# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.304 0.211 0.063 0.138 0.095 0.061 0.061 0.030 0.019 0.012 0.006 2 W 0.091 0.059 0.028 0.090 0.105 0.128 0.161 0.127 0.100 0.064 0.046 3 K 0.235 0.230 0.096 0.173 0.111 0.055 0.048 0.024 0.015 0.009 0.004 4 A 0.182 0.131 0.087 0.185 0.137 0.090 0.087 0.049 0.028 0.016 0.008 5 V 0.021 0.020 0.025 0.056 0.064 0.092 0.164 0.152 0.168 0.135 0.102 6 M 0.027 0.047 0.062 0.162 0.148 0.131 0.176 0.096 0.076 0.047 0.028 7 N 0.046 0.073 0.121 0.149 0.133 0.114 0.143 0.085 0.068 0.045 0.023 8 A 0.093 0.070 0.077 0.168 0.143 0.127 0.138 0.068 0.057 0.039 0.022 9 W 0.045 0.032 0.026 0.062 0.065 0.102 0.168 0.147 0.154 0.116 0.084 10 N 0.194 0.244 0.090 0.180 0.113 0.065 0.052 0.026 0.018 0.012 0.006 11 G 0.171 0.103 0.048 0.100 0.089 0.083 0.125 0.102 0.079 0.060 0.042 12 T 0.094 0.076 0.031 0.088 0.103 0.113 0.147 0.112 0.104 0.081 0.053 13 E 0.320 0.231 0.079 0.160 0.087 0.044 0.037 0.017 0.013 0.008 0.004 14 S 0.132 0.088 0.051 0.114 0.102 0.097 0.130 0.104 0.081 0.062 0.040 15 Q 0.043 0.060 0.030 0.097 0.105 0.119 0.167 0.123 0.110 0.087 0.058 16 S 0.148 0.170 0.078 0.193 0.127 0.094 0.091 0.044 0.028 0.017 0.010 17 K 0.332 0.153 0.105 0.139 0.095 0.061 0.052 0.028 0.018 0.012 0.006 18 N 0.244 0.172 0.061 0.165 0.118 0.087 0.076 0.033 0.022 0.014 0.007 19 V 0.027 0.027 0.018 0.055 0.060 0.099 0.169 0.165 0.154 0.120 0.105 20 S 0.351 0.238 0.119 0.135 0.067 0.036 0.026 0.013 0.008 0.005 0.002 21 N 0.242 0.189 0.090 0.204 0.118 0.064 0.050 0.021 0.012 0.007 0.003 22 I 0.045 0.034 0.018 0.056 0.066 0.106 0.156 0.137 0.173 0.119 0.089 23 Q 0.134 0.230 0.076 0.174 0.146 0.111 0.076 0.022 0.016 0.010 0.004 24 S 0.110 0.101 0.126 0.237 0.150 0.089 0.089 0.041 0.028 0.019 0.011 25 Y 0.015 0.012 0.014 0.028 0.051 0.058 0.140 0.228 0.182 0.142 0.130 26 S 0.032 0.624 0.097 0.125 0.061 0.019 0.021 0.007 0.007 0.005 0.001 27 F 0.008 0.012 0.012 0.052 0.086 0.213 0.278 0.181 0.087 0.041 0.031 28 E 0.847 0.037 0.076 0.031 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.003 0.022 0.026 0.246 0.282 0.204 0.153 0.043 0.014 0.005 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.041 0.167 0.287 0.485 31 K 0.001 0.003 0.055 0.142 0.303 0.285 0.169 0.023 0.011 0.007 0.002 32 R 0.003 0.010 0.837 0.096 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.003 0.009 0.011 0.019 0.070 0.306 0.253 0.165 0.106 0.058 34 V 0.004 0.004 0.011 0.010 0.009 0.027 0.131 0.196 0.243 0.217 0.147 35 G 0.060 0.074 0.383 0.216 0.121 0.064 0.041 0.019 0.011 0.009 