# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.247 0.133 0.148 0.131 0.127 0.084 0.055 0.032 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 2 W 0.145 0.087 0.111 0.140 0.166 0.131 0.088 0.058 0.034 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 3 K 0.306 0.153 0.121 0.129 0.110 0.069 0.044 0.030 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 4 A 0.200 0.125 0.131 0.142 0.139 0.087 0.065 0.050 0.030 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 5 V 0.080 0.048 0.057 0.105 0.136 0.155 0.125 0.135 0.070 0.052 0.021 0.009 0.004 0.001 6 M 0.113 0.100 0.119 0.155 0.154 0.116 0.089 0.064 0.043 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 7 N 0.184 0.093 0.096 0.129 0.120 0.117 0.086 0.066 0.046 0.035 0.019 0.008 0.003 0.001 8 A 0.201 0.146 0.136 0.139 0.125 0.094 0.064 0.038 0.029 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 9 W 0.130 0.091 0.109 0.136 0.145 0.133 0.092 0.069 0.043 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 10 N 0.270 0.160 0.143 0.124 0.112 0.075 0.048 0.031 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 11 G 0.204 0.116 0.118 0.136 0.135 0.105 0.070 0.044 0.034 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 12 T 0.136 0.101 0.107 0.151 0.157 0.129 0.086 0.055 0.039 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 13 E 0.373 0.185 0.132 0.111 0.075 0.048 0.033 0.020 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 14 S 0.229 0.148 0.146 0.127 0.112 0.088 0.065 0.040 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.100 0.068 0.087 0.123 0.163 0.173 0.122 0.075 0.042 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 16 S 0.267 0.189 0.174 0.137 0.103 0.052 0.036 0.021 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 17 K 0.422 0.163 0.130 0.100 0.073 0.050 0.028 0.016 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 18 N 0.263 0.158 0.142 0.143 0.130 0.070 0.042 0.024 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 V 0.124 0.080 0.098 0.142 0.155 0.138 0.104 0.081 0.037 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 20 S 0.376 0.196 0.144 0.105 0.072 0.049 0.027 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 21 N 0.333 0.154 0.139 0.119 0.106 0.060 0.037 0.021 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 22 I 0.126 0.100 0.103 0.141 0.159 0.126 0.093 0.072 0.042 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 23 Q 0.139 0.121 0.118 0.150 0.139 0.126 0.087 0.061 0.027 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 24 S 0.146 0.096 0.124 0.119 0.149 0.125 0.100 0.063 0.042 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 25 Y 0.122 0.068 0.090 0.141 0.157 0.163 0.101 0.069 0.038 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 26 S 0.135 0.160 0.143 0.188 0.156 0.094 0.059 0.026 0.025 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 27 F 0.027 0.032 0.058 0.125 0.155 0.202 0.156 0.104 0.081 0.042 0.015 0.003 0.001 0.001 28 E 0.536 0.278 0.112 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.172 0.281 0.235 0.152 0.099 0.034 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.005 0.005 0.012 0.052 0.127 0.234 0.252 0.212 0.081 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.067 0.154 0.250 0.259 0.166 0.057 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.741 0.198 0.048 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.024 0.049 0.091 0.223 0.303 0.178 0.082 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.024 0.031 0.083 0.170 0.245 0.178 0.166 0.069 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.535 0.264 0.112 0.056 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.533 0.228 0.127 0.073 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.341 0.251 0.186 0.116 0.062 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.352 0.311 0.159 0.082 0.049 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.149 0.177 0.155 0.155 0.153 0.101 0.059 0.028 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 40 N 0.030 0.060 0.092 0.139 0.214 0.173 0.129 0.057 0.045 0.026 0.021 0.007 0.004 0.003 41 V 0.003 0.004 0.009 0.024 0.054 0.099 0.151 0.139 0.163 0.129 0.106 0.066 0.033 0.020 42 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.032 0.058 0.102 0.141 0.167 0.200 0.153 0.075 0.046 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.041 0.076 0.139 0.229 0.275 0.148 0.068 44 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.017 0.058 0.107 0.178 0.220 0.228 0.123 0.059 45 D 0.001 0.002 0.003 0.009 0.018 0.033 0.060 0.156 0.169 