# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.469 0.116 0.109 0.100 0.081 0.029 0.056 0.013 0.020 0.006 0.001 2 W 0.461 0.270 0.183 0.036 0.019 0.018 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 3 K 0.580 0.251 0.074 0.018 0.050 0.013 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 4 A 0.547 0.282 0.083 0.021 0.037 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 5 V 0.633 0.284 0.033 0.014 0.016 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 6 M 0.716 0.124 0.060 0.026 0.046 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 7 N 0.630 0.113 0.064 0.086 0.052 0.019 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 8 A 0.588 0.193 0.075 0.082 0.027 0.013 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 9 W 0.392 0.217 0.168 0.118 0.033 0.032 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 10 N 0.290 0.136 0.214 0.181 0.050 0.032 0.067 0.005 0.020 0.004 0.001 11 G 0.187 0.068 0.156 0.109 0.141 0.047 0.096 0.108 0.016 0.071 0.001 12 T 0.282 0.267 0.222 0.133 0.044 0.024 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 13 E 0.300 0.218 0.252 0.080 0.057 0.044 0.015 0.002 0.028 0.004 0.001 14 S 0.300 0.191 0.270 0.096 0.046 0.049 0.016 0.002 0.025 0.002 0.003 15 Q 0.329 0.233 0.182 0.125 0.057 0.029 0.014 0.003 0.025 0.002 0.001 16 S 0.214 0.223 0.253 0.132 0.067 0.047 0.025 0.004 0.032 0.003 0.001 17 K 0.226 0.308 0.218 0.130 0.045 0.026 0.015 0.003 0.025 0.002 0.001 18 N 0.105 0.195 0.339 0.084 0.086 0.090 0.039 0.006 0.046 0.010 0.001 19 V 0.398 0.186 0.247 0.086 0.026 0.024 0.006 0.001 0.019 0.002 0.004 20 S 0.425 0.131 0.192 0.147 0.032 0.031 0.019 0.003 0.015 0.003 0.001 21 N 0.239 0.142 0.193 0.186 0.078 0.049 0.050 0.015 0.037 0.010 0.001 22 I 0.256 0.218 0.298 0.117 0.033 0.028 0.022 0.003 0.022 0.002 0.002 23 Q 0.240 0.204 0.288 0.116 0.041 0.045 0.033 0.004 0.023 0.004 0.002 24 S 0.209 0.242 0.258 0.126 0.069 0.037 0.025 0.004 0.023 0.003 0.002 25 Y 0.156 0.395 0.234 0.074 0.066 0.031 0.010 0.002 0.028 0.001 0.001 26 S 0.135 0.368 0.314 0.048 0.039 0.066 0.007 0.001 0.020 0.001 0.002 27 F 0.182 0.380 0.256 0.057 0.048 0.047 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 28 E 0.213 0.151 0.389 0.034 0.055 0.096 0.011 0.001 0.045 0.004 0.001 29 D 0.912 0.006 0.055 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 M 0.987 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.981 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.980 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.969 0.010 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 V 0.832 0.010 0.018 0.123 0.007 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 35 G 0.598 0.014 0.053 0.163 0.021 0.009 0.045 0.065 0.009 0.024 0.001 36 K 0.443 0.047 0.145 0.315 0.008 0.017 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 37 H 0.150 0.069 0.140 0.440 0.019 0.041 0.106 0.014 0.012 0.009 0.001 38 D 0.019 0.141 0.265 0.030 0.041 0.054 0.102 0.003 0.319 0.024 0.001 39 P 0.553 0.005 0.283 0.067 0.006 0.007 0.003 0.001 0.002 0.003 0.071 40 N 0.131 0.070 0.083 0.485 0.069 0.047 0.052 0.045 0.012 0.005 0.001 41 V 0.021 0.605 0.240 0.043 0.052 0.016 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 42 V 0.007 0.789 0.158 0.004 0.010 0.023 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 43 L 0.006 0.527 0.281 0.006 0.014 0.154 