# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.010 0.016 0.012 0.020 0.057 0.003 0.861 2 W 0.025 0.024 0.030 0.025 0.057 0.074 0.004 0.760 3 K 0.038 0.043 0.032 0.035 0.060 0.134 0.007 0.651 4 A 0.067 0.080 0.025 0.022 0.036 0.130 0.010 0.630 5 V 0.174 0.220 0.068 0.039 0.058 0.078 0.015 0.347 6 M 0.058 0.342 0.102 0.062 0.075 0.050 0.009 0.302 7 N 0.045 0.298 0.069 0.065 0.108 0.043 0.016 0.356 8 A 0.099 0.204 0.069 0.036 0.087 0.052 0.027 0.426 9 W 0.162 0.198 0.060 0.030 0.046 0.097 0.033 0.374 10 N 0.130 0.124 0.053 0.029 0.027 0.156 0.052 0.429 11 G 0.340 0.054 0.038 0.013 0.015 0.052 0.056 0.432 12 T 0.298 0.036 0.121 0.021 0.036 0.109 0.014 0.365 13 E 0.008 0.011 0.027 0.011 0.016 0.061 0.003 0.863 14 S 0.047 0.039 0.032 0.024 0.058 0.140 0.008 0.652 15 Q 0.202 0.063 0.070 0.026 0.051 0.140 0.017 0.432 16 S 0.114 0.087 0.050 0.033 0.053 0.207 0.013 0.442 17 K 0.078 0.054 0.034 0.020 0.036 0.083 0.011 0.684 18 N 0.097 0.053 0.017 0.016 0.032 0.259 0.018 0.507 19 V 0.277 0.058 0.039 0.019 0.038 0.103 0.024 0.442 20 S 0.055 0.076 0.052 0.044 0.050 0.247 0.017 0.458 21 N 0.091 0.029 0.036 0.013 0.028 0.122 0.030 0.651 22 I 0.307 0.038 0.116 0.023 0.043 0.117 0.011 0.344 23 Q 0.078 0.037 0.243 0.104 0.089 0.140 0.017 0.292 24 S 0.041 0.012 0.078 0.023 0.047 0.040 0.010 0.750 25 Y 0.056 0.010 0.508 0.066 0.077 0.065 0.007 0.211 26 S 0.012 0.005 0.025 0.017 0.024 0.479 0.002 0.435 27 F 0.009 0.008 0.029 0.005 0.054 0.022 0.001 0.872 28 E 0.004 0.006 0.004 0.001 0.007 0.254 0.001 0.724 29 D 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.745 0.002 0.232 30 M 0.047 0.773 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.166 31 K 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 32 R 0.022 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 33 I 0.200 0.732 0.004 0.002 0.003 0.001 0.025 0.033 34 V 0.086 0.808 0.009 0.007 0.012 0.004 0.015 0.058 35 G 0.087 0.519 0.029 0.014 0.015 0.028 0.052 0.255 36 K 0.212 0.253 0.049 0.018 0.016 0.042 0.064 0.346 37 H 0.091 0.072 0.038 0.013 0.014 0.047 0.057 0.667 38 D 0.077 0.019 0.051 0.027 0.025 0.119 0.022 0.660 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 N 0.029 0.001 0.074 0.076 0.128 0.323 0.012 0.358 41 V 0.336 0.001 0.244 0.049 0.062 0.061 0.010 0.236 42 V 0.003 0.001 0.827 0.100 0.052 0.006 0.001 0.012 43 L 0.001 0.001 0.577 0.092 0.122 0.008 0.001 0.201 44 V 0.001 0.001 0.925 0.026 0.044 0.001 0.001 0.004 45 D 0.001 0.001 0.714 0.091 0.105 0.014 0.001 0.075 46 V 0.001 0.001 0.667 0.039 0.108 0.014 0.001 0.170 47 R 0.003 0.001 0.198 0.029 0.122 0.486 0.002 0.160 48 E 0.015 0.001 0.025 0.015 0.034 0.231 0.002 0.676 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 S 0.004 0.001 0.005 0.014 0.028 0.209 0.002 0.737 51 E 0.307 0.008 0.006 0.007 0.016 0.133 0.011 0.512 52 Y 0.301 0.196 0.024 0.054 0.094 0.061 0.008 0.261 53 S 0.168 0.229 0.055 0.082 0.106 0.081 0.013 0.266 54 I 0.063 0.095 0.033 0.033 0.042 0.029 0.014 0.691 55 V 0.210 0.098 0.075 0.117 0.121 0.042 0.044 0.293 56 H 0.065 0.032 0.058 0.043 0.064 0.045 0.033 0.659 57 I 0.064 0.019 0.142 0.144 0.222 0.054 0.011 0.344 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 A 0.008 0.004 0.049 0.055 0.133 0.113 0.006 0.632 60 S 0.497 0.007 0.064 0.026 0.038 0.051 0.009 0.307 61 I 0.135 0.013 0.207 0.182 0.126 0.046 0.014 0.277 62 N 0.081 0.008 0.145 0.070 0.120 0.050 0.013 0.512 63 V 0.044 0.005 0.445 0.157 0.157 0.033 0.005 0.155 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 65 Y 0.006 0.002 0.052 0.038 0.188 0.110 0.002 0.601 66 R 0.106 0.013 0.050 0.044 0.051 0.183 0.011 0.541 67 S 0.213 0.019 0.027 0.021 0.040 0.084 0.029 0.566 68 H 0.356 0.015 0.056 0.041 0.048 0.065 0.009 0.412 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 D 0.010 0.007 0.022 0.026 0.073 0.128 0.006 