# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.007 0.002 0.027 0.010 0.023 0.016 0.001 0.001 0.001 0.896 2 W 0.012 0.006 0.002 0.030 0.036 0.072 0.034 0.001 0.001 0.001 0.805 3 K 0.033 0.023 0.007 0.153 0.227 0.223 0.079 0.001 0.001 0.006 0.248 4 A 0.009 0.035 0.001 0.078 0.075 0.072 0.072 0.001 0.001 0.001 0.657 5 V 0.033 0.033 0.001 0.239 0.124 0.278 0.038 0.001 0.001 0.002 0.253 6 M 0.007 0.218 0.002 0.262 0.158 0.169 0.037 0.001 0.001 0.005 0.142 7 N 0.012 0.201 0.002 0.163 0.179 0.193 0.041 0.001 0.001 0.002 0.206 8 A 0.043 0.239 0.007 0.220 0.082 0.174 0.054 0.003 0.001 0.004 0.174 9 W 0.040 0.303 0.007 0.109 0.100 0.139 0.046 0.005 0.001 0.006 0.245 10 N 0.093 0.156 0.009 0.079 0.051 0.087 0.042 0.010 0.001 0.006 0.466 11 G 0.121 0.215 0.029 0.077 0.034 0.067 0.051 0.016 0.001 0.007 0.383 12 T 0.163 0.161 0.023 0.069 0.056 0.077 0.082 0.016 0.001 0.008 0.345 13 E 0.095 0.114 0.022 0.057 0.032 0.047 0.096 0.009 0.001 0.007 0.521 14 S 0.082 0.132 0.015 0.068 0.045 0.077 0.111 0.007 0.001 0.008 0.454 15 Q 0.163 0.122 0.010 0.073 0.036 0.061 0.112 0.010 0.001 0.009 0.404 16 S 0.162 0.121 0.010 0.058 0.034 0.055 0.110 0.009 0.001 0.009 0.432 17 K 0.127 0.088 0.033 0.078 0.042 0.064 0.087 0.006 0.001 0.008 0.467 18 N 0.072 0.064 0.009 0.059 0.063 0.089 0.146 0.008 0.001 0.010 0.482 19 V 0.087 0.048 0.020 0.058 0.038 0.068 0.070 0.003 0.001 0.007 0.601 20 S 0.034 0.053 0.003 0.045 0.053 0.080 0.223 0.004 0.001 0.006 0.499 21 N 0.141 0.032 0.007 0.039 0.032 0.058 0.125 0.005 0.001 0.015 0.546 22 I 0.132 0.092 0.006 0.054 0.041 0.058 0.115 0.005 0.001 0.010 0.487 23 Q 0.085 0.032 0.011 0.045 0.031 0.048 0.142 0.005 0.001 0.009 0.591 24 S 0.103 0.034 0.007 0.056 0.028 0.053 0.089 0.004 0.001 0.011 0.614 25 Y 0.139 0.037 0.015 0.099 0.091 0.102 0.100 0.003 0.001 0.008 0.408 26 S 0.055 0.026 0.005 0.073 0.048 0.072 0.078 0.003 0.001 0.006 0.634 27 F 0.067 0.029 0.024 0.156 0.084 0.173 0.089 0.001 0.001 0.005 0.371 28 E 0.016 0.022 0.003 0.047 0.034 0.067 0.245 0.001 0.001 0.004 0.562 29 D 0.005 0.005 0.001 0.010 0.004 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.943 30 M 0.009 0.038 0.001 0.011 0.007 0.012 0.339 0.001 0.001 0.003 0.580 31 K 0.105 0.068 0.003 0.012 0.006 0.012 0.460 0.002 0.001 0.009 0.325 32 R 0.110 0.681 0.001 0.006 0.009 0.013 0.047 0.001 0.001 0.002 0.130 33 I 0.037 0.863 0.002 0.002 0.008 0.007 0.024 0.002 0.001 0.001 0.054 34 V 0.067 0.840 0.002 0.002 0.003 0.004 0.009 0.008 0.001 0.001 0.064 35 G 0.180 0.662 0.002 0.002 0.004 0.009 0.009 0.048 0.001 0.001 0.082 36 K 0.341 0.401 0.025 0.006 0.007 0.014 0.016 0.078 0.001 0.002 0.110 37 H 0.147 0.241 0.052 0.014 0.014 0.022 0.053 0.134 0.001 0.005 0.319 38 D 0.259 0.048 0.031 0.017 0.016 0.015 0.048 0.040 0.001 0.007 0.519 39 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 40 N 0.023 0.001 0.002 0.068 0.035 0.028 0.575 0.002 0.001 0.008 0.258 41 V 0.335 0.003 0.021 0.175 0.030 0.037 0.124 0.001 0.001 0.024 0.250 42 V 0.003 0.001 0.001 0.776 0.089 0.067 0.039 0.001 0.001 0.001 0.024 43 L 0.003 0.001 0.001 0.386 0.064 0.076 0.067 0.001 0.001 0.003 0.399 44 V 0.001 0.001 0.001 0.846 0.042 0.087 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 45 D 0.001 0.001 0.001 0.497 0.072 0.097 0.042 0.001 0.001 0.001 