# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.077 0.193 0.240 0.007 0.058 0.015 0.008 0.006 0.002 0.042 0.068 0.189 0.006 0.008 0.020 2 W 0.013 0.066 0.121 0.230 0.003 0.173 0.011 0.008 0.005 0.003 0.035 0.057 0.251 0.003 0.008 0.014 3 K 0.013 0.072 0.090 0.442 0.001 0.048 0.003 0.005 0.005 0.001 0.069 0.031 0.198 0.001 0.004 0.017 4 A 0.016 0.039 0.107 0.587 0.002 0.048 0.003 0.001 0.004 0.001 0.016 0.049 0.113 0.002 0.001 0.012 5 V 0.009 0.033 0.192 0.474 0.009 0.050 0.012 0.002 0.001 0.001 0.012 0.016 0.176 0.004 0.002 0.008 6 M 0.003 0.034 0.088 0.558 0.016 0.054 0.011 0.008 0.001 0.001 0.014 0.012 0.183 0.005 0.004 0.007 7 N 0.005 0.039 0.047 0.381 0.024 0.147 0.012 0.024 0.005 0.003 0.026 0.017 0.241 0.006 0.009 0.013 8 A 0.014 0.051 0.044 0.259 0.048 0.164 0.017 0.030 0.016 0.007 0.099 0.033 0.172 0.013 0.010 0.025 9 W 0.016 0.064 0.030 0.060 0.171 0.043 0.168 0.018 0.011 0.006 0.063 0.054 0.050 0.218 0.012 0.014 10 N 0.016 0.074 0.103 0.089 0.002 0.020 0.006 0.209 0.006 0.002 0.013 0.020 0.044 0.001 0.373 0.021 11 G 0.027 0.028 0.087 0.084 0.004 0.038 0.010 0.002 0.145 0.196 0.022 0.015 0.073 0.003 0.003 0.263 12 T 0.469 0.040 0.061 0.059 0.008 0.121 0.006 0.006 0.002 0.001 0.078 0.038 0.095 0.004 0.006 0.005 13 E 0.009 0.140 0.141 0.197 0.006 0.090 0.007 0.016 0.006 0.004 0.131 0.136 0.089 0.006 0.006 0.016 14 S 0.025 0.103 0.100 0.241 0.012 0.121 0.025 0.007 0.013 0.003 0.044 0.129 0.126 0.008 0.015 0.028 15 Q 0.016 0.090 0.198 0.290 0.003 0.028 0.014 0.009 0.006 0.002 0.061 0.043 0.191 0.002 0.012 0.033 16 S 0.023 0.047 0.123 0.137 0.020 0.278 0.032 0.006 0.011 0.006 0.018 0.064 0.194 0.012 0.005 0.025 17 K 0.031 0.054 0.125 0.232 0.006 0.031 0.007 0.025 0.003 0.001 0.264 0.022 0.162 0.005 0.017 0.015 18 N 0.012 0.134 0.085 0.174 0.010 0.117 0.017 0.007 0.027 0.007 0.020 0.219 0.093 0.009 0.010 0.059 19 V 0.047 0.043 0.158 0.164 0.029 0.081 0.062 0.013 0.004 0.002 0.083 0.020 0.216 0.024 0.022 0.033 20 S 0.017 0.215 0.174 0.155 0.008 0.109 0.013 0.042 0.009 0.005 0.040 0.065 0.087 0.007 0.026 0.029 21 N 0.044 0.103 0.098 0.208 0.012 0.088 0.014 0.008 0.061 0.006 0.067 0.032 0.140 0.013 0.009 0.096 22 I 0.096 0.061 0.296 0.188 0.011 0.076 0.021 0.008 0.007 0.002 0.039 0.068 0.068 0.016 0.017 0.024 23 Q 0.034 0.104 0.265 0.387 0.002 0.019 0.006 0.012 0.004 0.003 0.021 0.035 0.042 0.002 0.018 0.046 24 S 0.021 0.040 0.148 0.559 0.005 0.089 0.004 0.001 0.013 0.001 0.004 0.007 0.022 0.001 0.002 0.084 25 Y 0.011 0.060 0.494 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 26 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.003 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.002 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.001 0.010 33 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.283 0.003 0.017 34 V 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.533 0.022 0.392 0.021 35 G 0.004 0.007 0.022 0.004 0.002 0.009 0.054 0.002 0.005 0.007 0.006 0.002 0.259 0.105 0.028 0.483 