# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.016 0.003 0.023 0.025 0.047 0.108 0.002 0.001 0.004 0.733 2 W 0.037 0.020 0.003 0.028 0.021 0.057 0.087 0.001 0.001 0.003 0.742 3 K 0.041 0.045 0.002 0.031 0.040 0.066 0.173 0.001 0.001 0.007 0.594 4 A 0.037 0.055 0.001 0.020 0.016 0.025 0.119 0.002 0.001 0.003 0.722 5 V 0.086 0.204 0.004 0.048 0.043 0.083 0.052 0.003 0.001 0.003 0.473 6 M 0.055 0.278 0.004 0.047 0.051 0.072 0.067 0.003 0.001 0.004 0.418 7 N 0.077 0.357 0.004 0.035 0.059 0.065 0.052 0.009 0.001 0.003 0.339 8 A 0.146 0.252 0.003 0.038 0.028 0.042 0.029 0.020 0.001 0.004 0.438 9 W 0.179 0.236 0.015 0.046 0.028 0.037 0.100 0.018 0.001 0.004 0.338 10 N 0.137 0.154 0.017 0.040 0.021 0.025 0.138 0.017 0.001 0.017 0.435 11 G 0.212 0.059 0.027 0.037 0.011 0.021 0.065 0.022 0.001 0.032 0.513 12 T 0.193 0.030 0.097 0.046 0.010 0.017 0.149 0.005 0.001 0.006 0.447 13 E 0.024 0.009 0.003 0.027 0.012 0.017 0.154 0.002 0.001 0.005 0.748 14 S 0.043 0.024 0.005 0.033 0.016 0.038 0.241 0.002 0.001 0.006 0.592 15 Q 0.188 0.102 0.004 0.092 0.028 0.055 0.121 0.004 0.001 0.008 0.397 16 S 0.103 0.139 0.004 0.046 0.037 0.052 0.155 0.006 0.001 0.011 0.447 17 K 0.105 0.094 0.007 0.034 0.026 0.036 0.098 0.007 0.001 0.012 0.582 18 N 0.101 0.060 0.010 0.033 0.021 0.035 0.196 0.011 0.001 0.007 0.527 19 V 0.228 0.069 0.015 0.047 0.027 0.049 0.099 0.006 0.001 0.010 0.450 20 S 0.045 0.066 0.010 0.048 0.055 0.070 0.220 0.005 0.001 0.011 0.469 21 N 0.083 0.029 0.003 0.037 0.024 0.045 0.100 0.006 0.001 0.016 0.657 22 I 0.230 0.067 0.026 0.054 0.035 0.061 0.147 0.005 0.001 0.013 0.362 23 Q 0.105 0.032 0.005 0.082 0.119 0.095 0.231 0.004 0.001 0.013 0.314 24 S 0.132 0.029 0.011 0.072 0.039 0.087 0.079 0.010 0.001 0.003 0.537 25 Y 0.242 0.035 0.023 0.192 0.132 0.184 0.042 0.001 0.001 0.005 0.145 26 S 0.005 0.010 0.003 0.020 0.020 0.028 0.530 0.001 0.001 0.002 0.383 27 F 0.004 0.007 0.001 0.052 0.005 0.040 0.018 0.001 0.001 0.003 0.869 28 E 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.641 0.001 0.001 0.003 0.342 29 D 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.001 0.001 0.005 0.036 30 M 0.055 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 31 K 0.001 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 32 R 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 33 I 0.056 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.010 34 V 0.080 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.011 35 G 0.113 0.596 0.031 0.001 0.001 0.002 0.005 0.134 0.001 0.001 0.117 36 K 0.268 0.255 0.055 0.005 0.001 0.002 0.009 0.197 0.001 0.001 0.207 37 H 0.240 0.142 0.095 0.013 0.003 0.004 0.034 0.061 0.001 0.003 0.406 38 D 0.138 0.015 0.037 0.025 0.009 0.009 0.091 0.009 0.001 0.006 0.659 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.989 40 N 0.020 0.001 0.002 0.121 0.021 0.027 0.427 0.001 0.001 0.005 0.377 41 V 0.230 0.003 0.003 0.278 0.039 0.053 0.102 0.001 0.001 0.007 0.285 42 V 0.005 0.001 0.001 0.802 0.089 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 0.020 43 L 0.004 0.001 0.001 0.582 0.083 0.139 0.013 0.001 0.001 0.001 0.177 44 V 0.001 0.001 0.001 0.802 0.063 0.122 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 45 D 0.003 0.002 0.001 0.339 0.142 0.127 0.079 0.001 0.001 0.002 0.307 46 V 0.004 0.003 0.001 0.411 0.067 0.139 0.057 0.001 0.001 0.004 0.315 47 R 0.014 