# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.023 0.557 0.012 0.012 0.123 0.002 0.001 0.028 0.068 0.021 0.086 0.059 2 W 0.008 0.015 0.428 0.019 0.026 0.255 0.002 0.001 0.032 0.045 0.044 0.023 0.102 3 K 0.010 0.011 0.175 0.040 0.076 0.439 0.003 0.002 0.030 0.056 0.064 0.057 0.037 4 A 0.022 0.007 0.110 0.020 0.084 0.450 0.005 0.004 0.043 0.038 0.043 0.037 0.137 5 V 0.032 0.010 0.121 0.018 0.054 0.452 0.007 0.006 0.055 0.033 0.042 0.076 0.093 6 M 0.038 0.016 0.138 0.023 0.046 0.356 0.013 0.009 0.073 0.033 0.070 0.074 0.111 7 N 0.024 0.022 0.233 0.016 0.046 0.302 0.006 0.007 0.037 0.060 0.087 0.058 0.103 8 A 0.010 0.015 0.308 0.014 0.050 0.247 0.003 0.003 0.023 0.108 0.121 0.039 0.061 9 W 0.005 0.009 0.270 0.009 0.057 0.198 0.001 0.001 0.013 0.148 0.234 0.020 0.034 10 N 0.002 0.013 0.221 0.008 0.060 0.121 0.001 0.001 0.009 0.170 0.358 0.017 0.019 11 G 0.002 0.020 0.372 0.003 0.024 0.056 0.001 0.001 0.009 0.292 0.185 0.013 0.023 12 T 0.002 0.018 0.680 0.003 0.028 0.062 0.001 0.001 0.008 0.127 0.042 0.014 0.016 13 E 0.003 0.023 0.319 0.006 0.116 0.162 0.001 0.001 0.009 0.124 0.197 0.012 0.028 14 S 0.004 0.029 0.317 0.007 0.174 0.128 0.001 0.001 0.007 0.108 0.184 0.014 0.026 15 Q 0.006 0.026 0.411 0.006 0.105 0.112 0.002 0.001 0.010 0.159 0.108 0.023 0.033 16 S 0.004 0.023 0.550 0.005 0.065 0.074 0.001 0.001 0.009 0.125 0.088 0.019 0.037 17 K 0.003 0.022 0.352 0.006 0.095 0.093 0.001 0.001 0.007 0.153 0.226 0.020 0.021 18 N 0.002 0.026 0.459 0.005 0.067 0.063 0.001 0.001 0.008 0.153 0.174 0.014 0.026 19 V 0.002 0.018 0.533 0.007 0.066 0.047 0.001 0.001 0.010 0.169 0.109 0.014 0.023 20 S 0.002 0.019 0.362 0.025 0.086 0.036 0.001 0.001 0.013 0.222 0.199 0.019 0.014 21 N 0.001 0.021 0.381 0.007 0.059 0.037 0.002 0.002 0.025 0.167 0.274 0.007 0.017 22 I 0.003 0.012 0.590 0.018 0.060 0.024 0.003 0.005 0.037 0.140 0.064 0.018 0.027 23 Q 0.006 0.014 0.349 0.004 0.038 0.022 0.009 0.006 0.209 0.157 0.066 0.086 0.035 24 S 0.006 0.106 0.393 0.003 0.024 0.015 0.007 0.007 0.189 0.063 0.066 0.008 0.112 25 Y 0.002 0.090 0.559 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.150 0.074 0.002 0.105 0.008 26 S 0.001 0.005 0.928 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.031 0.001 0.001 0.019 27 F 0.001 0.001 0.020 0.001 0.028 0.940 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 0.806 0.001 0.001 0.001 0.008 0.155 0.001 0.001 35 G 0.001 0.001 0.084 0.001 0.056 0.246 0.001 0.001 0.001 0.025 0.586 0.001 0.001 36 K 0.001 0.002 0.072 0.001 0.060 0.095 0.001 0.001 0.001 0.060 0.708 0.001 0.001 37 H 0.001 0.009 0.156 0.001 0.021 0.017 0.001 0.001 0.002 0.281 0.511 0.001 0.002 38 D 0.001 0.002 0.874 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.099 0.014 0.001 0.001 39 P 0.001 0.002 0.144 0.017 0.223 0.005 0.001 0.001 0.015 0.107 0.484 0.001 0.002 40 N 0.001 0.005 0.096 0.020 0.034 0.001 0.001 0.005 0.060 0.251 0.517 0.006 0.003 41 V 0.017 0.004 0.155 0.010 0.003 0.001 0.034 0.166 0.482 0.070 0.002 0.015 0.041 42 V 0.024 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.097 0.525 0.328 0.002 0.001 0.010 0.007 43 L 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.798 0.081 0.001 0.001 0.001 0.004 44 V 0.025 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.127 0.729 0.109 0.001 0.001 0.002 0.003 45 D 0.038 0.002 0.068 0.004 0.001 0.001 0.064 0.232 0.519 0.013 0.003 0.031 0.023 46 V 0.011 0.009 0.378 0.004 0.008 0.003 0.016 0.035 0.328 0.094 