# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.092 0.045 0.088 0.084 0.079 0.125 0.100 0.099 0.080 0.053 2 W 0.071 0.088 0.045 0.122 0.122 0.111 0.144 0.101 0.090 0.066 0.040 3 K 0.148 0.124 0.089 0.178 0.139 0.105 0.090 0.054 0.038 0.024 0.012 4 A 0.104 0.090 0.074 0.166 0.138 0.121 0.127 0.079 0.051 0.031 0.018 5 V 0.016 0.024 0.024 0.062 0.075 0.105 0.162 0.146 0.161 0.133 0.092 6 M 0.014 0.016 0.020 0.044 0.059 0.079 0.138 0.142 0.189 0.174 0.126 7 N 0.033 0.049 0.077 0.142 0.136 0.130 0.140 0.097 0.090 0.066 0.038 8 A 0.027 0.028 0.044 0.079 0.091 0.112 0.168 0.134 0.139 0.106 0.073 9 W 0.035 0.034 0.028 0.074 0.085 0.104 0.159 0.140 0.143 0.114 0.084 10 N 0.058 0.046 0.034 0.083 0.095 0.102 0.151 0.136 0.130 0.093 0.072 11 G 0.115 0.082 0.048 0.119 0.117 0.094 0.132 0.104 0.084 0.060 0.045 12 T 0.069 0.060 0.036 0.094 0.100 0.104 0.153 0.116 0.114 0.087 0.066 13 E 0.241 0.137 0.057 0.147 0.123 0.085 0.090 0.052 0.035 0.020 0.013 14 S 0.187 0.160 0.060 0.157 0.116 0.084 0.087 0.059 0.043 0.029 0.019 15 Q 0.072 0.060 0.027 0.076 0.087 0.105 0.163 0.122 0.122 0.097 0.068 16 S 0.222 0.181 0.071 0.170 0.117 0.075 0.071 0.040 0.027 0.018 0.009 17 K 0.191 0.125 0.085 0.168 0.126 0.104 0.086 0.049 0.034 0.021 0.011 18 N 0.160 0.155 0.064 0.139 0.105 0.092 0.110 0.069 0.052 0.035 0.020 19 V 0.039 0.046 0.028 0.087 0.102 0.128 0.184 0.134 0.116 0.085 0.050 20 S 0.289 0.202 0.129 0.162 0.095 0.049 0.035 0.019 0.011 0.006 0.003 21 N 0.183 0.146 0.085 0.219 0.136 0.079 0.073 0.041 0.021 0.011 0.006 22 I 0.033 0.032 0.020 0.043 0.058 0.086 0.142 0.147 0.169 0.163 0.106 23 Q 0.133 0.171 0.081 0.226 0.165 0.089 0.071 0.035 0.017 0.008 0.004 24 S 0.154 0.130 0.128 0.189 0.126 0.090 0.083 0.047 0.025 0.019 0.009 25 Y 0.032 0.013 0.010 0.027 0.048 0.095 0.166 0.154 0.186 0.166 0.103 26 S 0.037 0.608 0.055 0.122 0.061 0.041 0.037 0.018 0.011 0.008 0.003 27 F 0.009 0.012 0.012 0.056 0.142 0.238 0.254 0.124 0.087 0.038 0.027 28 E 0.976 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.007 0.021 0.022 0.193 0.180 0.223 0.245 0.062 0.031 0.011 0.005 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.113 0.235 0.630 31 K 0.001 0.004 0.043 0.114 0.287 0.268 0.197 0.056 0.019 0.008 0.002 32 R 0.001 0.007 0.884 0.079 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.005 0.010 0.024 0.159 0.304 0.174 0.155 0.122 0.046 34 V 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.016 0.073 0.117 0.284 0.298 0.195 35 G 0.031 0.069 0.316 0.213 0.159 0.087 0.071 0.028 0.013 0.008 0.004 36 K 0.096 