0.003 0.001 0.212 0.050 0.108 0.272 0.001 0.001 0.020 0.320 48 E 0.023 0.001 0.001 0.020 0.006 0.010 0.195 0.001 0.001 0.003 0.742 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 50 S 0.006 0.001 0.001 0.007 0.008 0.022 0.183 0.001 0.001 0.002 0.770 51 E 0.336 0.011 0.001 0.007 0.011 0.018 0.115 0.001 0.001 0.008 0.493 52 Y 0.302 0.145 0.003 0.022 0.048 0.082 0.046 0.002 0.001 0.006 0.345 53 S 0.097 0.190 0.004 0.050 0.170 0.130 0.071 0.002 0.001 0.005 0.280 54 I 0.046 0.084 0.002 0.033 0.089 0.093 0.031 0.004 0.001 0.003 0.615 55 V 0.165 0.075 0.006 0.059 0.084 0.171 0.058 0.006 0.001 0.006 0.369 56 H 0.114 0.024 0.007 0.054 0.032 0.058 0.098 0.007 0.001 0.007 0.598 57 I 0.050 0.019 0.014 0.118 0.089 0.099 0.151 0.002 0.001 0.003 0.454 58 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.982 59 A 0.005 0.002 0.001 0.044 0.039 0.059 0.077 0.001 0.001 0.002 0.772 60 S 0.135 0.013 0.003 0.086 0.083 0.066 0.104 0.001 0.001 0.007 0.502 61 I 0.210 0.016 0.001 0.154 0.133 0.180 0.044 0.001 0.001 0.008 0.253 62 N 0.065 0.015 0.002 0.093 0.037 0.086 0.091 0.002 0.001 0.007 0.603 63 V 0.150 0.011 0.004 0.271 0.113 0.154 0.062 0.001 0.001 0.006 0.228 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.977 65 Y 0.009 0.005 0.001 0.062 0.080 0.242 0.064 0.001 0.001 0.002 0.536 66 R 0.072 0.028 0.001 0.050 0.039 0.053 0.102 0.001 0.001 0.011 0.643 67 S 0.214 0.014 0.003 0.016 0.011 0.025 0.128 0.003 0.001 0.008 0.579 68 H 0.562 0.028 0.004 0.035 0.020 0.042 0.057 0.001 0.001 0.006 0.245 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.979 70 D 0.018 0.007 0.002 0.009 0.014 0.029 0.220 0.001 0.001 0.005 0.696 71 A 0.392 0.035 0.002 0.010 0.007 0.017 0.061 0.002 0.001 0.025 0.449 72 F 0.214 0.078 0.007 0.017 0.026 0.031 0.259 0.007 0.001 0.013 0.349 73 A 0.429 0.089 0.011 0.030 0.022 0.035 0.110 0.010 0.001 0.010 0.253 74 L 0.327 0.129 0.025 0.043 0.032 0.047 0.087 0.008 0.001 0.007 0.294 75 D 0.035 0.054 0.012 0.023 0.013 0.026 0.431 0.006 0.001 0.006 0.395 76 P 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.978 77 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.001 0.001 0.004 0.290 78 E 0.087 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.001 0.001 0.006 0.030 79 F 0.092 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.048 80 E 0.004 0.932 0.010 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.042 81 K 0.012 0.919 0.002 0.002 0.005 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.051 82 Q 0.084 0.860 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.026 83 I 0.217 0.640 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.085 0.001 0.001 0.051 84 G 0.244 0.357 0.072 0.009 0.004 0.008 0.015 0.111 0.001 0.003 0.179 85 I 0.204 0.174 0.161 0.018 0.006 0.006 0.026 0.083 0.001 0.002 0.320 86 P 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.979 87 K 0.043 0.008 0.013 0.025 0.017 0.027 0.117 0.004 0.001 0.002 0.745 88 P 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.931 89 D 0.055 0.004 0.001 0.019 0.030 0.050 0.175 0.001 0.001 0.002 0.663 90 S 0.062 0.003 0.001 0.025 0.008 0.010 0.060 0.001 0.001 0.013 0.818 91 A 0.045 0.002 0.002 0.023 0.011 0.014 0.469 0.001 0.001 0.008 0.425 92 K 0.462 0.002 0.001 0.052 0.047 0.042 0.218 0.001 0.001 0.041 0.135 93 E 0.034 0.001 0.002 0.092 0.029 0.024 0.144 0.001 0.001 0.003 0.671 94 L 0.007 0.001 