0.290 46 V 0.005 0.001 0.001 0.498 0.053 0.140 0.037 0.001 0.001 0.002 0.265 47 R 0.009 0.001 0.001 0.202 0.050 0.084 0.306 0.001 0.001 0.010 0.337 48 E 0.030 0.001 0.002 0.031 0.022 0.032 0.332 0.001 0.001 0.012 0.537 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 50 S 0.007 0.002 0.001 0.009 0.014 0.034 0.360 0.001 0.001 0.006 0.566 51 E 0.272 0.007 0.001 0.012 0.005 0.011 0.221 0.001 0.001 0.008 0.462 52 Y 0.307 0.126 0.003 0.024 0.034 0.054 0.049 0.002 0.001 0.005 0.396 53 S 0.129 0.140 0.009 0.042 0.070 0.083 0.125 0.005 0.001 0.007 0.390 54 I 0.098 0.120 0.010 0.039 0.041 0.053 0.059 0.005 0.001 0.004 0.571 55 V 0.142 0.089 0.007 0.117 0.117 0.147 0.057 0.006 0.001 0.006 0.311 56 H 0.081 0.040 0.015 0.056 0.042 0.088 0.067 0.012 0.001 0.010 0.589 57 I 0.056 0.035 0.018 0.138 0.127 0.230 0.053 0.002 0.001 0.003 0.338 58 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 59 A 0.015 0.005 0.001 0.082 0.064 0.161 0.072 0.001 0.001 0.005 0.593 60 S 0.258 0.010 0.001 0.102 0.064 0.097 0.046 0.001 0.001 0.004 0.418 61 I 0.104 0.025 0.005 0.198 0.168 0.197 0.051 0.001 0.001 0.005 0.246 62 N 0.053 0.020 0.008 0.182 0.083 0.170 0.058 0.003 0.001 0.007 0.416 63 V 0.037 0.013 0.006 0.182 0.133 0.206 0.083 0.001 0.001 0.002 0.337 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 65 Y 0.006 0.001 0.001 0.022 0.026 0.077 0.029 0.001 0.001 0.002 0.836 66 R 0.083 0.010 0.001 0.027 0.017 0.032 0.089 0.001 0.001 0.005 0.737 67 S 0.292 0.012 0.004 0.016 0.011 0.019 0.181 0.003 0.001 0.007 0.456 68 H 0.437 0.037 0.007 0.026 0.015 0.029 0.095 0.002 0.001 0.005 0.346 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 70 D 0.010 0.005 0.002 0.012 0.011 0.026 0.093 0.001 0.001 0.003 0.838 71 A 0.251 0.018 0.003 0.021 0.008 0.014 0.058 0.001 0.001 0.006 0.620 72 F 0.280 0.066 0.002 0.025 0.011 0.017 0.119 0.004 0.001 0.003 0.473 73 A 0.419 0.077 0.007 0.041 0.012 0.031 0.101 0.005 0.001 0.005 0.302 74 L 0.213 0.071 0.013 0.044 0.010 0.017 0.091 0.006 0.001 0.005 0.531 75 D 0.126 0.055 0.008 0.013 0.011 0.014 0.257 0.012 0.001 0.005 0.499 76 P 0.005 0.016 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.959 77 L 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.288 78 E 0.099 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.001 0.001 0.004 0.127 79 F 0.081 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.030 80 E 0.011 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.033 81 K 0.027 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.049 82 Q 0.053 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.023 83 I 0.069 0.875 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.028 84 G 0.165 0.493 0.082 0.005 0.005 0.008 0.011 0.125 0.001 0.001 0.104 85 I 0.212 0.214 0.179 0.012 0.011 0.014 0.023 0.041 0.001 0.003 0.291 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 87 K 0.026 0.007 0.009 0.012 0.029 0.055 0.056 0.002 0.001 0.003 0.801 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 89 D 0.036 0.007 0.001 0.017 0.091 0.105 0.132 0.001 0.001 0.005 0.606 90 S 0.169 0.006 0.002 0.013 0.005 0.011 0.046 0.001 0.001 0.006 0.742 91 A 0.108 0.007 0.001 0.018 0.027 0.020 0.372 0.001 0.001 0.007 0.438 92 K 0.593 0.003 0.009 0.030 0.042 0.020 0.118 0.001 0.001 0.034 0.150 93 E 0.044 