 0.151 0.005 0.003 0.017 0.160 0.267 0.018 0.036 12 T 0.008 0.019 0.317 0.010 0.071 0.182 0.004 0.005 0.019 0.158 0.149 0.020 0.038 13 E 0.008 0.027 0.293 0.016 0.107 0.200 0.003 0.004 0.019 0.132 0.128 0.029 0.034 14 S 0.004 0.015 0.260 0.007 0.138 0.219 0.003 0.004 0.017 0.108 0.175 0.012 0.037 15 Q 0.006 0.014 0.235 0.017 0.126 0.182 0.004 0.003 0.019 0.143 0.195 0.024 0.032 16 S 0.010 0.019 0.304 0.009 0.123 0.146 0.003 0.002 0.027 0.132 0.136 0.031 0.056 17 K 0.012 0.032 0.344 0.011 0.059 0.103 0.004 0.002 0.021 0.184 0.111 0.042 0.074 18 N 0.009 0.025 0.509 0.008 0.036 0.055 0.002 0.001 0.015 0.141 0.058 0.075 0.067 19 V 0.008 0.022 0.397 0.006 0.096 0.122 0.002 0.001 0.014 0.087 0.098 0.027 0.121 20 S 0.008 0.022 0.336 0.015 0.111 0.115 0.002 0.001 0.014 0.107 0.160 0.060 0.049 21 N 0.008 0.016 0.270 0.006 0.146 0.107 0.002 0.001 0.011 0.135 0.195 0.025 0.077 22 I 0.006 0.016 0.371 0.013 0.077 0.078 0.002 0.001 0.013 0.166 0.177 0.036 0.043 23 Q 0.005 0.015 0.363 0.012 0.062 0.064 0.002 0.001 0.013 0.145 0.244 0.038 0.036 24 S 0.007 0.014 0.384 0.011 0.061 0.071 0.002 0.001 0.013 0.157 0.194 0.020 0.067 25 Y 0.010 0.017 0.435 0.008 0.029 0.057 0.004 0.001 0.022 0.164 0.088 0.122 0.043 26 S 0.014 0.040 0.457 0.002 0.019 0.068 0.005 0.001 0.034 0.104 0.051 0.031 0.174 27 F 0.004 0.030 0.621 0.003 0.004 0.067 0.001 0.001 0.009 0.121 0.009 0.097 0.035 28 E 0.001 0.004 0.613 0.001 0.009 0.264 0.001 0.001 0.005 0.039 0.008 0.012 0.043 29 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.029 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 34 V 0.003 0.001 0.007 0.001 0.014 0.898 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.003 0.003 35 G 0.005 0.001 0.062 0.002 0.018 0.616 0.001 0.001 0.001 0.024 0.258 0.006 0.008 36 K 0.004 0.005 0.216 0.001 0.034 0.243 0.001 0.001 0.001 0.093 0.378 0.016 0.009 37 H 0.001 0.010 0.344 0.001 0.042 0.030 0.001 0.001 0.001 0.141 0.416 0.003 0.011 38 D 0.001 0.003 0.769 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.132 0.068 0.006 0.003 39 P 0.001 0.002 0.131 0.043 0.047 0.003 0.001 0.001 0.008 0.267 0.487 0.003 0.008 40 N 0.001 0.001 0.081 0.015 0.009 0.001 0.001 0.002 0.031 0.195 0.653 0.007 0.002 41 V 0.015 0.004 0.405 0.006 0.003 0.001 0.036 0.094 0.319 0.045 0.003 0.014 0.057 42 V 0.031 0.003 0.013 0.005 0.001 0.001 0.182 0.310 0.407 0.002 0.001 0.036 0.011 43 L 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.670 0.111 0.001 0.001 0.003 0.010 44 V 0.024 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.146 0.725 0.074 0.001 0.001 0.008 0.003 45 D 0.014 0.001 0.064 0.010 0.001 0.001 0.046 0.213 0.598 0.008 0.001 0.011 0.030 46 V 0.013 0.008 0.404 0.009 0.020 0.003 0.024 0.023 0.263 0.101 0.057 0.025 0.049 47 R 0.003 0.032 0.431 0.008 0.013 0.003 0.003 0.002 0.029 0.348 0.089 0.024 0.015 48 E 0.001 0.009 0.731 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.204 0.024 0.006 0.008 49 P 0.001 0.015 0.294 0.003 0.267 0.092 0.001 0.001 0.003 0.197 0.103 0.004 0.021 50 S 0.001 0.006 0.083 0.006 0.383 0.238 0.001 0.001 0.002 0.106 0.159 0.009 0.005 51 E 0.003 0.011 0.099 0.003 0.335 0.264 0.001 0.001 0.010 0.082 0.154 0.011 0.027 52 Y 0.009 0.031 0.285 0.009 0.114 0.245 0.004 0.007 0.034 0.087 