# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.416 0.012 0.010 0.013 0.014 0.047 0.013 0.005 0.071 0.338 2 W 0.070 0.564 0.008 0.008 0.012 0.015 0.040 0.011 0.004 0.050 0.219 3 K 0.055 0.271 0.005 0.015 0.022 0.029 0.060 0.010 0.002 0.196 0.334 4 A 0.026 0.314 0.011 0.033 0.033 0.034 0.078 0.007 0.004 0.188 0.272 5 V 0.053 0.282 0.013 0.053 0.039 0.050 0.072 0.009 0.004 0.151 0.273 6 M 0.070 0.071 0.012 0.062 0.040 0.051 0.077 0.011 0.006 0.254 0.347 7 N 0.061 0.057 0.017 0.073 0.041 0.049 0.104 0.009 0.008 0.153 0.427 8 A 0.117 0.034 0.004 0.044 0.022 0.028 0.100 0.010 0.003 0.101 0.536 9 W 0.090 0.025 0.003 0.060 0.017 0.019 0.120 0.008 0.002 0.099 0.557 10 N 0.020 0.023 0.002 0.034 0.012 0.015 0.144 0.003 0.001 0.052 0.695 11 G 0.059 0.059 0.003 0.037 0.020 0.034 0.104 0.010 0.001 0.100 0.572 12 T 0.192 0.044 0.002 0.037 0.024 0.026 0.103 0.012 0.001 0.139 0.420 13 E 0.069 0.047 0.003 0.048 0.024 0.026 0.105 0.004 0.001 0.092 0.581 14 S 0.060 0.038 0.003 0.030 0.021 0.031 0.111 0.006 0.001 0.078 0.622 15 Q 0.092 0.061 0.003 0.021 0.025 0.031 0.083 0.009 0.001 0.055 0.619 16 S 0.164 0.040 0.003 0.028 0.033 0.042 0.115 0.006 0.002 0.136 0.432 17 K 0.027 0.016 0.004 0.023 0.032 0.034 0.131 0.003 0.001 0.066 0.662 18 N 0.151 0.051 0.004 0.022 0.025 0.041 0.146 0.009 0.002 0.061 0.487 19 V 0.243 0.033 0.002 0.019 0.022 0.035 0.097 0.006 0.001 0.048 0.495 20 S 0.042 0.013 0.001 0.027 0.031 0.037 0.103 0.002 0.001 0.051 0.692 21 N 0.041 0.014 0.001 0.029 0.031 0.087 0.140 0.003 0.001 0.070 0.584 22 I 0.033 0.005 0.001 0.031 0.062 0.054 0.115 0.003 0.001 0.095 0.601 23 Q 0.026 0.004 0.001 0.120 0.074 0.091 0.112 0.001 0.001 0.051 0.520 24 S 0.002 0.005 0.001 0.111 0.039 0.052 0.115 0.001 0.001 0.021 0.654 25 Y 0.004 0.042 0.001 0.061 0.055 0.047 0.165 0.003 0.001 0.034 0.586 26 S 0.059 0.885 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.005 0.031 27 F 0.075 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.015 28 E 0.011 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.024 0.037 29 D 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 30 M 0.039 0.856 0.009 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.004 0.036 0.037 31 K 0.036 0.800 0.016 0.001 0.003 0.004 0.013 0.008 0.009 0.041 0.068 32 R 0.092 0.536 0.012 0.002 0.006 0.007 0.020 0.009 0.009 0.064 0.241 33 I 0.177 0.156 0.047 0.006 0.009 0.007 0.054 0.022 0.025 0.163 0.334 34 V 0.270 0.028 0.017 0.004 0.004 0.008 0.047 0.018 0.016 0.049 0.540 35 G 0.163 0.004 0.004 0.005 0.004 0.006 0.067 