# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.417 0.021 0.047 0.178 0.050 0.034 0.245 2 W 0.009 0.372 0.027 0.109 0.219 0.036 0.071 0.157 3 K 0.006 0.112 0.056 0.139 0.155 0.020 0.420 0.093 4 A 0.005 0.324 0.073 0.106 0.288 0.013 0.114 0.076 5 V 0.017 0.262 0.099 0.175 0.157 0.022 0.141 0.127 6 M 0.018 0.146 0.194 0.146 0.163 0.018 0.236 0.080 7 N 0.034 0.159 0.107 0.077 0.124 0.047 0.253 0.198 8 A 0.027 0.074 0.208 0.085 0.101 0.060 0.247 0.200 9 W 0.050 0.116 0.142 0.070 0.083 0.096 0.181 0.261 10 N 0.045 0.067 0.133 0.052 0.061 0.103 0.179 0.360 11 G 0.049 0.059 0.124 0.030 0.053 0.118 0.147 0.419 12 T 0.128 0.062 0.080 0.037 0.042 0.124 0.171 0.356 13 E 0.130 0.049 0.055 0.019 0.033 0.127 0.084 0.503 14 S 0.116 0.020 0.043 0.020 0.034 0.134 0.100 0.532 15 Q 0.068 0.024 0.034 0.029 0.049 0.133 0.059 0.603 16 S 0.059 0.021 0.026 0.030 0.052 0.145 0.074 0.593 17 K 0.014 0.011 0.034 0.042 0.048 0.140 0.056 0.655 18 N 0.165 0.080 0.027 0.034 0.047 0.091 0.128 0.428 19 V 0.196 0.029 0.022 0.021 0.027 0.102 0.073 0.530 20 S 0.056 0.012 0.040 0.050 0.064 0.100 0.049 0.629 21 N 0.076 0.012 0.015 0.014 0.033 0.095 0.064 0.690 22 I 0.098 0.012 0.030 0.028 0.018 0.133 0.084 0.597 23 Q 0.035 0.016 0.034 0.027 0.065 0.115 0.048 0.660 24 S 0.076 0.011 0.025 0.022 0.040 0.108 0.044 0.674 25 Y 0.015 0.014 0.126 0.103 0.110 0.108 0.038 0.486 26 S 0.008 0.059 0.052 0.041 0.065 0.114 0.040 0.622 27 F 0.011 0.230 0.043 0.032 0.041 0.097 0.038 0.509 28 E 0.049 0.844 0.004 0.003 0.002 0.010 0.056 0.032 29 D 0.021 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.016 30 M 0.020 0.896 0.005 0.002 0.003 0.008 0.030 0.037 31 K 0.051 0.770 0.015 0.003 0.005 0.014 0.096 0.045 32 R 0.141 0.654 0.016 0.006 0.009 0.018 0.082 0.074 33 I 0.232 0.173 0.041 0.022 0.029 0.064 0.173 0.265 34 V 0.151 0.034 0.028 0.020 0.035 0.111 0.058 0.562 35 G 0.198 0.004 0.009 0.011 0.015 0.081 0.051 0.631 36 K 0.016 0.001 0.004 0.005 0.008 0.144 0.018 0.804 37 H 0.007 0.001 0.003 0.001 0.003 0.109 0.007 0.869 38 D 0.366 0.002 0.006 0.001 0.002 0.074 0.149 0.399 39 P 0.004 0.001 0.086 0.004 0.007 0.177 0.016 0.704 40 N 0.001 0.001 0.505 0.010 0.030 0.055 0.043 0.356 41 V 0.001 0.001 0.785 0.018 0.025 0.028 0.045 0.097 42 V 0.001 0.001 0.960 0.012 0.008 0.002 0.008 0.009 43 L 0.002 0.001 0.839 0.035 0.043 0.010 0.028 0.043 44 V 0.004 0.001 0.856 0.029 0.040 0.013 0.013 0.044 45 D 0.025 0.002 0.603 0.031 0.046 0.066 0.049 0.178 46 V 0.011 0.002 0.174 0.064 0.068 0.224 0.037 0.420 47 R 0.005 0.004 