0.728 71 A 0.357 0.023 0.039 0.019 0.029 0.056 0.013 0.466 72 F 0.218 0.031 0.035 0.018 0.031 0.186 0.010 0.471 73 A 0.376 0.029 0.083 0.028 0.043 0.148 0.016 0.279 74 L 0.233 0.055 0.113 0.028 0.032 0.137 0.013 0.388 75 D 0.065 0.037 0.032 0.023 0.047 0.262 0.007 0.525 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 L 0.004 0.004 0.002 0.002 0.008 0.517 0.001 0.461 78 E 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.909 0.001 0.058 79 F 0.069 0.848 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.072 80 E 0.004 0.928 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.058 81 K 0.035 0.857 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.089 82 Q 0.176 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 83 I 0.127 0.803 0.006 0.004 0.005 0.002 0.024 0.030 84 G 0.151 0.400 0.039 0.009 0.012 0.016 0.136 0.237 85 I 0.203 0.162 0.085 0.020 0.022 0.036 0.042 0.430 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 K 0.019 0.005 0.027 0.023 0.022 0.065 0.004 0.835 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 D 0.024 0.004 0.019 0.040 0.096 0.141 0.002 0.674 90 S 0.094 0.002 0.010 0.009 0.013 0.045 0.003 0.824 91 A 0.079 0.003 0.009 0.011 0.017 0.525 0.008 0.348 92 K 0.536 0.003 0.026 0.025 0.019 0.215 0.019 0.158 93 E 0.070 0.003 0.149 0.047 0.046 0.211 0.008 0.466 94 L 0.006 0.001 0.527 0.149 0.191 0.052 0.003 0.071 95 I 0.002 0.001 0.582 0.162 0.223 0.008 0.001 0.022 96 F 0.001 0.001 0.704 0.108 0.169 0.002 0.001 0.016 97 Y 0.001 0.001 0.798 0.064 0.094 0.005 0.001 0.039 98 C 0.001 0.001 0.709 0.084 0.122 0.013 0.001 0.071 99 A 0.001 0.001 0.273 0.046 0.151 0.132 0.001 0.395 100 S 0.008 0.001 0.066 0.015 0.047 0.206 0.005 0.652 101 G 0.162 0.004 0.029 0.013 0.015 0.118 0.023 0.638 102 K 0.197 0.006 0.034 0.013 0.016 0.268 0.010 0.456 103 R 0.032 0.025 0.017 0.019 0.026 0.219 0.005 0.657 104 G 0.074 0.176 0.023 0.021 0.066 0.102 0.006 0.532 105 G 0.021 0.181 0.010 0.010 0.025 0.081 0.004 0.668 106 E 0.018 0.298 0.004 0.004 0.008 0.142 0.003 0.523 107 A 0.014 0.830 0.002 0.002 0.005 0.036 0.002 0.109 108 Q 0.003 0.969 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 109 K 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 110 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 S 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 113 S 0.023 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 114 H 0.178 0.697 0.007 0.003 0.001 0.001 0.100 0.014 115 G 0.734 0.023 0.017 0.003 0.001 0.002 0.171 0.048 116 Y 0.028 0.017 0.868 0.013 0.012 0.013 0.007 0.042 117 S 0.002 0.005 0.051 0.010 0.014 0.033 0.002 0.883 118 N 0.015 0.005 0.143 0.017 0.023 0.085 0.007 0.705 119 T 0.196 0.006 0.327 0.027 0.025 0.088 0.011 0.320 120 S 0.008 0.002 0.901 0.030 0.016 0.011 0.003 0.028 121 L 0.014 0.004 0.296 0.045 0.080 0.035 0.007 0.519 122 Y 0.009 0.003 0.642 0.062 0.118 0.045 0.002 0.120 123 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 124 G 0.008 0.003 0.074 0.014 0.035 0.126 0.006 0.735 125 S 0.383 0.002 0.012 0.004 0.006 0.099 0.009 0.486 126 M 0.071 0.017 0.088 0.021 0.040 0.079 0.005 0.679 127 N 0.027 0.023 0.021 0.020 0.061 0.303 0.004 0.541 128 D 0.074 0.098 0.015 0.013 0.030 0.203 0.005 0.562 129 W 0.061 0.603 0.008 0.011 0.031 0.045 0.004 0.237 130 V 0.028 0.825 0.008 0.009 0.022 0.019 0.006 0.083 131 S 0.052 0.832 0.006 0.008 0.011 0.008 0.015 0.068 132 H 0.345 0.405 0.012 0.011 0.013 0.010 0.079 0.125 133 G 0.498 0.140 0.025 0.011 0.009 0.012 0.098 0.206 134 G 0.141 0.071 0.141 0.022 0.022 0.074 0.048 0.479 135 D 0.017 0.013 0.036 0.010 0.012 0.051 0.006 0.854 136 K 0.025 0.008 0.021 0.006 0.013 0.065 0.005 0.857 137 L 0.110 0.013 0.062 0.014 0.022 0.245 0.007 0.526 138 D 0.037 0.016 0.034 0.015 0.019 0.240 0.006 0.632 139 L 0.042 0.021 0.017 0.013 0.028 0.064 0.004 0.811