36 K 0.304 0.031 0.019 0.006 0.003 0.018 0.049 0.007 0.004 0.001 0.029 0.014 0.190 0.045 0.223 0.058 37 H 0.031 0.229 0.290 0.045 0.001 0.006 0.016 0.006 0.017 0.003 0.016 0.029 0.053 0.004 0.025 0.229 38 D 0.129 0.022 0.122 0.019 0.010 0.425 0.070 0.003 0.012 0.007 0.005 0.026 0.093 0.014 0.008 0.034 39 P 0.027 0.135 0.117 0.045 0.002 0.040 0.006 0.059 0.002 0.001 0.480 0.007 0.051 0.004 0.014 0.008 40 N 0.003 0.758 0.026 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.057 0.001 0.809 0.128 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 42 V 0.003 0.006 0.823 0.166 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.003 0.944 0.007 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.071 0.009 0.909 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.004 0.002 0.728 0.025 0.236 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.006 0.087 0.037 0.476 0.027 0.207 0.001 0.018 0.002 0.001 0.129 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.002 0.296 0.016 0.591 0.005 0.023 0.001 0.007 0.006 0.003 0.010 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.014 0.058 0.083 0.360 0.023 0.392 0.006 0.006 0.003 0.006 0.012 0.017 0.014 0.001 0.001 0.004 49 P 0.008 0.025 0.028 0.077 0.003 0.359 0.001 0.017 0.002 0.002 0.415 0.022 0.036 0.001 0.002 0.002 50 S 0.005 0.136 0.007 0.066 0.002 0.058 0.002 0.004 0.007 0.002 0.224 0.435 0.047 0.002 0.002 0.003 51 E 0.018 0.083 0.071 0.130 0.003 0.033 0.014 0.003 0.004 0.001 0.075 0.233 0.273 0.007 0.019 0.033 52 Y 0.006 0.022 0.306 0.079 0.004 0.054 0.025 0.003 0.002 0.001 0.014 0.052 0.373 0.011 0.010 0.036 53 S 0.011 0.078 0.144 0.176 0.008 0.043 0.037 0.009 0.005 0.002 0.018 0.016 0.381 0.022 0.014 0.034 54 I 0.023 0.046 0.123 0.479 0.005 0.020 0.017 0.014 0.011 0.002 0.026 0.014 0.141 0.018 0.020 0.042 55 V 0.027 0.025 0.333 0.406 0.006 0.032 0.011 0.008 0.009 0.004 0.009 0.013 0.065 0.004 0.016 0.032 56 H 0.020 0.032 0.200 0.599 0.026 0.034 0.005 0.007 0.004 0.002 0.008 0.003 0.025 0.001 0.002 0.033 57 I 0.006 0.007 0.015 0.069 0.686 0.086 0.045 0.005 0.001 0.004 0.010 0.003 0.007 0.054 0.001 0.002 58 P 0.002 0.052 0.017 0.063 0.029 0.062 0.004 0.663 0.001 0.002 0.038 0.007 0.008 0.004 0.045 0.001 59 A 0.004 0.076 0.009 0.116 0.005 0.020 0.002 0.016 0.542 0.062 0.036 0.035 0.008 0.001 0.005 0.062 60 S 0.610 0.018 0.098 0.069 0.018 0.019 0.026 0.002 0.026 0.005 0.028 0.037 0.014 0.009 0.003 0.018 61 I 0.034 0.053 0.694 0.148 0.002 0.008 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.001 0.011 0.005 62 N 0.011 0.030 0.136 0.659 0.006 0.068 0.002 0.001 0.020 0.006 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.044 63 V 0.056 0.041 0.161 0.641 0.017 0.033 0.003 0.007 0.001 0.001 0.022 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 64 P 0.003 0.027 0.018 0.089 0.053 0.756 0.004 0.012 0.001 0.004 0.010 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.004 0.036 0.007 0.062 0.008 0.104 0.003 0.025 0.004 0.001 0.700 0.026 0.015 0.002 