# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.911 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.029 0.040 2 W 0.003 0.866 0.001 0.002 0.011 0.015 0.004 0.001 0.001 0.079 0.018 3 K 0.003 0.223 0.001 0.004 0.008 0.019 0.004 0.001 0.001 0.728 0.010 4 A 0.006 0.576 0.004 0.011 0.013 0.018 0.008 0.001 0.001 0.336 0.025 5 V 0.019 0.736 0.008 0.011 0.025 0.026 0.007 0.004 0.001 0.141 0.022 6 M 0.029 0.288 0.012 0.024 0.018 0.048 0.026 0.006 0.002 0.459 0.086 7 N 0.039 0.272 0.013 0.037 0.026 0.051 0.066 0.004 0.003 0.273 0.216 8 A 0.034 0.101 0.025 0.042 0.046 0.059 0.070 0.007 0.003 0.391 0.223 9 W 0.067 0.115 0.010 0.082 0.045 0.042 0.144 0.008 0.003 0.192 0.291 10 N 0.050 0.079 0.005 0.035 0.021 0.034 0.127 0.005 0.002 0.155 0.486 11 G 0.025 0.040 0.006 0.072 0.019 0.041 0.151 0.006 0.002 0.153 0.483 12 T 0.064 0.055 0.008 0.065 0.030 0.044 0.142 0.006 0.002 0.181 0.402 13 E 0.059 0.058 0.006 0.066 0.037 0.045 0.130 0.008 0.002 0.099 0.490 14 S 0.060 0.049 0.005 0.047 0.019 0.035 0.134 0.006 0.001 0.142 0.501 15 Q 0.059 0.066 0.002 0.045 0.027 0.053 0.134 0.008 0.001 0.051 0.555 16 S 0.045 0.026 0.003 0.028 0.017 0.037 0.139 0.003 0.001 0.147 0.554 17 K 0.009 0.012 0.004 0.041 0.058 0.072 0.174 0.002 0.001 0.123 0.505 18 N 0.121 0.096 0.005 0.045 0.032 0.055 0.103 0.011 0.002 0.077 0.453 19 V 0.261 0.043 0.004 0.015 0.021 0.026 0.098 0.015 0.003 0.066 0.447 20 S 0.081 0.019 0.008 0.019 0.025 0.053 0.129 0.004 0.002 0.074 0.586 21 N 0.047 0.016 0.004 0.032 0.030 0.072 0.102 0.002 0.001 0.057 0.638 22 I 0.066 0.007 0.003 0.032 0.036 0.049 0.153 0.003 0.001 0.060 0.591 23 Q 0.018 0.008 0.001 0.043 0.102 0.128 0.145 0.002 0.001 0.036 0.519 24 S 0.017 0.011 0.001 0.049 0.033 0.062 0.091 0.001 0.001 0.043 0.692 25 Y 0.008 0.010 0.001 0.092 0.106 0.146 0.138 0.001 0.001 0.028 0.471 26 S 0.008 0.038 0.001 0.093 0.043 0.065 0.092 0.001 0.001 0.053 0.607 27 F 0.008 0.127 0.002 0.063 0.087 0.061 0.099 0.004 0.001 0.074 0.474 28 E 0.069 0.793 0.001 0.008 0.004 0.005 0.012 0.008 0.001 0.031 0.069 29 D 0.045 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.010 0.031 30 M 0.019 0.868 0.005 0.001 0.001 0.003 0.011 0.011 0.002 0.026 0.054 31 K 0.098 0.719 0.018 0.002 0.002 0.008 0.010 0.019 0.008 0.053 0.063 32 R 0.186 0.498 0.018 0.003 0.006 0.007 0.025 0.021 0.012 0.048 0.177 33 I 0.178 0.239 0.051 0.002 0.009 0.012 0.042 0.027 0.028 0.069 0.344 34 V 0.163 0.053 0.031 0.003 0.008 0.013 0.073 0.013 0.017 0.059 0.567 35 G 0.107 0.005 0.006 0.002 0.004 0.005 0.084 0.002 0.003 