# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.043 0.008 0.031 0.038 0.050 0.138 0.002 0.001 0.004 0.601 2 W 0.029 0.048 0.004 0.039 0.045 0.075 0.112 0.001 0.001 0.002 0.644 3 K 0.049 0.067 0.004 0.057 0.060 0.113 0.123 0.002 0.001 0.004 0.521 4 A 0.076 0.108 0.004 0.060 0.049 0.069 0.127 0.002 0.001 0.004 0.501 5 V 0.107 0.167 0.008 0.064 0.059 0.097 0.090 0.004 0.001 0.003 0.401 6 M 0.066 0.229 0.012 0.136 0.078 0.135 0.067 0.007 0.001 0.004 0.265 7 N 0.056 0.245 0.010 0.091 0.105 0.142 0.062 0.011 0.001 0.005 0.275 8 A 0.091 0.176 0.011 0.074 0.074 0.137 0.049 0.011 0.001 0.004 0.372 9 W 0.116 0.164 0.013 0.072 0.052 0.100 0.095 0.010 0.001 0.006 0.372 10 N 0.135 0.090 0.013 0.046 0.034 0.062 0.141 0.010 0.001 0.011 0.458 11 G 0.268 0.063 0.021 0.039 0.024 0.043 0.119 0.011 0.001 0.018 0.396 12 T 0.248 0.052 0.049 0.051 0.023 0.032 0.124 0.005 0.001 0.009 0.406 13 E 0.017 0.016 0.002 0.024 0.011 0.015 0.146 0.001 0.001 0.002 0.767 14 S 0.061 0.022 0.006 0.021 0.023 0.044 0.195 0.002 0.001 0.011 0.616 15 Q 0.294 0.070 0.006 0.038 0.020 0.040 0.124 0.004 0.001 0.014 0.391 16 S 0.121 0.099 0.014 0.031 0.028 0.040 0.225 0.006 0.001 0.010 0.425 17 K 0.096 0.049 0.007 0.023 0.014 0.024 0.066 0.003 0.001 0.005 0.712 18 N 0.037 0.035 0.005 0.026 0.025 0.040 0.319 0.003 0.001 0.009 0.500 19 V 0.258 0.046 0.011 0.025 0.024 0.031 0.135 0.004 0.001 0.013 0.453 20 S 0.051 0.054 0.008 0.040 0.035 0.048 0.225 0.003 0.001 0.011 0.526 21 N 0.140 0.025 0.011 0.048 0.040 0.038 0.157 0.003 0.001 0.013 0.527 22 I 0.187 0.049 0.029 0.128 0.045 0.085 0.074 0.003 0.001 0.013 0.388 23 Q 0.056 0.019 0.005 0.238 0.173 0.134 0.163 0.002 0.001 0.007 0.201 24 S 0.092 0.009 0.007 0.091 0.039 0.080 0.056 0.002 0.001 0.006 0.618 25 Y 0.115 0.024 0.013 0.423 0.072 0.139 0.078 0.002 0.001 0.005 0.129 26 S 0.014 0.007 0.001 0.047 0.015 0.019 0.452 0.001 0.001 0.002 0.443 27 F 0.009 0.006 0.001 0.022 0.004 0.013 0.048 0.001 0.001 0.001 0.895 28 E 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.555 0.001 0.001 0.003 0.432 29 D 0.073 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.861 0.001 0.001 0.002 0.057 30 M 0.027 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.034 31 K 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 32 R 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 33 I 0.033 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 34 V 0.020 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.008 35 G 0.026 0.865 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.023 36 K 0.123 0.620 0.069 0.001 0.001 0.001 0.002 0.131 0.001 0.001 0.053 37 H 0.284 0.240 0.043 0.002 0.002 0.004 0.009 0.106 0.001 0.001 0.309 38 D 0.138 0.023 0.044 0.010 0.010 0.006 0.070 0.021 0.001 0.001 0.677 39 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 40 N 0.010 0.001 0.005 0.105 0.020 0.029 0.377 0.001 0.001 0.005 0.448 41 V 0.516 0.001 0.010 0.100 0.018 0.019 0.062 0.001 0.001 0.012 0.261 42 V 0.002 0.001 0.001 0.850 0.055 0.045 0.027 0.001 0.001 0.001 0.022 43 L 0.001 0.001 0.001 0.678 0.052 0.113 0.020 0.001 0.001 0.001 0.136 44 V 0.001 0.001 0.001 0.961 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 D 0.001 