# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.086 0.123 0.199 0.007 0.092 0.013 0.010 0.008 0.005 0.060 0.080 0.222 0.005 0.007 0.028 2 W 0.021 0.044 0.114 0.152 0.008 0.187 0.016 0.008 0.005 0.004 0.061 0.091 0.264 0.005 0.007 0.010 3 K 0.012 0.144 0.103 0.210 0.003 0.057 0.007 0.009 0.005 0.002 0.075 0.078 0.268 0.003 0.010 0.015 4 A 0.022 0.041 0.092 0.408 0.003 0.044 0.005 0.004 0.009 0.003 0.039 0.056 0.232 0.004 0.005 0.032 5 V 0.020 0.039 0.278 0.255 0.008 0.053 0.018 0.003 0.002 0.001 0.021 0.025 0.251 0.005 0.004 0.016 6 M 0.008 0.081 0.160 0.456 0.009 0.048 0.013 0.008 0.002 0.001 0.016 0.017 0.157 0.006 0.007 0.013 7 N 0.008 0.035 0.067 0.404 0.024 0.173 0.015 0.010 0.005 0.004 0.026 0.020 0.183 0.005 0.006 0.014 8 A 0.017 0.082 0.058 0.154 0.074 0.171 0.026 0.016 0.006 0.006 0.126 0.032 0.183 0.021 0.007 0.021 9 W 0.009 0.036 0.029 0.048 0.233 0.027 0.172 0.025 0.005 0.003 0.066 0.051 0.045 0.230 0.013 0.009 10 N 0.006 0.086 0.069 0.068 0.002 0.011 0.005 0.238 0.012 0.004 0.008 0.018 0.035 0.002 0.410 0.026 11 G 0.035 0.021 0.070 0.089 0.003 0.029 0.011 0.004 0.126 0.163 0.016 0.013 0.058 0.004 0.004 0.353 12 T 0.484 0.018 0.059 0.039 0.004 0.204 0.008 0.006 0.002 0.003 0.057 0.042 0.067 0.001 0.003 0.003 13 E 0.008 0.153 0.092 0.091 0.004 0.073 0.004 0.014 0.005 0.003 0.329 0.131 0.077 0.004 0.003 0.008 14 S 0.017 0.112 0.053 0.248 0.009 0.079 0.013 0.004 0.015 0.002 0.021 0.281 0.116 0.006 0.008 0.018 15 Q 0.011 0.057 0.384 0.223 0.002 0.025 0.013 0.006 0.003 0.002 0.027 0.020 0.192 0.002 0.010 0.023 16 S 0.016 0.028 0.168 0.170 0.015 0.258 0.032 0.006 0.005 0.005 0.028 0.043 0.192 0.007 0.005 0.021 17 K 0.027 0.128 0.109 0.282 0.005 0.027 0.007 0.024 0.004 0.002 0.171 0.024 0.158 0.005 0.011 0.016 18 N 0.017 0.066 0.078 0.210 0.023 0.193 0.025 0.005 0.022 0.009 0.016 0.136 0.141 0.014 0.006 0.039 19 V 0.025 0.047 0.159 0.106 0.064 0.063 0.130 0.014 0.002 0.002 0.125 0.016 0.176 0.040 0.016 0.015 20 S 0.010 0.171 0.093 0.137 0.008 0.105 0.016 0.119 0.014 0.008 0.035 0.094 0.078 0.008 0.077 0.026 21 N 0.043 0.097 0.080 0.141 0.008 0.044 0.023 0.010 0.078 0.021 0.094 0.044 0.129 0.025 0.022 0.140 22 I 0.171 0.090 0.247 0.129 0.006 0.053 0.069 0.004 0.008 0.002 0.027 0.061 0.061 0.019 0.023 0.030 23 Q 0.032 0.107 0.506 0.175 0.001 0.017 0.016 0.010 0.003 0.002 0.017 0.034 0.023 0.001 0.023 0.033 24 S 0.036 0.094 0.236 0.401 0.002 0.048 0.004 0.001 0.013 0.002 0.004 0.004 0.010 0.001 0.002 0.143 25 Y 0.009 0.092 0.339 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.002 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.015 0.001 0.006 33 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.405 0.551 0.009 0.010 34 V 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.009 0.315 0.026 35 G 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.366 0.071 0.012 0.483 36 K 0.357 0.033 0.049 0.004 0.002 0.013 0.038 0.005 0.003 0.001 0.025 0.006 