0.055 0.011 0.048 47 R 0.002 0.016 0.391 0.004 0.006 0.002 0.002 0.002 0.056 0.401 0.084 0.027 0.006 48 E 0.001 0.012 0.513 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.409 0.038 0.001 0.010 49 P 0.001 0.010 0.254 0.005 0.300 0.087 0.001 0.001 0.001 0.119 0.216 0.002 0.004 50 S 0.001 0.005 0.040 0.003 0.538 0.107 0.001 0.001 0.001 0.035 0.264 0.003 0.003 51 E 0.007 0.015 0.114 0.004 0.486 0.136 0.001 0.001 0.002 0.043 0.155 0.008 0.028 52 Y 0.024 0.032 0.238 0.017 0.234 0.183 0.004 0.001 0.011 0.070 0.107 0.029 0.048 53 S 0.032 0.030 0.282 0.022 0.093 0.129 0.005 0.002 0.023 0.102 0.130 0.090 0.059 54 I 0.032 0.021 0.243 0.019 0.092 0.082 0.006 0.003 0.027 0.090 0.160 0.033 0.193 55 V 0.030 0.030 0.282 0.013 0.034 0.041 0.009 0.005 0.053 0.129 0.114 0.187 0.072 56 H 0.022 0.075 0.389 0.006 0.016 0.028 0.009 0.007 0.059 0.120 0.047 0.047 0.174 57 I 0.003 0.020 0.728 0.006 0.005 0.011 0.001 0.002 0.033 0.099 0.015 0.043 0.034 58 P 0.002 0.007 0.182 0.022 0.078 0.054 0.001 0.001 0.010 0.120 0.499 0.005 0.020 59 A 0.002 0.007 0.099 0.011 0.115 0.031 0.001 0.002 0.007 0.156 0.553 0.012 0.006 60 S 0.014 0.018 0.318 0.008 0.190 0.034 0.005 0.008 0.027 0.197 0.079 0.019 0.084 61 I 0.054 0.037 0.279 0.005 0.065 0.030 0.022 0.022 0.125 0.110 0.063 0.103 0.086 62 N 0.030 0.106 0.321 0.015 0.043 0.033 0.021 0.019 0.065 0.125 0.088 0.025 0.109 63 V 0.006 0.046 0.513 0.009 0.009 0.009 0.003 0.005 0.036 0.210 0.042 0.091 0.020 64 P 0.003 0.023 0.701 0.007 0.027 0.019 0.001 0.001 0.016 0.098 0.045 0.007 0.052 65 Y 0.002 0.014 0.249 0.009 0.298 0.094 0.001 0.001 0.007 0.118 0.180 0.010 0.016 66 R 0.002 0.010 0.128 0.004 0.303 0.095 0.001 0.001 0.006 0.097 0.327 0.015 0.010 67 S 0.004 0.046 0.224 0.002 0.234 0.084 0.001 0.001 0.006 0.119 0.242 0.005 0.032 68 H 0.001 0.033 0.538 0.002 0.034 0.040 0.001 0.001 0.009 0.250 0.056 0.027 0.008 69 P 0.001 0.032 0.461 0.004 0.089 0.074 0.001 0.001 0.006 0.168 0.135 0.005 0.025 70 D 0.001 0.019 0.286 0.006 0.132 0.068 0.001 0.001 0.003 0.152 0.320 0.006 0.006 71 A 0.001 0.010 0.210 0.003 0.268 0.094 0.001 0.001 0.004 0.132 0.261 0.005 0.009 72 F 0.001 0.021 0.255 0.001 0.220 0.073 0.001 0.001 0.008 0.126 0.276 0.004 0.012 73 A 0.001 0.057 0.412 0.001 0.109 0.063 0.001 0.001 0.013 0.145 0.171 0.013 0.013 74 L 0.001 0.096 0.421 0.001 0.012 0.025 0.001 0.001 0.009 0.354 0.058 0.009 0.013 75 D 0.001 0.007 0.885 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.088 0.004 0.001 0.002 76 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.073 0.891 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.021 0.001 0.011 0.699 0.001 0.001 0.001 0.010 0.256 0.001 0.001 84 G 0.001 0.002 0.094 0.001 0.022 0.154 0.001 0.001 0.001 0.035 0.689 0.001 0.001 85 I 0.001 0.005 0.582 0.001 0.012 0.036 0.001 0.001 0.006 0.205 0.147 0.003 0.003 86 P 0.001 0.010 0.715 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.012 0.146 0.087 0.002 0.007 87 K 0.001 0.016 0.766 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.010 0.144 0.045 0.004 0.003 88 P 0.001 0.020 0.724 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.008 0.156 0.053 0.002 0.007 89 D 0.001 0.010 0.704 0.002 0.054 0.004 0.001 0.001 0.006 0.143 0.070 0.003 0.003 90 S 0.001 0.005 0.147 0.005 0.190 0.009 0.001 0.001 0.006 0.162 0.467 0.004 0.004 91 A 0.001 0.007 0.182 0.007 0.036 0.002 0.001 0.001 0.007 0.175 0.575 0.002 0.007 92 K 0.004 0.015 0.477 0.028 0.009 0.001 0.001 