# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.012 0.013 0.013 0.014 0.036 0.003 0.887 2 W 0.024 0.023 0.039 0.119 0.187 0.067 0.004 0.537 3 K 0.020 0.041 0.106 0.199 0.354 0.045 0.003 0.232 4 A 0.024 0.181 0.103 0.161 0.217 0.036 0.004 0.274 5 V 0.033 0.142 0.290 0.138 0.250 0.025 0.004 0.117 6 M 0.013 0.166 0.268 0.199 0.256 0.013 0.004 0.081 7 N 0.009 0.096 0.335 0.149 0.294 0.013 0.006 0.098 8 A 0.035 0.100 0.243 0.123 0.237 0.040 0.013 0.209 9 W 0.039 0.087 0.241 0.114 0.176 0.071 0.015 0.257 10 N 0.030 0.051 0.165 0.096 0.194 0.080 0.014 0.371 11 G 0.071 0.038 0.111 0.050 0.116 0.076 0.016 0.522 12 T 0.084 0.030 0.099 0.065 0.127 0.098 0.012 0.484 13 E 0.051 0.031 0.099 0.081 0.111 0.097 0.007 0.523 14 S 0.056 0.043 0.058 0.073 0.121 0.088 0.008 0.553 15 Q 0.094 0.040 0.053 0.068 0.124 0.096 0.012 0.513 16 S 0.118 0.045 0.044 0.061 0.100 0.111 0.018 0.503 17 K 0.124 0.040 0.046 0.058 0.073 0.104 0.017 0.537 18 N 0.070 0.033 0.036 0.059 0.079 0.181 0.013 0.529 19 V 0.060 0.034 0.041 0.040 0.088 0.082 0.008 0.646 20 S 0.031 0.030 0.032 0.039 0.065 0.313 0.009 0.480 21 N 0.162 0.029 0.034 0.030 0.049 0.142 0.030 0.525 22 I 0.164 0.095 0.064 0.047 0.071 0.136 0.017 0.407 23 Q 0.056 0.035 0.038 0.029 0.034 0.171 0.012 0.626 24 S 0.091 0.040 0.049 0.029 0.060 0.088 0.018 0.625 25 Y 0.170 0.045 0.078 0.054 0.066 0.128 0.017 0.442 26 S 0.070 0.033 0.063 0.038 0.056 0.103 0.011 0.625 27 F 0.071 0.035 0.206 0.043 0.105 0.066 0.009 0.465 28 E 0.020 0.039 0.041 0.016 0.046 0.237 0.005 0.596 29 D 0.009 0.029 0.031 0.003 0.022 0.059 0.003 0.844 30 M 0.009 0.116 0.012 0.002 0.009 0.243 0.004 0.606 31 K 0.046 0.136 0.006 0.002 0.004 0.652 0.009 0.145 32 R 0.036 0.839 0.002 0.001 0.002 0.040 0.003 0.077 33 I 0.025 0.939 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.027 34 V 0.052 0.893 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.035 35 G 0.185 0.698 0.003 0.003 0.003 0.004 0.068 0.036 36 K 0.279 0.543 0.009 0.011 0.006 0.008 0.070 0.074 37 H 0.190 0.247 0.047 0.011 0.008 0.050 0.143 0.303 38 D 0.309 0.078 0.079 0.017 0.012 0.048 0.036 0.422 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 N 0.046 0.002 0.097 0.035 0.022 0.297 0.009 0.491 41 V 0.371 0.003 0.168 0.034 0.029 0.051 0.011 0.332 42 V 0.011 0.001 0.691 0.100 0.108 0.028 0.001 0.059 43 L 0.002 0.001 0.830 0.040 0.039 0.029 0.001 0.060 44 V 0.001 0.001 0.836 0.057 0.090 0.005 0.001 0.012 45 D 0.001 0.001 0.638 0.114 0.137 0.024 0.001 0.086 46 V 0.001 0.001 0.567 0.058 0.135 0.043 0.001 0.193 47 R 0.003 0.001 0.252 0.060 0.080 0.335 0.003 0.267 48 E 0.007 0.001 0.057 0.022 0.042 0.191 0.003 0.676 49 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992 50 S 0.003 0.002 0.003 0.004 0.010 0.357 0.001 0.620 51 E 0.484 0.014 0.006 0.006 0.010 0.119 0.023 0.338 52 Y 0.476 0.192 0.011 0.021 0.024 0.043 0.007 0.226 53 S 0.172 0.250 0.022 0.062 0.085 0.110 0.010 0.289 54 I 0.110 0.295 0.026 0.046 0.087 0.044 0.017 0.375 55 V 0.216 0.234 0.044 0.066 0.107 0.063 0.031 0.239 56 H 0.161 0.090 0.081 0.071 0.080 0.059 0.047 0.411 57 I 0.066 0.055 0.211 0.117 0.123 0.110 0.011 0.307 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 59 A 0.016 0.006 0.065 0.032 0.079 0.190 0.006 0.607 60 S 0.266 0.016 0.125 0.030 0.041 0.047 0.010 0.465 61 I 0.091 0.022 0.233 0.155 0.180 0.070 0.008 0.240 62 N 0.041 0.017 0.109 0.088 0.156 0.057 0.011 0.521 63 V 0.061 0.009 0.254 0.147 0.191 0.068 0.005 0.266 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 65 Y 0.013 0.004 0.085 0.036 0.186 0.080 0.003 0.593 66 R 0.064 0.014 0.021 0.019 0.022 0.290 0.011 0.559 67 S 0.472 0.009 0.010 0.007 0.011 0.085 0.051 0.356 68 H 0.388 0.044 0.035 0.016 0.029 0.099 0.008 0.381 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 70 D 0.020 0.009 0.006 0.006 0.025 0.171 0.005 0.759 71 A 0.484 0.047 0.011 0.007 0.016 