# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.436 0.205 0.114 0.106 0.074 0.046 0.019 2 W 0.194 0.157 0.189 0.193 0.151 0.090 0.027 3 K 0.156 0.151 0.172 0.202 0.159 0.114 0.046 4 A 0.128 0.059 0.066 0.144 0.137 0.233 0.233 5 V 0.060 0.040 0.045 0.105 0.110 0.237 0.403 6 M 0.064 0.044 0.051 0.097 0.155 0.253 0.335 7 N 0.063 0.088 0.091 0.133 0.157 0.207 0.260 8 A 0.049 0.052 0.061 0.154 0.123 0.224 0.337 9 W 0.035 0.028 0.032 0.090 0.133 0.281 0.401 10 N 0.046 0.050 0.054 0.111 0.176 0.278 0.285 11 G 0.055 0.059 0.064 0.128 0.143 0.244 0.308 12 T 0.057 0.062 0.065 0.139 0.153 0.258 0.266 13 E 0.076 0.101 0.118 0.180 0.204 0.201 0.118 14 S 0.093 0.097 0.104 0.158 0.205 0.225 0.118 15 Q 0.118 0.145 0.147 0.193 0.170 0.154 0.073 16 S 0.135 0.136 0.156 0.196 0.184 0.147 0.047 17 K 0.170 0.185 0.203 0.200 0.144 0.081 0.017 18 N 0.239 0.246 0.194 0.160 0.099 0.053 0.009 19 V 0.185 0.147 0.162 0.206 0.178 0.106 0.016 20 S 0.305 0.231 0.185 0.147 0.087 0.041 0.005 21 N 0.347 0.248 0.183 0.132 0.060 0.027 0.004 22 I 0.294 0.214 0.186 0.159 0.102 0.040 0.005 23 Q 0.333 0.287 0.156 0.118 0.071 0.031 0.004 24 S 0.262 0.237 0.190 0.160 0.102 0.043 0.005 25 Y 0.180 0.234 0.227 0.201 0.110 0.043 0.004 26 S 0.102 0.155 0.219 0.235 0.190 0.091 0.007 27 F 0.097 0.111 0.188 0.271 0.230 0.095 0.008 28 E 0.402 0.357 0.134 0.066 0.032 0.008 0.001 29 D 0.363 0.287 0.175 0.120 0.043 0.012 0.001 30 M 0.412 0.271 0.173 0.101 0.036 0.007 0.001 31 K 0.421 0.352 0.134 0.065 0.023 0.005 0.001 32 R 0.119 0.169 0.250 0.260 0.164 0.037 0.001 33 I 0.182 0.274 0.272 0.177 0.078 0.017 0.001 34 V 0.213 0.294 0.272 0.156 0.054 0.011 0.001 35 G 0.167 0.201 0.314 0.221 0.083 0.013 0.001 36 K 0.393 0.278 0.193 0.101 0.030 0.004 0.001 37 H 0.655 0.268 0.053 0.018 0.005 0.001 0.001 38 D 0.529 0.308 0.101 0.048 0.012 0.002 0.001 39 P 0.439 0.357 0.137 0.051 0.014 0.002 0.001 40 N 0.200 0.430 0.232 0.099 0.032 0.007 0.001 41 V 0.008 0.022 0.062 0.181 0.465 0.241 0.022 42 V 0.003 0.019 0.066 0.186 0.298 0.379 0.049 43 L 0.001 0.003 0.010 0.024 0.094 0.509 0.359 44 V 0.001 0.002 0.009 0.021 0.099 0.419 0.450 45 D 0.002 0.010 0.029 0.059 0.185 0.383 0.332 46 V 0.001 0.006 0.019 0.049 0.145 0.495 0.283 47 R 0.012 0.047 0.131 0.276 0.324 0.186 0.024 48 E 0.116 0.247 0.221 0.203 0.142 0.067 0.004 49 P 0.292 0.337 0.197 0.112 0.050 0.011 0.001 50 S 0.474 0.384 0.086 0.040 0.013 0.003 0.001 51 E 0.196 0.298 0.231 0.169 0.086 0.019 0.001 52 Y 0.104 0.123 0.215 0.295 0.207 0.053 0.003 53 S 0.335 0.365 0.187 0.079 0.027 0.007 0.001 54 I 0.305 0.296 0.219 0.132 0.037 0.010 0.001 55 V 0.171 0.183 0.178 0.200 0.178 0.081 0.009 56 H 0.066 0.123 0.171 0.251 0.216 0.144 0.028 57 I 0.053 0.061 0.089 0.158 0.247 0.286 0.105 58 P 0.103 0.175 0.214 0.208 0.161 0.109 0.030 59 A 0.090 0.125 0.137 0.184 0.193 0.183 0.088 60 S 0.038 0.040 0.059 0.106 0.177 0.333 0.248 61 I 0.041 0.068 0.089 0.140 0.214 0.292 0.157 62 N 0.066 0.112 0.140 0.174 0.200 0.199 0.107 63 V 0.048 0.063 0.085 0.158 0.242 0.287 0.115 64 P 0.110 0.174 0.170 0.189 0.195 0.130 0.032 65 Y 0.073 0.111 0.161 0.235 0.253 0.146 0.022 66 R 0.245 0.339 0.211 0.121 0.063 0.019 0.002 67 S 0.202 0.289 0.225 0.181 0.075 0.027 0.002 68 H 0.118 0.121 0.191 0.255 0.230 0.080 0.006 69 P 0.322 0.273 0.211 0.133 0.048 0.013 0.001 70 D 0.548 0.290 0.098 0.044 0.015 0.004 0.001 