0.073 0.035 0.067 53 S 0.016 0.032 0.294 0.018 0.095 0.209 0.005 0.006 0.026 0.093 0.091 0.070 0.045 54 I 0.017 0.013 0.203 0.015 0.149 0.211 0.004 0.004 0.021 0.073 0.204 0.020 0.065 55 V 0.021 0.017 0.258 0.009 0.074 0.101 0.007 0.005 0.024 0.130 0.256 0.067 0.033 56 H 0.019 0.040 0.324 0.012 0.055 0.052 0.007 0.006 0.021 0.192 0.188 0.019 0.065 57 I 0.006 0.016 0.604 0.007 0.026 0.022 0.002 0.003 0.016 0.164 0.044 0.065 0.024 58 P 0.004 0.011 0.255 0.025 0.116 0.048 0.003 0.003 0.020 0.147 0.312 0.009 0.047 59 A 0.003 0.006 0.132 0.023 0.075 0.036 0.002 0.003 0.017 0.163 0.512 0.021 0.007 60 S 0.014 0.016 0.369 0.011 0.144 0.050 0.012 0.023 0.076 0.126 0.057 0.020 0.081 61 I 0.030 0.046 0.208 0.019 0.050 0.037 0.039 0.057 0.189 0.116 0.055 0.109 0.045 62 N 0.034 0.072 0.269 0.018 0.017 0.019 0.052 0.051 0.191 0.091 0.055 0.022 0.109 63 V 0.005 0.027 0.627 0.009 0.007 0.008 0.009 0.011 0.061 0.108 0.012 0.087 0.027 64 P 0.001 0.011 0.781 0.003 0.025 0.011 0.002 0.001 0.050 0.045 0.039 0.004 0.029 65 Y 0.001 0.015 0.284 0.011 0.289 0.067 0.001 0.001 0.015 0.139 0.151 0.008 0.017 66 R 0.001 0.011 0.215 0.003 0.297 0.081 0.001 0.001 0.013 0.164 0.191 0.016 0.006 67 S 0.001 0.043 0.342 0.001 0.101 0.060 0.001 0.002 0.016 0.223 0.179 0.003 0.026 68 H 0.001 0.025 0.642 0.001 0.018 0.022 0.001 0.001 0.006 0.233 0.026 0.020 0.004 69 P 0.001 0.018 0.394 0.002 0.113 0.108 0.001 0.001 0.008 0.118 0.221 0.002 0.015 70 D 0.001 0.017 0.201 0.004 0.233 0.104 0.001 0.001 0.005 0.123 0.303 0.005 0.004 71 A 0.001 0.010 0.253 0.002 0.287 0.149 0.001 0.001 0.005 0.121 0.163 0.004 0.004 72 F 0.001 0.013 0.209 0.002 0.189 0.136 0.001 0.001 0.011 0.139 0.289 0.002 0.007 73 A 0.001 0.029 0.326 0.001 0.081 0.093 0.001 0.001 0.009 0.180 0.263 0.011 0.004 74 L 0.001 0.028 0.402 0.001 0.031 0.052 0.001 0.001 0.003 0.360 0.110 0.004 0.008 75 D 0.001 0.005 0.832 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.121 0.021 0.001 0.001 76 P 0.001 0.003 0.126 0.001 0.108 0.664 0.001 0.001 0.001 0.061 0.036 0.001 0.002 77 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.082 0.887 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.076 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.045 0.001 0.029 0.688 0.001 0.001 0.003 0.021 0.207 0.003 0.001 84 G 0.001 0.006 0.193 0.002 0.025 0.156 0.001 0.001 0.004 0.103 0.498 0.002 0.008 85 I 0.001 0.008 0.628 0.001 0.033 0.039 0.001 0.001 0.003 0.168 0.085 0.027 0.007 86 P 0.001 0.025 0.615 0.001 0.037 0.018 0.001 0.001 0.007 0.144 0.119 0.003 0.030 87 K 0.001 0.017 0.600 0.002 0.025 0.007 0.001 0.001 0.004 0.266 0.037 0.036 0.007 88 P 0.001 0.016 0.632 0.001 0.125 0.009 0.001 0.001 0.004 0.113 0.075 0.002 0.021 89 D 0.001 0.008 0.727 0.001 0.073 0.006 0.001 0.001 0.004 0.110 0.061 0.006 0.003 90 S 0.001 0.007 0.158 0.011 0.232 0.018 0.001 0.001 0.006 0.135 0.419 0.004 0.008 91 A 0.001 0.004 0.161 0.010 0.082 0.005 0.001 0.001 0.012 0.140 0.575 0.005 0.005 92 K 0.001 0.007 0.513 0.013 0.016 0.001 0.001 0.003 0.059 0.305 0.052 0.018 0.012 93 E 0.006 0.006 0.400 0.011 0.002 0.001 0.008 0.021 0.382 0.100 0.009 0.015 0.040 94 L 0.022 0.003 0.039 0.007 0.001 0.001 0.089 0.354 0.435 0.007 0.001 0.026 0.018 95 I 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.171 