0.005 0.005 0.032 0.706 36 K 0.008 0.001 0.003 0.006 0.005 0.006 0.102 0.001 0.002 0.009 0.856 37 H 0.025 0.005 0.004 0.007 0.004 0.005 0.212 0.003 0.001 0.019 0.715 38 D 0.375 0.003 0.002 0.017 0.006 0.024 0.146 0.007 0.001 0.083 0.337 39 P 0.004 0.003 0.001 0.058 0.010 0.006 0.216 0.001 0.001 0.015 0.688 40 N 0.002 0.002 0.001 0.430 0.033 0.262 0.065 0.001 0.001 0.027 0.179 41 V 0.001 0.001 0.001 0.319 0.090 0.149 0.118 0.001 0.001 0.048 0.274 42 V 0.001 0.001 0.001 0.679 0.109 0.172 0.011 0.001 0.001 0.011 0.016 43 L 0.002 0.001 0.001 0.429 0.113 0.237 0.026 0.001 0.001 0.043 0.150 44 V 0.002 0.001 0.001 0.589 0.244 0.068 0.011 0.001 0.001 0.010 0.074 45 D 0.009 0.001 0.001 0.303 0.080 0.257 0.049 0.001 0.001 0.043 0.258 46 V 0.006 0.002 0.001 0.206 0.081 0.094 0.097 0.001 0.001 0.067 0.446 47 R 0.008 0.005 0.001 0.097 0.057 0.062 0.115 0.002 0.001 0.024 0.629 48 E 0.239 0.102 0.003 0.032 0.034 0.041 0.070 0.011 0.001 0.045 0.421 49 P 0.329 0.031 0.001 0.018 0.011 0.016 0.084 0.009 0.001 0.074 0.426 50 S 0.050 0.107 0.002 0.030 0.013 0.019 0.161 0.002 0.001 0.074 0.541 51 E 0.054 0.053 0.005 0.044 0.026 0.058 0.132 0.005 0.001 0.081 0.541 52 Y 0.080 0.029 0.012 0.036 0.073 0.085 0.098 0.012 0.002 0.085 0.487 53 S 0.126 0.010 0.002 0.040 0.083 0.133 0.079 0.010 0.001 0.053 0.464 54 I 0.025 0.003 0.001 0.074 0.094 0.084 0.111 0.002 0.001 0.055 0.550 55 V 0.004 0.003 0.002 0.133 0.097 0.098 0.142 0.001 0.001 0.022 0.498 56 H 0.021 0.012 0.002 0.052 0.045 0.064 0.143 0.005 0.001 0.029 0.626 57 I 0.235 0.022 0.003 0.045 0.045 0.050 0.116 0.013 0.001 0.078 0.392 58 P 0.063 0.018 0.004 0.056 0.031 0.026 0.171 0.004 0.001 0.050 0.577 59 A 0.114 0.019 0.002 0.117 0.028 0.089 0.096 0.006 0.001 0.063 0.464 60 S 0.041 0.003 0.001 0.151 0.050 0.087 0.114 0.004 0.001 0.075 0.474 61 I 0.005 0.002 0.001 0.302 0.073 0.095 0.126 0.001 0.001 0.014 0.381 62 N 0.011 0.004 0.001 0.152 0.066 0.105 0.101 0.003 0.001 0.028 0.529 63 V 0.089 0.012 0.005 0.091 0.140 0.059 0.178 0.015 0.001 0.036 0.374 64 P 0.442 0.019 0.001 0.025 0.015 0.025 0.056 0.018 0.001 0.017 0.381 65 Y 0.577 0.006 0.001 0.028 0.009 0.011 0.040 0.008 0.001 0.021 0.299 66 R 0.010 0.005 0.001 0.041 0.014 0.019 0.172 0.001 0.001 0.009 0.728 67 S 0.024 0.040 0.002 0.019 0.013 0.022 0.102 0.007 0.001 0.017 0.754 68 H 0.662 0.045 0.002 0.008 0.015 0.012 0.049 0.033 0.001 0.036 0.137 69 P 0.242 0.060 0.002 0.010 0.014 0.010 0.077 0.007 0.001 0.032 0.546 70 D 0.194 0.048 0.001 0.010 0.008 0.013 0.072 0.008 0.001 0.034 0.611 71 