0.079 0.041 0.057 0.214 0.024 0.576 48 E 0.276 0.108 0.017 0.016 0.019 0.096 0.197 0.271 49 P 0.298 0.096 0.009 0.009 0.012 0.094 0.152 0.330 50 S 0.089 0.087 0.015 0.029 0.038 0.107 0.116 0.520 51 E 0.090 0.052 0.023 0.021 0.067 0.112 0.111 0.523 52 Y 0.140 0.025 0.041 0.084 0.070 0.114 0.116 0.409 53 S 0.065 0.013 0.033 0.078 0.168 0.084 0.065 0.494 54 I 0.036 0.006 0.030 0.043 0.065 0.108 0.036 0.677 55 V 0.009 0.003 0.117 0.122 0.182 0.126 0.024 0.417 56 H 0.020 0.004 0.058 0.051 0.064 0.099 0.044 0.660 57 I 0.249 0.016 0.045 0.029 0.032 0.103 0.135 0.391 58 P 0.058 0.009 0.055 0.013 0.022 0.123 0.063 0.658 59 A 0.033 0.007 0.066 0.035 0.074 0.128 0.043 0.613 60 S 0.032 0.006 0.101 0.063 0.098 0.134 0.058 0.507 61 I 0.007 0.006 0.159 0.143 0.132 0.107 0.039 0.408 62 N 0.018 0.017 0.110 0.072 0.141 0.107 0.064 0.471 63 V 0.051 0.011 0.133 0.117 0.088 0.136 0.074 0.389 64 P 0.272 0.034 0.052 0.024 0.047 0.078 0.122 0.371 65 Y 0.302 0.015 0.016 0.011 0.016 0.082 0.069 0.491 66 R 0.010 0.009 0.019 0.019 0.027 0.142 0.019 0.756 67 S 0.008 0.021 0.012 0.007 0.014 0.100 0.014 0.825 68 H 0.499 0.139 0.007 0.007 0.005 0.038 0.142 0.164 69 P 0.313 0.201 0.006 0.004 0.004 0.049 0.048 0.375 70 D 0.146 0.098 0.004 0.005 0.009 0.071 0.036 0.631 71 A 0.103 0.043 0.014 0.006 0.014 0.126 0.069 0.625 72 F 0.101 0.031 0.017 0.019 0.014 0.110 0.069 0.639 73 A 0.015 0.028 0.014 0.019 0.028 0.123 0.042 0.732 74 L 0.004 0.035 0.010 0.003 0.005 0.129 0.014 0.800 75 D 0.151 0.717 0.002 0.001 0.001 0.008 0.083 0.037 76 P 0.041 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.030 77 L 0.024 0.843 0.003 0.001 0.001 0.013 0.014 0.100 78 E 0.034 0.882 0.004 0.001 0.001 0.010 0.027 0.041 79 F 0.093 0.767 0.011 0.002 0.003 0.015 0.050 0.059 80 E 0.177 0.333 0.041 0.008 0.009 0.047 0.145 0.240 81 K 0.318 0.190 0.020 0.004 0.007 0.056 0.033 0.372 82 Q 0.217 0.049 0.024 0.005 0.008 0.072 0.058 0.566 83 I 0.037 0.015 0.013 0.005 0.007 0.158 0.022 0.743 84 G 0.055 0.013 0.006 0.006 0.013 0.094 0.022 0.791 85 I 0.043 0.009 0.007 0.013 0.018 0.109 0.040 0.762 86 P 0.018 0.005 0.010 0.011 0.019 0.136 0.027 0.774 87 K 0.049 0.008 0.014 0.018 0.029 0.103 0.088 0.691 88 P 0.138 0.003 0.011 0.005 0.008 0.102 0.042 0.690 89 D 0.616 0.003 0.002 0.001 0.002 0.031 0.078 0.266 90 S 0.050 0.003 0.006 0.002 0.004 0.128 0.026 0.782 91 A 0.009 0.002 0.019 0.004 0.008 0.148 0.019 0.792 92 K 0.003 0.002 0.107 0.096 0.095 0.163 0.061 0.473 93 E 0.001 0.002 0.436 0.064 0.186 0.044 0.094 0.173 94 L 0.001 0.002 