0.003 0.001 66 R 0.005 0.120 0.012 0.051 0.003 0.018 0.004 0.009 0.017 0.007 0.072 0.636 0.027 0.002 0.010 0.007 67 S 0.037 0.084 0.191 0.113 0.003 0.036 0.010 0.004 0.014 0.003 0.026 0.123 0.191 0.002 0.013 0.151 68 H 0.044 0.015 0.183 0.036 0.008 0.137 0.033 0.002 0.004 0.004 0.051 0.058 0.382 0.010 0.005 0.031 69 P 0.010 0.081 0.101 0.041 0.012 0.072 0.021 0.020 0.001 0.001 0.232 0.064 0.285 0.031 0.014 0.013 70 D 0.005 0.039 0.019 0.059 0.004 0.051 0.010 0.015 0.012 0.003 0.081 0.202 0.409 0.019 0.032 0.041 71 A 0.015 0.015 0.066 0.018 0.004 0.018 0.046 0.003 0.009 0.002 0.063 0.093 0.508 0.032 0.040 0.068 72 F 0.045 0.043 0.116 0.054 0.001 0.018 0.017 0.009 0.003 0.002 0.037 0.110 0.397 0.006 0.055 0.086 73 A 0.020 0.018 0.089 0.033 0.003 0.176 0.027 0.002 0.008 0.003 0.018 0.030 0.449 0.008 0.012 0.106 74 L 0.035 0.260 0.261 0.197 0.001 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.029 0.031 0.115 0.001 0.007 0.047 75 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 79 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.001 0.005 82 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.753 0.001 0.009 83 I 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.004 0.755 0.014 84 G 0.002 0.004 0.046 0.007 0.001 0.003 0.004 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.049 0.005 0.004 0.860 85 I 0.675 0.010 0.023 0.008 0.015 0.045 0.075 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.042 0.067 0.010 0.016 86 P 0.013 0.458 0.214 0.146 0.001 0.011 0.002 0.053 0.003 0.001 0.012 0.013 0.019 0.001 0.041 0.014 87 K 0.043 0.050 0.130 0.384 0.008 0.122 0.011 0.001 0.074 0.033 0.012 0.022 0.035 0.001 0.002 0.072 88 P 0.143 0.067 0.291 0.250 0.015 0.073 0.005 0.007 0.001 0.001 0.089 0.015 0.037 0.001 0.002 0.004 89 D 0.004 0.081 0.043 0.072 0.043 0.571 0.015 0.013 0.005 0.004 0.037 0.083 0.017 0.006 0.002 0.003 90 S 0.019 0.177 0.056 0.144 0.010 0.021 0.011 0.061 0.009 0.001 0.382 0.029 0.026 0.005 0.035 0.015 91 A 0.011 0.341 0.135 0.142 0.001 0.023 0.006 0.009 0.085 0.003 0.006 0.132 0.008 0.001 0.016 0.081 92 K 0.079 0.102 0.530 0.226 0.001 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.035 93 E 0.029 0.031 0.536 0.395 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 L 0.006 0.006 0.291 0.692 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.002 0.020 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.004 0.002 0.849 0.044 0.096 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.001 0.010 0.001 0.073 0.023 0.858 0.001 0.015 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.190 0.001 0.031 0.176 0.037 0.004 0.020 0.009 0.006 0.473 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 100 S 0.007 0.076 0.008 0.030 0.006 0.036 0.002 0.376 0.005 0.006 0.024 0.283 0.013 0.001 0.126 0.001 101 G 0.007 0.011 0.073 0.016 0.005 0.046 0.011 0.006 0.089 0.222 0.082 0.031 0.216 0.004 0.007 0.172 102 K 0.177 0.024 0.016 0.010 0.007 0.026 0.023 0.004 0.003 0.006 0.171 0.226 0.275 