# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.296 0.016 0.017 0.028 0.063 0.062 0.422 2 W 0.132 0.381 0.016 0.014 0.026 0.049 0.118 0.264 3 K 0.032 0.249 0.030 0.035 0.044 0.075 0.178 0.356 4 A 0.025 0.336 0.060 0.047 0.085 0.059 0.115 0.273 5 V 0.070 0.353 0.086 0.049 0.086 0.046 0.101 0.209 6 M 0.057 0.092 0.174 0.059 0.073 0.077 0.254 0.215 7 N 0.049 0.078 0.134 0.051 0.069 0.089 0.243 0.288 8 A 0.148 0.064 0.091 0.025 0.051 0.088 0.133 0.400 9 W 0.082 0.046 0.058 0.028 0.037 0.123 0.071 0.555 10 N 0.022 0.022 0.063 0.018 0.043 0.164 0.081 0.587 11 G 0.048 0.073 0.054 0.029 0.044 0.157 0.121 0.474 12 T 0.144 0.057 0.030 0.024 0.026 0.113 0.214 0.391 13 E 0.098 0.070 0.019 0.023 0.025 0.109 0.082 0.574 14 S 0.050 0.046 0.018 0.009 0.024 0.135 0.082 0.635 15 Q 0.046 0.104 0.024 0.028 0.034 0.136 0.070 0.559 16 S 0.243 0.079 0.012 0.013 0.026 0.078 0.213 0.336 17 K 0.023 0.022 0.020 0.035 0.032 0.139 0.169 0.560 18 N 0.077 0.036 0.026 0.020 0.042 0.118 0.097 0.584 19 V 0.208 0.020 0.013 0.024 0.024 0.091 0.061 0.560 20 S 0.039 0.009 0.027 0.020 0.029 0.126 0.051 0.698 21 N 0.048 0.009 0.069 0.021 0.029 0.164 0.055 0.604 22 I 0.050 0.007 0.086 0.013 0.020 0.101 0.169 0.554 23 Q 0.009 0.012 0.189 0.052 0.045 0.108 0.041 0.544 24 S 0.003 0.005 0.054 0.020 0.034 0.110 0.014 0.759 25 Y 0.001 0.017 0.297 0.033 0.035 0.075 0.031 0.511 26 S 0.051 0.866 0.010 0.003 0.004 0.006 0.044 0.017 27 F 0.057 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.007 28 E 0.008 0.869 0.006 0.002 0.001 0.006 0.065 0.043 29 D 0.021 0.849 0.011 0.001 0.004 0.007 0.073 0.034 30 M 0.054 0.725 0.015 0.004 0.004 0.016 0.144 0.037 31 K 0.053 0.445 0.015 0.012 0.005 0.045 0.254 0.171 32 R 0.073 0.291 0.007 0.005 0.006 0.042 0.042 0.534 33 I 0.222 0.210 0.035 0.010 0.008 0.063 0.071 0.380 34 V 0.277 0.021 0.021 0.004 0.002 0.044 0.043 0.587 35 G 0.256 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.009 0.691 36 K 0.004 0.001 0.016 0.002 0.003 0.096 0.009 0.870 37 H 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 0.112 0.004 0.859 38 D 0.554 0.006 0.004 0.002 0.002 0.052 0.036 0.344 39 P 0.004 0.001 0.107 0.002 0.006 0.153 0.021 0.707 40 N 0.001 0.002 0.417 0.018 0.048 0.110 0.058 0.347 41 V 0.001 0.001 0.384 0.054 0.073 0.086 0.024 0.378 42 V 0.001 0.001 0.866 0.063 0.045 0.005 0.010 0.010 43 L 0.002 0.001 0.509 0.143 0.121 0.028 0.056 0.141 44 V 0.001 0.001 0.811 0.037 0.048 0.013 0.019 0.070 45 D 0.029 0.002 0.394 0.104 0.163 0.064 0.043 0.201 46 V 0.008 0.001 0.161 0.078 0.120 0.143 0.043 