0.039 0.742 36 K 0.010 0.001 0.004 0.005 0.007 0.009 0.135 0.001 0.001 0.034 0.793 37 H 0.020 0.002 0.001 0.006 0.002 0.004 0.103 0.001 0.001 0.014 0.847 38 D 0.176 0.002 0.001 0.010 0.003 0.005 0.107 0.002 0.001 0.039 0.654 39 P 0.006 0.001 0.001 0.075 0.005 0.012 0.138 0.001 0.001 0.022 0.740 40 N 0.002 0.001 0.001 0.340 0.015 0.065 0.083 0.001 0.001 0.027 0.467 41 V 0.001 0.001 0.001 0.513 0.069 0.104 0.053 0.001 0.001 0.031 0.228 42 V 0.001 0.001 0.001 0.885 0.042 0.034 0.004 0.001 0.001 0.009 0.026 43 L 0.004 0.002 0.001 0.535 0.112 0.088 0.021 0.001 0.001 0.038 0.199 44 V 0.005 0.001 0.001 0.636 0.111 0.086 0.028 0.001 0.001 0.023 0.108 45 D 0.059 0.004 0.001 0.324 0.048 0.103 0.071 0.002 0.001 0.045 0.344 46 V 0.002 0.001 0.001 0.050 0.028 0.050 0.236 0.001 0.001 0.029 0.603 47 R 0.002 0.007 0.002 0.096 0.020 0.033 0.152 0.001 0.001 0.028 0.658 48 E 0.483 0.185 0.001 0.005 0.003 0.004 0.042 0.038 0.001 0.022 0.218 49 P 0.567 0.107 0.002 0.002 0.002 0.002 0.044 0.017 0.002 0.122 0.134 50 S 0.031 0.254 0.014 0.008 0.003 0.012 0.089 0.006 0.002 0.057 0.523 51 E 0.149 0.193 0.015 0.027 0.007 0.030 0.083 0.015 0.003 0.118 0.362 52 Y 0.209 0.059 0.023 0.031 0.013 0.023 0.120 0.031 0.015 0.118 0.359 53 S 0.108 0.053 0.006 0.028 0.032 0.062 0.088 0.008 0.002 0.057 0.556 54 I 0.045 0.012 0.001 0.030 0.012 0.029 0.102 0.003 0.001 0.049 0.716 55 V 0.004 0.006 0.002 0.091 0.073 0.066 0.244 0.001 0.001 0.055 0.460 56 H 0.013 0.031 0.004 0.068 0.041 0.071 0.123 0.003 0.001 0.061 0.585 57 I 0.232 0.062 0.004 0.090 0.029 0.026 0.109 0.014 0.002 0.128 0.305 58 P 0.169 0.060 0.009 0.069 0.017 0.034 0.122 0.017 0.004 0.115 0.382 59 A 0.053 0.021 0.003 0.192 0.024 0.097 0.126 0.008 0.001 0.057 0.419 60 S 0.049 0.007 0.003 0.187 0.019 0.047 0.104 0.003 0.001 0.075 0.506 61 I 0.004 0.005 0.001 0.278 0.115 0.114 0.116 0.001 0.001 0.030 0.336 62 N 0.016 0.016 0.002 0.075 0.034 0.048 0.088 0.002 0.001 0.048 0.671 63 V 0.049 0.010 0.003 0.074 0.122 0.068 0.166 0.005 0.001 0.086 0.416 64 P 0.203 0.042 0.003 0.047 0.013 0.023 0.107 0.023 0.002 0.070 0.467 65 Y 0.282 0.013 0.001 0.013 0.008 0.012 0.112 0.007 0.001 0.053 0.498 66 R 0.011 0.010 0.002 0.013 0.005 0.014 0.153 0.001 0.001 0.029 0.761 67 S 0.027 0.040 0.002 0.009 0.005 0.012 0.100 0.003 0.001 0.023 0.780 68 H 0.283 0.086 0.006 0.011 0.009 0.010 0.092 0.019 0.003 0.059 0.420 69 P 0.173 0.093 0.005 0.006 0.006 0.008 0.081 0.015 0.004 0.028 0.581 70 D 0.243 0.073 0.004 0.012 0.006 0.011 0.054 0.010 0.002 0.028 0.558 71 A 0.090 0.029 0.003 0.016 