0.041 0.012 0.382 72 F 0.305 0.090 0.022 0.019 0.024 0.127 0.013 0.400 73 A 0.353 0.073 0.045 0.023 0.038 0.069 0.023 0.377 74 L 0.367 0.070 0.036 0.013 0.019 0.070 0.025 0.400 75 D 0.066 0.046 0.015 0.010 0.018 0.343 0.010 0.492 76 P 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 77 L 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.557 0.001 0.431 78 E 0.060 0.005 0.001 0.001 0.001 0.903 0.007 0.025 79 F 0.060 0.861 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.059 80 E 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 81 K 0.034 0.899 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 0.042 82 Q 0.063 0.887 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.014 83 I 0.118 0.816 0.006 0.006 0.005 0.004 0.021 0.025 84 G 0.120 0.462 0.125 0.015 0.009 0.045 0.088 0.136 85 I 0.220 0.207 0.154 0.026 0.019 0.030 0.044 0.299 86 P 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.988 87 K 0.042 0.010 0.031 0.025 0.036 0.083 0.007 0.766 88 P 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.987 89 D 0.048 0.007 0.015 0.050 0.066 0.217 0.005 0.593 90 S 0.023 0.002 0.004 0.002 0.004 0.017 0.002 0.945 91 A 0.095 0.006 0.021 0.011 0.016 0.389 0.025 0.436 92 K 0.827 0.001 0.019 0.008 0.004 0.037 0.033 0.071 93 E 0.084 0.006 0.165 0.038 0.025 0.177 0.007 0.497 94 L 0.010 0.001 0.446 0.122 0.122 0.153 0.002 0.145 95 I 0.002 0.001 0.758 0.050 0.092 0.043 0.001 0.054 96 F 0.001 0.001 0.661 0.121 0.176 0.011 0.001 0.031 97 Y 0.001 0.001 0.781 0.066 0.106 0.009 0.001 0.038 98 C 0.001 0.001 0.630 0.061 0.083 0.058 0.001 0.166 99 A 0.002 0.001 0.354 0.034 0.087 0.185 0.002 0.336 100 S 0.005 0.001 0.076 0.009 0.023 0.356 0.007 0.523 101 G 0.300 0.002 0.050 0.008 0.015 0.110 0.053 0.461 102 K 0.278 0.012 0.038 0.010 0.009 0.219 0.013 0.420 103 R 0.051 0.016 0.017 0.006 0.010 0.242 0.004 0.653 104 G 0.106 0.041 0.013 0.005 0.028 0.118 0.005 0.684 105 G 0.047 0.055 0.009 0.003 0.013 0.149 0.003 0.721 106 E 0.030 0.155 0.008 0.002 0.007 0.173 0.002 0.622 107 A 0.028 0.644 0.004 0.001 0.003 0.049 0.002 0.269 108 Q 0.006 0.913 0.002 0.001 0.002 0.026 0.001 0.050 109 K 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 110 V 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 111 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 112 S 0.028 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 113 S 0.054 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.007 114 H 0.278 0.499 0.006 0.001 0.001 0.003 0.192 0.021 115 G 0.418 0.045 0.051 0.003 0.001 0.009 0.396 0.076 116 Y 0.047 0.036 0.656 0.027 0.007 0.066 0.014 0.147 117 S 0.013 0.011 0.242 0.029 0.016 0.159 0.006 0.524 118 N 0.071 0.014 0.112 0.018 0.034 0.159 0.012 0.580 119 T 0.136 0.022 0.272 0.039 0.045 0.075 0.008 0.404 120 S 0.027 0.008 0.411 0.182 0.154 0.079 0.005 0.133 121 L 0.027 0.021 0.169 0.054 0.067 0.098 0.010 0.554 122 Y 0.043 0.013 0.361 0.068 0.174 0.064 0.005 0.272 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 124 G 0.012 0.002 0.046 0.011 0.025 0.116 0.003 0.785 125 S 0.189 0.015 0.028 0.009 0.018 0.113 0.009 0.619 126 M 0.120 0.063 0.053 0.012 0.060 0.101 0.006 0.587 127 N 0.011 0.066 0.010 0.005 0.022 0.154 0.002 0.730 128 D 0.048 0.172 0.008 0.006 0.012 0.275 0.006 0.473 129 W 0.055 0.734 0.003 0.003 0.007 0.079 0.003 0.116 130 V 0.042 0.894 0.003 0.004 0.005 0.014 0.003 0.034 131 S 0.039 0.909 0.002 0.002 0.004 0.003 0.010 0.030 132 H 0.267 0.530 0.005 0.004 0.007 0.005 0.132 0.049 133 G 0.428 0.145 0.023 0.009 0.007 0.011 0.266 0.111 134 G 0.160 0.065 0.290 0.038 0.017 0.085 0.048 0.298 135 D 0.009 0.003 0.030 0.007 0.004 0.041 0.004 0.902 136 K 0.032 0.005 0.075 0.034 0.079 0.068 0.007 0.700 137 L 0.106 0.009 0.184 0.099 0.088 0.128 0.007 0.379 138 D 0.026 0.009 0.042 0.047 0.050 0.138 0.004 0.684 139 L 0.027 0.012 0.070 0.041 0.136 0.041 0.004 0.668