0.250 0.039 0.084 0.092 37 H 0.025 0.156 0.483 0.013 0.001 0.009 0.019 0.007 0.002 0.001 0.037 0.015 0.069 0.008 0.068 0.086 38 D 0.095 0.048 0.166 0.033 0.011 0.337 0.065 0.005 0.010 0.008 0.016 0.053 0.077 0.015 0.016 0.046 39 P 0.048 0.226 0.137 0.057 0.001 0.135 0.009 0.024 0.005 0.001 0.249 0.017 0.058 0.002 0.014 0.017 40 N 0.012 0.657 0.106 0.118 0.001 0.002 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 0.047 0.004 0.001 0.001 0.019 41 V 0.044 0.004 0.445 0.498 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 42 V 0.001 0.001 0.801 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.002 0.007 0.985 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.004 0.003 0.985 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.016 0.004 0.569 0.017 0.382 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.003 0.200 0.013 0.500 0.026 0.106 0.001 0.012 0.003 0.001 0.131 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.003 0.350 0.042 0.551 0.002 0.012 0.001 0.006 0.003 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.004 0.011 0.037 0.099 0.012 0.800 0.003 0.003 0.002 0.010 0.005 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 49 P 0.002 0.026 0.006 0.015 0.002 0.206 0.001 0.010 0.001 0.001 0.716 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 50 S 0.002 0.186 0.003 0.026 0.001 0.010 0.001 0.003 0.009 0.001 0.057 0.689 0.009 0.001 0.001 0.001 51 E 0.031 0.035 0.151 0.121 0.006 0.028 0.032 0.004 0.020 0.002 0.031 0.131 0.316 0.014 0.014 0.063 52 Y 0.010 0.018 0.601 0.054 0.003 0.024 0.028 0.004 0.001 0.001 0.012 0.015 0.196 0.003 0.010 0.020 53 S 0.016 0.082 0.158 0.220 0.015 0.078 0.033 0.016 0.006 0.006 0.036 0.022 0.245 0.015 0.008 0.043 54 I 0.037 0.058 0.118 0.442 0.017 0.030 0.026 0.020 0.013 0.004 0.039 0.019 0.112 0.020 0.017 0.027 55 V 0.028 0.043 0.215 0.359 0.018 0.062 0.026 0.019 0.019 0.011 0.015 0.022 0.091 0.006 0.019 0.047 56 H 0.043 0.108 0.206 0.458 0.009 0.029 0.006 0.007 0.011 0.005 0.013 0.009 0.041 0.002 0.004 0.051 57 I 0.041 0.012 0.069 0.157 0.348 0.151 0.117 0.003 0.002 0.007 0.017 0.014 0.018 0.037 0.001 0.005 58 P 0.007 0.072 0.045 0.103 0.009 0.109 0.003 0.518 0.002 0.002 0.052 0.011 0.016 0.001 0.046 0.002 59 A 0.004 0.132 0.011 0.174 0.003 0.030 0.002 0.008 0.371 0.071 0.054 0.046 0.019 0.002 0.002 0.071 60 S 0.526 0.030 0.097 0.156 0.010 0.019 0.028 0.002 0.009 0.002 0.017 0.052 0.033 0.005 0.004 0.009 61 I 0.014 0.028 0.679 0.142 0.004 0.032 0.014 0.015 0.002 0.002 0.010 0.012 0.027 0.002 0.009 0.009 62 N 0.013 0.082 0.108 0.650 0.006 0.037 0.005 0.003 0.019 0.005 0.007 0.008 0.017 0.001 0.002 0.038 63 V 0.044 0.035 0.105 0.747 0.010 0.021 0.006 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 64 P 0.007 0.029 0.082 0.210 0.020 0.599 0.005 0.009 0.001 0.004 0.007 0.010 0.014 0.001 0.001 0.002 65 Y 0.002 0.042 0.008 0.083 0.012 0.283 0.003 0.017 0.003 0.004 0.500 0.014 0.023 0.002 0.001 0.002 66 R 