# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.229 0.005 0.032 0.027 0.042 0.087 0.011 0.001 0.059 0.414 2 W 0.107 0.254 0.004 0.028 0.028 0.039 0.087 0.016 0.001 0.055 0.382 3 K 0.051 0.183 0.005 0.054 0.048 0.071 0.088 0.006 0.001 0.127 0.366 4 A 0.049 0.145 0.006 0.054 0.056 0.097 0.083 0.007 0.002 0.135 0.365 5 V 0.081 0.125 0.007 0.059 0.073 0.081 0.093 0.016 0.002 0.082 0.382 6 M 0.103 0.065 0.009 0.078 0.054 0.087 0.092 0.009 0.005 0.106 0.392 7 N 0.064 0.037 0.011 0.059 0.036 0.067 0.109 0.007 0.005 0.081 0.526 8 A 0.170 0.022 0.002 0.033 0.016 0.032 0.111 0.009 0.001 0.065 0.540 9 W 0.075 0.015 0.002 0.029 0.021 0.029 0.141 0.005 0.001 0.055 0.626 10 N 0.016 0.016 0.002 0.033 0.014 0.028 0.147 0.002 0.001 0.054 0.688 11 G 0.051 0.058 0.002 0.025 0.021 0.033 0.133 0.008 0.001 0.100 0.568 12 T 0.151 0.067 0.003 0.019 0.032 0.025 0.119 0.019 0.001 0.116 0.448 13 E 0.074 0.057 0.003 0.036 0.019 0.036 0.122 0.006 0.001 0.091 0.554 14 S 0.048 0.035 0.005 0.024 0.017 0.035 0.128 0.006 0.002 0.122 0.578 15 Q 0.085 0.046 0.004 0.027 0.029 0.040 0.130 0.013 0.002 0.071 0.555 16 S 0.210 0.034 0.003 0.015 0.016 0.022 0.098 0.010 0.002 0.114 0.477 17 K 0.027 0.014 0.004 0.021 0.016 0.025 0.143 0.002 0.002 0.079 0.668 18 N 0.077 0.025 0.002 0.017 0.011 0.021 0.115 0.006 0.001 0.047 0.677 19 V 0.182 0.020 0.003 0.017 0.021 0.019 0.133 0.009 0.001 0.053 0.543 20 S 0.052 0.012 0.003 0.028 0.013 0.024 0.148 0.003 0.001 0.055 0.661 21 N 0.039 0.017 0.001 0.040 0.023 0.068 0.135 0.004 0.001 0.055 0.617 22 I 0.028 0.012 0.002 0.035 0.033 0.046 0.133 0.004 0.001 0.068 0.638 23 Q 0.032 0.010 0.001 0.121 0.062 0.075 0.116 0.001 0.001 0.045 0.536 24 S 0.010 0.008 0.001 0.051 0.023 0.060 0.115 0.001 0.001 0.014 0.717 25 Y 0.002 0.023 0.001 0.107 0.075 0.053 0.108 0.001 0.001 0.010 0.620 26 S 0.035 0.906 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.001 0.012 0.028 27 F 0.025 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.007 28 E 0.011 0.906 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.026 0.043 29 D 0.024 0.913 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.012 0.037 30 M 0.033 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.010 0.013 31 K 0.048 0.648 0.019 0.004 0.007 0.008 0.017 0.006 0.006 0.115 0.122 32 R 0.138 0.434 0.008 0.003 0.003 0.005 0.043 0.007 0.004 0.040 0.315 33 I 0.100 0.110 0.074 0.008 0.005 0.007 0.091 0.053 0.045 0.096 0.411 34 V 0.578 0.007 0.014 0.002 0.006 0.006 0.071 0.009 0.004 0.035 0.269 35 G 0.065 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.044 0.001 0.001 0.012 0.871 36 K 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.080 0.001 0.001 0.005 0.905 37 H 0.022 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.145 0.001 0.001 0.014 0.802 38 D 0.181 0.001 0.001 0.010 0.007 0.005 0.157 0.002 0.001 0.039 0.598 39 P 0.004 0.001 0.001 0.142 0.002 0.009 0.125 0.001 0.001 0.031 0.685 40 N 0.001 0.001 0.001 0.428 0.024 0.082 0.080 0.001 0.001 0.072 0.311 41 V 0.001 0.001 0.001 0.666 0.046 0.051 0.017 0.001 0.001 0.104 0.115 42 V 0.001 0.001 0.001 0.792 0.083 0.055 0.005 0.001 0.001 0.029 0.034 43 L 0.001 0.001 0.001 0.733 0.092 0.084 0.006 0.001 0.001 0.038 0.046 44 V 0.001 0.001 0.001 0.597 0.146 0.160 0.009 0.001 0.001 0.034 0.051 45 D 0.012 0.001 0.001 0.534 0.070 0.132 0.033 0.001 0.001 0.069 0.148 46 V 0.008 0.001 0.001 0.281 0.049 0.115 0.142 0.001 0.001 0.042 0.361 47 R 0.006 0.003 