# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.103 0.086 0.133 0.112 0.074 0.117 0.069 0.051 0.027 0.015 2 W 0.023 0.025 0.031 0.050 0.050 0.062 0.130 0.130 0.195 0.171 0.133 3 K 0.015 0.045 0.046 0.113 0.135 0.160 0.176 0.112 0.098 0.058 0.041 4 A 0.004 0.006 0.018 0.024 0.046 0.037 0.098 0.203 0.187 0.171 0.206 5 V 0.002 0.003 0.013 0.023 0.052 0.040 0.099 0.204 0.189 0.194 0.181 6 M 0.001 0.002 0.008 0.011 0.019 0.024 0.065 0.099 0.244 0.288 0.240 7 N 0.003 0.007 0.025 0.054 0.087 0.095 0.166 0.146 0.185 0.136 0.095 8 A 0.003 0.007 0.024 0.033 0.053 0.064 0.156 0.178 0.203 0.169 0.110 9 W 0.003 0.006 0.017 0.027 0.039 0.050 0.105 0.135 0.202 0.203 0.213 10 N 0.006 0.008 0.017 0.024 0.041 0.046 0.107 0.149 0.200 0.185 0.218 11 G 0.009 0.014 0.028 0.057 0.089 0.077 0.132 0.147 0.170 0.142 0.136 12 T 0.008 0.010 0.018 0.027 0.043 0.048 0.106 0.136 0.201 0.185 0.218 13 E 0.062 0.065 0.059 0.158 0.166 0.121 0.151 0.089 0.065 0.037 0.027 14 S 0.046 0.037 0.040 0.071 0.080 0.082 0.146 0.135 0.143 0.113 0.108 15 Q 0.067 0.088 0.054 0.151 0.144 0.113 0.139 0.092 0.071 0.047 0.034 16 S 0.114 0.095 0.051 0.107 0.093 0.090 0.135 0.094 0.097 0.074 0.050 17 K 0.179 0.124 0.072 0.170 0.133 0.097 0.093 0.055 0.039 0.024 0.015 18 N 0.190 0.187 0.082 0.168 0.100 0.078 0.083 0.046 0.033 0.022 0.011 19 V 0.047 0.046 0.027 0.074 0.085 0.112 0.153 0.124 0.138 0.110 0.084 20 S 0.265 0.168 0.078 0.146 0.110 0.068 0.069 0.043 0.027 0.016 0.009 21 N 0.142 0.128 0.087 0.182 0.122 0.096 0.098 0.059 0.042 0.028 0.014 22 I 0.060 0.079 0.038 0.095 0.096 0.120 0.155 0.116 0.108 0.085 0.049 23 Q 0.241 0.220 0.071 0.191 0.107 0.057 0.053 0.031 0.016 0.009 0.004 24 S 0.199 0.107 0.073 0.144 0.112 0.103 0.102 0.068 0.044 0.032 0.016 25 Y 0.105 0.081 0.054 0.126 0.128 0.146 0.155 0.091 0.061 0.036 0.017 26 S 0.095 0.144 0.065 0.135 0.111 0.108 0.139 0.083 0.063 0.039 0.019 27 F 0.024 0.030 0.025 0.048 0.069 0.119 0.201 0.135 0.152 0.118 0.078 28 E 0.355 0.314 0.117 0.131 0.048 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 29 D 0.263 0.125 0.078 0.179 0.119 0.079 0.081 0.042 0.019 0.010 0.004 30 M 0.167 0.101 0.074 0.147 0.123 0.114 0.131 0.074 0.037 0.021 0.009 31 K 0.050 0.077 0.137 0.223 0.169 0.122 0.118 0.065 0.025 0.012 0.004 32 R 0.012 0.018 0.110 0.096 0.104 0.181 0.213 0.121 0.074 0.055 0.016 33 I 0.009 0.023 0.133 0.108 0.098 0.144 0.202 0.113 0.086 0.066 0.019 34 V 0.013 0.038 0.196 0.160 0.131 0.149 0.149 0.079 0.046 0.029 0.009 35 G 0.049 0.064 0.189 0.140 0.123 0.113 0.140 