# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.017 0.544 0.010 0.044 0.116 0.002 0.001 0.037 0.080 0.042 0.027 0.072 2 W 0.005 0.009 0.434 0.024 0.070 0.221 0.002 0.001 0.033 0.062 0.071 0.019 0.050 3 K 0.007 0.008 0.202 0.024 0.168 0.328 0.005 0.003 0.048 0.062 0.076 0.024 0.045 4 A 0.015 0.012 0.152 0.020 0.097 0.345 0.015 0.013 0.081 0.065 0.069 0.034 0.081 5 V 0.042 0.021 0.160 0.015 0.056 0.248 0.030 0.035 0.129 0.052 0.047 0.076 0.091 6 M 0.049 0.023 0.202 0.020 0.040 0.231 0.024 0.039 0.130 0.048 0.052 0.052 0.089 7 N 0.029 0.017 0.247 0.024 0.069 0.226 0.015 0.024 0.088 0.067 0.073 0.067 0.054 8 A 0.019 0.018 0.239 0.021 0.097 0.225 0.008 0.015 0.067 0.084 0.118 0.024 0.064 9 W 0.010 0.015 0.260 0.016 0.095 0.189 0.005 0.006 0.037 0.120 0.188 0.031 0.029 10 N 0.005 0.015 0.267 0.009 0.063 0.101 0.002 0.002 0.021 0.161 0.312 0.015 0.026 11 G 0.004 0.025 0.356 0.005 0.037 0.077 0.001 0.001 0.014 0.253 0.189 0.018 0.021 12 T 0.004 0.023 0.558 0.003 0.049 0.071 0.001 0.001 0.012 0.182 0.056 0.017 0.024 13 E 0.003 0.027 0.317 0.006 0.118 0.147 0.001 0.001 0.014 0.147 0.170 0.014 0.034 14 S 0.003 0.024 0.315 0.007 0.188 0.145 0.001 0.001 0.013 0.099 0.160 0.017 0.027 15 Q 0.004 0.034 0.385 0.008 0.102 0.143 0.002 0.001 0.017 0.152 0.100 0.015 0.038 16 S 0.002 0.014 0.606 0.003 0.060 0.048 0.001 0.001 0.012 0.142 0.052 0.028 0.031 17 K 0.001 0.019 0.304 0.004 0.134 0.121 0.001 0.001 0.009 0.109 0.256 0.008 0.034 18 N 0.002 0.022 0.479 0.006 0.084 0.066 0.001 0.001 0.008 0.139 0.150 0.022 0.021 19 V 0.002 0.025 0.396 0.006 0.147 0.073 0.001 0.001 0.010 0.154 0.128 0.011 0.048 20 S 0.002 0.012 0.401 0.013 0.057 0.053 0.001 0.001 0.020 0.198 0.189 0.033 0.020 21 N 0.002 0.016 0.321 0.009 0.071 0.089 0.002 0.001 0.034 0.168 0.243 0.011 0.034 22 I 0.004 0.014 0.517 0.011 0.134 0.039 0.003 0.001 0.022 0.128 0.075 0.020 0.033 23 Q 0.010 0.018 0.327 0.007 0.103 0.053 0.012 0.002 0.084 0.113 0.063 0.138 0.069 24 S 0.023 0.040 0.287 0.003 0.029 0.028 0.011 0.006 0.155 0.055 0.049 0.025 0.287 25 Y 0.006 0.075 0.580 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.050 0.136 0.006 0.117 0.016 26 S 0.001 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.016 27 F 0.001 0.001 0.020 0.001 0.046 0.902 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.130 0.865 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 34 V 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.796 0.001 0.001 0.001 0.011 0.163 0.001 0.001 35 G 0.001 0.003 0.114 0.001 0.049 0.412 0.001 0.001 0.002 0.060 0.356 0.002 0.002 36 K 0.001 0.004 0.134 0.001 0.029 0.158 0.001 0.001 0.002 0.145 0.524 0.001 0.004 37 H 0.001 0.028 0.493 0.001 0.056 0.041 0.001 0.001 0.008 0.204 0.163 0.002 0.003 38 D 0.001 0.003 0.825 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.013 0.112 0.013 0.002 0.005 39 P 0.001 0.002 0.081 0.018 0.087 0.006 0.001 0.001 0.039 0.086 0.676 0.001 0.004 40 N 0.001 0.004 0.059 0.015 0.023 0.001 0.001 0.001 0.033 0.308 0.547 0.008 0.002 41 V 0.016 0.004 0.563 0.011 0.005 0.001 0.024 0.031 0.160 0.058 0.004 0.006 0.118 42 V 0.037 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.042 0.232 0.638 0.003 0.001 0.023 0.004 43 L 0.024 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.278 0.476 0.190 0.001 0.001 0.005 0.019 44 V 0.017 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.122 0.624 0.215 0.001 0.001 0.007 0.003 45 D 0.034 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.058 