# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.045 0.063 0.107 0.153 0.179 0.149 0.110 0.065 0.031 0.016 0.006 0.003 0.001 2 W 0.027 0.025 0.035 0.069 0.118 0.149 0.188 0.150 0.109 0.068 0.038 0.015 0.006 0.004 3 K 0.060 0.052 0.067 0.106 0.128 0.133 0.128 0.115 0.087 0.058 0.033 0.017 0.009 0.006 4 A 0.022 0.014 0.017 0.021 0.033 0.066 0.113 0.118 0.141 0.149 0.134 0.106 0.045 0.021 5 V 0.010 0.009 0.013 0.020 0.033 0.078 0.144 0.181 0.179 0.138 0.099 0.054 0.027 0.014 6 M 0.019 0.020 0.026 0.041 0.065 0.092 0.136 0.155 0.161 0.119 0.079 0.045 0.023 0.018 7 N 0.018 0.029 0.046 0.076 0.112 0.130 0.146 0.138 0.106 0.082 0.050 0.035 0.017 0.014 8 A 0.011 0.014 0.031 0.056 0.085 0.142 0.177 0.171 0.126 0.087 0.049 0.028 0.014 0.009 9 W 0.009 0.013 0.025 0.045 0.083 0.130 0.171 0.185 0.155 0.089 0.051 0.027 0.012 0.007 10 N 0.028 0.038 0.053 0.070 0.104 0.130 0.142 0.138 0.119 0.082 0.048 0.027 0.013 0.008 11 G 0.039 0.043 0.067 0.102 0.136 0.144 0.132 0.116 0.085 0.059 0.037 0.022 0.011 0.006 12 T 0.031 0.030 0.044 0.055 0.090 0.115 0.141 0.136 0.129 0.101 0.061 0.036 0.021 0.010 13 E 0.069 0.062 0.090 0.138 0.163 0.147 0.111 0.092 0.063 0.033 0.018 0.009 0.004 0.002 14 S 0.066 0.046 0.061 0.088 0.123 0.134 0.129 0.112 0.093 0.068 0.042 0.022 0.010 0.005 15 Q 0.072 0.078 0.101 0.143 0.160 0.151 0.108 0.081 0.049 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 16 S 0.093 0.081 0.106 0.125 0.140 0.133 0.108 0.082 0.059 0.037 0.019 0.009 0.004 0.002 17 K 0.143 0.125 0.133 0.148 0.144 0.112 0.076 0.052 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 18 N 0.188 0.143 0.139 0.145 0.135 0.097 0.063 0.040 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 19 V 0.113 0.079 0.104 0.136 0.164 0.145 0.104 0.072 0.043 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 20 S 0.252 0.166 0.142 0.135 0.109 0.078 0.052 0.029 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 21 N 0.257 0.146 0.126 0.128 0.121 0.083 0.059 0.035 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 22 I 0.166 0.110 0.119 0.150 0.153 0.117 0.076 0.049 0.031 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 23 Q 0.268 0.169 0.137 0.127 0.105 0.074 0.056 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 24 S 0.227 0.132 0.121 0.129 0.131 0.095 0.061 0.045 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 25 Y 0.190 0.117 0.124 0.151 0.150 0.107 0.065 0.044 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 26 S 0.140 0.101 0.128 0.156 0.158 0.123 0.087 0.054 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 27 F 0.131 0.084 0.106 0.148 0.176 0.140 0.096 0.060 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 28 E 0.475 0.207 0.120 0.083 0.052 0.027 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.298 0.180 0.154 0.147 0.098 0.059 0.031 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.354 0.166 0.136 0.141 0.092 0.057 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.507 0.197 0.117 0.076 0.049 0.025 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.266 0.156 0.153 0.160 0.121 0.071 0.035 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.179 0.117 0.148 0.184 0.164 0.102 0.056 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 34 V 0.320 0.174 0.148 0.142 0.094 0.061 0.035 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.395 0.168 0.147 0.124 0.080 0.046 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.360 0.184 0.145 0.128 0.092 0.045 0.031 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.471 0.204 0.127 0.087 0.057 0.027 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.390 0.286 0.135 0.104 0.044 0.019 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.145 0.207 0.188 0.189 0.118 0.070 0.049 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 N 0.026 0.048 0.096 0.132 0.224 0.195 0.139 0.077 0.043 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 41 V 0.002 0.002 0.005 0.013 0.033 0.076 0.154 0.198 0.183 0.134 0.111 0.059 0.025 0.006 42 V 0.001 0.002 0.003 0.009 0.022 0.032 0.054 0.115 0.170 0.199 0.177 0.128 0.051 0.038 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.044 0.148 0.231 0.301 0.159 0.091 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.029 0.088 0.173 0.215 0.208 0.210 0.055 45 D 0.004 0.004 0.006 0.019 0.040 0.043 0.066 0.140 0.206 0.166 0.137 0.090 0.048 0.032 46 V 0.002 0.002 0.004 0.009 0.022 0.036 0.069 0.102 0.143 0.223 0.188 0.100 0.046 0.054 47 R 0.011 0.030 0.060 0.114 0.136 0.164 