0.084 0.049 0.033 0.014 36 K 0.100 0.079 0.119 0.125 0.117 0.108 0.149 0.095 0.054 0.038 0.016 37 H 0.168 0.249 0.121 0.136 0.089 0.076 0.080 0.040 0.021 0.014 0.006 38 D 0.208 0.279 0.083 0.140 0.095 0.067 0.059 0.033 0.017 0.011 0.006 39 P 0.618 0.164 0.038 0.070 0.040 0.023 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 40 N 0.330 0.188 0.067 0.174 0.093 0.057 0.050 0.022 0.011 0.006 0.003 41 V 0.005 0.008 0.011 0.022 0.033 0.071 0.119 0.127 0.223 0.217 0.162 42 V 0.005 0.027 0.027 0.094 0.131 0.204 0.218 0.117 0.096 0.055 0.027 43 L 0.001 0.003 0.011 0.014 0.022 0.037 0.078 0.121 0.215 0.253 0.244 44 V 0.002 0.002 0.005 0.011 0.024 0.052 0.097 0.130 0.222 0.253 0.201 45 D 0.008 0.013 0.018 0.070 0.110 0.085 0.164 0.198 0.151 0.114 0.069 46 V 0.003 0.004 0.009 0.014 0.025 0.038 0.079 0.117 0.217 0.248 0.245 47 R 0.014 0.022 0.022 0.064 0.106 0.119 0.213 0.159 0.136 0.090 0.056 48 E 0.075 0.262 0.119 0.196 0.101 0.078 0.080 0.039 0.028 0.015 0.007 49 P 0.259 0.119 0.050 0.141 0.123 0.097 0.107 0.051 0.028 0.014 0.010 50 S 0.672 0.135 0.048 0.066 0.028 0.016 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 51 E 0.062 0.106 0.070 0.191 0.151 0.134 0.133 0.070 0.043 0.027 0.015 52 Y 0.015 0.020 0.019 0.030 0.044 0.082 0.127 0.134 0.185 0.201 0.143 53 S 0.080 0.185 0.168 0.236 0.132 0.077 0.059 0.032 0.017 0.010 0.004 54 I 0.075 0.070 0.115 0.178 0.141 0.129 0.116 0.080 0.048 0.033 0.016 55 V 0.155 0.085 0.058 0.125 0.108 0.110 0.124 0.099 0.067 0.045 0.024 56 H 0.042 0.068 0.036 0.113 0.116 0.123 0.176 0.132 0.098 0.060 0.036 57 I 0.008 0.008 0.010 0.018 0.032 0.045 0.091 0.124 0.186 0.209 0.269 58 P 0.200 0.173 0.118 0.209 0.140 0.059 0.049 0.026 0.015 0.008 0.004 59 A 0.078 0.058 0.047 0.142 0.129 0.121 0.173 0.103 0.077 0.046 0.026 60 S 0.007 0.009 0.008 0.021 0.029 0.039 0.065 0.097 0.198 0.230 0.296 61 I 0.019 0.029 0.020 0.081 0.115 0.141 0.199 0.142 0.126 0.081 0.047 62 N 0.017 0.026 0.046 0.083 0.091 0.104 0.129 0.115 0.144 0.130 0.114 63 V 0.005 0.005 0.007 0.015 0.029 0.050 0.099 0.123 0.213 0.219 0.235 64 P 0.070 0.093 0.051 0.175 0.151 0.093 0.128 0.092 0.074 0.047 0.025 65 Y 0.018 0.019 0.019 0.051 0.068 0.107 0.174 0.141 0.169 0.133 0.101 66 R 0.200 0.138 0.085 0.184 0.128 0.083 0.081 0.045 0.029 0.017 0.010 67 S 0.177 0.176 0.075 0.174 0.113 0.087 0.091 0.051 0.030 0.017 0.010 68 H 0.067 0.069 0.030 0.066 0.070 0.082 0.121 0.113 0.139 0.125 0.118 69 P 0.260 0.162 0.051 0.141 0.113 0.077 0.086 0.051 0.030 0.019 0.009 70 D 0.338 0.178 0.118 0.173 