# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.592 0.234 0.092 0.050 0.024 0.008 0.001 2 W 0.345 0.207 0.203 0.155 0.066 0.021 0.003 3 K 0.403 0.256 0.186 0.104 0.038 0.012 0.001 4 A 0.343 0.288 0.190 0.117 0.043 0.016 0.002 5 V 0.126 0.121 0.158 0.233 0.232 0.117 0.013 6 M 0.159 0.203 0.228 0.217 0.126 0.061 0.006 7 N 0.217 0.231 0.204 0.174 0.116 0.052 0.006 8 A 0.237 0.276 0.170 0.156 0.105 0.048 0.007 9 W 0.136 0.143 0.224 0.242 0.175 0.072 0.008 10 N 0.255 0.282 0.248 0.147 0.046 0.019 0.002 11 G 0.232 0.189 0.170 0.188 0.144 0.068 0.009 12 T 0.172 0.153 0.190 0.239 0.168 0.070 0.008 13 E 0.337 0.365 0.176 0.079 0.031 0.011 0.001 14 S 0.197 0.265 0.223 0.190 0.092 0.030 0.003 15 Q 0.097 0.117 0.174 0.270 0.249 0.088 0.005 16 S 0.253 0.290 0.246 0.142 0.052 0.015 0.001 17 K 0.423 0.299 0.171 0.079 0.023 0.005 0.001 18 N 0.331 0.321 0.188 0.114 0.037 0.009 0.001 19 V 0.124 0.126 0.221 0.308 0.168 0.051 0.002 20 S 0.498 0.320 0.118 0.044 0.015 0.004 0.001 21 N 0.468 0.344 0.114 0.052 0.016 0.005 0.001 22 I 0.123 0.149 0.213 0.267 0.183 0.059 0.005 23 Q 0.109 0.266 0.245 0.201 0.129 0.048 0.003 24 S 0.070 0.202 0.302 0.236 0.136 0.049 0.004 25 Y 0.028 0.067 0.151 0.296 0.321 0.126 0.012 26 S 0.061 0.189 0.236 0.220 0.200 0.087 0.006 27 F 0.020 0.070 0.168 0.353 0.270 0.114 0.006 28 E 0.347 0.488 0.115 0.034 0.014 0.003 0.001 29 D 0.040 0.179 0.333 0.343 0.087 0.017 0.001 30 M 0.007 0.015 0.035 0.085 0.418 0.404 0.036 31 K 0.019 0.143 0.341 0.384 0.096 0.016 0.001 32 R 0.178 0.537 0.196 0.064 0.021 0.004 0.001 33 I 0.009 0.053 0.191 0.431 0.256 0.059 0.001 34 V 0.022 0.058 0.211 0.333 0.319 0.056 0.001 35 G 0.313 0.463 0.182 0.036 0.005 0.001 0.001 36 K 0.659 0.290 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 37 H 0.613 0.305 0.056 0.021 0.005 0.001 0.001 38 D 0.476 0.360 0.111 0.042 0.009 0.001 0.001 39 P 0.399 0.413 0.139 0.039 0.010 0.001 0.001 40 N 0.144 0.426 0.277 0.108 0.039 0.005 0.001 41 V 0.003 0.016 0.058 0.189 0.491 0.228 0.015 42 V 0.001 0.010 0.049 0.150 0.288 0.444 0.057 43 L 0.001 0.001 0.006 0.017 0.075 0.481 0.419 44 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.059 0.356 0.572 45 D 0.001 0.003 0.011 0.026 0.120 0.350 0.490 46 V 0.001 0.003 0.009 0.027 0.104 0.454 0.403 47 R 0.004 0.026 0.085 0.217 0.326 0.286 0.057 48 E 0.047 0.155 0.209 0.247 0.209 0.123 0.010 49 P 0.172 0.294 0.249 0.172 0.086 0.025 0.001 50 S 0.402 0.385 0.118 0.064 0.025 0.006 0.001 51 E 0.184 0.306 0.233 0.166 0.088 0.022 0.001 52 Y 0.103 0.109 0.180 0.291 0.243 0.069 0.005 53 S 0.324 0.377 0.183 0.078 0.030 0.008 0.001 54 I 0.330 0.304 0.211 0.114 0.031 0.009 0.001 55 V 0.221 0.210 0.180 0.186 0.139 0.058 0.007 56 H 0.085 0.152 0.187 0.247 0.193 0.114 0.022 57 I 0.063 0.065 0.098 0.164 0.250 0.265 0.093 58 P 0.136 0.205 0.220 0.191 0.138 0.086 0.024 59 A 0.114 0.142 0.150 0.190 0.184 0.154 0.066 60 S 0.059 0.062 0.085 0.129 0.192 0.291 0.182 61 I 0.051 0.085 0.113 0.160 0.214 0.252 0.124 62 N 0.081 0.121 0.137 0.174 0.192 0.187 0.107 63 V 0.049 0.058 0.079 0.141 0.234 0.297 0.140 64 P 0.107 0.169 0.164 0.189 0.186 0.139 0.045 65 Y 0.070 0.099 0.137 0.208 0.248 0.193 0.045 66 R 0.182 0.271 0.250 0.175 0.084 0.034 0.004 67 S 0.188 0.271 0.241 0.184 0.077 0.035 0.004 68 H 0.103 0.085 0.132 0.230 0.285 0.145 0.020 69 P 0.318 0.278 0.195 0.130 0.055 0.022 0.003 70 D 0.486 0.293 0.121 0.064 0.024 