0.102 0.376 0.178 0.117 0.059 0.043 0.016 0.007 0.004 0.002 37 H 0.331 0.193 0.039 0.072 0.062 0.075 0.113 0.063 0.028 0.016 0.009 38 D 0.223 0.349 0.032 0.102 0.071 0.063 0.059 0.040 0.026 0.021 0.013 39 P 0.491 0.201 0.044 0.109 0.070 0.032 0.026 0.016 0.007 0.004 0.002 40 N 0.505 0.179 0.046 0.124 0.061 0.035 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 41 V 0.005 0.007 0.009 0.020 0.030 0.058 0.117 0.129 0.236 0.219 0.170 42 V 0.003 0.023 0.018 0.095 0.137 0.214 0.219 0.117 0.094 0.054 0.026 43 L 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.022 0.054 0.098 0.216 0.271 0.313 44 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.043 0.098 0.133 0.230 0.261 0.204 45 D 0.006 0.010 0.017 0.070 0.091 0.083 0.170 0.191 0.163 0.122 0.078 46 V 0.002 0.002 0.007 0.009 0.015 0.028 0.066 0.109 0.221 0.264 0.278 47 R 0.010 0.017 0.018 0.057 0.089 0.123 0.219 0.163 0.146 0.098 0.061 48 E 0.080 0.302 0.125 0.200 0.097 0.072 0.060 0.027 0.020 0.011 0.005 49 P 0.251 0.121 0.046 0.146 0.137 0.103 0.100 0.048 0.025 0.013 0.010 50 S 0.714 0.126 0.036 0.056 0.025 0.014 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 51 E 0.063 0.114 0.068 0.204 0.160 0.132 0.124 0.062 0.037 0.023 0.013 52 Y 0.011 0.015 0.018 0.025 0.040 0.078 0.125 0.141 0.189 0.206 0.153 53 S 0.071 0.170 0.163 0.238 0.141 0.087 0.065 0.032 0.018 0.010 0.004 54 I 0.065 0.065 0.113 0.179 0.150 0.136 0.118 0.076 0.048 0.033 0.017 55 V 0.135 0.065 0.048 0.099 0.097 0.107 0.133 0.118 0.091 0.068 0.038 56 H 0.042 0.077 0.036 0.123 0.120 0.120 0.172 0.126 0.094 0.056 0.035 57 I 0.007 0.006 0.009 0.016 0.029 0.040 0.092 0.135 0.187 0.204 0.274 58 P 0.225 0.192 0.125 0.207 0.125 0.051 0.036 0.018 0.011 0.006 0.003 59 A 0.071 0.053 0.039 0.133 0.130 0.122 0.178 0.110 0.083 0.049 0.031 60 S 0.009 0.009 0.008 0.021 0.029 0.037 0.064 0.099 0.195 0.233 0.298 61 I 0.023 0.034 0.024 0.091 0.125 0.144 0.202 0.137 0.112 0.069 0.039 62 N 0.021 0.035 0.060 0.099 0.098 0.112 0.136 0.110 0.128 0.111 0.089 63 V 0.006 0.005 0.007 0.015 0.027 0.048 0.109 0.136 0.215 0.209 0.223 64 P 0.119 0.148 0.059 0.201 0.142 0.082 0.096 0.062 0.047 0.029 0.015 65 Y 0.018 0.018 0.017 0.046 0.063 0.102 0.165 0.140 0.173 0.145 0.113 66 R 0.247 0.152 0.073 0.172 0.121 0.078 0.069 0.038 0.025 0.015 0.009 67 S 0.191 0.188 0.066 0.180 0.116 0.084 0.083 0.043 0.026 0.015 0.009 68 H 0.047 0.047 0.021 0.040 0.048 0.063 0.104 0.111 0.168 0.169 0.182 69 P 0.240 0.155 0.043 0.157 0.129 0.083 0.087 0.050 0.029 0.017 0.009 70 D 0.323 0.172 0.112 0.173 0.084 