0.077 0.043 0.032 0.019 0.011 0.006 0.003 71 A 0.145 0.101 0.055 0.134 0.116 0.111 0.134 0.089 0.058 0.037 0.021 72 F 0.067 0.073 0.036 0.108 0.110 0.115 0.155 0.133 0.101 0.063 0.039 73 A 0.205 0.129 0.109 0.160 0.123 0.075 0.082 0.057 0.032 0.018 0.010 74 L 0.125 0.095 0.086 0.151 0.129 0.107 0.123 0.080 0.050 0.034 0.020 75 D 0.165 0.244 0.086 0.151 0.108 0.066 0.074 0.048 0.030 0.018 0.009 76 P 0.280 0.138 0.052 0.134 0.115 0.085 0.094 0.054 0.028 0.014 0.007 77 L 0.455 0.096 0.083 0.121 0.077 0.049 0.057 0.032 0.016 0.008 0.004 78 E 0.123 0.139 0.134 0.228 0.153 0.081 0.079 0.037 0.016 0.008 0.004 79 F 0.008 0.014 0.023 0.041 0.062 0.090 0.169 0.164 0.183 0.152 0.094 80 E 0.030 0.035 0.095 0.144 0.171 0.144 0.179 0.104 0.054 0.034 0.011 81 K 0.028 0.064 0.421 0.244 0.109 0.058 0.041 0.020 0.008 0.005 0.002 82 Q 0.016 0.031 0.093 0.116 0.117 0.155 0.190 0.116 0.081 0.056 0.028 83 I 0.018 0.014 0.020 0.030 0.046 0.077 0.162 0.158 0.198 0.169 0.108 84 G 0.111 0.148 0.214 0.216 0.135 0.062 0.054 0.031 0.015 0.008 0.004 85 I 0.059 0.050 0.107 0.118 0.124 0.126 0.166 0.101 0.071 0.050 0.029 86 P 0.218 0.158 0.071 0.126 0.101 0.085 0.109 0.062 0.037 0.021 0.011 87 K 0.252 0.229 0.077 0.159 0.098 0.061 0.059 0.034 0.018 0.009 0.005 88 P 0.237 0.086 0.043 0.089 0.090 0.087 0.124 0.087 0.069 0.052 0.036 89 D 0.262 0.303 0.076 0.138 0.078 0.048 0.044 0.022 0.014 0.010 0.005 90 S 0.178 0.225 0.059 0.169 0.120 0.090 0.076 0.040 0.023 0.014 0.006 91 A 0.376 0.184 0.042 0.112 0.074 0.059 0.058 0.039 0.026 0.020 0.010 92 K 0.089 0.096 0.057 0.180 0.150 0.124 0.138 0.085 0.046 0.024 0.010 93 E 0.046 0.098 0.078 0.219 0.172 0.142 0.118 0.064 0.034 0.020 0.008 94 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.031 0.068 0.087 0.244 0.301 0.249 95 I 0.003 0.011 0.017 0.058 0.091 0.153 0.192 0.142 0.145 0.120 0.067 96 F 0.002 0.003 0.010 0.013 0.021 0.037 0.074 0.112 0.229 0.273 0.227 97 Y 0.003 0.006 0.013 0.033 0.067 0.080 0.148 0.172 0.186 0.162 0.131 98 C 0.004 0.004 0.008 0.019 0.031 0.048 0.116 0.152 0.227 0.207 0.184 99 A 0.053 0.078 0.075 0.177 0.169 0.126 0.138 0.083 0.052 0.029 0.020 100 S 0.050 0.080 0.051 0.124 0.127 0.112 0.171 0.126 0.079 0.047 0.032 101 G 0.185 0.080 0.038 0.097 0.093 0.093 0.133 0.095 0.079 0.061 0.045 102 K 0.267 0.142 0.080 0.160 0.105 0.074 0.076 0.043 0.025 0.018 0.010 103 R 0.024 0.076 0.043 0.106 0.124 0.171 0.177 0.106 0.084 0.059 0.030 104 G 0.010 0.018 0.015 0.033 0.058 0.071 0.128 0.143 0.189 0.166 0.168 105 G 0.125 0.047 0.079 0.155 