0.001 0.085 0.035 0.051 0.133 0.001 0.001 0.019 0.667 48 E 0.329 0.046 0.002 0.015 0.016 0.019 0.104 0.023 0.001 0.045 0.400 49 P 0.262 0.043 0.002 0.010 0.008 0.012 0.106 0.017 0.001 0.111 0.429 50 S 0.060 0.051 0.004 0.015 0.021 0.047 0.101 0.004 0.001 0.060 0.636 51 E 0.081 0.041 0.003 0.025 0.048 0.100 0.110 0.009 0.001 0.043 0.539 52 Y 0.059 0.017 0.009 0.022 0.057 0.071 0.111 0.008 0.003 0.075 0.568 53 S 0.051 0.013 0.002 0.051 0.097 0.190 0.079 0.004 0.001 0.058 0.455 54 I 0.032 0.004 0.001 0.034 0.046 0.106 0.082 0.001 0.001 0.057 0.637 55 V 0.004 0.002 0.001 0.119 0.166 0.261 0.089 0.001 0.001 0.042 0.314 56 H 0.008 0.006 0.001 0.076 0.094 0.155 0.088 0.001 0.001 0.061 0.509 57 I 0.119 0.012 0.002 0.056 0.135 0.098 0.099 0.010 0.001 0.071 0.396 58 P 0.077 0.009 0.004 0.049 0.038 0.052 0.122 0.009 0.004 0.087 0.549 59 A 0.064 0.006 0.001 0.055 0.019 0.076 0.130 0.003 0.001 0.041 0.604 60 S 0.047 0.003 0.001 0.039 0.033 0.062 0.115 0.002 0.001 0.060 0.637 61 I 0.005 0.003 0.001 0.105 0.093 0.118 0.119 0.001 0.001 0.030 0.526 62 N 0.033 0.014 0.001 0.047 0.056 0.110 0.096 0.004 0.001 0.073 0.566 63 V 0.053 0.009 0.003 0.027 0.092 0.064 0.129 0.005 0.001 0.069 0.547 64 P 0.119 0.014 0.002 0.040 0.026 0.064 0.117 0.007 0.001 0.067 0.542 65 Y 0.184 0.005 0.001 0.015 0.013 0.027 0.107 0.003 0.001 0.048 0.596 66 R 0.009 0.004 0.001 0.026 0.021 0.043 0.135 0.001 0.001 0.019 0.741 67 S 0.015 0.018 0.001 0.017 0.020 0.029 0.089 0.002 0.001 0.016 0.794 68 H 0.309 0.090 0.003 0.013 0.027 0.016 0.097 0.016 0.001 0.052 0.377 69 P 0.167 0.100 0.004 0.011 0.011 0.012 0.095 0.015 0.002 0.029 0.554 70 D 0.277 0.108 0.008 0.015 0.006 0.017 0.076 0.013 0.003 0.030 0.447 71 A 0.300 0.041 0.003 0.013 0.017 0.029 0.071 0.014 0.001 0.049 0.461 72 F 0.082 0.011 0.001 0.031 0.013 0.022 0.088 0.002 0.001 0.046 0.703 73 A 0.004 0.006 0.001 0.036 0.012 0.031 0.107 0.001 0.001 0.016 0.787 74 L 0.003 0.029 0.001 0.028 0.020 0.014 0.090 0.001 0.001 0.009 0.805 75 D 0.148 0.757 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.022 0.001 0.026 0.032 76 P 0.035 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.010 77 L 0.013 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 0.041 78 E 0.035 0.811 0.005 0.002 0.004 0.003 0.009 0.005 0.001 0.048 0.079 79 F 0.064 0.834 0.011 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.002 0.016 0.024 80 E 0.152 0.425 0.025 0.004 0.005 0.007 0.022 0.014 0.019 0.095 0.231 81 K 0.256 0.135 0.005 0.004 0.005 0.007 0.048 0.005 0.002 0.035 0.497 82 Q 0.075 0.029 0.005 0.010 0.004 0.008 0.108 0.011 0.002 0.061 0.686 83 I 0.116 0.006 0.014 0.012 0.010 0.014 0.163 0.005 0.002 0.065 0.594 84 G 0.022 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.067 0.001 0.001 0.014 0.884 85 I 0.011 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.104 0.001 0.001 0.011 0.862 86 P 0.032 0.001 0.001 0.010 0.009 0.012 0.135 0.001 0.001 0.047 0.751 87 K 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.115 0.001 0.001 0.041 0.817 88 P 0.020 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.105 0.001 0.001 0.017 0.834 89 D 0.581 0.002 0.001 0.009 0.004 0.004 0.066 0.003 0.001 0.054 0.276 90 S 0.029 0.001 0.001 0.020 0.003 0.007 0.128 0.001 0.001 0.025 0.786 91 A 0.006 0.001 0.001 0.043 0.005 0.016 0.136 0.001 0.001 0.030 0.762 92 K 0.002 0.001 0.001 0.216 0.148 0.124 0.107 0.001 0.001 0.104 0.297 93 E 0.001 0.001 0.001 0.320 0.076 0.148 