A 0.213 0.025 0.002 0.012 0.016 0.026 0.062 0.017 0.001 0.040 0.587 72 F 0.073 0.008 0.001 0.016 0.021 0.020 0.076 0.004 0.001 0.033 0.748 73 A 0.009 0.014 0.001 0.018 0.022 0.022 0.129 0.002 0.001 0.017 0.766 74 L 0.009 0.079 0.001 0.006 0.012 0.007 0.139 0.004 0.001 0.020 0.722 75 D 0.112 0.806 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.009 0.001 0.010 0.049 76 P 0.101 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.027 77 L 0.018 0.862 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.031 0.067 78 E 0.034 0.856 0.008 0.002 0.001 0.002 0.011 0.006 0.003 0.029 0.048 79 F 0.148 0.676 0.020 0.002 0.003 0.002 0.012 0.019 0.008 0.042 0.067 80 E 0.284 0.352 0.035 0.005 0.007 0.007 0.036 0.029 0.019 0.056 0.172 81 K 0.281 0.117 0.006 0.005 0.007 0.011 0.046 0.015 0.004 0.047 0.461 82 Q 0.143 0.015 0.004 0.013 0.006 0.008 0.108 0.009 0.003 0.135 0.555 83 I 0.028 0.005 0.006 0.024 0.011 0.013 0.133 0.003 0.003 0.054 0.720 84 G 0.089 0.002 0.001 0.024 0.010 0.021 0.108 0.006 0.001 0.034 0.702 85 I 0.061 0.001 0.001 0.022 0.013 0.015 0.061 0.003 0.001 0.018 0.804 86 P 0.008 0.001 0.001 0.038 0.010 0.010 0.108 0.001 0.001 0.010 0.815 87 K 0.018 0.001 0.001 0.045 0.010 0.028 0.151 0.001 0.001 0.017 0.728 88 P 0.040 0.001 0.001 0.010 0.008 0.009 0.100 0.001 0.001 0.011 0.821 89 D 0.461 0.001 0.001 0.015 0.006 0.015 0.094 0.001 0.001 0.043 0.362 90 S 0.010 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.076 0.001 0.001 0.009 0.891 91 A 0.005 0.001 0.001 0.020 0.008 0.025 0.216 0.001 0.001 0.045 0.681 92 K 0.001 0.001 0.001 0.083 0.031 0.063 0.172 0.001 0.001 0.080 0.570 93 E 0.001 0.001 0.001 0.288 0.123 0.209 0.072 0.001 0.001 0.153 0.154 94 L 0.001 0.001 0.001 0.387 0.114 0.299 0.021 0.001 0.001 0.131 0.047 95 I 0.001 0.001 0.001 0.785 0.095 0.055 0.005 0.001 0.001 0.037 0.022 96 F 0.001 0.001 0.001 0.650 0.092 0.154 0.009 0.001 0.001 0.071 0.023 97 Y 0.003 0.003 0.001 0.402 0.142 0.177 0.048 0.001 0.001 0.103 0.120 98 C 0.075 0.023 0.002 0.180 0.098 0.159 0.083 0.003 0.001 0.123 0.253 99 A 0.161 0.044 0.002 0.061 0.057 0.062 0.126 0.005 0.001 0.075 0.407 100 S 0.025 0.076 0.001 0.032 0.026 0.036 0.130 0.002 0.001 0.038 0.633 101 G 0.036 0.231 0.002 0.023 0.030 0.060 0.094 0.006 0.001 0.069 0.447 102 K 0.040 0.482 0.004 0.011 0.034 0.030 0.053 0.009 0.001 0.059 0.277 103 R 0.019 0.828 0.002 0.004 0.013 0.009 0.012 0.003 0.001 0.025 0.086 104 G 0.014 0.887 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.002 0.001 0.033 0.039 105 G 0.007 0.880 