# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.155 0.069 0.019 0.187 0.017 0.034 0.164 0.070 0.099 0.052 2 W 0.124 0.159 0.057 0.020 0.205 0.022 0.024 0.192 0.099 0.054 0.044 3 K 0.048 0.126 0.059 0.024 0.096 0.046 0.064 0.327 0.135 0.054 0.021 4 A 0.095 0.086 0.026 0.009 0.184 0.009 0.033 0.338 0.111 0.080 0.030 5 V 0.128 0.081 0.019 0.007 0.187 0.009 0.025 0.332 0.119 0.053 0.040 6 M 0.095 0.133 0.046 0.014 0.190 0.030 0.046 0.280 0.088 0.046 0.032 7 N 0.077 0.233 0.080 0.019 0.178 0.028 0.062 0.179 0.063 0.053 0.029 8 A 0.095 0.102 0.101 0.024 0.112 0.019 0.054 0.212 0.087 0.125 0.069 9 W 0.049 0.107 0.069 0.035 0.091 0.046 0.120 0.251 0.118 0.076 0.038 10 N 0.031 0.153 0.114 0.180 0.052 0.084 0.098 0.074 0.051 0.131 0.032 11 G 0.047 0.073 0.099 0.168 0.059 0.025 0.016 0.056 0.050 0.310 0.097 12 T 0.089 0.210 0.089 0.021 0.217 0.010 0.015 0.136 0.115 0.062 0.037 13 E 0.063 0.118 0.048 0.013 0.121 0.034 0.057 0.264 0.188 0.060 0.033 14 S 0.108 0.130 0.052 0.015 0.178 0.016 0.058 0.210 0.102 0.095 0.036 15 Q 0.099 0.154 0.063 0.018 0.156 0.021 0.035 0.133 0.101 0.160 0.061 16 S 0.120 0.228 0.134 0.015 0.281 0.013 0.014 0.083 0.045 0.035 0.031 17 K 0.037 0.128 0.047 0.012 0.079 0.033 0.087 0.301 0.198 0.059 0.017 18 N 0.101 0.101 0.060 0.019 0.152 0.015 0.065 0.184 0.080 0.176 0.047 19 V 0.129 0.126 0.042 0.030 0.182 0.024 0.032 0.143 0.115 0.112 0.065 20 S 0.038 0.138 0.103 0.102 0.074 0.118 0.099 0.161 0.084 0.061 0.022 21 N 0.070 0.086 0.047 0.025 0.099 0.016 0.044 0.133 0.106 0.292 0.082 22 I 0.157 0.196 0.047 0.008 0.282 0.009 0.017 0.088 0.087 0.061 0.049 23 Q 0.082 0.261 0.044 0.008 0.333 0.032 0.058 0.066 0.049 0.035 0.031 24 S 0.305 0.116 0.022 0.007 0.294 0.009 0.024 0.032 0.019 0.067 0.106 25 Y 0.057 0.368 0.125 0.021 0.272 0.027 0.028 0.020 0.011 0.042 0.028 26 S 0.045 0.589 0.225 0.002 0.124 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 27 F 0.005 0.011 0.002 0.001 0.007 0.002 0.002 0.631 0.330 0.008 0.003 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.890 0.093 0.003 0.001 29 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.912 0.042 0.035 0.003 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.038 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.098 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.053 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.896 0.050 0.010 0.001 34 V 0.009 0.060 0.016 0.003 0.021 0.004 0.031 0.562 0.246 0.042 0.005 35 G 0.012 0.013 0.011 0.008 0.010 0.019 0.089 0.407 0.183 0.197 0.050 36 K 0.027 0.139 0.071 0.011 0.070 0.009 0.138 0.293 0.163 0.069 0.010 37 H 0.060 0.064 0.034 0.018 0.066 0.043 0.057 0.038 0.066 0.471 0.083 38 D 0.138 0.195 0.265 0.008 0.356 0.004 0.003 0.005 0.005 0.009 0.011 39 P 0.016 0.029 0.011 0.006 0.023 0.029 0.123 0.298 0.425 0.031 0.011 40 N 0.041 0.090 0.027 0.012 0.097 0.020 0.220 0.081 0.069 0.314 0.028 41 V 0.347 0.046 0.002 0.001 0.561 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 0.026 42 V 0.094 0.057 0.003 0.001 0.807 0.007 0.015 0.007 0.002 0.003 0.004 43 L 0.417 0.013 0.001 0.001 0.554 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 44 V 0.198 0.152 0.019 0.007 0.551 0.007 0.003 0.003 0.002 0.008 0.050 45 D 0.256 0.097 0.016 0.004 0.546 0.002 0.005 0.003 0.002 0.011 0.059 46 