# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.207 0.254 0.097 0.048 0.060 0.020 0.003 0.024 0.003 0.001 2 W 0.391 0.147 0.238 0.116 0.032 0.042 0.012 0.001 0.018 0.002 0.002 3 K 0.439 0.205 0.189 0.055 0.062 0.019 0.011 0.001 0.017 0.002 0.001 4 A 0.399 0.117 0.281 0.079 0.035 0.051 0.017 0.003 0.014 0.001 0.002 5 V 0.272 0.395 0.213 0.050 0.024 0.026 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 6 M 0.299 0.271 0.266 0.040 0.032 0.043 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 7 N 0.330 0.141 0.292 0.086 0.039 0.066 0.017 0.003 0.023 0.002 0.001 8 A 0.421 0.102 0.241 0.112 0.029 0.040 0.023 0.006 0.019 0.005 0.001 9 W 0.427 0.142 0.196 0.139 0.028 0.021 0.019 0.004 0.019 0.004 0.001 10 N 0.163 0.067 0.220 0.308 0.036 0.030 0.136 0.010 0.023 0.006 0.002 11 G 0.051 0.019 0.088 0.032 0.100 0.015 0.073 0.370 0.008 0.244 0.001 12 T 0.171 0.176 0.506 0.050 0.042 0.027 0.004 0.001 0.018 0.003 0.002 13 E 0.411 0.068 0.330 0.084 0.023 0.037 0.015 0.004 0.011 0.006 0.010 14 S 0.271 0.205 0.224 0.133 0.074 0.030 0.024 0.009 0.023 0.005 0.001 15 Q 0.223 0.278 0.278 0.102 0.040 0.041 0.010 0.002 0.023 0.001 0.002 16 S 0.193 0.193 0.398 0.065 0.038 0.044 0.016 0.002 0.042 0.004 0.003 17 K 0.456 0.120 0.254 0.072 0.036 0.026 0.013 0.005 0.012 0.004 0.002 18 N 0.217 0.132 0.233 0.163 0.034 0.105 0.064 0.011 0.035 0.004 0.002 19 V 0.235 0.249 0.322 0.102 0.025 0.030 0.010 0.002 0.021 0.002 0.001 20 S 0.395 0.105 0.245 0.109 0.044 0.028 0.038 0.006 0.019 0.008 0.003 21 N 0.176 0.120 0.125 0.220 0.074 0.060 0.138 0.045 0.030 0.010 0.001 22 I 0.184 0.267 0.300 0.132 0.039 0.037 0.018 0.002 0.017 0.002 0.002 23 Q 0.204 0.326 0.283 0.096 0.036 0.026 0.011 0.002 0.012 0.002 0.003 24 S 0.052 0.560 0.202 0.060 0.048 0.035 0.011 0.001 0.028 0.001 0.001 25 Y 0.011 0.771 0.136 0.025 0.034 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 26 S 0.004 0.177 0.615 0.002 0.056 0.060 0.002 0.001 0.083 0.002 0.001 27 F 0.891 0.001 0.088 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 28 E 0.980 0.003 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.946 0.004 0.006 0.038 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.958 0.002 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.852 0.010 0.036 0.076 0.001 0.007 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 35 G 0.623 0.007 0.034 0.159 0.006 0.009 0.123 0.033 0.002 0.003 0.001 36 K 0.417 0.045 0.108 0.393 0.010 0.006 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 37 H 0.305 0.060 0.158 0.333 0.018 0.042 0.042 0.018 0.017 0.006 0.001 38 D 0.026 0.124 0.358 0.011 0.036 0.024 0.016 0.001 0.396 0.006 0.001 39 P 0.729 0.001 0.197 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 40 N 0.100 0.043 0.046 0.617 0.010 0.015 0.099 0.052 0.016 0.001 0.001 41 V 0.014 0.651 0.246 0.041 0.020 0.006 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 42 V 0.017 0.660 0.265 0.006 0.012 0.025 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 43 L 0.011 0.400 0.529 0.008 0.008 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 44 V 0.025 0.701 0.135 0.009 0.065 0.024 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 45 D 0.043 0.183 0.512 0.019 0.025 0.107 0.015 0.003 0.086 0.002 0.006 46 V 0.202 0.392 