0.392 0.152 0.286 0.017 0.070 0.082 95 I 0.001 0.001 0.755 0.097 0.087 0.005 0.028 0.026 96 F 0.001 0.001 0.774 0.096 0.079 0.005 0.025 0.020 97 Y 0.004 0.001 0.703 0.065 0.091 0.020 0.039 0.077 98 C 0.146 0.004 0.357 0.058 0.065 0.085 0.076 0.209 99 A 0.141 0.015 0.088 0.044 0.049 0.137 0.081 0.445 100 S 0.035 0.027 0.036 0.015 0.028 0.158 0.040 0.660 101 G 0.091 0.097 0.043 0.026 0.045 0.156 0.100 0.442 102 K 0.040 0.303 0.025 0.031 0.029 0.127 0.120 0.325 103 R 0.012 0.731 0.006 0.006 0.012 0.030 0.073 0.130 104 G 0.007 0.911 0.002 0.001 0.003 0.006 0.038 0.033 105 G 0.012 0.894 0.002 0.001 0.002 0.005 0.068 0.017 106 E 0.005 0.877 0.001 0.001 0.001 0.003 0.098 0.014 107 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 108 Q 0.008 0.137 0.005 0.001 0.001 0.002 0.844 0.004 109 K 0.003 0.053 0.004 0.001 0.001 0.002 0.934 0.003 110 V 0.030 0.212 0.070 0.002 0.002 0.021 0.622 0.040 111 A 0.072 0.040 0.425 0.003 0.002 0.023 0.388 0.048 112 S 0.643 0.018 0.015 0.003 0.004 0.054 0.023 0.240 113 S 0.033 0.002 0.003 0.001 0.001 0.064 0.009 0.886 114 H 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.241 0.008 0.738 115 G 0.050 0.007 0.020 0.007 0.015 0.137 0.053 0.711 116 Y 0.087 0.003 0.008 0.007 0.006 0.086 0.032 0.770 117 S 0.042 0.007 0.063 0.016 0.019 0.132 0.037 0.684 118 N 0.071 0.015 0.068 0.006 0.029 0.113 0.076 0.623 119 T 0.043 0.007 0.186 0.018 0.022 0.155 0.028 0.541 120 S 0.010 0.008 0.371 0.071 0.118 0.075 0.027 0.321 121 L 0.017 0.022 0.107 0.020 0.030 0.106 0.081 0.618 122 Y 0.206 0.135 0.097 0.016 0.018 0.100 0.161 0.267 123 P 0.099 0.194 0.038 0.007 0.011 0.100 0.133 0.417 124 G 0.026 0.204 0.035 0.012 0.020 0.102 0.222 0.379 125 S 0.012 0.825 0.010 0.006 0.007 0.027 0.019 0.094 126 M 0.026 0.916 0.002 0.002 0.002 0.008 0.012 0.032 127 N 0.033 0.565 0.003 0.003 0.004 0.011 0.354 0.028 128 D 0.026 0.374 0.016 0.003 0.004 0.025 0.519 0.032 129 W 0.046 0.049 0.227 0.005 0.005 0.018 0.623 0.027 130 V 0.842 0.012 0.025 0.005 0.005 0.015 0.025 0.072 131 S 0.211 0.002 0.004 0.002 0.003 0.036 0.009 0.733 132 H 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.140 0.003 0.849 133 G 0.011 0.003 0.005 0.003 0.007 0.153 0.014 0.804 134 G 0.025 0.005 0.008 0.020 0.010 0.089 0.022 0.819 135 D 0.108 0.010 0.049 0.023 0.035 0.073 0.057 0.645 136 K 0.177 0.003 0.034 0.010 0.021 0.099 0.035 0.621 137 L 0.043 0.001 0.152 0.017 0.032 0.115 0.018 0.621 138 D 0.022 0.002 0.051 0.011 0.032 0.099 0.036 0.747 139 L 0.028 0.003 0.041 0.014 0.017 0.143 0.045 0.708