V 0.228 0.146 0.027 0.012 0.238 0.008 0.017 0.032 0.051 0.094 0.146 47 R 0.067 0.222 0.104 0.060 0.167 0.070 0.094 0.029 0.034 0.119 0.034 48 E 0.072 0.405 0.225 0.009 0.259 0.003 0.003 0.005 0.003 0.006 0.010 49 P 0.060 0.097 0.026 0.013 0.087 0.023 0.039 0.264 0.311 0.048 0.031 50 S 0.022 0.062 0.043 0.017 0.050 0.035 0.126 0.354 0.217 0.061 0.014 51 E 0.105 0.078 0.022 0.009 0.118 0.012 0.042 0.221 0.112 0.213 0.067 52 Y 0.152 0.122 0.037 0.016 0.203 0.022 0.029 0.137 0.079 0.130 0.074 53 S 0.088 0.153 0.080 0.030 0.167 0.052 0.053 0.164 0.093 0.079 0.041 54 I 0.085 0.125 0.047 0.027 0.135 0.032 0.072 0.133 0.129 0.164 0.050 55 V 0.083 0.182 0.087 0.031 0.201 0.026 0.059 0.100 0.065 0.123 0.043 56 H 0.128 0.185 0.105 0.020 0.226 0.013 0.026 0.052 0.044 0.135 0.064 57 I 0.099 0.305 0.213 0.034 0.212 0.022 0.015 0.033 0.024 0.016 0.027 58 P 0.042 0.213 0.088 0.058 0.089 0.107 0.110 0.121 0.118 0.036 0.018 59 A 0.061 0.057 0.036 0.023 0.070 0.019 0.058 0.103 0.112 0.371 0.090 60 S 0.163 0.230 0.064 0.008 0.301 0.008 0.011 0.062 0.043 0.060 0.050 61 I 0.103 0.238 0.044 0.013 0.329 0.036 0.045 0.070 0.041 0.042 0.039 62 N 0.226 0.100 0.054 0.027 0.220 0.019 0.024 0.040 0.040 0.109 0.141 63 V 0.052 0.319 0.244 0.033 0.170 0.028 0.023 0.059 0.032 0.024 0.016 64 P 0.154 0.277 0.079 0.016 0.255 0.010 0.028 0.073 0.039 0.029 0.040 65 Y 0.094 0.087 0.027 0.023 0.124 0.024 0.036 0.156 0.210 0.129 0.089 66 R 0.030 0.111 0.078 0.043 0.078 0.054 0.111 0.283 0.129 0.065 0.017 67 S 0.062 0.089 0.060 0.020 0.094 0.017 0.045 0.120 0.105 0.340 0.049 68 H 0.128 0.219 0.177 0.021 0.252 0.012 0.012 0.065 0.044 0.041 0.029 69 P 0.023 0.105 0.047 0.027 0.043 0.082 0.143 0.285 0.189 0.044 0.012 70 D 0.052 0.113 0.075 0.036 0.094 0.016 0.054 0.119 0.132 0.246 0.063 71 A 0.055 0.115 0.065 0.017 0.093 0.015 0.027 0.166 0.222 0.174 0.053 72 F 0.051 0.228 0.073 0.013 0.193 0.016 0.057 0.143 0.092 0.093 0.041 73 A 0.137 0.189 0.067 0.013 0.185 0.013 0.026 0.057 0.041 0.171 0.101 74 L 0.020 0.423 0.300 0.032 0.084 0.026 0.028 0.031 0.011 0.028 0.016 75 D 0.053 0.565 0.220 0.003 0.126 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.012 76 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.655 0.325 0.007 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.887 0.098 0.005 0.001 78 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.923 0.040 0.027 0.002 79 F 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.917 0.057 0.011 0.002 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.129 0.002 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.888 0.089 0.007 0.001 82 Q 0.006 0.004 0.004 0.001 0.006 0.004 0.067 0.783 0.094 0.027 0.004 83 I 0.030 0.271 0.045 0.009 0.070 0.013 0.065 0.298 0.095 0.084 0.020 84 G 0.023 0.018 0.016 0.012 0.016 0.014 0.033 0.183 0.099 0.428 0.158 85 I 0.032 0.410 0.244 0.009 0.132 0.007 0.029 0.052 0.042 0.033 0.011 86 P 0.057 0.200 0.104 0.039 0.120 0.056 0.087 0.060 0.081 0.120 0.077 87 K 0.106 0.134 0.140 0.080 0.173 0.016 0.028 0.057 0.063 0.152 0.052 88 P 0.055 0.344 0.127 0.032 0.189 0.018 0.026 0.066 0.072 0.051 0.020 89 D 0.071 0.192 0.479 0.021 0.148 0.012 0.008 0.021 0.020 0.015 0.012 90 S 0.010 0.017 0.008 0.003 0.018 0.010 0.109 0.407 0.398 0.013 0.006 91 A 0.061 0.067 0.035 0.009 0.062 