0.191 0.166 0.101 0.049 0.042 46 V 0.002 0.002 0.003 0.008 0.018 0.039 0.067 0.156 0.185 0.201 0.166 0.091 0.040 0.022 47 R 0.006 0.022 0.043 0.084 0.138 0.171 0.151 0.143 0.123 0.069 0.028 0.013 0.005 0.004 48 E 0.050 0.092 0.101 0.143 0.201 0.124 0.089 0.071 0.067 0.035 0.017 0.006 0.002 0.002 49 P 0.089 0.162 0.199 0.176 0.138 0.092 0.065 0.039 0.024 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 50 S 0.311 0.209 0.155 0.110 0.087 0.060 0.030 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 E 0.150 0.137 0.161 0.176 0.199 0.075 0.047 0.028 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 52 Y 0.104 0.064 0.086 0.129 0.161 0.157 0.116 0.101 0.039 0.029 0.010 0.003 0.002 0.001 53 S 0.256 0.187 0.158 0.139 0.113 0.064 0.037 0.020 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 54 I 0.110 0.067 0.094 0.144 0.171 0.127 0.092 0.069 0.055 0.041 0.018 0.009 0.003 0.001 55 V 0.079 0.066 0.068 0.131 0.135 0.139 0.106 0.102 0.080 0.050 0.025 0.013 0.005 0.002 56 H 0.077 0.082 0.088 0.114 0.108 0.110 0.108 0.121 0.086 0.048 0.035 0.016 0.006 0.003 57 I 0.018 0.022 0.032 0.055 0.092 0.121 0.128 0.171 0.126 0.110 0.070 0.032 0.016 0.006 58 P 0.039 0.037 0.057 0.078 0.095 0.118 0.131 0.106 0.107 0.083 0.070 0.040 0.023 0.017 59 A 0.022 0.018 0.034 0.053 0.096 0.109 0.118 0.122 0.126 0.125 0.076 0.049 0.026 0.025 60 S 0.012 0.008 0.010 0.019 0.037 0.059 0.074 0.111 0.138 0.158 0.138 0.114 0.090 0.030 61 I 0.016 0.018 0.025 0.064 0.066 0.104 0.154 0.103 0.105 0.113 0.106 0.067 0.033 0.025 62 N 0.024 0.028 0.041 0.068 0.088 0.110 0.144 0.114 0.123 0.085 0.104 0.046 0.013 0.012 63 V 0.023 0.020 0.030 0.046 0.068 0.114 0.115 0.165 0.140 0.102 0.093 0.047 0.028 0.008 64 P 0.039 0.053 0.054 0.103 0.120 0.112 0.127 0.154 0.108 0.065 0.034 0.020 0.007 0.004 65 Y 0.029 0.036 0.052 0.078 0.109 0.142 0.134 0.149 0.124 0.086 0.038 0.015 0.006 0.002 66 R 0.236 0.164 0.150 0.129 0.109 0.081 0.050 0.032 0.022 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 67 S 0.292 0.207 0.181 0.118 0.082 0.047 0.033 0.016 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 68 H 0.115 0.076 0.096 0.123 0.165 0.169 0.113 0.068 0.042 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 69 P 0.291 0.208 0.170 0.126 0.091 0.050 0.033 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 70 D 0.471 0.204 0.139 0.075 0.052 0.026 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.320 0.170 0.156 0.126 0.109 0.059 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 F 0.268 0.173 0.158 0.147 0.108 0.069 0.040 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 A 0.301 0.143 0.110 0.117 0.118 0.103 0.057 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 74 L 0.275 0.181 0.156 0.160 0.115 0.055 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.450 0.219 0.145 0.086 0.048 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.322 0.175 0.198 0.120 0.099 0.048 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.648 0.169 0.076 0.058 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.425 0.294 0.152 0.070 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.036 0.028 0.054 0.125 0.210 0.234 0.150 0.093 0.049 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 80 E 0.267 0.282 0.189 0.144 0.072 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.679 0.227 0.069 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.068 0.084 0.113 0.199 0.250 0.140 0.086 0.040 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 I 0.040 0.046 0.100 0.147 0.189 0.175 0.162 0.094 0.030 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 84 G 0.587 0.230 0.098 0.043 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.438 0.178 0.149 0.104 0.071 0.031 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.222 0.135 0.153 0.162 0.161 0.094 0.042 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.437 0.205 0.162 0.092 0.063 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.365 0.149 0.134 0.169 0.105 0.045 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.381 0.250 0.145 0.121 0.063 0.023 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.237 0.230 0.193 0.162 0.090 0.045 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.164 0.218 0.164 0.168 0.126 0.083 0.039 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 92 K 0.018 0.039 0.064 0.123 0.192 0.197 0.148 0.087 0.061 0.033 0.025 0.006 0.004 0.002 93 E 0.003 0.007 0.015 0.047 0.096 0.138 0.164 0.161 0.148 0.100 0.069 0.029 0.014 0.009 94 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.021 