# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.240 0.018 0.024 0.030 0.077 0.085 0.471 2 W 0.141 0.349 0.013 0.016 0.025 0.056 0.098 0.302 3 K 0.083 0.190 0.021 0.031 0.039 0.076 0.147 0.415 4 A 0.039 0.155 0.034 0.029 0.042 0.089 0.119 0.493 5 V 0.094 0.126 0.052 0.045 0.059 0.098 0.104 0.422 6 M 0.074 0.029 0.068 0.043 0.050 0.105 0.127 0.503 7 N 0.078 0.024 0.039 0.027 0.034 0.101 0.081 0.616 8 A 0.140 0.015 0.026 0.014 0.020 0.112 0.059 0.613 9 W 0.049 0.010 0.016 0.011 0.015 0.122 0.030 0.747 10 N 0.020 0.009 0.023 0.012 0.021 0.127 0.029 0.760 11 G 0.049 0.029 0.021 0.013 0.020 0.121 0.067 0.681 12 T 0.133 0.064 0.040 0.033 0.030 0.109 0.133 0.457 13 E 0.100 0.072 0.033 0.024 0.035 0.105 0.074 0.557 14 S 0.035 0.043 0.044 0.025 0.043 0.095 0.093 0.622 15 Q 0.075 0.062 0.049 0.050 0.064 0.108 0.107 0.486 16 S 0.129 0.045 0.036 0.037 0.054 0.094 0.134 0.470 17 K 0.024 0.016 0.037 0.044 0.054 0.128 0.085 0.612 18 N 0.074 0.027 0.034 0.023 0.042 0.111 0.080 0.609 19 V 0.151 0.022 0.025 0.020 0.026 0.116 0.067 0.573 20 S 0.045 0.011 0.035 0.020 0.037 0.116 0.061 0.675 21 N 0.084 0.015 0.029 0.023 0.053 0.104 0.077 0.615 22 I 0.023 0.006 0.041 0.046 0.070 0.116 0.056 0.643 23 Q 0.009 0.014 0.126 0.080 0.161 0.095 0.059 0.455 24 S 0.009 0.028 0.045 0.043 0.069 0.094 0.025 0.688 25 Y 0.006 0.047 0.131 0.123 0.058 0.082 0.035 0.519 26 S 0.025 0.906 0.005 0.003 0.003 0.007 0.015 0.035 27 F 0.037 0.944 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 28 E 0.007 0.951 0.005 0.002 0.001 0.003 0.009 0.022 29 D 0.013 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 30 M 0.083 0.885 0.005 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 31 K 0.107 0.504 0.059 0.007 0.004 0.013 0.212 0.094 32 R 0.223 0.279 0.010 0.002 0.002 0.024 0.041 0.418 33 I 0.331 0.026 0.042 0.006 0.004 0.055 0.080 0.456 34 V 0.085 0.005 0.010 0.009 0.005 0.063 0.044 0.779 35 G 0.075 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.009 0.879 36 K 0.006 0.001 0.004 0.001 0.002 0.101 0.014 0.872 37 H 0.069 0.001 0.009 0.002 0.002 0.119 0.020 0.779 38 D 0.369 0.002 0.007 0.001 0.002 0.093 0.053 0.473 39 P 0.002 0.001 0.053 0.003 0.008 0.198 0.015 0.718 40 N 0.001 0.001 0.662 0.015 0.092 0.066 0.040 0.123 41 V 0.001 0.001 0.408 0.105 0.099 0.030 0.092 0.265 42 V 0.001 0.001 0.900 0.047 0.030 0.003 0.009 0.009 43 L 0.001 0.001 0.675 0.066 0.105 0.014 0.043 0.094 44 V 0.005 0.001 0.661 0.158 0.087 0.017 0.019 0.053 45 D 0.068 0.005 0.417 0.049 0.087 0.073 0.064 0.236 46 V 0.018 0.005 0.094 0.044 0.074 