0.005 0.010 0.091 0.008 0.001 0.048 0.699 72 F 0.054 0.017 0.001 0.015 0.006 0.010 0.119 0.003 0.001 0.044 0.730 73 A 0.008 0.018 0.001 0.017 0.007 0.009 0.122 0.001 0.001 0.052 0.763 74 L 0.009 0.104 0.002 0.013 0.004 0.004 0.089 0.005 0.001 0.038 0.733 75 D 0.164 0.651 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.040 0.001 0.029 0.095 76 P 0.056 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.011 0.059 77 L 0.028 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.039 0.074 78 E 0.036 0.838 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.005 0.026 0.066 79 F 0.157 0.577 0.025 0.002 0.001 0.001 0.018 0.051 0.027 0.061 0.082 80 E 0.258 0.146 0.135 0.001 0.001 0.002 0.025 0.066 0.117 0.068 0.181 81 K 0.371 0.053 0.014 0.003 0.001 0.002 0.046 0.017 0.013 0.026 0.454 82 Q 0.075 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.060 0.004 0.005 0.020 0.814 83 I 0.013 0.006 0.003 0.010 0.005 0.006 0.127 0.001 0.001 0.020 0.808 84 G 0.027 0.006 0.001 0.005 0.002 0.003 0.080 0.001 0.001 0.015 0.859 85 I 0.015 0.002 0.001 0.005 0.007 0.009 0.170 0.001 0.001 0.016 0.775 86 P 0.014 0.003 0.001 0.010 0.003 0.006 0.092 0.001 0.001 0.020 0.852 87 K 0.045 0.004 0.002 0.020 0.005 0.012 0.112 0.002 0.001 0.068 0.729 88 P 0.087 0.002 0.003 0.017 0.003 0.005 0.108 0.002 0.001 0.059 0.713 89 D 0.296 0.001 0.002 0.013 0.002 0.004 0.059 0.002 0.001 0.062 0.559 90 S 0.034 0.001 0.001 0.019 0.003 0.008 0.132 0.001 0.001 0.055 0.746 91 A 0.002 0.001 0.001 0.047 0.003 0.011 0.131 0.001 0.001 0.029 0.775 92 K 0.001 0.001 0.001 0.118 0.065 0.096 0.155 0.001 0.001 0.088 0.476 93 E 0.001 0.001 0.001 0.466 0.096 0.182 0.044 0.001 0.001 0.074 0.136 94 L 0.001 0.001 0.001 0.545 0.126 0.161 0.015 0.001 0.001 0.055 0.097 95 I 0.001 0.001 0.001 0.695 0.108 0.103 0.009 0.001 0.001 0.025 0.058 96 F 0.001 0.001 0.001 0.700 0.105 0.127 0.009 0.001 0.001 0.023 0.035 97 Y 0.002 0.001 0.001 0.501 0.140 0.189 0.025 0.001 0.001 0.050 0.089 98 C 0.087 0.008 0.002 0.266 0.105 0.121 0.091 0.005 0.001 0.075 0.238 99 A 0.174 0.021 0.002 0.060 0.028 0.046 0.125 0.008 0.001 0.064 0.471 100 S 0.032 0.032 0.002 0.027 0.009 0.021 0.131 0.005 0.001 0.054 0.687 101 G 0.046 0.073 0.005 0.030 0.021 0.032 0.122 0.005 0.001 0.103 0.562 102 K 0.035 0.203 0.002 0.023 0.028 0.033 0.104 0.006 0.001 0.118 0.446 103 R 0.027 0.746 0.001 0.002 0.004 0.005 0.019 0.006 0.001 0.042 0.148 104 G 0.011 0.898 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.046 0.033 105 G 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.010 