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.058 0.034 106 E 0.005 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 107 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 108 Q 0.012 0.572 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.367 0.030 109 K 0.008 0.413 0.006 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.004 0.529 0.024 110 V 0.028 0.460 0.051 0.010 0.004 0.002 0.020 0.003 0.016 0.348 0.059 111 A 0.132 0.137 0.240 0.017 0.007 0.011 0.030 0.021 0.071 0.194 0.142 112 S 0.489 0.042 0.012 0.006 0.003 0.009 0.054 0.012 0.011 0.033 0.328 113 S 0.089 0.007 0.003 0.016 0.005 0.007 0.106 0.003 0.002 0.059 0.704 114 H 0.005 0.003 0.003 0.031 0.006 0.005 0.271 0.001 0.001 0.027 0.647 115 G 0.068 0.006 0.002 0.027 0.005 0.019 0.215 0.009 0.001 0.064 0.584 116 Y 0.112 0.003 0.001 0.025 0.009 0.009 0.099 0.003 0.001 0.052 0.686 117 S 0.015 0.005 0.001 0.101 0.015 0.013 0.110 0.001 0.001 0.029 0.711 118 N 0.017 0.003 0.001 0.170 0.022 0.095 0.069 0.002 0.001 0.065 0.556 119 T 0.009 0.001 0.001 0.124 0.029 0.030 0.166 0.001 0.001 0.099 0.541 120 S 0.004 0.003 0.001 0.324 0.048 0.064 0.129 0.001 0.001 0.048 0.377 121 L 0.011 0.010 0.001 0.071 0.017 0.019 0.072 0.001 0.001 0.051 0.749 122 Y 0.207 0.093 0.001 0.074 0.023 0.020 0.066 0.009 0.001 0.105 0.402 123 P 0.042 0.064 0.001 0.026 0.006 0.009 0.154 0.002 0.001 0.147 0.551 124 G 0.025 0.318 0.001 0.028 0.007 0.009 0.069 0.003 0.001 0.191 0.349 125 S 0.048 0.733 0.002 0.009 0.007 0.009 0.017 0.008 0.001 0.046 0.122 126 M 0.029 0.838 0.001 0.004 0.006 0.006 0.008 0.004 0.001 0.041 0.062 127 N 0.033 0.526 0.002 0.009 0.016 0.022 0.025 0.006 0.001 0.271 0.089 128 D 0.035 0.562 0.014 0.010 0.024 0.020 0.036 0.004 0.004 0.212 0.078 129 W 0.179 0.228 0.075 0.018 0.041 0.048 0.045 0.016 0.023 0.156 0.172 130 V 0.430 0.043 0.023 0.009 0.028 0.053 0.054 0.017 0.010 0.053 0.281 131 S 0.173 0.006 0.002 0.008 0.016 0.027 0.062 0.005 0.002 0.030 0.669 132 H 0.032 0.003 0.001 0.011 0.012 0.013 0.153 0.001 0.001 0.018 0.754 133 G 0.016 0.005 0.001 0.007 0.007 0.012 0.137 0.002 0.001 0.012 0.802 134 G 0.070 0.010 0.001 0.008 0.014 0.016 0.116 0.003 0.001 0.028 0.733 135 D 0.102 0.014 0.001 0.020 0.027 0.040 0.096 0.003 0.001 0.042 0.655 136 K 0.043 0.009 0.001 0.022 0.018 0.036 0.080 0.001 0.001 0.035 0.756 137 L 0.044 0.009 0.001 0.035 0.029 0.048 0.087 0.002 0.001 0.040 0.705 138 D 0.032 0.011 0.001 0.028 0.036 0.058 0.092 0.001 0.001 0.036 0.705 139 L 0.021 0.015 0.001 0.019 0.041 0.058 0.099 0.001 0.001 0.033 0.712