0.049 0.001 0.001 0.176 0.228 94 L 0.001 0.001 0.001 0.380 0.239 0.216 0.013 0.001 0.001 0.074 0.076 95 I 0.001 0.001 0.001 0.528 0.193 0.168 0.008 0.001 0.001 0.049 0.052 96 F 0.001 0.001 0.001 0.571 0.163 0.146 0.011 0.001 0.001 0.047 0.058 97 Y 0.004 0.002 0.001 0.597 0.082 0.124 0.029 0.001 0.001 0.061 0.097 98 C 0.146 0.012 0.002 0.207 0.043 0.069 0.117 0.007 0.001 0.084 0.313 99 A 0.100 0.028 0.002 0.052 0.014 0.026 0.175 0.006 0.001 0.057 0.539 100 S 0.025 0.064 0.001 0.032 0.006 0.017 0.146 0.003 0.001 0.041 0.665 101 G 0.044 0.204 0.002 0.033 0.017 0.034 0.123 0.006 0.001 0.105 0.429 102 K 0.023 0.425 0.003 0.022 0.036 0.020 0.078 0.004 0.001 0.066 0.322 103 R 0.014 0.835 0.002 0.003 0.004 0.004 0.012 0.004 0.001 0.046 0.076 104 G 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.035 0.012 105 G 0.005 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.045 0.013 106 E 0.004 0.931 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.039 0.014 107 A 0.006 0.942 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.025 0.010 108 Q 0.004 0.330 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.631 0.017 109 K 0.003 0.158 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.790 0.029 110 V 0.021 0.231 0.016 0.001 0.001 0.001 0.021 0.020 0.004 0.653 0.031 111 A 0.013 0.024 0.457 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 0.259 0.164 0.034 112 S 0.639 0.020 0.003 0.001 0.001 0.002 0.030 0.016 0.003 0.013 0.274 113 S 0.029 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.002 0.001 0.010 0.905 114 H 0.016 0.002 0.006 0.019 0.003 0.004 0.160 0.001 0.001 0.014 0.775 115 G 0.035 0.004 0.002 0.009 0.002 0.007 0.126 0.002 0.001 0.051 0.761 116 Y 0.029 0.002 0.001 0.008 0.009 0.004 0.129 0.002 0.001 0.023 0.792 117 S 0.032 0.003 0.001 0.169 0.008 0.017 0.144 0.002 0.001 0.058 0.565 118 N 0.013 0.004 0.001 0.136 0.014 0.053 0.117 0.003 0.001 0.076 0.583 119 T 0.008 0.001 0.001 0.387 0.025 0.032 0.067 0.001 0.001 0.058 0.421 120 S 0.003 0.001 0.001 0.471 0.086 0.111 0.066 0.001 0.001 0.044 0.215 121 L 0.006 0.005 0.001 0.304 0.038 0.062 0.090 0.001 0.001 0.064 0.430 122 Y 0.152 0.023 0.001 0.167 0.040 0.047 0.102 0.007 0.001 0.108 0.351 123 P 0.043 0.026 0.001 0.036 0.010 0.020 0.152 0.003 0.001 0.108 0.600 124 G 0.014 0.074 0.001 0.050 0.011 0.029 0.173 0.002 0.001 0.049 0.597 125 S 0.058 0.435 0.003 0.023 0.029 0.025 0.074 0.012 0.001 0.093 0.247 126 M 0.090 0.638 0.002 0.008 0.008 0.009 0.043 0.018 0.001 0.054 0.130 127 N 0.045 0.316 0.004 0.011 0.014 0.022 0.052 0.006 0.001 0.346 0.183 128 D 0.049 0.304 0.007 0.013 0.012 0.028 0.073 0.007 0.003 0.297 0.207 129 W 0.145 0.172 0.102 0.012 0.019 0.020 0.071 0.044 0.033 0.136 0.247 130 V 0.420 0.035 0.011 0.011 0.013 0.021 0.070 0.016 0.007 0.053 0.343 131 S 0.114 0.009 0.001 0.007 0.005 0.010 0.067 0.003 0.001 0.022 0.761 132 H 0.017 0.005 0.002 0.014 0.005 0.011 0.120 0.001 0.001 0.018 0.807 133 G 0.043 0.007 0.001 0.009 0.006 0.011 0.124 0.002 0.001 0.034 0.762 134 G 0.069 0.006 0.002 0.005 0.012 0.008 0.139 0.003 0.001 0.029 0.726 135 D 0.072 0.006 0.001 0.018 0.008 0.009 0.115 0.002 0.001 0.022 0.747 136 K 0.150 0.006 0.001 0.014 0.005 0.011 0.097 0.003 0.001 0.040 0.673 137 L 0.029 0.004 0.001 0.026 0.008 0.010 0.126 0.001 0.001 0.024 0.771 138 D 0.031 0.008 0.001 0.040 0.009 0.015 0.119 0.002 0.001 0.031 0.744 139 L 0.041 0.012 0.001 0.035 0.020 0.020 0.134 0.003 0.001 0.046 0.689