# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.035 0.120 0.132 0.001 0.025 0.004 0.002 0.004 0.001 0.057 0.084 0.485 0.001 0.005 0.016 2 W 0.008 0.016 0.137 0.123 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.066 0.588 0.001 0.001 0.006 3 K 0.004 0.016 0.092 0.291 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.550 0.001 0.001 0.002 4 A 0.001 0.003 0.028 0.374 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.564 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.008 0.018 0.248 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.702 0.001 0.001 0.001 6 M 0.001 0.004 0.006 0.270 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.686 0.001 0.001 0.001 7 N 0.001 0.011 0.009 0.177 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.779 0.001 0.001 0.005 8 A 0.003 0.007 0.017 0.208 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.732 0.001 0.001 0.009 9 W 0.003 0.007 0.067 0.126 0.046 0.041 0.039 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.578 0.063 0.003 0.007 10 N 0.006 0.045 0.035 0.221 0.008 0.035 0.006 0.055 0.002 0.002 0.018 0.014 0.445 0.010 0.084 0.015 11 G 0.009 0.030 0.022 0.205 0.012 0.052 0.011 0.004 0.032 0.027 0.024 0.031 0.353 0.021 0.009 0.160 12 T 0.174 0.048 0.101 0.152 0.008 0.030 0.013 0.010 0.004 0.002 0.033 0.035 0.319 0.012 0.025 0.034 13 E 0.018 0.059 0.179 0.180 0.019 0.118 0.025 0.012 0.006 0.006 0.028 0.045 0.242 0.016 0.013 0.034 14 S 0.030 0.073 0.083 0.193 0.027 0.137 0.020 0.021 0.006 0.004 0.083 0.040 0.225 0.020 0.018 0.020 15 Q 0.020 0.137 0.071 0.267 0.009 0.054 0.012 0.024 0.014 0.007 0.071 0.081 0.164 0.006 0.022 0.041 16 S 0.046 0.058 0.135 0.216 0.022 0.102 0.048 0.007 0.016 0.008 0.037 0.066 0.165 0.024 0.010 0.039 17 K 0.042 0.091 0.275 0.297 0.004 0.024 0.008 0.023 0.005 0.002 0.042 0.025 0.114 0.002 0.024 0.023 18 N 0.017 0.058 0.130 0.321 0.010 0.208 0.012 0.005 0.018 0.008 0.011 0.045 0.107 0.005 0.003 0.041 19 V 0.063 0.053 0.154 0.263 0.025 0.078 0.020 0.011 0.003 0.002 0.154 0.017 0.130 0.009 0.007 0.013 20 S 0.010 0.165 0.089 0.265 0.020 0.129 0.011 0.028 0.007 0.004 0.032 0.131 0.076 0.009 0.013 0.012 21 N 0.024 0.089 0.088 0.217 0.042 0.120 0.041 0.023 0.020 0.009 0.081 0.039 0.124 0.021 0.014 0.046 22 I 0.051 0.098 0.156 0.157 0.014 0.095 0.033 0.035 0.015 0.006 0.081 0.061 0.113 0.010 0.043 0.033 23 Q 0.048 0.139 0.145 0.157 0.005 0.100 0.015 0.022 0.021 0.014 0.065 0.070 0.114 0.005 0.021 0.058 24 S 0.087 0.119 0.214 0.217 0.009 0.069 0.019 0.007 0.022 0.004 0.040 0.049 0.077 0.009 0.010 0.045 25 Y 0.047 0.050 0.381 0.341 0.002 0.029 0.005 0.007 0.003 0.002 0.024 0.029 0.055 0.001 0.009 0.016 26 S 0.018 0.051 0.212 0.265 0.009 0.305 0.008 0.003 0.005 0.003 0.010 0.026 0.060 0.002 0.001 0.022 27 F 0.023 0.062 0.117 0.388 0.008 0.089 0.006 0.008 0.002 0.001 0.174 0.024 0.089 0.001 0.002 0.004 28 E 0.001 0.026 0.013 0.061 0.002 0.558 0.001 0.004 0.001 0.002 0.028 0.203 0.098 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.012 0.003 0.010 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.646 0.063 0.211 0.001 0.001 0.001 30 M 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.721 0.193 