0.040 0.081 0.146 0.156 0.224 0.185 0.095 0.040 95 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.019 0.070 0.115 0.167 0.222 0.221 0.119 0.055 96 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.044 0.090 0.170 0.228 0.233 0.148 0.071 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.020 0.071 0.119 0.199 0.190 0.196 0.111 0.077 98 C 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.032 0.062 0.135 0.162 0.200 0.177 0.100 0.057 0.045 99 A 0.008 0.017 0.028 0.050 0.084 0.126 0.137 0.137 0.147 0.108 0.076 0.044 0.017 0.022 100 S 0.019 0.041 0.056 0.086 0.136 0.143 0.137 0.128 0.117 0.071 0.038 0.016 0.006 0.005 101 G 0.039 0.077 0.085 0.119 0.150 0.157 0.135 0.101 0.072 0.036 0.018 0.006 0.003 0.002 102 K 0.119 0.149 0.147 0.150 0.122 0.115 0.089 0.051 0.032 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 103 R 0.080 0.092 0.123 0.125 0.160 0.150 0.115 0.081 0.043 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 104 G 0.032 0.025 0.044 0.062 0.114 0.165 0.205 0.190 0.091 0.041 0.019 0.007 0.004 0.001 105 G 0.102 0.138 0.149 0.154 0.160 0.123 0.083 0.049 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 106 E 0.076 0.130 0.152 0.175 0.193 0.118 0.070 0.044 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 107 A 0.005 0.006 0.015 0.042 0.068 0.136 0.310 0.309 0.075 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 108 Q 0.007 0.017 0.057 0.082 0.155 0.248 0.219 0.123 0.059 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 109 K 0.156 0.239 0.217 0.146 0.148 0.046 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.019 0.037 0.070 0.185 0.181 0.174 0.184 0.117 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 111 A 0.008 0.009 0.028 0.065 0.124 0.214 0.271 0.155 0.095 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 112 S 0.138 0.193 0.195 0.209 0.136 0.064 0.037 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.400 0.262 0.155 0.087 0.050 0.026 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.067 0.068 0.116 0.197 0.202 0.165 0.103 0.047 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 115 G 0.180 0.138 0.174 0.120 0.132 0.104 0.082 0.040 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.117 0.090 0.107 0.151 0.192 0.147 0.077 0.059 0.029 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 117 S 0.266 0.140 0.118 0.129 0.112 0.078 0.060 0.035 0.026 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 118 N 0.070 0.059 0.088 0.123 0.188 0.139 0.096 0.083 0.068 0.046 0.022 0.011 0.004 0.003 119 T 0.045 0.027 0.030 0.060 0.082 0.120 0.120 0.135 0.119 0.096 0.072 0.053 0.031 0.011 120 S 0.072 0.063 0.075 0.135 0.112 0.124 0.137 0.090 0.078 0.046 0.036 0.019 0.008 0.005 121 L 0.039 0.030 0.039 0.062 0.089 0.123 0.131 0.134 0.126 0.086 0.084 0.037 0.014 0.006 122 Y 0.036 0.031 0.046 0.067 0.102 0.166 0.148 0.120 0.091 0.069 0.062 0.034 0.020 0.007 123 P 0.106 0.104 0.131 0.140 0.160 0.106 0.095 0.063 0.038 0.025 0.016 0.010 0.004 0.003 124 G 0.092 0.068 0.095 0.123 0.160 0.133 0.103 0.078 0.063 0.045 0.021 0.011 0.005 0.002 125 S 0.075 0.071 0.070 0.132 0.156 0.156 0.113 0.078 0.073 0.038 0.021 0.009 0.004 0.002 126 M 0.045 0.051 0.064 0.123 0.145 0.158 0.145 0.089 0.085 0.050 0.030 0.010 0.003 0.002 127 N 0.264 0.173 0.161 0.124 0.085 0.075 0.049 0.028 0.018 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 128 D 0.298 0.198 0.167 0.112 0.088 0.052 0.036 0.021 0.014 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 129 W 0.044 0.044 0.062 0.108 0.158 0.154 0.145 0.159 0.072 0.034 0.013 0.004 0.002 0.001 130 V 0.122 0.119 0.142 0.155 0.154 0.116 0.082 0.057 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 131 S 0.554 0.193 0.114 0.062 0.036 0.018 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.271 0.163 0.153 0.149 0.121 0.071 0.036 0.015 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 133 G 0.311 0.163 0.135 0.132 0.110 0.069 0.039 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 134 G 0.430 0.202 0.144 0.099 0.062 0.031 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 D 0.627 0.164 0.100 0.048 0.029 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.334 0.154 0.158 0.117 0.114 0.056 0.032 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.225 0.106 0.097 0.128 0.147 0.118 0.077 0.056 0.021 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 138 D 0.301 0.170 0.130 0.129 0.111 0.065 0.039 0.024 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 139 L 0.159 0.078 0.097 0.127 0.132 0.132 0.102 0.070 0.044 0.034 0.015 0.007 0.002 0.001