0.002 0.043 0.312 0.019 0.077 0.011 93 E 0.035 0.016 0.219 0.018 0.001 0.001 0.037 0.036 0.280 0.062 0.010 0.022 0.263 94 L 0.123 0.002 0.013 0.017 0.001 0.001 0.192 0.311 0.215 0.006 0.001 0.080 0.039 95 I 0.102 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.242 0.535 0.078 0.001 0.001 0.010 0.020 96 F 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.576 0.087 0.001 0.001 0.018 0.009 97 Y 0.080 0.002 0.017 0.008 0.001 0.001 0.171 0.457 0.217 0.003 0.001 0.014 0.029 98 C 0.043 0.007 0.285 0.013 0.003 0.004 0.047 0.078 0.316 0.079 0.020 0.051 0.053 99 A 0.007 0.009 0.368 0.012 0.010 0.013 0.007 0.009 0.109 0.256 0.149 0.016 0.034 100 S 0.004 0.012 0.289 0.005 0.037 0.041 0.002 0.002 0.016 0.303 0.263 0.008 0.017 101 G 0.002 0.012 0.262 0.003 0.052 0.137 0.001 0.001 0.007 0.312 0.192 0.008 0.012 102 K 0.004 0.015 0.162 0.001 0.055 0.468 0.001 0.001 0.003 0.148 0.121 0.008 0.013 103 R 0.002 0.009 0.075 0.001 0.026 0.785 0.001 0.001 0.001 0.041 0.049 0.002 0.008 104 G 0.001 0.001 0.017 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.878 0.001 0.001 0.001 0.004 0.084 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.010 0.001 0.019 0.165 0.001 0.001 0.001 0.023 0.781 0.001 0.001 115 G 0.001 0.003 0.091 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.086 0.792 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.004 0.881 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.006 0.076 0.016 0.002 0.001 117 S 0.001 0.006 0.224 0.016 0.166 0.019 0.001 0.001 0.024 0.162 0.376 0.002 0.005 118 N 0.001 0.007 0.112 0.018 0.097 0.011 0.001 0.006 0.043 0.220 0.472 0.006 0.005 119 T 0.016 0.011 0.223 0.015 0.027 0.007 0.024 0.088 0.338 0.141 0.019 0.023 0.068 120 S 0.016 0.008 0.029 0.003 0.001 0.002 0.055 0.267 0.541 0.012 0.002 0.049 0.016 121 L 0.011 0.015 0.018 0.001 0.001 0.002 0.065 0.494 0.348 0.005 0.001 0.004 0.033 122 Y 0.009 0.014 0.248 0.014 0.002 0.004 0.017 0.121 0.421 0.068 0.010 0.060 0.014 123 P 0.003 0.014 0.365 0.006 0.011 0.028 0.004 0.008 0.097 0.230 0.167 0.006 0.062 124 G 0.001 0.010 0.255 0.005 0.014 0.027 0.001 0.002 0.016 0.365 0.286 0.011 0.006 125 S 0.003 0.016 0.553 0.003 0.041 0.093 0.001 0.001 0.007 0.198 0.053 0.007 0.025 126 M 0.002 0.005 0.052 0.001 0.089 0.765 0.001 0.001 0.002 0.030 0.046 0.002 0.005 127 N 0.001 0.002 0.010 0.001 0.104 0.836 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.001 0.001 128 D 0.004 0.002 0.015 0.001 0.101 0.817 0.001 0.001 0.001 0.008 0.045 0.003 0.004 129 W 0.007 0.002 0.018 0.001 0.098 0.814 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.002 0.009 130 V 0.007 0.003 0.024 0.003 0.113 0.759 0.001 0.001 0.001 0.011 0.067 0.008 0.005 131 S 0.008 0.004 0.044 0.004 0.132 0.561 0.001 0.001 0.001 0.027 0.191 0.008 0.019 132 H 0.003 0.006 0.085 0.003 0.070 0.332 0.001 0.001 0.001 0.076 0.403 0.005 0.015 133 G 0.001 0.007 0.342 0.002 0.021 0.084 0.001 0.001 0.003 0.166 0.352 0.012 0.008 134 G 0.001 0.012 0.625 0.002 0.015 0.025 0.001 0.001 0.005 0.185 0.104 0.012 0.014 135 D 0.001 0.010 0.636 0.002 0.010 0.014 0.001 0.001 0.005 0.223 0.085 0.007 0.007 136 K 0.001 0.015 0.578 0.003 0.028 0.031 0.001 0.001 0.011 0.188 0.126 0.007 0.010 137 L 0.001 0.027 0.666 0.003 0.031 0.026 0.001 0.001 0.023 0.122 0.070 0.009 0.018 138 D 0.002 0.037 0.683 0.004 0.024 0.019 0.001 0.002 0.040 0.105 0.031 0.028 0.024 139 L 0.002 0.037 0.695 0.004 0.021 0.029 0.001 0.002 0.043 0.083 0.020 0.016 0.047