0.007 0.324 0.015 0.090 0.005 0.022 0.004 0.013 0.022 0.003 0.095 0.361 0.026 0.003 0.006 0.005 67 S 0.035 0.079 0.233 0.177 0.004 0.035 0.024 0.009 0.022 0.006 0.016 0.111 0.146 0.007 0.025 0.072 68 H 0.019 0.014 0.407 0.051 0.023 0.162 0.056 0.005 0.003 0.004 0.033 0.021 0.167 0.006 0.008 0.021 69 P 0.020 0.114 0.082 0.081 0.017 0.078 0.021 0.069 0.003 0.005 0.275 0.048 0.140 0.020 0.011 0.014 70 D 0.011 0.053 0.019 0.075 0.007 0.157 0.011 0.027 0.028 0.011 0.053 0.338 0.155 0.014 0.028 0.014 71 A 0.016 0.038 0.066 0.038 0.007 0.044 0.035 0.007 0.011 0.004 0.187 0.059 0.381 0.020 0.026 0.062 72 F 0.051 0.058 0.122 0.052 0.001 0.019 0.025 0.015 0.005 0.002 0.055 0.271 0.209 0.011 0.049 0.053 73 A 0.050 0.029 0.178 0.050 0.002 0.091 0.020 0.004 0.013 0.006 0.029 0.038 0.317 0.008 0.021 0.144 74 L 0.033 0.248 0.384 0.183 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.018 0.013 0.063 0.001 0.007 0.039 75 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.002 79 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.423 0.541 0.005 0.013 83 I 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.005 0.388 0.014 84 G 0.003 0.003 0.032 0.004 0.001 0.002 0.015 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.416 0.022 0.007 0.487 85 I 0.376 0.016 0.056 0.018 0.005 0.010 0.094 0.001 0.002 0.001 0.009 0.005 0.181 0.144 0.018 0.065 86 P 0.014 0.093 0.558 0.051 0.001 0.008 0.020 0.018 0.001 0.001 0.016 0.007 0.055 0.005 0.112 0.040 87 K 0.046 0.051 0.173 0.182 0.011 0.267 0.023 0.003 0.024 0.018 0.011 0.023 0.056 0.003 0.004 0.102 88 P 0.158 0.163 0.153 0.242 0.019 0.023 0.018 0.014 0.001 0.002 0.156 0.013 0.021 0.006 0.003 0.007 89 D 0.003 0.018 0.014 0.017 0.005 0.814 0.002 0.025 0.003 0.004 0.012 0.059 0.015 0.001 0.007 0.001 90 S 0.003 0.028 0.009 0.010 0.001 0.021 0.002 0.006 0.007 0.003 0.864 0.007 0.023 0.002 0.002 0.011 91 A 0.041 0.402 0.031 0.061 0.001 0.006 0.003 0.002 0.020 0.001 0.002 0.397 0.009 0.001 0.016 0.009 92 K 0.044 0.017 0.711 0.069 0.001 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.119 93 E 0.021 0.007 0.812 0.149 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 94 L 0.006 0.013 0.187 0.785 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.001 0.002 0.007 0.959 0.019 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.019 0.002 0.872 0.045 0.051 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.001 0.028 0.002 0.116 0.084 0.723 0.001 0.016 0.003 0.005 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 99 A 0.002 0.088 0.008 0.040 0.292 0.030 0.027 0.035 0.008 0.010 0.411 0.016 0.005 0.026 0.001 0.001 100 S 0.006 0.059 0.014 0.045 0.005 0.026 0.003 0.293 0.018 0.007 0.027 0.203 0.012 0.002 0.278 0.003 101 G 0.011 0.017 0.052 0.021 0.003 0.011 0.003 0.004 0.197 0.113 0.053 0.024 0.094 0.002 0.007 0.387 102 K 0.449 0.013 0.025 0.022 0.013 0.038 0.015 0.002 0.003 0.004 0.056 0.191 0.158 0.004 0.001 0.006 103 R 0.010 0.032 