0.003 36 K 0.059 0.097 0.192 0.175 0.159 0.138 0.113 0.036 0.018 0.009 0.005 37 H 0.539 0.174 0.039 0.070 0.043 0.033 0.044 0.020 0.018 0.013 0.008 38 D 0.292 0.223 0.031 0.097 0.092 0.077 0.086 0.042 0.026 0.016 0.017 39 P 0.348 0.229 0.079 0.134 0.080 0.047 0.039 0.020 0.011 0.006 0.005 40 N 0.265 0.199 0.052 0.208 0.133 0.074 0.042 0.014 0.007 0.003 0.002 41 V 0.004 0.005 0.006 0.018 0.028 0.053 0.116 0.180 0.223 0.183 0.183 42 V 0.007 0.024 0.015 0.077 0.115 0.187 0.241 0.138 0.101 0.058 0.038 43 L 0.001 0.003 0.008 0.010 0.011 0.016 0.048 0.105 0.194 0.317 0.288 44 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.009 0.017 0.060 0.153 0.225 0.267 0.255 45 D 0.004 0.011 0.022 0.035 0.040 0.058 0.125 0.167 0.180 0.215 0.143 46 V 0.004 0.007 0.013 0.031 0.040 0.058 0.125 0.161 0.170 0.217 0.173 47 R 0.023 0.033 0.028 0.083 0.110 0.133 0.165 0.141 0.122 0.101 0.062 48 E 0.190 0.341 0.065 0.157 0.108 0.051 0.038 0.022 0.013 0.010 0.004 49 P 0.401 0.138 0.034 0.121 0.109 0.069 0.055 0.033 0.019 0.013 0.008 50 S 0.420 0.193 0.056 0.124 0.094 0.039 0.029 0.017 0.014 0.010 0.005 51 E 0.088 0.087 0.047 0.162 0.123 0.112 0.147 0.080 0.075 0.048 0.031 52 Y 0.021 0.022 0.022 0.046 0.046 0.076 0.149 0.143 0.197 0.159 0.120 53 S 0.082 0.145 0.087 0.233 0.164 0.114 0.088 0.035 0.028 0.016 0.009 54 I 0.122 0.114 0.068 0.166 0.130 0.118 0.113 0.058 0.055 0.034 0.024 55 V 0.115 0.055 0.034 0.079 0.087 0.104 0.158 0.114 0.112 0.086 0.058 56 H 0.075 0.095 0.050 0.167 0.147 0.106 0.129 0.091 0.066 0.044 0.029 57 I 0.008 0.008 0.010 0.022 0.024 0.046 0.090 0.133 0.199 0.215 0.245 58 P 0.169 0.207 0.081 0.239 0.152 0.062 0.043 0.020 0.014 0.009 0.004 59 A 0.086 0.071 0.036 0.121 0.109 0.094 0.137 0.103 0.112 0.076 0.055 60 S 0.013 0.011 0.009 0.023 0.027 0.039 0.079 0.101 0.198 0.228 0.270 61 I 0.022 0.043 0.030 0.106 0.106 0.157 0.212 0.125 0.101 0.059 0.038 62 N 0.027 0.044 0.055 0.115 0.100 0.090 0.141 0.116 0.125 0.106 0.081 63 V 0.011 0.010 0.011 0.027 0.036 0.056 0.131 0.169 0.203 0.178 0.167 64 P 0.139 0.190 0.063 0.188 0.131 0.083 0.081 0.045 0.037 0.026 0.017 65 Y 0.023 0.017 0.014 0.048 0.056 0.077 0.136 0.152 0.161 0.158 0.158 66 R 0.166 0.151 0.073 0.201 0.159 0.081 0.066 0.039 0.030 0.023 0.012 67 S 0.221 0.165 0.061 0.151 0.112 0.074 0.085 0.049 0.038 0.027 0.017 68 H 0.059 0.043 0.022 0.060 0.064 0.092 0.138 0.136 0.142 0.131 0.114 69 P 0.260 0.170 0.056 0.141 0.104 0.081 0.078 0.042 0.032 0.022 0.013 70 D 0.223 0.156 0.058 0.174 0.125 0.075 0.076 0.046 0.034 0.022 0.011 71 