0.152 0.133 0.078 0.055 0.034 0.020 0.007 0.005 48 E 0.063 0.130 0.148 0.144 0.130 0.109 0.106 0.059 0.059 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 49 P 0.151 0.149 0.163 0.176 0.133 0.094 0.057 0.033 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 50 S 0.446 0.192 0.135 0.098 0.059 0.031 0.021 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.284 0.157 0.156 0.145 0.101 0.070 0.043 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 Y 0.140 0.080 0.120 0.131 0.153 0.141 0.110 0.061 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 53 S 0.280 0.164 0.134 0.128 0.099 0.071 0.053 0.031 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 54 I 0.180 0.079 0.092 0.118 0.137 0.122 0.081 0.067 0.054 0.032 0.019 0.011 0.005 0.003 55 V 0.096 0.063 0.079 0.105 0.128 0.136 0.125 0.094 0.063 0.048 0.033 0.019 0.008 0.004 56 H 0.096 0.073 0.094 0.112 0.127 0.127 0.107 0.098 0.064 0.046 0.029 0.016 0.008 0.004 57 I 0.067 0.044 0.054 0.077 0.114 0.131 0.122 0.124 0.101 0.070 0.051 0.027 0.012 0.007 58 P 0.110 0.083 0.089 0.116 0.123 0.117 0.104 0.087 0.067 0.045 0.031 0.017 0.008 0.005 59 A 0.100 0.067 0.080 0.098 0.109 0.117 0.111 0.096 0.081 0.057 0.040 0.024 0.014 0.007 60 S 0.051 0.039 0.053 0.071 0.105 0.131 0.134 0.129 0.106 0.074 0.054 0.032 0.015 0.007 61 I 0.047 0.038 0.050 0.071 0.103 0.128 0.140 0.143 0.098 0.080 0.053 0.031 0.013 0.006 62 N 0.079 0.071 0.083 0.112 0.130 0.116 0.106 0.107 0.077 0.055 0.035 0.016 0.008 0.004 63 V 0.073 0.050 0.063 0.088 0.123 0.124 0.109 0.116 0.097 0.066 0.047 0.028 0.012 0.005 64 P 0.079 0.077 0.107 0.152 0.157 0.143 0.119 0.077 0.042 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 65 Y 0.048 0.044 0.081 0.111 0.142 0.156 0.143 0.122 0.069 0.049 0.021 0.009 0.004 0.002 66 R 0.345 0.220 0.141 0.117 0.075 0.044 0.026 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 S 0.332 0.227 0.154 0.114 0.076 0.045 0.026 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 H 0.121 0.099 0.141 0.167 0.158 0.138 0.100 0.045 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 69 P 0.350 0.212 0.157 0.110 0.080 0.041 0.027 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.605 0.201 0.074 0.049 0.034 0.016 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.257 0.164 0.146 0.162 0.112 0.073 0.046 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 F 0.153 0.105 0.157 0.163 0.160 0.118 0.077 0.038 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 73 A 0.332 0.199 0.127 0.119 0.095 0.057 0.036 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.244 0.142 0.160 0.139 0.125 0.087 0.056 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.419 0.206 0.122 0.105 0.069 0.037 0.024 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.438 0.219 0.132 0.080 0.058 0.032 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.456 0.191 0.125 0.102 0.067 0.031 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.498 0.230 0.111 0.071 0.051 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.121 0.099 0.171 0.192 0.160 0.132 0.076 0.030 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.475 0.216 0.120 0.083 0.053 0.025 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.603 0.232 0.080 0.039 0.023 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.163 0.151 0.156 0.168 0.162 0.097 0.060 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.086 0.077 0.135 0.159 0.188 0.149 0.101 0.060 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 84 G 0.409 0.187 0.117 0.095 0.084 0.043 0.032 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 85 I 0.234 0.154 0.139 0.155 0.125 0.080 0.047 0.029 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 86 P 0.208 0.144 0.156 0.156 0.142 0.087 0.058 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 87 K 0.274 0.250 0.162 0.118 0.093 0.048 0.030 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.242 0.161 0.157 0.155 0.134 0.080 0.037 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.389 0.226 0.132 0.100 0.073 0.036 0.029 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.197 0.269 0.191 0.156 0.089 0.049 0.026 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.145 0.213 0.163 0.184 0.121 0.075 0.054 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 K 0.016 0.049 0.082 0.149 0.162 0.176 0.168 0.101 0.059 0.020 0.010 0.004 0.004 0.001 93 E 0.004 0.008 0.020 0.055 0.135 0.150 0.161 0.183 0.157 0.058 0.034 0.018 0.011 0.005 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.032 