0.152 0.120 0.147 0.090 0.047 0.026 0.013 106 E 0.030 0.071 0.104 0.269 0.191 0.125 0.122 0.046 0.024 0.011 0.006 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.045 0.142 0.215 0.572 108 Q 0.001 0.001 0.004 0.013 0.052 0.093 0.168 0.150 0.193 0.190 0.135 109 K 0.005 0.018 0.418 0.219 0.145 0.080 0.063 0.026 0.015 0.009 0.003 110 V 0.001 0.002 0.017 0.029 0.051 0.207 0.308 0.120 0.126 0.094 0.044 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 0.168 0.302 0.496 112 S 0.007 0.012 0.032 0.077 0.159 0.171 0.267 0.129 0.078 0.045 0.023 113 S 0.014 0.071 0.419 0.209 0.114 0.080 0.044 0.021 0.013 0.010 0.005 114 H 0.026 0.023 0.022 0.045 0.074 0.189 0.274 0.158 0.094 0.061 0.034 115 G 0.302 0.198 0.031 0.099 0.060 0.051 0.082 0.069 0.052 0.034 0.022 116 Y 0.018 0.016 0.014 0.038 0.059 0.089 0.140 0.134 0.163 0.152 0.177 117 S 0.227 0.218 0.130 0.177 0.118 0.051 0.037 0.021 0.010 0.006 0.003 118 N 0.147 0.157 0.058 0.218 0.139 0.097 0.095 0.048 0.023 0.012 0.006 119 T 0.015 0.008 0.005 0.010 0.016 0.030 0.056 0.079 0.186 0.266 0.330 120 S 0.064 0.095 0.050 0.238 0.213 0.130 0.099 0.058 0.030 0.016 0.008 121 L 0.017 0.036 0.041 0.074 0.076 0.122 0.135 0.115 0.151 0.140 0.092 122 Y 0.004 0.007 0.005 0.016 0.029 0.056 0.115 0.125 0.211 0.195 0.237 123 P 0.294 0.155 0.055 0.177 0.123 0.063 0.060 0.035 0.021 0.011 0.006 124 G 0.214 0.064 0.048 0.138 0.122 0.103 0.121 0.078 0.052 0.037 0.023 125 S 0.022 0.046 0.016 0.064 0.078 0.111 0.153 0.124 0.155 0.135 0.096 126 M 0.005 0.010 0.005 0.023 0.040 0.063 0.123 0.146 0.215 0.196 0.173 127 N 0.155 0.093 0.127 0.204 0.168 0.099 0.079 0.040 0.020 0.010 0.005 128 D 0.146 0.117 0.129 0.274 0.140 0.072 0.069 0.029 0.013 0.007 0.004 129 W 0.003 0.003 0.003 0.009 0.013 0.030 0.061 0.081 0.226 0.279 0.292 130 V 0.021 0.024 0.020 0.077 0.127 0.130 0.226 0.153 0.107 0.076 0.038 131 S 0.025 0.125 0.384 0.225 0.099 0.065 0.034 0.018 0.012 0.009 0.003 132 H 0.055 0.059 0.054 0.105 0.124 0.198 0.191 0.096 0.063 0.036 0.020 133 G 0.562 0.177 0.027 0.064 0.031 0.023 0.039 0.032 0.022 0.015 0.007 134 G 0.099 0.070 0.028 0.090 0.096 0.136 0.156 0.102 0.101 0.074 0.048 135 D 0.404 0.284 0.081 0.119 0.060 0.021 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 136 K 0.187 0.114 0.044 0.135 0.117 0.111 0.122 0.078 0.048 0.028 0.015 137 L 0.078 0.051 0.022 0.059 0.071 0.114 0.188 0.149 0.122 0.088 0.059 138 D 0.172 0.321 0.104 0.217 0.099 0.038 0.025 0.013 0.006 0.003 0.002 139 L 0.129 0.057 0.035 0.081 0.098 0.107 0.149 0.119 0.099 0.074 0.053