0.213 0.077 0.055 0.038 0.007 0.003 0.010 0.002 0.002 47 R 0.073 0.422 0.295 0.055 0.065 0.036 0.004 0.001 0.045 0.002 0.001 48 E 0.015 0.088 0.633 0.004 0.036 0.030 0.004 0.001 0.182 0.004 0.003 49 P 0.546 0.003 0.388 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 50 S 0.626 0.064 0.110 0.129 0.022 0.014 0.012 0.012 0.008 0.003 0.001 51 E 0.496 0.141 0.133 0.144 0.021 0.028 0.016 0.003 0.015 0.001 0.002 52 Y 0.315 0.263 0.202 0.122 0.037 0.022 0.016 0.001 0.018 0.001 0.001 53 S 0.328 0.198 0.228 0.108 0.059 0.038 0.018 0.004 0.015 0.003 0.001 54 I 0.281 0.290 0.161 0.151 0.048 0.025 0.015 0.002 0.026 0.001 0.001 55 V 0.144 0.413 0.143 0.083 0.142 0.021 0.027 0.008 0.013 0.005 0.001 56 H 0.069 0.521 0.194 0.059 0.066 0.054 0.014 0.002 0.020 0.001 0.001 57 I 0.005 0.438 0.248 0.001 0.020 0.016 0.001 0.001 0.270 0.001 0.001 58 P 0.114 0.003 0.807 0.017 0.001 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.040 59 A 0.109 0.072 0.084 0.103 0.108 0.015 0.105 0.369 0.009 0.025 0.001 60 S 0.086 0.397 0.278 0.079 0.087 0.031 0.011 0.005 0.022 0.003 0.001 61 I 0.042 0.740 0.115 0.029 0.052 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 62 N 0.039 0.234 0.299 0.072 0.043 0.198 0.034 0.003 0.073 0.002 0.003 63 V 0.016 0.558 0.219 0.004 0.057 0.015 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 64 P 0.137 0.009 0.763 0.013 0.003 0.044 0.002 0.001 0.005 0.001 0.024 65 Y 0.445 0.123 0.184 0.144 0.035 0.027 0.011 0.007 0.016 0.005 0.002 66 R 0.567 0.078 0.134 0.120 0.048 0.015 0.016 0.004 0.009 0.007 0.002 67 S 0.255 0.104 0.135 0.330 0.040 0.053 0.044 0.014 0.016 0.008 0.001 68 H 0.051 0.179 0.442 0.018 0.046 0.035 0.013 0.001 0.210 0.006 0.001 69 P 0.748 0.003 0.201 0.020 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 70 D 0.288 0.054 0.080 0.440 0.016 0.020 0.065 0.015 0.018 0.002 0.001 71 A 0.445 0.050 0.135 0.186 0.035 0.028 0.051 0.049 0.012 0.009 0.001 72 F 0.389 0.172 0.201 0.160 0.023 0.018 0.022 0.003 0.008 0.002 0.001 73 A 0.271 0.196 0.280 0.149 0.026 0.038 0.016 0.002 0.016 0.002 0.004 74 L 0.139 0.236 0.412 0.136 0.016 0.029 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 75 D 0.010 0.084 0.600 0.009 0.027 0.060 0.005 0.001 0.201 0.002 0.001 76 P 0.946 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 77 L 0.989 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.964 0.004 0.004 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.984 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.972 0.001 0.003 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.892 0.004 0.005 0.093 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.487 0.021 0.102 0.363 0.002 0.004 0.016 0.001 0.006 0.001 0.001 84 G 0.207 0.008 0.046 0.088 0.040 0.010 0.257 0.275 0.004 0.064 0.001 85 I 0.081 0.229 0.519 0.027 0.033 0.019 0.006 0.001 0.083 0.002 0.001 86 P 0.283 0.011 0.551 0.063 0.002 0.046 0.005 0.001 0.004 0.001 0.034 87 K 0.046 0.257 0.358 0.024 0.097 0.026 0.024 0.010 0.149 0.007 0.001 88 P 0.214 0.009 0.682 0.020 0.002 0.028 0.002 0.001 0.005 0.001 0.036 89 D 0.137 0.135 0.433 0.120 0.035 0.043 0.018 0.005 0.064 0.007 0.004 90 S 0.608 0.032 0.207 0.091 0.016 0.017 0.007 0.005 0.004 0.006 0.009 91 A 0.174 0.082 0.140 0.430 0.030 0.027 0.079 0.013 0.016 