0.179 0.057 0.528 47 R 0.013 0.005 0.045 0.019 0.030 0.115 0.025 0.746 48 E 0.317 0.053 0.016 0.015 0.019 0.110 0.117 0.354 49 P 0.117 0.037 0.016 0.016 0.020 0.138 0.146 0.509 50 S 0.067 0.046 0.020 0.017 0.037 0.110 0.100 0.602 51 E 0.090 0.030 0.026 0.028 0.072 0.114 0.103 0.537 52 Y 0.046 0.008 0.032 0.055 0.075 0.131 0.051 0.602 53 S 0.047 0.009 0.036 0.081 0.165 0.095 0.054 0.512 54 I 0.015 0.004 0.028 0.034 0.070 0.112 0.031 0.707 55 V 0.003 0.002 0.163 0.102 0.142 0.187 0.045 0.355 56 H 0.016 0.006 0.078 0.036 0.046 0.126 0.054 0.639 57 I 0.265 0.039 0.069 0.049 0.031 0.102 0.192 0.255 58 P 0.058 0.024 0.072 0.017 0.030 0.110 0.110 0.579 59 A 0.117 0.028 0.166 0.027 0.089 0.113 0.154 0.306 60 S 0.020 0.008 0.095 0.026 0.045 0.097 0.084 0.626 61 I 0.011 0.010 0.279 0.109 0.140 0.120 0.044 0.288 62 N 0.031 0.012 0.102 0.027 0.087 0.129 0.065 0.546 63 V 0.059 0.008 0.146 0.091 0.063 0.155 0.084 0.394 64 P 0.087 0.016 0.061 0.025 0.044 0.110 0.093 0.565 65 Y 0.173 0.014 0.030 0.012 0.020 0.119 0.061 0.572 66 R 0.022 0.009 0.053 0.037 0.045 0.151 0.042 0.642 67 S 0.027 0.013 0.014 0.006 0.010 0.092 0.020 0.818 68 H 0.295 0.068 0.026 0.017 0.017 0.124 0.058 0.394 69 P 0.090 0.042 0.020 0.012 0.016 0.116 0.065 0.639 70 D 0.291 0.051 0.012 0.007 0.013 0.068 0.032 0.526 71 A 0.098 0.028 0.026 0.027 0.038 0.117 0.069 0.596 72 F 0.061 0.059 0.019 0.008 0.017 0.135 0.040 0.662 73 A 0.026 0.055 0.025 0.015 0.023 0.142 0.028 0.686 74 L 0.008 0.044 0.012 0.007 0.004 0.083 0.020 0.822 75 D 0.109 0.861 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.010 76 P 0.064 0.910 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 77 L 0.014 0.902 0.004 0.001 0.001 0.006 0.011 0.062 78 E 0.028 0.883 0.009 0.001 0.001 0.007 0.034 0.038 79 F 0.170 0.696 0.011 0.001 0.001 0.014 0.077 0.031 80 E 0.192 0.245 0.084 0.004 0.004 0.029 0.273 0.169 81 K 0.159 0.140 0.014 0.002 0.003 0.040 0.043 0.598 82 Q 0.217 0.027 0.033 0.003 0.004 0.074 0.055 0.588 83 I 0.034 0.009 0.019 0.008 0.008 0.114 0.041 0.767 84 G 0.092 0.005 0.006 0.002 0.004 0.064 0.008 0.818 85 I 0.046 0.003 0.007 0.011 0.009 0.102 0.016 0.807 86 P 0.037 0.003 0.009 0.009 0.011 0.141 0.021 0.769 87 K 0.027 0.002 0.012 0.013 0.018 0.136 0.043 0.750 88 P 0.045 0.001 0.005 0.003 0.002 0.061 0.014 0.869 89 D 0.893 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.024 0.065 90 S 0.064 0.002 0.008 0.001 0.004 0.129 0.011 0.782 91 A 0.005 0.001 0.038 0.003 0.024 0.165 0.015 0.750 92 K 0.001 0.001 0.166 0.060 0.122 0.172 0.072 0.408 93 E 0.001 0.001 