106 E 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 107 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 108 Q 0.003 0.282 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.698 0.008 109 K 0.005 0.329 0.011 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.615 0.028 110 V 0.033 0.425 0.016 0.002 0.002 0.001 0.023 0.007 0.003 0.447 0.042 111 A 0.060 0.141 0.272 0.003 0.001 0.001 0.028 0.093 0.124 0.186 0.091 112 S 0.538 0.053 0.009 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 0.005 0.022 0.330 113 S 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.009 0.919 114 H 0.009 0.006 0.003 0.005 0.001 0.002 0.188 0.001 0.001 0.034 0.749 115 G 0.047 0.006 0.004 0.012 0.002 0.005 0.206 0.002 0.002 0.057 0.657 116 Y 0.043 0.002 0.001 0.023 0.003 0.005 0.159 0.001 0.001 0.058 0.705 117 S 0.021 0.007 0.001 0.130 0.007 0.017 0.124 0.001 0.001 0.046 0.647 118 N 0.017 0.008 0.001 0.206 0.007 0.034 0.112 0.002 0.001 0.031 0.583 119 T 0.009 0.002 0.001 0.404 0.020 0.036 0.100 0.001 0.001 0.038 0.390 120 S 0.001 0.001 0.001 0.714 0.056 0.067 0.033 0.001 0.001 0.012 0.116 121 L 0.034 0.016 0.002 0.213 0.044 0.043 0.066 0.002 0.001 0.069 0.512 122 Y 0.666 0.063 0.001 0.036 0.017 0.011 0.041 0.008 0.001 0.044 0.114 123 P 0.029 0.121 0.001 0.022 0.004 0.007 0.110 0.002 0.001 0.222 0.483 124 G 0.009 0.286 0.001 0.068 0.006 0.027 0.117 0.004 0.001 0.116 0.365 125 S 0.016 0.781 0.001 0.005 0.005 0.009 0.022 0.006 0.001 0.077 0.079 126 M 0.012 0.847 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.009 0.001 0.076 0.036 127 N 0.021 0.599 0.003 0.001 0.006 0.010 0.011 0.001 0.001 0.290 0.058 128 D 0.037 0.583 0.015 0.004 0.004 0.008 0.026 0.011 0.006 0.218 0.087 129 W 0.094 0.070 0.174 0.002 0.005 0.009 0.036 0.053 0.111 0.363 0.081 130 V 0.730 0.015 0.028 0.002 0.004 0.004 0.024 0.014 0.014 0.038 0.126 131 S 0.061 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.014 0.873 132 H 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.103 0.001 0.001 0.007 0.871 133 G 0.009 0.003 0.001 0.004 0.003 0.005 0.136 0.001 0.001 0.009 0.829 134 G 0.017 0.001 0.001 0.004 0.019 0.016 0.138 0.001 0.001 0.013 0.791 135 D 0.046 0.004 0.001 0.086 0.026 0.042 0.076 0.001 0.001 0.028 0.691 136 K 0.017 0.001 0.001 0.020 0.010 0.020 0.090 0.001 0.001 0.022 0.819 137 L 0.004 0.001 0.001 0.123 0.040 0.072 0.137 0.001 0.001 0.013 0.610 138 D 0.078 0.005 0.001 0.067 0.011 0.020 0.054 0.001 0.001 0.018 0.744 139 L 0.043 0.003 0.001 0.024 0.040 0.030 0.135 0.001 0.001 0.022 0.701