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.919 0.001 0.001 0.002 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.989 0.001 0.001 0.002 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.870 0.099 0.001 0.002 34 V 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.010 0.741 0.006 0.216 0.006 35 G 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.007 0.005 0.002 0.010 0.332 0.097 0.004 0.516 36 K 0.255 0.005 0.054 0.004 0.001 0.011 0.025 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.416 0.034 0.132 0.041 37 H 0.006 0.163 0.293 0.011 0.001 0.004 0.015 0.002 0.008 0.002 0.006 0.005 0.056 0.005 0.021 0.402 38 D 0.181 0.015 0.103 0.060 0.011 0.321 0.130 0.002 0.006 0.003 0.007 0.021 0.079 0.028 0.009 0.027 39 P 0.025 0.273 0.299 0.054 0.001 0.064 0.007 0.024 0.001 0.001 0.185 0.005 0.028 0.003 0.018 0.014 40 N 0.005 0.800 0.016 0.141 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 41 V 0.054 0.002 0.560 0.378 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 V 0.002 0.002 0.752 0.238 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.006 0.940 0.035 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.051 0.003 0.917 0.004 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.011 0.002 0.480 0.014 0.475 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.023 0.248 0.027 0.430 0.021 0.062 0.002 0.015 0.004 0.001 0.158 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.003 0.274 0.056 0.539 0.004 0.044 0.001 0.011 0.007 0.004 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.002 48 E 0.003 0.012 0.039 0.081 0.014 0.792 0.004 0.003 0.004 0.005 0.013 0.013 0.013 0.001 0.001 0.003 49 P 0.004 0.038 0.009 0.022 0.003 0.094 0.001 0.007 0.001 0.001 0.769 0.016 0.031 0.001 0.002 0.002 50 S 0.002 0.096 0.003 0.017 0.001 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.077 0.749 0.028 0.001 0.002 0.002 51 E 0.023 0.067 0.114 0.066 0.002 0.020 0.023 0.002 0.005 0.001 0.036 0.117 0.449 0.008 0.015 0.050 52 Y 0.011 0.019 0.323 0.061 0.002 0.018 0.018 0.003 0.002 0.001 0.013 0.019 0.459 0.002 0.017 0.030 53 S 0.017 0.034 0.122 0.112 0.019 0.114 0.040 0.006 0.003 0.004 0.023 0.032 0.416 0.026 0.004 0.028 54 I 0.027 0.074 0.103 0.241 0.010 0.060 0.014 0.031 0.007 0.002 0.105 0.028 0.230 0.011 0.040 0.016 55 V 0.011 0.101 0.117 0.436 0.005 0.021 0.015 0.005 0.022 0.006 0.015 0.038 0.127 0.005 0.009 0.067 56 H 0.098 0.035 0.259 0.372 0.011 0.025 0.019 0.004 0.006 0.002 0.008 0.008 0.105 0.002 0.004 0.042 57 I 0.019 0.010 0.173 0.138 0.238 0.164 0.080 0.012 0.002 0.007 0.025 0.008 0.069 0.049 0.002 0.004 58 P 0.007 0.083 0.027 0.167 0.033 0.086 0.006 0.361 0.005 0.004 0.065 0.030 0.048 0.010 0.068 0.002 59 A 0.007 0.073 0.013 0.230 0.009 0.036 0.004 0.023 0.252 0.071 0.058 0.068 0.057 0.002 0.012 0.086 60 S 0.294 0.040 0.177 0.199 0.018 0.021 0.035 0.004 0.017 0.008 0.019 0.033 0.066 0.010 0.005 0.053 61 I 0.038 0.049 0.451 0.254 0.005 0.077 0.011 0.025 0.003 0.002 0.009 0.008 0.042 0.001 0.018 0.008 62 N 0.014 0.133 0.170 0.534 0.004 0.030 0.006 0.003 0.022 0.004 0.005 0.004 0.014 0.001 0.001 0.056 63 V 0.058 0.016 0.105 0.742 0.007 0.029 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 