0.001 0.001 0.826 0.028 0.052 0.011 0.001 0.001 0.001 0.082 46 V 0.001 0.001 0.001 0.837 0.020 0.045 0.020 0.001 0.001 0.001 0.076 47 R 0.005 0.001 0.002 0.509 0.020 0.066 0.195 0.001 0.001 0.006 0.196 48 E 0.012 0.001 0.001 0.059 0.018 0.013 0.205 0.001 0.001 0.005 0.686 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 50 S 0.006 0.001 0.001 0.018 0.006 0.026 0.202 0.001 0.001 0.002 0.740 51 E 0.382 0.008 0.001 0.006 0.003 0.006 0.112 0.001 0.001 0.012 0.470 52 Y 0.396 0.121 0.004 0.019 0.013 0.023 0.061 0.002 0.001 0.004 0.356 53 S 0.173 0.187 0.020 0.041 0.065 0.091 0.059 0.007 0.001 0.004 0.353 54 I 0.088 0.173 0.005 0.048 0.025 0.043 0.035 0.008 0.001 0.003 0.572 55 V 0.192 0.147 0.011 0.083 0.068 0.113 0.049 0.015 0.001 0.006 0.315 56 H 0.200 0.044 0.023 0.063 0.042 0.074 0.072 0.014 0.001 0.006 0.463 57 I 0.063 0.029 0.051 0.079 0.072 0.073 0.082 0.004 0.001 0.004 0.544 58 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 59 A 0.016 0.002 0.001 0.093 0.063 0.150 0.078 0.001 0.001 0.001 0.596 60 S 0.325 0.016 0.003 0.083 0.047 0.078 0.056 0.001 0.001 0.009 0.382 61 I 0.135 0.040 0.005 0.224 0.085 0.134 0.070 0.002 0.001 0.004 0.301 62 N 0.117 0.025 0.025 0.194 0.083 0.172 0.051 0.006 0.001 0.009 0.318 63 V 0.055 0.015 0.006 0.149 0.115 0.129 0.071 0.002 0.001 0.004 0.454 64 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 65 Y 0.008 0.001 0.001 0.030 0.018 0.099 0.041 0.001 0.001 0.001 0.800 66 R 0.128 0.009 0.001 0.036 0.010 0.032 0.186 0.001 0.001 0.014 0.584 67 S 0.448 0.015 0.003 0.013 0.004 0.010 0.084 0.001 0.001 0.006 0.415 68 H 0.491 0.040 0.016 0.011 0.013 0.023 0.050 0.002 0.001 0.004 0.349 69 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.989 70 D 0.040 0.007 0.001 0.024 0.006 0.015 0.129 0.001 0.001 0.001 0.777 71 A 0.369 0.035 0.002 0.010 0.004 0.005 0.060 0.001 0.001 0.005 0.508 72 F 0.230 0.104 0.005 0.019 0.009 0.012 0.127 0.004 0.001 0.003 0.486 73 A 0.332 0.077 0.036 0.028 0.013 0.030 0.045 0.010 0.001 0.006 0.424 74 L 0.216 0.131 0.014 0.048 0.013 0.035 0.079 0.011 0.001 0.004 0.450 75 D 0.043 0.057 0.003 0.013 0.008 0.009 0.197 0.004 0.001 0.002 0.665 76 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 77 L 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.004 0.464 0.001 0.001 0.002 0.516 78 E 0.258 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.001 0.001 0.005 0.258 79 F 0.063 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.081 80 E 0.007 0.950 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.031 81 K 0.014 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.067 82 Q 0.116 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.035 83 I 0.121 0.799 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.001 0.001 0.028 84 G 0.127 0.522 0.087 0.004 0.002 0.005 0.009 0.131 0.001 0.001 0.111 85 I 0.180 0.285 0.170 0.008 0.013 0.014 0.017 0.057 0.001 0.002 0.253 86 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 87 K 0.034 0.006 0.014 0.010 0.028 0.048 0.155 0.003 0.001 0.005 0.697 88 P 0.116 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.865 89 D 0.016 0.001 0.001 0.033 0.009 0.010 0.156 0.001 0.001 0.001 0.774 90 S 0.213 0.003 