0.677 0.112 0.001 0.001 0.005 0.005 96 F 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.116 0.798 0.059 0.001 0.001 0.003 0.002 97 Y 0.018 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.077 0.647 0.232 0.001 0.001 0.005 0.007 98 C 0.011 0.003 0.179 0.011 0.002 0.002 0.022 0.119 0.572 0.025 0.009 0.015 0.029 99 A 0.005 0.011 0.327 0.015 0.032 0.015 0.006 0.015 0.141 0.256 0.135 0.013 0.030 100 S 0.001 0.013 0.181 0.010 0.045 0.033 0.002 0.003 0.023 0.363 0.313 0.008 0.006 101 G 0.001 0.025 0.179 0.003 0.050 0.118 0.001 0.001 0.007 0.297 0.303 0.006 0.007 102 K 0.001 0.033 0.170 0.001 0.052 0.350 0.001 0.001 0.003 0.188 0.188 0.004 0.008 103 R 0.001 0.019 0.148 0.001 0.043 0.556 0.001 0.001 0.002 0.109 0.116 0.002 0.003 104 G 0.001 0.001 0.023 0.001 0.011 0.928 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.520 0.001 0.001 0.001 0.011 0.453 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.023 0.924 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.002 0.911 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.008 0.044 0.020 0.001 0.001 117 S 0.001 0.011 0.545 0.005 0.015 0.014 0.001 0.003 0.115 0.214 0.069 0.003 0.005 118 N 0.001 0.006 0.236 0.018 0.015 0.010 0.006 0.059 0.350 0.162 0.120 0.009 0.008 119 T 0.002 0.004 0.107 0.009 0.005 0.004 0.028 0.241 0.538 0.030 0.007 0.005 0.020 120 S 0.002 0.006 0.022 0.002 0.002 0.001 0.025 0.328 0.585 0.007 0.001 0.015 0.004 121 L 0.005 0.025 0.053 0.004 0.004 0.007 0.031 0.306 0.504 0.011 0.011 0.005 0.033 122 Y 0.001 0.009 0.445 0.007 0.005 0.013 0.008 0.093 0.297 0.077 0.017 0.020 0.009 123 P 0.001 0.008 0.292 0.009 0.061 0.097 0.002 0.017 0.078 0.245 0.180 0.003 0.008 124 G 0.001 0.006 0.143 0.003 0.060 0.154 0.001 0.001 0.005 0.304 0.319 0.003 0.002 125 S 0.001 0.016 0.291 0.001 0.100 0.275 0.001 0.001 0.002 0.181 0.123 0.005 0.005 126 M 0.001 0.004 0.071 0.001 0.054 0.820 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.001 0.004 127 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.050 0.922 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 128 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.071 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 129 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 130 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.075 0.831 0.001 0.001 0.001 0.003 0.074 0.002 0.001 131 S 0.001 0.001 0.012 0.001 0.100 0.780 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.001 0.003 132 H 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.139 0.001 0.001 0.001 0.027 0.810 0.001 0.001 133 G 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 0.960 0.001 0.001 134 G 0.001 0.003 0.878 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.082 0.023 0.003 0.002 135 D 0.001 0.022 0.728 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.052 0.112 0.043 0.003 0.020 136 K 0.002 0.035 0.266 0.011 0.028 0.014 0.009 0.014 0.233 0.242 0.089 0.026 0.030 137 L 0.003 0.078 0.497 0.012 0.007 0.005 0.014 0.022 0.146 0.104 0.009 0.049 0.054 138 D 0.001 0.023 0.790 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.072 0.059 0.004 0.016 0.024 139 L 0.001 0.012 0.743 0.004 0.035 0.018 0.001 0.001 0.038 0.067 0.054 0.005 0.022