0.007 0.011 0.001 0.001 0.003 64 P 0.002 0.017 0.037 0.099 0.035 0.750 0.002 0.009 0.001 0.001 0.011 0.017 0.014 0.004 0.001 0.001 65 Y 0.002 0.062 0.004 0.100 0.017 0.060 0.002 0.019 0.005 0.001 0.669 0.017 0.030 0.002 0.005 0.003 66 R 0.008 0.093 0.013 0.096 0.003 0.025 0.003 0.012 0.010 0.005 0.040 0.627 0.048 0.003 0.008 0.008 67 S 0.049 0.107 0.201 0.140 0.003 0.021 0.027 0.007 0.022 0.004 0.020 0.031 0.180 0.004 0.015 0.167 68 H 0.023 0.010 0.257 0.068 0.014 0.233 0.073 0.003 0.004 0.003 0.020 0.012 0.249 0.007 0.006 0.016 69 P 0.013 0.089 0.071 0.037 0.030 0.125 0.022 0.041 0.001 0.003 0.271 0.051 0.203 0.025 0.012 0.007 70 D 0.006 0.069 0.011 0.052 0.021 0.067 0.013 0.051 0.022 0.010 0.154 0.292 0.138 0.041 0.041 0.012 71 A 0.021 0.041 0.063 0.034 0.006 0.020 0.034 0.011 0.021 0.007 0.091 0.108 0.326 0.035 0.086 0.095 72 F 0.072 0.040 0.141 0.038 0.002 0.022 0.024 0.009 0.009 0.005 0.025 0.065 0.320 0.007 0.060 0.161 73 A 0.090 0.033 0.257 0.055 0.006 0.087 0.041 0.004 0.007 0.005 0.032 0.029 0.240 0.017 0.008 0.089 74 L 0.024 0.190 0.459 0.150 0.001 0.011 0.005 0.006 0.002 0.002 0.021 0.018 0.064 0.001 0.009 0.038 75 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.036 0.001 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.009 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.952 0.001 0.001 0.008 79 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.002 80 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.001 0.001 81 K 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.973 0.002 0.002 0.007 82 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.126 0.821 0.002 0.005 83 I 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.108 0.003 0.853 0.003 84 G 0.001 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.936 85 I 0.815 0.001 0.085 0.016 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.003 0.004 86 P 0.002 0.065 0.850 0.042 0.001 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.007 87 K 0.017 0.022 0.022 0.623 0.013 0.232 0.005 0.003 0.013 0.006 0.010 0.015 0.009 0.001 0.001 0.007 88 P 0.049 0.140 0.140 0.313 0.031 0.081 0.007 0.031 0.003 0.002 0.129 0.043 0.020 0.004 0.002 0.005 89 D 0.003 0.057 0.014 0.093 0.024 0.632 0.007 0.024 0.011 0.003 0.034 0.071 0.016 0.003 0.005 0.002 90 S 0.015 0.104 0.037 0.068 0.005 0.074 0.005 0.023 0.010 0.003 0.550 0.041 0.030 0.002 0.012 0.020 91 A 0.036 0.576 0.057 0.146 0.001 0.008 0.004 0.004 0.031 0.002 0.008 0.075 0.005 0.001 0.007 0.037 92 K 0.069 0.045 0.519 0.322 0.001 0.009 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.014 93 E 0.011 0.050 0.666 0.263 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 L 0.002 0.002 0.072 0.921 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.002 0.050 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.001 0.001 0.003 0.981 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.033 0.003 0.865 0.016 0.074 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.001 0.008 0.001 0.037 0.035 0.895 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.143 0.001 0.019 0.203 0.015 0.006 0.022 0.002 0.005 0.555 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 