0.008 0.002 0.201 0.089 0.054 0.195 0.001 0.001 0.005 0.402 94 L 0.007 0.001 0.001 0.405 0.218 0.225 0.031 0.001 0.001 0.002 0.110 95 I 0.001 0.001 0.001 0.755 0.086 0.113 0.016 0.001 0.001 0.002 0.026 96 F 0.001 0.001 0.001 0.687 0.103 0.147 0.019 0.001 0.001 0.001 0.041 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.763 0.039 0.139 0.019 0.001 0.001 0.001 0.039 98 C 0.001 0.001 0.001 0.652 0.062 0.151 0.033 0.001 0.001 0.003 0.098 99 A 0.002 0.001 0.001 0.229 0.033 0.066 0.126 0.001 0.001 0.004 0.539 100 S 0.009 0.001 0.001 0.080 0.011 0.022 0.339 0.001 0.001 0.012 0.525 101 G 0.117 0.002 0.002 0.034 0.006 0.011 0.161 0.001 0.001 0.029 0.638 102 K 0.153 0.007 0.005 0.020 0.006 0.008 0.218 0.001 0.001 0.011 0.570 103 R 0.035 0.020 0.004 0.010 0.006 0.012 0.236 0.001 0.001 0.006 0.670 104 G 0.038 0.130 0.004 0.010 0.012 0.033 0.154 0.001 0.001 0.005 0.612 105 G 0.015 0.298 0.001 0.003 0.005 0.010 0.111 0.001 0.001 0.001 0.554 106 E 0.015 0.460 0.001 0.001 0.001 0.002 0.180 0.001 0.001 0.001 0.339 107 A 0.006 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.039 108 Q 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 109 K 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 A 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 113 S 0.037 0.870 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.077 0.001 0.001 0.009 114 H 0.356 0.396 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.001 0.001 0.011 115 G 0.463 0.078 0.066 0.002 0.001 0.001 0.008 0.303 0.001 0.001 0.076 116 Y 0.009 0.007 0.940 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 117 S 0.018 0.017 0.017 0.116 0.068 0.036 0.096 0.005 0.001 0.005 0.622 118 N 0.039 0.006 0.004 0.108 0.017 0.020 0.112 0.004 0.001 0.008 0.684 119 T 0.123 0.015 0.004 0.290 0.035 0.037 0.110 0.001 0.001 0.002 0.383 120 S 0.013 0.004 0.003 0.681 0.066 0.061 0.081 0.001 0.001 0.006 0.086 121 L 0.011 0.004 0.003 0.245 0.021 0.032 0.049 0.001 0.001 0.005 0.627 122 Y 0.008 0.005 0.003 0.600 0.048 0.156 0.050 0.001 0.001 0.002 0.129 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 124 G 0.003 0.001 0.001 0.034 0.012 0.033 0.078 0.001 0.001 0.005 0.834 125 S 0.282 0.004 0.004 0.022 0.004 0.008 0.146 0.001 0.001 0.006 0.524 126 M 0.075 0.044 0.004 0.031 0.010 0.023 0.092 0.001 0.001 0.003 0.720 127 N 0.038 0.112 0.001 0.016 0.023 0.033 0.145 0.001 0.001 0.004 0.628 128 D 0.078 0.261 0.001 0.006 0.005 0.006 0.249 0.002 0.001 0.002 0.390 129 W 0.088 0.778 0.001 0.002 0.011 0.010 0.021 0.003 0.001 0.001 0.085 130 V 0.026 0.918 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.038 131 S 0.042 0.834 0.002 0.001 0.002 0.003 0.041 0.026 0.001 0.001 0.047 132 H 0.315 0.511 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.114 0.001 0.002 0.044 133 G 0.588 0.109 0.012 0.002 0.002 0.002 0.004 0.171 0.001 0.003 0.106 134 G 0.024 0.005 0.928 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 135 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.976 136 K 0.031 0.004 0.008 0.055 0.017 0.056 0.079 0.002 0.001 0.012 0.736 137 L 0.060 0.015 0.004 0.197 0.054 0.063 0.273 0.001 0.001 0.004 0.328 138 D 0.066 0.009 0.002 0.076 0.056 0.064 0.142 0.001 0.001 0.011 0.575 139 L 0.072 0.021 0.006 0.161 0.041 0.069 0.068 0.001 0.001 0.006 0.556