0.018 0.044 0.065 0.061 0.514 0.065 92 K 0.091 0.326 0.043 0.005 0.308 0.014 0.045 0.030 0.019 0.067 0.051 93 E 0.264 0.065 0.003 0.001 0.616 0.004 0.022 0.006 0.003 0.005 0.011 94 L 0.240 0.041 0.001 0.001 0.699 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 95 I 0.268 0.035 0.002 0.001 0.674 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 96 F 0.265 0.044 0.003 0.001 0.674 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 97 Y 0.251 0.119 0.010 0.008 0.471 0.006 0.004 0.001 0.001 0.012 0.119 98 C 0.208 0.134 0.153 0.067 0.213 0.023 0.018 0.012 0.010 0.039 0.122 99 A 0.030 0.036 0.053 0.100 0.039 0.099 0.186 0.195 0.148 0.086 0.029 100 S 0.026 0.265 0.149 0.149 0.064 0.052 0.045 0.045 0.047 0.138 0.020 101 G 0.049 0.083 0.095 0.128 0.063 0.043 0.019 0.076 0.061 0.263 0.120 102 K 0.044 0.168 0.110 0.024 0.100 0.020 0.041 0.261 0.111 0.081 0.041 103 R 0.054 0.125 0.064 0.023 0.055 0.026 0.034 0.356 0.110 0.112 0.043 104 G 0.013 0.028 0.019 0.016 0.017 0.008 0.008 0.730 0.117 0.035 0.009 105 G 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.901 0.074 0.006 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.022 0.003 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.045 0.002 0.001 112 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.842 0.139 0.004 0.001 113 S 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.006 0.162 0.642 0.067 0.082 0.026 114 H 0.006 0.697 0.198 0.006 0.033 0.005 0.036 0.008 0.003 0.006 0.002 115 G 0.035 0.011 0.014 0.049 0.010 0.020 0.008 0.011 0.008 0.348 0.487 116 Y 0.110 0.236 0.103 0.065 0.234 0.014 0.013 0.045 0.051 0.071 0.057 117 S 0.048 0.080 0.051 0.062 0.070 0.183 0.107 0.180 0.116 0.062 0.042 118 N 0.133 0.122 0.070 0.033 0.213 0.013 0.036 0.076 0.092 0.153 0.059 119 T 0.209 0.148 0.027 0.004 0.488 0.006 0.008 0.026 0.028 0.022 0.034 120 S 0.175 0.185 0.034 0.005 0.462 0.014 0.027 0.035 0.016 0.017 0.030 121 L 0.289 0.107 0.032 0.014 0.292 0.020 0.027 0.021 0.019 0.073 0.106 122 Y 0.089 0.190 0.294 0.082 0.228 0.031 0.014 0.018 0.008 0.020 0.025 123 P 0.027 0.066 0.038 0.074 0.040 0.088 0.146 0.241 0.193 0.068 0.019 124 G 0.019 0.060 0.070 0.070 0.029 0.040 0.058 0.089 0.069 0.467 0.030 125 S 0.084 0.290 0.099 0.013 0.168 0.006 0.008 0.099 0.038 0.133 0.063 126 M 0.034 0.038 0.010 0.004 0.052 0.007 0.010 0.536 0.246 0.043 0.019 127 N 0.009 0.015 0.009 0.005 0.017 0.015 0.021 0.687 0.198 0.020 0.005 128 D 0.015 0.015 0.008 0.004 0.020 0.005 0.018 0.711 0.138 0.058 0.009 129 W 0.033 0.016 0.006 0.004 0.032 0.007 0.030 0.656 0.147 0.055 0.014 130 V 0.017 0.054 0.018 0.005 0.039 0.011 0.032 0.558 0.220 0.037 0.008 131 S 0.027 0.034 0.030 0.009 0.034 0.020 0.119 0.410 0.140 0.143 0.033 132 H 0.036 0.292 0.220 0.024 0.098 0.024 0.118 0.079 0.038 0.055 0.017 133 G 0.045 0.104 0.101 0.132 0.056 0.054 0.067 0.044 0.048 0.254 0.095 134 G 0.035 0.144 0.169 0.260 0.059 0.039 0.030 0.046 0.058 0.117 0.043 135 D 0.051 0.234 0.176 0.079 0.144 0.023 0.027 0.057 0.062 0.096 0.050 136 K 0.117 0.152 0.085 0.027 0.169 0.017 0.035 0.107 0.118 0.108 0.067 137 L 0.060 0.280 0.122 0.017 0.180 0.023 0.042 0.105 0.078 0.061 0.031 138 D 0.145 0.230 0.121 0.016 0.250 0.013 0.022 0.058 0.035 0.057 0.052 139 L 0.124 0.159 0.062 0.017 0.182 0.022 0.034 0.170 0.116 0.064 0.051