0.003 0.539 0.146 0.177 0.040 0.001 0.001 0.001 0.086 95 I 0.003 0.001 0.001 0.808 0.062 0.108 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 96 F 0.001 0.001 0.001 0.838 0.046 0.098 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.927 0.020 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 98 C 0.001 0.002 0.001 0.701 0.057 0.104 0.030 0.001 0.001 0.002 0.103 99 A 0.003 0.003 0.001 0.343 0.030 0.070 0.167 0.001 0.001 0.006 0.377 100 S 0.012 0.002 0.001 0.061 0.011 0.024 0.291 0.001 0.001 0.013 0.585 101 G 0.148 0.006 0.002 0.038 0.007 0.018 0.165 0.001 0.001 0.037 0.576 102 K 0.160 0.021 0.011 0.024 0.008 0.011 0.226 0.001 0.001 0.011 0.525 103 R 0.034 0.022 0.005 0.013 0.009 0.015 0.161 0.001 0.001 0.005 0.734 104 G 0.054 0.084 0.007 0.021 0.011 0.051 0.110 0.001 0.001 0.004 0.657 105 G 0.035 0.162 0.002 0.013 0.006 0.019 0.068 0.001 0.001 0.004 0.690 106 E 0.031 0.354 0.004 0.006 0.005 0.008 0.150 0.001 0.001 0.003 0.436 107 A 0.017 0.770 0.002 0.002 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.178 108 Q 0.007 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.070 109 K 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 110 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 111 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 112 S 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 113 S 0.026 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.004 114 H 0.153 0.693 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.131 0.001 0.001 0.016 115 G 0.463 0.128 0.041 0.004 0.001 0.001 0.003 0.281 0.001 0.007 0.070 116 Y 0.034 0.006 0.861 0.005 0.001 0.001 0.037 0.007 0.001 0.001 0.047 117 S 0.016 0.004 0.015 0.040 0.010 0.009 0.101 0.003 0.001 0.006 0.795 118 N 0.013 0.003 0.006 0.084 0.015 0.016 0.138 0.001 0.001 0.003 0.721 119 T 0.042 0.006 0.004 0.192 0.040 0.044 0.151 0.001 0.001 0.003 0.516 120 S 0.059 0.005 0.001 0.542 0.084 0.135 0.049 0.001 0.001 0.010 0.115 121 L 0.023 0.007 0.002 0.148 0.041 0.080 0.064 0.001 0.001 0.004 0.630 122 Y 0.047 0.005 0.001 0.481 0.100 0.159 0.053 0.001 0.001 0.004 0.151 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.990 124 G 0.006 0.002 0.001 0.047 0.061 0.111 0.101 0.001 0.001 0.005 0.666 125 S 0.269 0.004 0.002 0.016 0.014 0.022 0.154 0.001 0.001 0.009 0.509 126 M 0.087 0.018 0.002 0.027 0.026 0.064 0.140 0.001 0.001 0.007 0.628 127 N 0.027 0.054 0.002 0.021 0.026 0.052 0.293 0.001 0.001 0.008 0.519 128 D 0.043 0.149 0.001 0.010 0.022 0.038 0.247 0.001 0.001 0.006 0.482 129 W 0.058 0.662 0.002 0.009 0.018 0.043 0.042 0.003 0.001 0.002 0.161 130 V 0.026 0.821 0.002 0.005 0.043 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.055 131 S 0.035 0.836 0.002 0.003 0.029 0.017 0.010 0.010 0.001 0.001 0.058 132 H 0.250 0.569 0.004 0.002 0.008 0.015 0.009 0.073 0.001 0.001 0.068 133 G 0.422 0.213 0.018 0.004 0.005 0.010 0.010 0.142 0.001 0.007 0.170 134 G 0.184 0.029 0.291 0.008 0.004 0.005 0.076 0.029 0.001 0.005 0.368 135 D 0.008 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.078 0.003 0.001 0.001 0.897 136 K 0.046 0.008 0.005 0.028 0.012 0.026 0.118 0.002 0.001 0.009 0.747 137 L 0.101 0.018 0.007 0.035 0.010 0.018 0.296 0.001 0.001 0.005 0.509 138 D 0.089 0.025 0.002 0.044 0.029 0.040 0.204 0.002 0.001 0.012 0.555 139 L 0.041 0.027 0.002 0.025 0.018 0.029 0.065 0.001 0.001 0.003 0.788