A 0.125 0.065 0.028 0.086 0.087 0.099 0.154 0.106 0.121 0.073 0.055 72 F 0.085 0.110 0.037 0.133 0.145 0.127 0.151 0.073 0.071 0.043 0.024 73 A 0.087 0.059 0.060 0.132 0.111 0.103 0.155 0.091 0.086 0.068 0.047 74 L 0.039 0.043 0.040 0.104 0.131 0.114 0.181 0.144 0.095 0.063 0.046 75 D 0.063 0.490 0.076 0.127 0.077 0.042 0.057 0.025 0.022 0.015 0.006 76 P 0.130 0.081 0.028 0.118 0.166 0.154 0.178 0.091 0.033 0.014 0.008 77 L 0.832 0.048 0.061 0.036 0.008 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 78 E 0.010 0.033 0.048 0.264 0.221 0.205 0.156 0.041 0.015 0.006 0.002 79 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.054 0.129 0.226 0.250 0.323 80 E 0.003 0.008 0.119 0.157 0.240 0.237 0.157 0.041 0.020 0.013 0.004 81 K 0.008 0.015 0.763 0.130 0.051 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.003 0.008 0.027 0.035 0.052 0.136 0.319 0.192 0.114 0.073 0.043 83 I 0.007 0.007 0.015 0.014 0.016 0.038 0.136 0.225 0.211 0.206 0.125 84 G 0.143 0.118 0.406 0.164 0.073 0.039 0.026 0.013 0.008 0.008 0.002 85 I 0.065 0.070 0.165 0.175 0.124 0.134 0.135 0.055 0.040 0.024 0.012 86 P 0.261 0.103 0.034 0.074 0.068 0.079 0.138 0.073 0.086 0.053 0.029 87 K 0.248 0.279 0.044 0.113 0.095 0.075 0.072 0.030 0.023 0.014 0.007 88 P 0.103 0.075 0.051 0.093 0.093 0.125 0.155 0.102 0.089 0.055 0.058 89 D 0.426 0.283 0.053 0.087 0.058 0.026 0.029 0.015 0.010 0.007 0.006 90 S 0.245 0.295 0.037 0.167 0.112 0.053 0.049 0.021 0.011 0.006 0.004 91 A 0.503 0.146 0.028 0.093 0.088 0.043 0.041 0.025 0.017 0.009 0.009 92 K 0.055 0.090 0.034 0.183 0.206 0.193 0.136 0.052 0.028 0.014 0.007 93 E 0.044 0.075 0.050 0.221 0.203 0.187 0.135 0.048 0.025 0.008 0.004 94 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.059 0.215 0.237 0.251 0.213 95 I 0.001 0.005 0.012 0.021 0.029 0.040 0.108 0.195 0.199 0.232 0.158 96 F 0.001 0.001 0.007 0.006 0.008 0.013 0.048 0.138 0.220 0.324 0.234 97 Y 0.002 0.005 0.015 0.021 0.029 0.047 0.135 0.159 0.198 0.212 0.177 98 C 0.005 0.004 0.008 0.019 0.024 0.042 0.114 0.141 0.209 0.241 0.191 99 A 0.046 0.066 0.035 0.134 0.149 0.134 0.145 0.113 0.087 0.057 0.035 100 S 0.066 0.081 0.039 0.125 0.141 0.130 0.153 0.100 0.078 0.055 0.033 101 G 0.130 0.062 0.035 0.112 0.112 0.122 0.133 0.089 0.088 0.069 0.049 102 K 0.148 0.128 0.064 0.156 0.134 0.107 0.103 0.054 0.047 0.037 0.021 103 R 0.015 0.045 0.030 0.110 0.123 0.152 0.188 0.126 0.108 0.065 0.037 104 G 0.004 0.003 0.006 0.009 0.013 0.021 0.071 0.121 0.221 0.253 0.279 105 G 0.031 0.048 0.067 0.168 0.149 0.207 0.165 