0.499 0.122 0.158 0.036 0.076 0.109 94 L 0.001 0.001 0.717 0.085 0.083 0.009 0.052 0.053 95 I 0.001 0.001 0.845 0.067 0.048 0.004 0.015 0.020 96 F 0.001 0.001 0.850 0.046 0.054 0.006 0.023 0.018 97 Y 0.006 0.004 0.621 0.075 0.119 0.036 0.072 0.067 98 C 0.086 0.015 0.266 0.046 0.083 0.142 0.077 0.286 99 A 0.101 0.023 0.073 0.033 0.060 0.167 0.099 0.444 100 S 0.028 0.047 0.036 0.011 0.035 0.150 0.051 0.641 101 G 0.046 0.158 0.040 0.021 0.040 0.150 0.093 0.452 102 K 0.044 0.324 0.027 0.033 0.025 0.112 0.072 0.363 103 R 0.040 0.723 0.007 0.005 0.006 0.026 0.070 0.123 104 G 0.017 0.840 0.002 0.002 0.002 0.008 0.099 0.030 105 G 0.005 0.921 0.002 0.001 0.002 0.004 0.050 0.014 106 E 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 107 A 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.004 108 Q 0.008 0.226 0.003 0.001 0.001 0.004 0.749 0.008 109 K 0.004 0.074 0.005 0.002 0.001 0.005 0.895 0.013 110 V 0.066 0.363 0.029 0.005 0.008 0.039 0.395 0.096 111 A 0.239 0.093 0.090 0.013 0.012 0.081 0.204 0.267 112 S 0.415 0.020 0.006 0.003 0.004 0.038 0.040 0.475 113 S 0.038 0.004 0.003 0.001 0.001 0.055 0.020 0.878 114 H 0.004 0.002 0.034 0.004 0.008 0.375 0.033 0.540 115 G 0.036 0.004 0.040 0.006 0.010 0.174 0.067 0.663 116 Y 0.081 0.006 0.047 0.007 0.006 0.128 0.079 0.646 117 S 0.029 0.009 0.226 0.007 0.013 0.109 0.064 0.543 118 N 0.052 0.009 0.302 0.023 0.056 0.098 0.093 0.367 119 T 0.010 0.003 0.228 0.022 0.032 0.075 0.047 0.583 120 S 0.002 0.002 0.634 0.055 0.087 0.061 0.026 0.133 121 L 0.009 0.004 0.191 0.031 0.065 0.100 0.050 0.549 122 Y 0.120 0.024 0.224 0.098 0.053 0.106 0.121 0.254 123 P 0.041 0.028 0.081 0.018 0.036 0.120 0.062 0.614 124 G 0.037 0.070 0.077 0.026 0.055 0.118 0.095 0.521 125 S 0.044 0.388 0.064 0.040 0.054 0.083 0.051 0.275 126 M 0.063 0.544 0.026 0.021 0.032 0.052 0.040 0.221 127 N 0.052 0.355 0.042 0.038 0.044 0.043 0.250 0.176 128 D 0.047 0.385 0.035 0.034 0.043 0.050 0.263 0.143 129 W 0.198 0.161 0.062 0.035 0.055 0.064 0.202 0.223 130 V 0.294 0.048 0.038 0.063 0.062 0.074 0.094 0.328 131 S 0.107 0.011 0.008 0.010 0.020 0.063 0.033 0.749 132 H 0.022 0.006 0.007 0.010 0.018 0.107 0.021 0.809 133 G 0.041 0.007 0.007 0.012 0.019 0.135 0.018 0.761 134 G 0.074 0.008 0.010 0.020 0.020 0.113 0.036 0.719 135 D 0.069 0.014 0.015 0.020 0.029 0.101 0.033 0.718 136 K 0.097 0.014 0.026 0.025 0.038 0.096 0.060 0.645 137 L 0.038 0.006 0.022 0.027 0.029 0.101 0.034 0.743 138 D 0.062 0.014 0.025 0.029 0.046 0.095 0.061 0.669 139 L 0.036 0.013 0.021 0.027 0.045 0.108 0.041 0.710