0.018 0.006 0.007 103 R 0.002 0.007 0.015 0.007 0.002 0.048 0.015 0.009 0.001 0.002 0.066 0.270 0.524 0.010 0.017 0.004 104 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.080 0.073 0.815 0.001 0.003 0.005 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.943 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.979 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.986 0.001 115 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 116 Y 0.878 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 0.042 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.031 0.002 0.003 117 S 0.003 0.323 0.169 0.022 0.001 0.034 0.003 0.278 0.003 0.001 0.028 0.020 0.041 0.001 0.068 0.005 118 N 0.015 0.102 0.029 0.299 0.003 0.027 0.005 0.002 0.278 0.023 0.047 0.039 0.021 0.003 0.002 0.105 119 T 0.431 0.010 0.313 0.071 0.002 0.032 0.010 0.002 0.002 0.001 0.016 0.045 0.054 0.002 0.004 0.004 120 S 0.007 0.089 0.384 0.278 0.007 0.038 0.008 0.011 0.002 0.004 0.016 0.027 0.111 0.002 0.005 0.011 121 L 0.009 0.042 0.056 0.723 0.024 0.038 0.007 0.006 0.007 0.002 0.009 0.010 0.047 0.002 0.002 0.018 122 Y 0.015 0.020 0.101 0.191 0.262 0.108 0.136 0.018 0.004 0.008 0.023 0.018 0.043 0.043 0.003 0.007 123 P 0.006 0.055 0.040 0.128 0.072 0.155 0.030 0.340 0.005 0.006 0.052 0.015 0.032 0.009 0.051 0.004 124 G 0.012 0.124 0.030 0.265 0.003 0.036 0.004 0.047 0.097 0.104 0.110 0.084 0.036 0.001 0.009 0.037 125 S 0.134 0.007 0.010 0.015 0.002 0.305 0.002 0.002 0.009 0.028 0.061 0.218 0.198 0.001 0.002 0.005 126 M 0.004 0.004 0.004 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.030 0.107 0.002 0.001 0.001 127 N 0.001 0.058 0.005 0.012 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.750 0.146 0.002 0.005 0.002 128 D 0.001 0.002 0.015 0.014 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.905 0.002 0.009 0.019 129 W 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.924 0.002 0.002 0.014 130 V 0.001 0.003 0.008 0.009 0.001 0.005 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.937 0.006 0.006 0.004 131 S 0.001 0.002 0.004 0.004 0.022 0.003 0.068 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.115 0.754 0.002 0.015 132 H 0.005 0.008 0.020 0.006 0.008 0.002 0.048 0.074 0.001 0.001 0.005 0.006 0.062 0.102 0.640 0.013 133 G 0.005 0.011 0.067 0.015 0.003 0.006 0.023 0.014 0.053 0.034 0.003 0.003 0.034 0.014 0.100 0.617 134 G 0.689 0.018 0.048 0.023 0.002 0.013 0.007 0.005 0.022 0.016 0.007 0.004 0.035 0.002 0.013 0.096 135 D 0.272 0.085 0.166 0.089 0.007 0.145 0.006 0.008 0.016 0.016 0.057 0.039 0.071 0.003 0.003 0.018 136 K 0.042 0.144 0.149 0.271 0.024 0.099 0.009 0.010 0.006 0.002 0.125 0.061 0.040 0.006 0.003 0.008 137 L 0.008 0.099 0.156 0.428 0.016 0.054 0.017 0.018 0.005 0.003 0.026 0.112 0.040 0.004 0.008 0.007 138 D 0.013 0.038 0.099 0.193 0.063 0.187 0.085 0.018 0.015 0.012 0.046 0.045 0.142 0.014 0.009 0.022 139 L 0.031 0.076 0.066 0.209 0.021 0.062 0.019 0.072 0.014 0.005 0.219 0.051 0.114 0.008 0.017 0.017