0.010 0.001 71 A 0.293 0.219 0.186 0.170 0.091 0.036 0.005 72 F 0.217 0.227 0.187 0.169 0.132 0.062 0.006 73 A 0.159 0.206 0.245 0.192 0.132 0.061 0.006 74 L 0.159 0.197 0.245 0.220 0.133 0.042 0.004 75 D 0.372 0.307 0.160 0.090 0.053 0.018 0.001 76 P 0.284 0.261 0.204 0.162 0.069 0.018 0.001 77 L 0.575 0.324 0.072 0.021 0.007 0.001 0.001 78 E 0.217 0.409 0.236 0.110 0.024 0.004 0.001 79 F 0.026 0.049 0.126 0.273 0.402 0.120 0.005 80 E 0.071 0.303 0.338 0.225 0.054 0.008 0.001 81 K 0.298 0.465 0.144 0.069 0.020 0.003 0.001 82 Q 0.020 0.101 0.265 0.436 0.152 0.025 0.001 83 I 0.028 0.056 0.148 0.269 0.382 0.116 0.002 84 G 0.299 0.473 0.164 0.049 0.013 0.002 0.001 85 I 0.299 0.322 0.224 0.124 0.028 0.004 0.001 86 P 0.287 0.260 0.258 0.146 0.044 0.005 0.001 87 K 0.567 0.311 0.092 0.024 0.006 0.001 0.001 88 P 0.400 0.259 0.190 0.113 0.033 0.004 0.001 89 D 0.524 0.320 0.109 0.034 0.011 0.001 0.001 90 S 0.361 0.360 0.178 0.079 0.019 0.003 0.001 91 A 0.243 0.385 0.203 0.100 0.059 0.010 0.001 92 K 0.027 0.119 0.192 0.360 0.230 0.069 0.003 93 E 0.004 0.037 0.146 0.323 0.308 0.172 0.009 94 L 0.001 0.002 0.008 0.026 0.131 0.600 0.232 95 I 0.001 0.002 0.007 0.024 0.092 0.415 0.460 96 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.041 0.266 0.679 97 Y 0.001 0.004 0.014 0.040 0.112 0.285 0.544 98 C 0.001 0.004 0.010 0.026 0.118 0.439 0.402 99 A 0.011 0.051 0.117 0.211 0.276 0.239 0.095 100 S 0.053 0.144 0.160 0.195 0.189 0.197 0.062 101 G 0.034 0.073 0.139 0.223 0.270 0.213 0.050 102 K 0.051 0.123 0.206 0.250 0.220 0.127 0.023 103 R 0.029 0.082 0.142 0.191 0.273 0.222 0.061 104 G 0.010 0.018 0.027 0.072 0.207 0.446 0.219 105 G 0.023 0.078 0.185 0.278 0.225 0.170 0.041 106 E 0.013 0.058 0.220 0.286 0.233 0.128 0.062 107 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.056 0.435 0.499 108 Q 0.001 0.008 0.031 0.117 0.252 0.429 0.161 109 K 0.006 0.071 0.216 0.325 0.188 0.158 0.035 110 V 0.002 0.012 0.064 0.198 0.418 0.271 0.035 111 A 0.001 0.004 0.006 0.027 0.165 0.599 0.197 112 S 0.015 0.117 0.244 0.338 0.201 0.077 0.008 113 S 0.115 0.324 0.275 0.201 0.059 0.023 0.002 114 H 0.033 0.096 0.243 0.334 0.207 0.082 0.005 115 G 0.064 0.135 0.149 0.222 0.271 0.146 0.012 116 Y 0.044 0.098 0.191 0.271 0.256 0.125 0.015 117 S 0.174 0.318 0.262 0.155 0.065 0.023 0.003 118 N 0.087 0.208 0.256 0.246 0.133 0.058 0.013 119 T 0.021 0.038 0.066 0.158 0.330 0.316 0.070 120 S 0.027 0.128 0.216 0.291 0.211 0.112 0.015 121 L 0.015 0.043 0.072 0.146 0.282 0.331 0.111 122 Y 0.008 0.028 0.058 0.139 0.269 0.375 0.123 123 P 0.031 0.112 0.230 0.302 0.197 0.106 0.021 124 G 0.029 0.105 0.214 0.250 0.232 0.140 0.031 125 S 0.012 0.037 0.060 0.140 0.276 0.370 0.106 126 M 0.011 0.028 0.063 0.139 0.278 0.381 0.101 127 N 0.050 0.194 0.339 0.280 0.093 0.040 0.005 128 D 0.105 0.271 0.288 0.206 0.103 0.026 0.002 129 W 0.024 0.039 0.066 0.191 0.371 0.285 0.024 130 V 0.052 0.132 0.212 0.309 0.219 0.074 0.003 131 S 0.319 0.376 0.197 0.078 0.022 0.007 0.001 132 H 0.366 0.279 0.199 0.122 0.029 0.005 0.001 133 G 0.558 0.228 0.111 0.065 0.032 0.007 0.001 134 G 0.506 0.227 0.153 0.083 0.026 0.005 0.001 135 D 0.795 0.171 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 136 K 0.603 0.249 0.094 0.041 0.011 0.003 0.001 137 L 0.552 0.211 0.126 0.072 0.030 0.008 0.001 138 D 0.638 0.224 0.086 0.036 0.012 0.004 0.001 139 L 0.565 0.193 0.124 0.074 0.030 0.012 0.002