100 S 0.004 0.071 0.009 0.035 0.004 0.035 0.004 0.310 0.028 0.009 0.019 0.303 0.006 0.001 0.160 0.001 101 G 0.007 0.011 0.050 0.011 0.005 0.035 0.011 0.004 0.110 0.190 0.110 0.033 0.137 0.002 0.011 0.273 102 K 0.370 0.040 0.024 0.016 0.010 0.021 0.009 0.008 0.003 0.004 0.095 0.233 0.137 0.013 0.006 0.011 103 R 0.009 0.020 0.064 0.014 0.005 0.106 0.015 0.012 0.002 0.005 0.108 0.240 0.379 0.005 0.014 0.005 104 G 0.002 0.005 0.009 0.004 0.001 0.039 0.001 0.002 0.001 0.003 0.124 0.114 0.686 0.001 0.002 0.005 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.280 0.592 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.169 0.818 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.979 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.021 0.011 0.005 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 0.001 115 G 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.966 116 Y 0.920 0.001 0.011 0.001 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 117 S 0.002 0.388 0.326 0.013 0.001 0.054 0.005 0.068 0.002 0.001 0.054 0.007 0.022 0.001 0.049 0.006 118 N 0.019 0.244 0.024 0.277 0.001 0.040 0.004 0.004 0.125 0.022 0.021 0.088 0.021 0.001 0.004 0.104 119 T 0.162 0.008 0.641 0.114 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.012 0.027 0.001 0.004 0.008 120 S 0.013 0.024 0.532 0.288 0.010 0.064 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.010 0.028 0.002 0.002 0.004 121 L 0.011 0.116 0.046 0.695 0.024 0.053 0.005 0.006 0.004 0.001 0.008 0.007 0.016 0.001 0.001 0.007 122 Y 0.003 0.009 0.029 0.236 0.401 0.125 0.126 0.009 0.002 0.005 0.021 0.004 0.022 0.006 0.001 0.001 123 P 0.010 0.082 0.044 0.260 0.013 0.062 0.011 0.396 0.007 0.004 0.041 0.016 0.032 0.001 0.018 0.003 124 G 0.004 0.016 0.010 0.108 0.008 0.104 0.003 0.013 0.135 0.311 0.147 0.070 0.045 0.001 0.002 0.022 125 S 0.043 0.011 0.008 0.025 0.002 0.128 0.001 0.004 0.004 0.003 0.130 0.503 0.133 0.001 0.001 0.003 126 M 0.001 0.006 0.006 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.437 0.126 0.385 0.001 0.001 0.001 127 N 0.001 0.011 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.506 0.440 0.001 0.001 0.001 128 D 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.967 0.001 0.001 0.006 129 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.001 0.002 130 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.002 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.950 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.954 0.002 133 G 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.011 0.001 0.001 0.012 0.005 0.013 0.911 134 G 0.941 0.001 0.015 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.011 135 D 0.041 0.097 0.652 0.023 0.001 0.041 0.003 0.003 0.001 0.001 0.062 0.010 0.044 0.001 0.003 0.017 136 K 0.023 0.212 0.070 0.372 0.010 0.078 0.009 0.002 0.005 0.001 0.026 0.157 0.020 0.009 0.001 0.005 137 L 0.006 0.044 0.288 0.444 0.029 0.030 0.050 0.010 0.001 0.001 0.018 0.016 0.048 0.004 0.006 0.004 138 D 0.008 0.043 0.089 0.251 0.043 0.307 0.072 0.042 0.007 0.005 0.020 0.020 0.060 0.006 0.007 0.019 139 L 0.032 0.049 0.032 0.150 0.051 0.066 0.028 0.053 0.033 0.019 0.379 0.023 0.046 0.010 0.012 0.017