0.005 0.003 92 K 0.068 0.302 0.401 0.078 0.059 0.013 0.034 0.005 0.034 0.003 0.002 93 E 0.053 0.125 0.731 0.023 0.011 0.021 0.012 0.001 0.016 0.001 0.005 94 L 0.010 0.773 0.171 0.006 0.026 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 I 0.006 0.858 0.085 0.002 0.025 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 96 F 0.008 0.839 0.067 0.003 0.048 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 97 Y 0.015 0.743 0.087 0.012 0.090 0.029 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 98 C 0.048 0.350 0.378 0.027 0.077 0.050 0.010 0.002 0.052 0.006 0.001 99 A 0.344 0.151 0.214 0.100 0.077 0.046 0.028 0.010 0.015 0.014 0.001 100 S 0.188 0.081 0.154 0.322 0.104 0.023 0.087 0.010 0.013 0.018 0.001 101 G 0.072 0.008 0.042 0.020 0.113 0.007 0.075 0.313 0.003 0.346 0.001 102 K 0.481 0.109 0.263 0.071 0.022 0.033 0.008 0.001 0.011 0.002 0.001 103 R 0.592 0.066 0.125 0.136 0.024 0.040 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 104 G 0.853 0.009 0.038 0.033 0.040 0.006 0.007 0.004 0.002 0.008 0.001 105 G 0.991 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.976 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.907 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.174 0.004 0.036 0.758 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 115 G 0.015 0.001 0.006 0.009 0.008 0.001 0.337 0.539 0.001 0.084 0.001 116 Y 0.067 0.162 0.633 0.083 0.016 0.018 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 117 S 0.299 0.086 0.330 0.162 0.047 0.028 0.018 0.009 0.008 0.010 0.003 118 N 0.073 0.139 0.130 0.269 0.066 0.083 0.166 0.036 0.034 0.004 0.001 119 T 0.064 0.725 0.108 0.042 0.039 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 120 S 0.056 0.694 0.139 0.017 0.061 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 121 L 0.046 0.456 0.298 0.040 0.043 0.077 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 122 Y 0.007 0.470 0.229 0.002 0.049 0.019 0.003 0.001 0.219 0.001 0.001 123 P 0.093 0.005 0.825 0.020 0.002 0.017 0.004 0.001 0.003 0.001 0.030 124 G 0.075 0.018 0.068 0.034 0.083 0.011 0.045 0.518 0.006 0.141 0.001 125 S 0.154 0.106 0.371 0.086 0.146 0.058 0.014 0.008 0.019 0.038 0.001 126 M 0.685 0.053 0.113 0.079 0.027 0.021 0.007 0.001 0.004 0.006 0.004 127 N 0.715 0.036 0.056 0.126 0.022 0.016 0.017 0.004 0.006 0.003 0.001 128 D 0.805 0.027 0.043 0.080 0.013 0.014 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 129 W 0.859 0.031 0.039 0.048 0.005 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 130 V 0.841 0.042 0.051 0.040 0.008 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 131 S 0.797 0.026 0.043 0.091 0.010 0.010 0.014 0.002 0.006 0.002 0.001 132 H 0.322 0.026 0.085 0.473 0.009 0.011 0.057 0.004 0.010 0.002 0.001 133 G 0.035 0.002 0.029 0.043 0.025 0.002 0.151 0.509 0.002 0.201 0.001 134 G 0.131 0.034 0.238 0.045 0.099 0.010 0.056 0.125 0.009 0.255 0.001 135 D 0.147 0.081 0.482 0.180 0.021 0.038 0.023 0.004 0.012 0.005 0.006 136 K 0.160 0.099 0.215 0.089 0.114 0.044 0.075 0.128 0.019 0.056 0.001 137 L 0.234 0.255 0.330 0.093 0.036 0.025 0.006 0.002 0.015 0.002 0.002 138 D 0.133 0.171 0.415 0.082 0.042 0.069 0.021 0.005 0.052 0.005 0.006 139 L 0.374 0.130 0.302 0.086 0.029 0.036 0.015 0.005 0.016 0.004 0.004