0.226 0.611 0.004 0.001 0.016 0.024 46 V 0.008 0.005 0.280 0.006 0.005 0.001 0.027 0.042 0.445 0.039 0.029 0.009 0.102 47 R 0.002 0.019 0.470 0.009 0.004 0.002 0.003 0.004 0.093 0.325 0.031 0.030 0.008 48 E 0.001 0.002 0.842 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.128 0.003 0.003 0.013 49 P 0.001 0.005 0.244 0.003 0.201 0.151 0.001 0.001 0.003 0.108 0.273 0.002 0.010 50 S 0.001 0.005 0.067 0.005 0.375 0.228 0.001 0.001 0.002 0.078 0.230 0.004 0.004 51 E 0.004 0.005 0.071 0.002 0.460 0.327 0.001 0.001 0.002 0.036 0.057 0.003 0.032 52 Y 0.010 0.020 0.152 0.016 0.194 0.378 0.003 0.001 0.015 0.034 0.096 0.014 0.067 53 S 0.016 0.012 0.108 0.015 0.095 0.399 0.006 0.002 0.022 0.059 0.130 0.104 0.031 54 I 0.066 0.018 0.146 0.014 0.076 0.247 0.011 0.013 0.036 0.074 0.127 0.021 0.152 55 V 0.057 0.021 0.222 0.015 0.026 0.127 0.013 0.011 0.030 0.129 0.106 0.198 0.044 56 H 0.049 0.048 0.408 0.010 0.016 0.046 0.008 0.020 0.064 0.103 0.065 0.025 0.137 57 I 0.017 0.014 0.626 0.009 0.016 0.013 0.002 0.005 0.033 0.102 0.022 0.105 0.037 58 P 0.004 0.005 0.224 0.077 0.067 0.028 0.001 0.001 0.030 0.096 0.412 0.007 0.048 59 A 0.002 0.003 0.100 0.016 0.083 0.025 0.001 0.001 0.011 0.100 0.641 0.010 0.009 60 S 0.031 0.013 0.437 0.010 0.105 0.031 0.013 0.013 0.088 0.095 0.031 0.022 0.111 61 I 0.049 0.036 0.176 0.005 0.020 0.025 0.049 0.023 0.147 0.075 0.021 0.269 0.105 62 N 0.059 0.042 0.262 0.015 0.009 0.015 0.038 0.027 0.147 0.039 0.034 0.045 0.267 63 V 0.011 0.020 0.456 0.017 0.004 0.008 0.006 0.007 0.075 0.126 0.010 0.233 0.026 64 P 0.003 0.005 0.724 0.002 0.009 0.009 0.002 0.001 0.020 0.060 0.018 0.008 0.140 65 Y 0.003 0.018 0.236 0.013 0.328 0.085 0.002 0.001 0.019 0.081 0.162 0.025 0.027 66 R 0.003 0.009 0.274 0.007 0.190 0.067 0.001 0.001 0.011 0.138 0.257 0.022 0.021 67 S 0.002 0.032 0.240 0.002 0.216 0.062 0.001 0.001 0.007 0.177 0.219 0.008 0.034 68 H 0.001 0.033 0.602 0.001 0.043 0.034 0.001 0.001 0.005 0.199 0.050 0.014 0.017 69 P 0.001 0.011 0.202 0.003 0.168 0.163 0.001 0.001 0.004 0.127 0.310 0.003 0.008 70 D 0.001 0.009 0.075 0.001 0.297 0.112 0.001 0.001 0.003 0.115 0.383 0.002 0.002 71 A 0.001 0.012 0.159 0.001 0.532 0.064 0.001 0.001 0.002 0.091 0.130 0.002 0.006 72 F 0.001 0.027 0.274 0.001 0.154 0.052 0.001 0.001 0.009 0.121 0.341 0.007 0.012 73 A 0.001 0.030 0.443 0.001 0.039 0.028 0.001 0.001 0.014 0.218 0.208 0.006 0.012 74 L 0.001 0.045 0.628 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.004 0.268 0.021 0.005 0.002 75 D 0.001 0.001 0.957 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 76 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.091 0.872 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 0.910 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.121 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 83 I 0.001 0.003 0.026 0.001 0.022 0.730 0.001 0.001 0.001 0.023 0.190 0.001 0.002 84 G 0.001 0.004 0.125 0.001 0.031 0.245 0.001 0.001 0.003 0.056 0.531 0.003 0.002 85 I 0.001 0.017 0.465 0.001 0.040 0.064 0.001 0.001 0.004 0.214 0.187 0.004 0.005 86 P 0.001 0.020 0.518 0.001 0.026 0.025 0.001 0.001 0.005 0.193 0.202 0.003 0.007 87 K 0.001 0.037 0.465 0.001 0.031 0.009 0.001 0.001 0.013 0.295 0.133 0.009 0.006 88 P 0.001 0.052 0.670 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.007 0.180 0.046 0.003 0.012 89 D 0.001 0.014 0.819 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.004 0.101 0.022 0.009 0.011 90 S 0.001 0.006 0.104 0.005 0.110 