0.051 0.037 0.021 0.014 0.008 0.005 71 A 0.109 0.095 0.043 0.126 0.122 0.131 0.151 0.094 0.064 0.041 0.023 72 F 0.071 0.067 0.028 0.100 0.103 0.110 0.165 0.137 0.107 0.070 0.042 73 A 0.168 0.111 0.099 0.150 0.121 0.095 0.104 0.065 0.044 0.028 0.016 74 L 0.113 0.101 0.081 0.159 0.144 0.114 0.116 0.073 0.047 0.033 0.019 75 D 0.082 0.243 0.060 0.129 0.107 0.087 0.111 0.076 0.051 0.038 0.017 76 P 0.123 0.080 0.037 0.133 0.162 0.161 0.156 0.075 0.043 0.021 0.010 77 L 0.682 0.074 0.094 0.077 0.032 0.015 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 78 E 0.023 0.058 0.073 0.227 0.184 0.184 0.158 0.050 0.026 0.011 0.005 79 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.030 0.067 0.208 0.284 0.396 80 E 0.007 0.016 0.086 0.154 0.254 0.207 0.163 0.066 0.029 0.016 0.005 81 K 0.010 0.034 0.714 0.159 0.050 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.007 0.009 0.026 0.056 0.082 0.200 0.286 0.150 0.094 0.063 0.027 83 I 0.005 0.004 0.005 0.007 0.010 0.023 0.077 0.121 0.254 0.274 0.219 84 G 0.062 0.112 0.221 0.235 0.172 0.078 0.059 0.032 0.015 0.009 0.005 85 I 0.061 0.067 0.175 0.145 0.143 0.114 0.125 0.073 0.044 0.031 0.022 86 P 0.358 0.131 0.044 0.092 0.085 0.069 0.097 0.062 0.033 0.017 0.012 87 K 0.430 0.192 0.031 0.107 0.071 0.046 0.054 0.033 0.018 0.010 0.007 88 P 0.156 0.058 0.027 0.054 0.061 0.062 0.105 0.098 0.131 0.120 0.128 89 D 0.269 0.292 0.053 0.136 0.092 0.052 0.048 0.024 0.016 0.011 0.007 90 S 0.177 0.246 0.053 0.171 0.117 0.084 0.066 0.037 0.025 0.016 0.009 91 A 0.410 0.184 0.028 0.109 0.076 0.055 0.049 0.036 0.024 0.017 0.012 92 K 0.069 0.068 0.030 0.151 0.146 0.138 0.162 0.106 0.070 0.041 0.019 93 E 0.041 0.097 0.068 0.223 0.180 0.145 0.115 0.060 0.037 0.023 0.010 94 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.028 0.067 0.078 0.256 0.322 0.234 95 I 0.003 0.011 0.015 0.052 0.073 0.127 0.182 0.138 0.167 0.141 0.091 96 F 0.002 0.003 0.012 0.014 0.021 0.035 0.078 0.123 0.233 0.262 0.216 97 Y 0.005 0.008 0.016 0.043 0.071 0.088 0.158 0.178 0.173 0.142 0.120 98 C 0.006 0.006 0.010 0.025 0.037 0.055 0.134 0.176 0.210 0.179 0.162 99 A 0.071 0.096 0.077 0.176 0.161 0.122 0.120 0.075 0.049 0.030 0.021 100 S 0.048 0.071 0.045 0.115 0.128 0.107 0.171 0.135 0.086 0.056 0.038 101 G 0.166 0.078 0.038 0.094 0.091 0.093 0.127 0.093 0.090 0.075 0.053 102 K 0.187 0.113 0.077 0.161 0.121 0.097 0.104 0.058 0.039 0.027 0.016 103 R 0.022 0.076 0.051 0.120 0.135 0.162 0.175 0.102 0.077 0.052 0.028 104 G 0.004 0.006 0.009 0.017 0.034 0.041 0.094 0.136 0.204 0.197 0.258 105 