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 44 V 0.008 0.867 0.054 0.007 0.034 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 45 D 0.005 0.153 0.473 0.013 0.066 0.176 0.042 0.001 0.069 0.002 0.001 46 V 0.310 0.201 0.251 0.082 0.077 0.021 0.005 0.001 0.027 0.003 0.022 47 R 0.184 0.334 0.256 0.104 0.044 0.047 0.007 0.005 0.013 0.003 0.002 48 E 0.012 0.188 0.602 0.004 0.022 0.036 0.005 0.001 0.127 0.002 0.002 49 P 0.533 0.003 0.403 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 50 S 0.749 0.024 0.107 0.075 0.010 0.019 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 51 E 0.629 0.046 0.082 0.190 0.013 0.016 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 52 Y 0.450 0.155 0.139 0.169 0.027 0.017 0.017 0.003 0.020 0.002 0.001 53 S 0.482 0.142 0.182 0.091 0.028 0.029 0.027 0.002 0.013 0.002 0.003 54 I 0.405 0.214 0.107 0.183 0.034 0.018 0.018 0.002 0.015 0.002 0.001 55 V 0.195 0.221 0.195 0.230 0.058 0.032 0.036 0.003 0.026 0.003 0.001 56 H 0.104 0.213 0.355 0.120 0.043 0.081 0.048 0.006 0.023 0.004 0.002 57 I 0.025 0.405 0.323 0.009 0.024 0.025 0.006 0.001 0.178 0.004 0.001 58 P 0.267 0.006 0.624 0.026 0.003 0.018 0.002 0.001 0.003 0.001 0.050 59 A 0.198 0.066 0.116 0.208 0.087 0.025 0.058 0.205 0.010 0.027 0.001 60 S 0.116 0.239 0.282 0.129 0.107 0.042 0.035 0.017 0.021 0.010 0.001 61 I 0.131 0.469 0.232 0.096 0.025 0.020 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 62 N 0.090 0.230 0.319 0.111 0.067 0.117 0.031 0.004 0.021 0.005 0.005 63 V 0.016 0.485 0.284 0.005 0.041 0.012 0.003 0.001 0.152 0.002 0.001 64 P 0.067 0.006 0.829 0.004 0.003 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 65 Y 0.583 0.060 0.206 0.099 0.015 0.016 0.005 0.002 0.011 0.001 0.002 66 R 0.432 0.079 0.193 0.132 0.059 0.035 0.037 0.010 0.015 0.008 0.001 67 S 0.269 0.095 0.158 0.370 0.026 0.034 0.022 0.005 0.015 0.004 0.002 68 H 0.086 0.177 0.406 0.018 0.038 0.022 0.016 0.001 0.222 0.012 0.001 69 P 0.734 0.002 0.205 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 70 D 0.604 0.022 0.072 0.243 0.011 0.018 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 71 A 0.646 0.031 0.108 0.118 0.027 0.014 0.027 0.012 0.009 0.007 0.001 72 F 0.569 0.057 0.077 0.252 0.010 0.009 0.014 0.002 0.009 0.001 0.001 73 A 0.310 0.104 0.233 0.179 0.034 0.053 0.048 0.003 0.031 0.003 0.002 74 L 0.206 0.173 0.435 0.101 0.012 0.045 0.010 0.001 0.011 0.002 0.005 75 D 0.019 0.100 0.603 0.010 0.027 0.085 0.009 0.001 0.140 0.007 0.001 76 P 0.920 0.001 0.059 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 77 L 0.972 0.001 0.004 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.917 0.004 0.006 0.066 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.945 0.009 0.008 0.030 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.981 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.968 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.905 0.010 0.007 0.065 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 83 I 0.517 0.016 0.048 0.372 0.002 0.004 0.036 0.001 0.004 0.001 0.001 84 G 0.165 0.016 0.048 0.117 0.019 0.013 0.337 0.235 0.004 0.046 0.001 85 I 0.056 0.234 0.535 0.031 0.022 0.017 0.008 0.001 0.095 0.001 0.001 86 P 0.225 0.007 0.664 0.033 0.002 0.038 0.002 0.001 0.003 0.001 0.025 87 K 0.034 0.310 0.347 0.013 0.035 0.022 0.005 0.001 0.232 0.002 0.001 88 P 0.196 0.004 0.684 0.018 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.074 