0.063 0.047 0.037 0.018 106 E 0.006 0.027 0.068 0.219 0.210 0.161 0.154 0.082 0.044 0.021 0.009 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.077 0.217 0.290 0.388 108 Q 0.001 0.002 0.015 0.028 0.028 0.089 0.239 0.121 0.207 0.166 0.104 109 K 0.002 0.009 0.218 0.228 0.183 0.152 0.115 0.053 0.025 0.012 0.005 110 V 0.001 0.002 0.013 0.016 0.025 0.092 0.310 0.239 0.162 0.086 0.056 111 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.004 0.025 0.053 0.189 0.376 0.341 112 S 0.002 0.006 0.068 0.115 0.170 0.212 0.241 0.093 0.050 0.030 0.013 113 S 0.011 0.031 0.280 0.211 0.189 0.124 0.095 0.029 0.017 0.008 0.004 114 H 0.023 0.018 0.032 0.034 0.049 0.092 0.249 0.201 0.143 0.111 0.047 115 G 0.351 0.205 0.058 0.084 0.049 0.050 0.076 0.043 0.040 0.029 0.016 116 Y 0.021 0.021 0.020 0.042 0.043 0.086 0.125 0.136 0.166 0.159 0.180 117 S 0.348 0.301 0.096 0.140 0.061 0.023 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 118 N 0.191 0.152 0.039 0.183 0.150 0.092 0.085 0.049 0.031 0.017 0.011 119 T 0.017 0.011 0.009 0.019 0.022 0.035 0.073 0.090 0.189 0.206 0.329 120 S 0.041 0.081 0.052 0.217 0.200 0.159 0.145 0.049 0.032 0.015 0.009 121 L 0.016 0.033 0.059 0.082 0.060 0.077 0.133 0.119 0.169 0.150 0.102 122 Y 0.009 0.012 0.012 0.039 0.052 0.079 0.156 0.180 0.183 0.150 0.130 123 P 0.178 0.224 0.075 0.183 0.116 0.070 0.062 0.035 0.027 0.020 0.010 124 G 0.166 0.080 0.044 0.103 0.109 0.090 0.114 0.094 0.080 0.074 0.047 125 S 0.045 0.085 0.039 0.105 0.102 0.104 0.154 0.110 0.111 0.091 0.054 126 M 0.019 0.024 0.017 0.054 0.060 0.090 0.179 0.166 0.164 0.128 0.102 127 N 0.234 0.150 0.109 0.186 0.112 0.082 0.056 0.031 0.019 0.014 0.007 128 D 0.111 0.111 0.095 0.274 0.180 0.103 0.067 0.027 0.018 0.009 0.005 129 W 0.006 0.007 0.008 0.017 0.018 0.027 0.087 0.137 0.216 0.221 0.255 130 V 0.013 0.023 0.044 0.108 0.119 0.160 0.218 0.125 0.093 0.062 0.035 131 S 0.059 0.087 0.335 0.227 0.121 0.066 0.048 0.024 0.016 0.012 0.005 132 H 0.071 0.069 0.078 0.142 0.142 0.151 0.173 0.078 0.051 0.031 0.015 133 G 0.372 0.140 0.038 0.086 0.066 0.060 0.090 0.055 0.044 0.032 0.017 134 G 0.304 0.155 0.048 0.103 0.080 0.076 0.082 0.053 0.046 0.033 0.019 135 D 0.344 0.212 0.082 0.105 0.078 0.053 0.051 0.031 0.022 0.014 0.008 136 K 0.336 0.188 0.048 0.114 0.093 0.062 0.067 0.040 0.025 0.017 0.009 137 L 0.237 0.107 0.037 0.088 0.091 0.105 0.111 0.090 0.063 0.042 0.029 138 D 0.381 0.257 0.075 0.125 0.074 0.036 0.024 0.013 0.008 0.005 0.002 139 L 0.212 0.078 0.046 0.100 0.103 0.122 0.132 0.093 0.058 0.037 0.019