0.058 0.114 0.211 0.250 0.194 0.091 0.035 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.029 0.085 0.176 0.221 0.229 0.163 0.078 96 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.019 0.065 0.156 0.204 0.259 0.187 0.096 97 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.022 0.049 0.108 0.188 0.209 0.170 0.136 0.095 98 C 0.002 0.005 0.007 0.014 0.027 0.040 0.073 0.121 0.152 0.164 0.152 0.113 0.068 0.061 99 A 0.008 0.019 0.031 0.060 0.087 0.103 0.113 0.135 0.145 0.123 0.086 0.048 0.022 0.021 100 S 0.022 0.050 0.074 0.098 0.120 0.136 0.134 0.117 0.107 0.070 0.039 0.019 0.009 0.006 101 G 0.068 0.093 0.124 0.135 0.153 0.138 0.101 0.072 0.060 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 102 K 0.192 0.149 0.152 0.128 0.121 0.097 0.068 0.042 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 103 R 0.135 0.107 0.116 0.145 0.145 0.130 0.093 0.061 0.039 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 104 G 0.072 0.053 0.072 0.118 0.172 0.176 0.152 0.090 0.051 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 105 G 0.244 0.167 0.149 0.137 0.116 0.087 0.048 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 106 E 0.161 0.163 0.165 0.165 0.138 0.099 0.055 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 107 A 0.018 0.011 0.016 0.039 0.081 0.177 0.230 0.232 0.121 0.048 0.016 0.007 0.002 0.001 108 Q 0.040 0.066 0.103 0.155 0.195 0.181 0.127 0.079 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 109 K 0.366 0.287 0.178 0.083 0.042 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.031 0.041 0.097 0.208 0.282 0.184 0.081 0.049 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 111 A 0.031 0.022 0.042 0.084 0.157 0.220 0.204 0.151 0.063 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 112 S 0.200 0.292 0.198 0.143 0.090 0.043 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.524 0.242 0.110 0.064 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.111 0.101 0.153 0.231 0.189 0.118 0.060 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.172 0.144 0.156 0.156 0.145 0.101 0.073 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.165 0.117 0.121 0.135 0.155 0.132 0.087 0.051 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 117 S 0.334 0.217 0.126 0.116 0.079 0.046 0.036 0.019 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 118 N 0.104 0.083 0.107 0.154 0.167 0.135 0.095 0.069 0.046 0.019 0.011 0.006 0.004 0.001 119 T 0.046 0.033 0.053 0.068 0.105 0.140 0.164 0.129 0.100 0.072 0.047 0.026 0.013 0.004 120 S 0.099 0.081 0.094 0.124 0.142 0.118 0.097 0.094 0.069 0.040 0.023 0.010 0.006 0.003 121 L 0.061 0.042 0.053 0.083 0.103 0.117 0.104 0.119 0.112 0.082 0.062 0.035 0.018 0.009 122 Y 0.029 0.031 0.042 0.058 0.094 0.120 0.143 0.142 0.108 0.101 0.066 0.038 0.018 0.010 123 P 0.078 0.089 0.100 0.125 0.127 0.118 0.094 0.091 0.072 0.049 0.030 0.015 0.008 0.004 124 G 0.089 0.061 0.063 0.080 0.111 0.118 0.108 0.105 0.107 0.069 0.043 0.027 0.012 0.006 125 S 0.058 0.059 0.082 0.117 0.138 0.148 0.138 0.105 0.059 0.042 0.028 0.017 0.007 0.004 126 M 0.032 0.032 0.054 0.085 0.130 0.141 0.142 0.152 0.089 0.071 0.040 0.020 0.008 0.003 127 N 0.210 0.173 0.143 0.131 0.112 0.078 0.055 0.040 0.031 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 128 D 0.245 0.180 0.134 0.142 0.117 0.073 0.044 0.030 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 129 W 0.059 0.052 0.099 0.146 0.170 0.178 0.130 0.085 0.043 0.023 0.009 0.003 0.002 0.001 130 V 0.170 0.132 0.163 0.194 0.148 0.102 0.042 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 131 S 0.612 0.182 0.077 0.052 0.032 0.019 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.329 0.179 0.159 0.137 0.094 0.051 0.029 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 133 G 0.422 0.208 0.126 0.105 0.062 0.035 0.026 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.385 0.178 0.153 0.107 0.079 0.048 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 D 0.469 0.194 0.116 0.088 0.068 0.031 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.160 0.115 0.150 0.162 0.160 0.114 0.063 0.041 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 137 L 0.227 0.116 0.124 0.144 0.149 0.109 0.068 0.032 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 138 D 0.515 0.227 0.105 0.059 0.040 0.021 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 L 0.186 0.105 0.125 0.143 0.167 0.115 0.064 0.046 0.028 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001