0.008 0.001 0.001 0.004 0.069 0.685 0.002 0.007 91 A 0.001 0.006 0.202 0.017 0.054 0.003 0.001 0.001 0.015 0.213 0.477 0.005 0.007 92 K 0.002 0.011 0.456 0.017 0.022 0.001 0.001 0.001 0.031 0.361 0.021 0.048 0.027 93 E 0.011 0.013 0.321 0.057 0.003 0.001 0.039 0.020 0.266 0.083 0.008 0.026 0.152 94 L 0.081 0.003 0.024 0.027 0.001 0.001 0.131 0.250 0.389 0.005 0.002 0.066 0.023 95 I 0.124 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.170 0.584 0.090 0.001 0.001 0.006 0.019 96 F 0.099 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.242 0.547 0.076 0.001 0.001 0.024 0.008 97 Y 0.108 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.143 0.460 0.211 0.002 0.001 0.018 0.038 98 C 0.033 0.009 0.256 0.082 0.009 0.007 0.072 0.106 0.200 0.064 0.027 0.057 0.078 99 A 0.008 0.006 0.292 0.027 0.026 0.024 0.006 0.008 0.067 0.277 0.208 0.021 0.028 100 S 0.002 0.007 0.167 0.004 0.038 0.040 0.001 0.001 0.009 0.336 0.379 0.006 0.011 101 G 0.002 0.012 0.170 0.002 0.046 0.144 0.001 0.001 0.003 0.314 0.295 0.005 0.006 102 K 0.004 0.016 0.178 0.002 0.031 0.506 0.001 0.001 0.002 0.151 0.094 0.006 0.010 103 R 0.006 0.015 0.081 0.001 0.015 0.758 0.001 0.001 0.002 0.072 0.032 0.003 0.013 104 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.239 0.001 0.001 0.001 0.010 0.741 0.001 0.001 115 G 0.001 0.002 0.084 0.001 0.007 0.073 0.001 0.001 0.001 0.033 0.799 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.009 0.760 0.001 0.013 0.038 0.001 0.001 0.005 0.116 0.050 0.003 0.006 117 S 0.001 0.015 0.292 0.011 0.038 0.055 0.001 0.002 0.060 0.292 0.220 0.006 0.009 118 N 0.001 0.008 0.242 0.010 0.075 0.040 0.002 0.007 0.108 0.169 0.317 0.011 0.010 119 T 0.006 0.020 0.410 0.011 0.037 0.040 0.019 0.060 0.166 0.117 0.043 0.007 0.066 120 S 0.020 0.024 0.096 0.005 0.026 0.043 0.050 0.188 0.310 0.051 0.018 0.150 0.020 121 L 0.015 0.026 0.080 0.005 0.018 0.041 0.053 0.281 0.300 0.019 0.027 0.011 0.124 122 Y 0.014 0.017 0.415 0.035 0.023 0.084 0.013 0.043 0.105 0.103 0.043 0.087 0.018 123 P 0.004 0.007 0.287 0.013 0.049 0.173 0.003 0.004 0.033 0.190 0.200 0.007 0.030 124 G 0.003 0.009 0.190 0.004 0.072 0.218 0.001 0.001 0.015 0.222 0.250 0.008 0.009 125 S 0.005 0.019 0.260 0.002 0.053 0.409 0.001 0.001 0.008 0.139 0.073 0.009 0.019 126 M 0.003 0.013 0.104 0.002 0.049 0.681 0.001 0.001 0.004 0.053 0.066 0.005 0.018 127 N 0.003 0.003 0.035 0.002 0.056 0.821 0.001 0.001 0.001 0.023 0.047 0.003 0.005 128 D 0.004 0.001 0.014 0.002 0.091 0.819 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.001 0.009 129 W 0.002 0.001 0.008 0.002 0.056 0.848 0.001 0.001 0.001 0.005 0.069 0.001 0.006 130 V 0.003 0.003 0.016 0.002 0.122 0.766 0.001 0.001 0.001 0.009 0.065 0.005 0.008 131 S 0.005 0.005 0.044 0.002 0.075 0.659 0.001 0.001 0.003 0.025 0.154 0.009 0.020 132 H 0.003 0.007 0.102 0.004 0.033 0.307 0.001 0.001 0.004 0.085 0.423 0.014 0.017 133 G 0.002 0.008 0.211 0.003 0.016 0.100 0.001 0.001 0.004 0.197 0.438 0.009 0.011 134 G 0.001 0.011 0.527 0.003 0.017 0.032 0.001 0.001 0.006 0.278 0.102 0.013 0.010 135 D 0.001 0.013 0.619 0.003 0.031 0.029 0.001 0.001 0.010 0.174 0.077 0.016 0.027 136 K 0.002 0.040 0.450 0.007 0.099 0.068 0.002 0.001 0.024 0.093 0.126 0.023 0.065 137 L 0.005 0.047 0.498 0.010 0.065 0.046 0.003 0.002 0.035 0.106 0.061 0.051 0.071 138 D 0.003 0.014 0.696 0.006 0.023 0.024 0.001 0.001 0.023 0.081 0.026 0.035 0.067 139 L 0.001 0.011 0.665 0.005 0.043 0.040 0.001 0.001 0.011 0.103 0.048 0.019 0.052