89 D 0.148 0.180 0.381 0.099 0.040 0.056 0.017 0.007 0.067 0.005 0.001 90 S 0.609 0.026 0.251 0.064 0.010 0.011 0.007 0.001 0.005 0.004 0.011 91 A 0.130 0.035 0.076 0.614 0.027 0.027 0.063 0.015 0.008 0.003 0.001 92 K 0.024 0.379 0.420 0.029 0.041 0.012 0.028 0.002 0.062 0.001 0.002 93 E 0.021 0.182 0.708 0.011 0.014 0.039 0.003 0.001 0.008 0.001 0.013 94 L 0.003 0.816 0.137 0.004 0.020 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 I 0.001 0.869 0.090 0.001 0.021 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 F 0.002 0.852 0.078 0.001 0.035 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 97 Y 0.004 0.773 0.106 0.003 0.060 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 98 C 0.022 0.413 0.325 0.012 0.107 0.064 0.007 0.001 0.046 0.003 0.001 99 A 0.299 0.189 0.241 0.083 0.091 0.031 0.019 0.002 0.031 0.007 0.006 100 S 0.152 0.064 0.156 0.313 0.093 0.022 0.134 0.026 0.012 0.026 0.001 101 G 0.054 0.012 0.045 0.019 0.069 0.008 0.091 0.441 0.004 0.255 0.001 102 K 0.552 0.077 0.261 0.059 0.016 0.024 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 103 R 0.592 0.083 0.154 0.089 0.028 0.035 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 104 G 0.949 0.006 0.012 0.009 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 105 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.948 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.104 0.001 0.016 0.842 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.011 0.001 0.007 0.007 0.003 0.002 0.270 0.638 0.001 0.062 0.001 116 Y 0.120 0.177 0.426 0.153 0.027 0.062 0.017 0.003 0.013 0.002 0.001 117 S 0.199 0.145 0.326 0.185 0.037 0.040 0.038 0.005 0.014 0.009 0.001 118 N 0.093 0.131 0.150 0.181 0.191 0.083 0.101 0.028 0.024 0.019 0.002 119 T 0.071 0.634 0.129 0.066 0.071 0.012 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 120 S 0.050 0.594 0.226 0.025 0.049 0.036 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 121 L 0.046 0.580 0.240 0.024 0.040 0.042 0.004 0.001 0.021 0.001 0.002 122 Y 0.022 0.467 0.301 0.006 0.047 0.023 0.003 0.001 0.129 0.002 0.001 123 P 0.076 0.025 0.796 0.023 0.006 0.038 0.007 0.001 0.006 0.001 0.022 124 G 0.077 0.029 0.097 0.044 0.086 0.014 0.048 0.434 0.004 0.167 0.001 125 S 0.187 0.077 0.273 0.082 0.132 0.075 0.043 0.038 0.019 0.074 0.001 126 M 0.820 0.032 0.082 0.040 0.008 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 127 N 0.959 0.009 0.013 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.968 0.007 0.004 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 W 0.980 0.007 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.977 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.963 0.003 0.002 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 132 H 0.180 0.003 0.022 0.771 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 133 G 0.007 0.001 0.008 0.011 0.002 0.001 0.186 0.747 0.001 0.039 0.001 134 G 0.018 0.121 0.718 0.015 0.038 0.012 0.024 0.010 0.022 0.021 0.001 135 D 0.132 0.025 0.744 0.035 0.007 0.037 0.004 0.001 0.007 0.002 0.006 136 K 0.144 0.239 0.316 0.144 0.054 0.075 0.006 0.002 0.015 0.001 0.002 137 L 0.087 0.611 0.155 0.048 0.053 0.017 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 138 D 0.033 0.174 0.538 0.026 0.043 0.118 0.012 0.001 0.052 0.001 0.003 139 L 0.380 0.122 0.303 0.088 0.030 0.031 0.006 0.001 0.028 0.003 0.009