0.078 0.020 0.008 0.121 0.007 0.026 0.001 0.002 0.094 0.192 0.395 0.003 0.009 0.003 104 G 0.001 0.003 0.004 0.013 0.001 0.045 0.001 0.006 0.004 0.006 0.163 0.124 0.623 0.001 0.003 0.004 105 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.178 0.705 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.104 0.884 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.984 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.988 0.001 115 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.969 116 Y 0.951 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 117 S 0.008 0.253 0.227 0.023 0.001 0.053 0.006 0.163 0.003 0.002 0.047 0.020 0.033 0.004 0.146 0.009 118 N 0.014 0.202 0.071 0.285 0.001 0.015 0.003 0.003 0.189 0.019 0.010 0.033 0.022 0.001 0.006 0.127 119 T 0.308 0.014 0.292 0.338 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.008 0.013 0.001 0.001 0.005 120 S 0.007 0.006 0.661 0.292 0.003 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 121 L 0.003 0.016 0.041 0.894 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 122 Y 0.002 0.010 0.010 0.257 0.570 0.095 0.032 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 123 P 0.003 0.063 0.008 0.091 0.020 0.209 0.002 0.525 0.003 0.003 0.038 0.006 0.008 0.001 0.019 0.001 124 G 0.003 0.110 0.011 0.114 0.001 0.016 0.001 0.028 0.230 0.241 0.156 0.047 0.012 0.001 0.002 0.028 125 S 0.171 0.012 0.009 0.020 0.002 0.321 0.003 0.002 0.006 0.009 0.031 0.338 0.071 0.001 0.001 0.003 126 M 0.003 0.005 0.030 0.005 0.001 0.049 0.002 0.004 0.001 0.001 0.676 0.043 0.178 0.001 0.001 0.001 127 N 0.001 0.025 0.004 0.013 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 0.767 0.145 0.001 0.002 0.001 128 D 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.018 0.930 0.002 0.003 0.008 129 W 0.001 0.003 0.020 0.006 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.913 0.002 0.003 0.009 130 V 0.002 0.003 0.020 0.010 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.897 0.010 0.004 0.011 131 S 0.002 0.003 0.017 0.006 0.024 0.006 0.068 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.252 0.584 0.007 0.019 132 H 0.002 0.014 0.033 0.010 0.017 0.005 0.152 0.035 0.002 0.001 0.009 0.005 0.159 0.160 0.362 0.035 133 G 0.007 0.023 0.089 0.019 0.002 0.007 0.026 0.043 0.027 0.018 0.010 0.009 0.181 0.009 0.205 0.323 134 G 0.397 0.023 0.056 0.032 0.012 0.026 0.074 0.004 0.030 0.043 0.021 0.023 0.095 0.035 0.007 0.124 135 D 0.209 0.118 0.177 0.075 0.004 0.076 0.012 0.045 0.005 0.004 0.063 0.066 0.079 0.004 0.055 0.011 136 K 0.015 0.109 0.189 0.170 0.018 0.110 0.021 0.007 0.042 0.017 0.082 0.067 0.070 0.010 0.006 0.066 137 L 0.084 0.116 0.165 0.421 0.010 0.022 0.010 0.013 0.006 0.002 0.025 0.064 0.042 0.002 0.010 0.008 138 D 0.009 0.019 0.124 0.103 0.052 0.491 0.029 0.008 0.008 0.014 0.016 0.040 0.067 0.006 0.003 0.010 139 L 0.016 0.090 0.050 0.104 0.029 0.049 0.017 0.056 0.004 0.003 0.466 0.024 0.064 0.010 0.011 0.009