0.446 47 R 0.008 0.005 0.076 0.026 0.051 0.133 0.026 0.675 48 E 0.345 0.104 0.019 0.012 0.020 0.076 0.114 0.310 49 P 0.232 0.069 0.008 0.010 0.008 0.088 0.141 0.445 50 S 0.055 0.110 0.020 0.012 0.021 0.097 0.116 0.568 51 E 0.118 0.065 0.041 0.023 0.051 0.109 0.101 0.493 52 Y 0.130 0.035 0.039 0.052 0.063 0.118 0.123 0.440 53 S 0.051 0.026 0.030 0.044 0.084 0.110 0.067 0.588 54 I 0.011 0.004 0.044 0.026 0.099 0.129 0.051 0.635 55 V 0.003 0.007 0.174 0.138 0.215 0.111 0.060 0.293 56 H 0.021 0.008 0.063 0.052 0.059 0.117 0.025 0.654 57 I 0.198 0.038 0.076 0.070 0.055 0.103 0.120 0.340 58 P 0.047 0.021 0.097 0.025 0.041 0.110 0.084 0.574 59 A 0.036 0.023 0.264 0.035 0.078 0.092 0.100 0.372 60 S 0.021 0.007 0.138 0.038 0.085 0.110 0.074 0.528 61 I 0.006 0.012 0.306 0.121 0.140 0.077 0.036 0.302 62 N 0.051 0.011 0.070 0.048 0.082 0.097 0.040 0.600 63 V 0.039 0.009 0.118 0.081 0.054 0.115 0.084 0.500 64 P 0.231 0.038 0.063 0.027 0.046 0.085 0.053 0.458 65 Y 0.532 0.007 0.009 0.005 0.010 0.055 0.036 0.344 66 R 0.009 0.012 0.036 0.023 0.030 0.179 0.039 0.672 67 S 0.023 0.023 0.012 0.007 0.026 0.104 0.017 0.788 68 H 0.428 0.102 0.006 0.023 0.010 0.057 0.152 0.221 69 P 0.138 0.069 0.010 0.020 0.011 0.105 0.042 0.604 70 D 0.293 0.082 0.025 0.006 0.020 0.066 0.026 0.482 71 A 0.232 0.072 0.035 0.010 0.018 0.069 0.116 0.447 72 F 0.057 0.012 0.043 0.019 0.027 0.105 0.070 0.668 73 A 0.004 0.016 0.037 0.013 0.029 0.132 0.032 0.739 74 L 0.006 0.050 0.064 0.005 0.009 0.076 0.027 0.763 75 D 0.103 0.808 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.028 76 P 0.038 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.019 77 L 0.008 0.912 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.044 78 E 0.016 0.819 0.010 0.001 0.001 0.008 0.107 0.038 79 F 0.061 0.680 0.024 0.006 0.004 0.020 0.168 0.036 80 E 0.180 0.157 0.030 0.010 0.008 0.039 0.438 0.138 81 K 0.162 0.087 0.015 0.006 0.007 0.052 0.045 0.626 82 Q 0.153 0.026 0.040 0.006 0.010 0.097 0.046 0.621 83 I 0.021 0.010 0.107 0.012 0.012 0.141 0.034 0.664 84 G 0.052 0.006 0.012 0.003 0.004 0.088 0.007 0.829 85 I 0.080 0.013 0.017 0.007 0.006 0.093 0.026 0.758 86 P 0.018 0.002 0.027 0.003 0.005 0.081 0.012 0.852 87 K 0.019 0.008 0.053 0.005 0.008 0.101 0.053 0.752 88 P 0.030 0.002 0.036 0.002 0.002 0.081 0.014 0.833 89 D 0.505 0.009 0.022 0.004 0.003 0.041 0.058 0.357 90 S 0.055 0.002 0.023 0.001 0.002 0.088 0.018 0.811 91 A 0.012 0.002 0.027 0.002 0.004 0.098 0.017 0.839 92 K 0.001 0.003 0.226 0.025 0.055 0.176 0.086 0.428 93 E 0.001 0.002 0.560 0.059 