71 A 0.262 0.222 0.203 0.194 0.090 0.027 0.002 72 F 0.241 0.212 0.208 0.179 0.115 0.042 0.003 73 A 0.276 0.264 0.202 0.150 0.076 0.030 0.002 74 L 0.258 0.220 0.231 0.163 0.094 0.032 0.002 75 D 0.391 0.264 0.151 0.119 0.056 0.018 0.001 76 P 0.513 0.253 0.128 0.065 0.031 0.009 0.001 77 L 0.539 0.242 0.123 0.068 0.022 0.005 0.001 78 E 0.627 0.266 0.070 0.026 0.009 0.003 0.001 79 F 0.173 0.152 0.233 0.281 0.120 0.039 0.002 80 E 0.495 0.271 0.136 0.064 0.026 0.007 0.001 81 K 0.502 0.287 0.118 0.063 0.022 0.007 0.001 82 Q 0.308 0.272 0.186 0.142 0.071 0.021 0.001 83 I 0.110 0.154 0.233 0.275 0.162 0.063 0.003 84 G 0.249 0.304 0.201 0.140 0.077 0.028 0.001 85 I 0.163 0.184 0.229 0.232 0.139 0.051 0.003 86 P 0.247 0.244 0.209 0.169 0.100 0.030 0.001 87 K 0.330 0.341 0.192 0.087 0.039 0.011 0.001 88 P 0.182 0.191 0.239 0.253 0.108 0.026 0.001 89 D 0.361 0.301 0.191 0.093 0.045 0.009 0.001 90 S 0.380 0.334 0.168 0.085 0.027 0.006 0.001 91 A 0.288 0.354 0.180 0.103 0.060 0.014 0.001 92 K 0.049 0.165 0.221 0.327 0.171 0.064 0.003 93 E 0.009 0.055 0.169 0.319 0.281 0.156 0.010 94 L 0.001 0.003 0.010 0.030 0.155 0.576 0.224 95 I 0.001 0.002 0.007 0.020 0.087 0.416 0.468 96 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.040 0.273 0.674 97 Y 0.001 0.004 0.014 0.042 0.109 0.277 0.553 98 C 0.001 0.004 0.009 0.024 0.115 0.447 0.400 99 A 0.010 0.043 0.117 0.225 0.285 0.238 0.082 100 S 0.064 0.161 0.169 0.195 0.189 0.179 0.043 101 G 0.049 0.105 0.173 0.239 0.242 0.163 0.029 102 K 0.062 0.143 0.224 0.249 0.207 0.101 0.015 103 R 0.033 0.092 0.159 0.204 0.275 0.194 0.044 104 G 0.015 0.025 0.036 0.082 0.226 0.440 0.175 105 G 0.031 0.098 0.206 0.287 0.213 0.139 0.026 106 E 0.020 0.081 0.263 0.305 0.208 0.091 0.032 107 A 0.001 0.002 0.003 0.008 0.068 0.492 0.426 108 Q 0.002 0.012 0.043 0.155 0.287 0.394 0.107 109 K 0.010 0.109 0.255 0.322 0.171 0.117 0.017 110 V 0.002 0.017 0.092 0.277 0.420 0.178 0.014 111 A 0.002 0.004 0.008 0.031 0.206 0.631 0.119 112 S 0.019 0.141 0.271 0.325 0.184 0.057 0.004 113 S 0.130 0.359 0.280 0.175 0.041 0.014 0.001 114 H 0.037 0.104 0.290 0.357 0.163 0.048 0.002 115 G 0.066 0.140 0.161 0.229 0.265 0.132 0.008 116 Y 0.047 0.093 0.182 0.276 0.272 0.118 0.010 117 S 0.191 0.349 0.258 0.135 0.050 0.016 0.001 118 N 0.096 0.228 0.277 0.239 0.110 0.043 0.007 119 T 0.029 0.046 0.080 0.175 0.327 0.289 0.054 120 S 0.041 0.157 0.245 0.287 0.180 0.081 0.009 121 L 0.021 0.060 0.105 0.183 0.275 0.276 0.082 122 Y 0.011 0.029 0.051 0.123 0.274 0.397 0.115 123 P 0.042 0.146 0.242 0.284 0.180 0.091 0.013 124 G 0.047 0.137 0.226 0.249 0.203 0.114 0.023 125 S 0.012 0.029 0.052 0.118 0.265 0.408 0.115 126 M 0.014 0.036 0.075 0.164 0.310 0.337 0.063 127 N 0.087 0.287 0.326 0.198 0.072 0.028 0.002 128 D 0.097 0.263 0.308 0.225 0.086 0.019 0.001 129 W 0.030 0.042 0.088 0.209 0.374 0.244 0.013 130 V 0.074 0.179 0.250 0.293 0.166 0.038 0.001 131 S 0.495 0.363 0.105 0.028 0.007 0.002 0.001 132 H 0.519 0.291 0.114 0.064 0.011 0.001 0.001 133 G 0.674 0.225 0.064 0.025 0.010 0.002 0.001 134 G 0.402 0.222 0.217 0.126 0.029 0.003 0.001 135 D 0.810 0.176 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 136 K 0.372 0.275 0.195 0.125 0.028 0.005 0.001 137 L 0.493 0.214 0.160 0.090 0.036 0.006 0.001 138 D 0.716 0.209 0.054 0.016 0.004 0.001 0.001 139 L 0.638 0.182 0.100 0.057 0.019 0.005 0.001