G 0.069 0.037 0.074 0.144 0.155 0.128 0.165 0.105 0.063 0.039 0.021 106 E 0.018 0.053 0.093 0.240 0.199 0.138 0.140 0.057 0.035 0.018 0.010 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.020 0.063 0.159 0.231 0.514 108 Q 0.001 0.001 0.004 0.013 0.042 0.080 0.161 0.155 0.206 0.200 0.136 109 K 0.005 0.017 0.298 0.203 0.163 0.110 0.106 0.043 0.030 0.018 0.008 110 V 0.001 0.002 0.014 0.021 0.035 0.126 0.242 0.134 0.185 0.151 0.091 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.023 0.183 0.307 0.471 112 S 0.006 0.012 0.033 0.080 0.149 0.170 0.258 0.128 0.085 0.051 0.028 113 S 0.014 0.064 0.296 0.199 0.138 0.123 0.075 0.035 0.025 0.020 0.010 114 H 0.033 0.027 0.023 0.052 0.078 0.169 0.257 0.160 0.098 0.066 0.037 115 G 0.252 0.195 0.030 0.100 0.064 0.061 0.093 0.076 0.060 0.040 0.028 116 Y 0.017 0.016 0.014 0.037 0.058 0.083 0.136 0.137 0.162 0.153 0.187 117 S 0.238 0.233 0.122 0.172 0.114 0.051 0.034 0.018 0.009 0.006 0.003 118 N 0.138 0.142 0.052 0.221 0.151 0.103 0.095 0.050 0.026 0.014 0.008 119 T 0.012 0.006 0.004 0.008 0.013 0.026 0.055 0.081 0.194 0.282 0.319 120 S 0.044 0.086 0.047 0.247 0.219 0.141 0.100 0.056 0.032 0.017 0.010 121 L 0.011 0.021 0.033 0.046 0.053 0.090 0.121 0.124 0.179 0.180 0.142 122 Y 0.003 0.005 0.004 0.014 0.027 0.051 0.116 0.140 0.215 0.191 0.234 123 P 0.266 0.145 0.052 0.176 0.123 0.068 0.071 0.043 0.030 0.016 0.009 124 G 0.150 0.046 0.040 0.118 0.117 0.110 0.143 0.098 0.079 0.060 0.040 125 S 0.020 0.039 0.016 0.064 0.076 0.112 0.164 0.135 0.154 0.132 0.089 126 M 0.004 0.009 0.005 0.019 0.031 0.052 0.103 0.136 0.225 0.218 0.198 127 N 0.089 0.058 0.074 0.155 0.176 0.149 0.144 0.074 0.044 0.023 0.014 128 D 0.140 0.110 0.140 0.252 0.142 0.076 0.072 0.033 0.018 0.011 0.006 129 W 0.004 0.004 0.005 0.012 0.018 0.048 0.098 0.103 0.237 0.266 0.207 130 V 0.027 0.031 0.022 0.077 0.104 0.115 0.200 0.149 0.124 0.097 0.053 131 S 0.049 0.130 0.268 0.228 0.120 0.087 0.053 0.026 0.019 0.013 0.006 132 H 0.091 0.092 0.082 0.145 0.140 0.147 0.136 0.074 0.045 0.028 0.019 133 G 0.370 0.176 0.036 0.081 0.056 0.049 0.075 0.062 0.044 0.031 0.019 134 G 0.231 0.146 0.042 0.125 0.110 0.091 0.100 0.065 0.044 0.028 0.019 135 D 0.490 0.173 0.063 0.099 0.062 0.036 0.033 0.020 0.012 0.007 0.005 136 K 0.274 0.190 0.062 0.153 0.104 0.070 0.069 0.037 0.022 0.011 0.007 137 L 0.102 0.080 0.038 0.093 0.100 0.110 0.160 0.123 0.092 0.061 0.041 138 D 0.181 0.206 0.100 0.193 0.122 0.073 0.059 0.032 0.018 0.010 0.005 139 L 0.144 0.123 0.097 0.170 0.135 0.099 0.100 0.062 0.037 0.022 0.013