0.117 0.061 0.043 0.159 94 L 0.001 0.001 0.548 0.160 0.153 0.024 0.039 0.075 95 I 0.001 0.001 0.870 0.057 0.044 0.004 0.009 0.016 96 F 0.001 0.001 0.796 0.077 0.072 0.007 0.022 0.025 97 Y 0.003 0.001 0.776 0.042 0.066 0.019 0.029 0.064 98 C 0.139 0.008 0.355 0.053 0.064 0.087 0.071 0.223 99 A 0.137 0.023 0.054 0.018 0.025 0.144 0.069 0.531 100 S 0.029 0.058 0.024 0.011 0.019 0.126 0.044 0.688 101 G 0.047 0.111 0.019 0.022 0.027 0.121 0.124 0.530 102 K 0.035 0.215 0.046 0.048 0.033 0.096 0.200 0.327 103 R 0.044 0.707 0.006 0.006 0.012 0.016 0.073 0.135 104 G 0.022 0.853 0.001 0.003 0.003 0.006 0.081 0.031 105 G 0.003 0.922 0.001 0.004 0.002 0.003 0.050 0.015 106 E 0.006 0.955 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.010 107 A 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 108 Q 0.016 0.649 0.004 0.002 0.004 0.013 0.289 0.022 109 K 0.011 0.196 0.006 0.003 0.003 0.027 0.700 0.054 110 V 0.005 0.199 0.061 0.005 0.006 0.066 0.548 0.109 111 A 0.019 0.176 0.171 0.014 0.002 0.072 0.463 0.084 112 S 0.363 0.106 0.007 0.002 0.001 0.051 0.057 0.415 113 S 0.055 0.013 0.014 0.001 0.001 0.128 0.030 0.759 114 H 0.008 0.013 0.063 0.001 0.003 0.161 0.041 0.708 115 G 0.019 0.008 0.018 0.002 0.002 0.149 0.033 0.771 116 Y 0.083 0.021 0.023 0.008 0.004 0.134 0.066 0.660 117 S 0.011 0.008 0.096 0.004 0.012 0.135 0.053 0.682 118 N 0.009 0.011 0.316 0.014 0.025 0.099 0.076 0.450 119 T 0.008 0.004 0.325 0.023 0.033 0.098 0.035 0.474 120 S 0.005 0.004 0.609 0.037 0.047 0.064 0.032 0.202 121 L 0.022 0.010 0.224 0.015 0.028 0.092 0.066 0.542 122 Y 0.163 0.098 0.139 0.014 0.022 0.090 0.127 0.347 123 P 0.057 0.058 0.059 0.008 0.010 0.119 0.139 0.550 124 G 0.013 0.164 0.051 0.011 0.020 0.104 0.118 0.519 125 S 0.038 0.783 0.013 0.005 0.010 0.023 0.056 0.071 126 M 0.032 0.868 0.004 0.004 0.005 0.015 0.025 0.047 127 N 0.031 0.358 0.008 0.010 0.013 0.039 0.425 0.115 128 D 0.016 0.360 0.026 0.020 0.037 0.052 0.354 0.136 129 W 0.066 0.120 0.110 0.035 0.019 0.052 0.507 0.092 130 V 0.364 0.042 0.013 0.018 0.008 0.055 0.140 0.362 131 S 0.105 0.007 0.006 0.002 0.003 0.073 0.016 0.788 132 H 0.038 0.005 0.023 0.003 0.008 0.113 0.013 0.797 133 G 0.021 0.003 0.004 0.002 0.003 0.086 0.007 0.874 134 G 0.022 0.004 0.005 0.007 0.005 0.099 0.010 0.847 135 D 0.098 0.014 0.033 0.023 0.042 0.104 0.067 0.619 136 K 0.062 0.003 0.023 0.015 0.019 0.082 0.032 0.763 137 L 0.068 0.004 0.058 0.024 0.039 0.093 0.032 0.682 138 D 0.059 0.007 0.055 0.036 0.067 0.088 0.033 0.654 139 L 0.051 0.007 0.030 0.039 0.067 0.100 0.037 0.668