0.004 0.011 0.021 0.015 0.063 0.001 0.001 0.009 0.662 91 A 0.014 0.001 0.001 0.032 0.006 0.009 0.432 0.001 0.001 0.041 0.464 92 K 0.562 0.001 0.007 0.013 0.035 0.045 0.140 0.001 0.001 0.149 0.048 93 E 0.044 0.001 0.001 0.098 0.024 0.025 0.536 0.001 0.001 0.007 0.264 94 L 0.009 0.001 0.001 0.225 0.207 0.280 0.067 0.001 0.001 0.001 0.209 95 I 0.001 0.001 0.001 0.586 0.108 0.202 0.026 0.001 0.001 0.001 0.077 96 F 0.001 0.001 0.001 0.484 0.196 0.238 0.014 0.001 0.001 0.001 0.068 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.529 0.141 0.144 0.026 0.001 0.001 0.001 0.158 98 C 0.001 0.001 0.001 0.337 0.156 0.226 0.059 0.001 0.001 0.002 0.219 99 A 0.001 0.001 0.001 0.141 0.059 0.098 0.151 0.001 0.001 0.002 0.547 100 S 0.004 0.001 0.001 0.068 0.032 0.060 0.255 0.001 0.001 0.009 0.569 101 G 0.069 0.003 0.002 0.021 0.012 0.020 0.247 0.001 0.001 0.041 0.586 102 K 0.087 0.014 0.004 0.010 0.005 0.008 0.334 0.001 0.001 0.014 0.523 103 R 0.023 0.025 0.001 0.005 0.007 0.015 0.356 0.001 0.001 0.003 0.565 104 G 0.043 0.118 0.003 0.005 0.015 0.036 0.179 0.001 0.001 0.004 0.597 105 G 0.024 0.367 0.002 0.002 0.008 0.017 0.092 0.001 0.001 0.002 0.485 106 E 0.019 0.658 0.002 0.001 0.002 0.005 0.095 0.001 0.001 0.001 0.218 107 A 0.006 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.050 108 Q 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 109 K 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 110 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 113 S 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 114 H 0.161 0.623 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.001 0.001 0.017 115 G 0.520 0.083 0.060 0.002 0.003 0.003 0.008 0.197 0.001 0.001 0.122 116 Y 0.020 0.008 0.905 0.009 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.042 117 S 0.015 0.013 0.014 0.087 0.031 0.042 0.152 0.003 0.001 0.003 0.641 118 N 0.038 0.006 0.008 0.076 0.018 0.021 0.103 0.001 0.001 0.006 0.724 119 T 0.178 0.018 0.006 0.463 0.025 0.055 0.047 0.001 0.001 0.007 0.201 120 S 0.033 0.017 0.005 0.281 0.043 0.072 0.209 0.001 0.001 0.007 0.331 121 L 0.048 0.016 0.013 0.397 0.035 0.077 0.089 0.002 0.001 0.008 0.314 122 Y 0.041 0.022 0.005 0.250 0.059 0.076 0.171 0.002 0.001 0.007 0.368 123 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.983 124 G 0.027 0.006 0.001 0.051 0.015 0.039 0.195 0.001 0.001 0.004 0.661 125 S 0.439 0.035 0.006 0.012 0.007 0.008 0.160 0.001 0.001 0.013 0.319 126 M 0.060 0.222 0.005 0.032 0.011 0.023 0.155 0.001 0.001 0.002 0.489 127 N 0.023 0.176 0.003 0.020 0.024 0.063 0.221 0.001 0.001 0.004 0.464 128 D 0.057 0.281 0.001 0.020 0.008 0.017 0.142 0.002 0.001 0.003 0.468 129 W 0.056 0.766 0.002 0.009 0.005 0.010 0.033 0.004 0.001 0.001 0.114 130 V 0.029 0.901 0.006 0.006 0.005 0.010 0.007 0.009 0.001 0.001 0.028 131 S 0.031 0.888 0.004 0.004 0.004 0.007 0.004 0.020 0.001 0.001 0.038 132 H 0.135 0.687 0.010 0.005 0.006 0.011 0.008 0.051 0.001 0.001 0.085 133 G 0.325 0.252 0.038 0.007 0.009 0.016 0.021 0.079 0.001 0.003 0.249 134 G 0.192 0.057 0.118 0.010 0.011 0.012 0.062 0.018 0.001 0.003 0.517 135 D 0.008 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.958 136 K 0.028 0.004 0.006 0.014 0.013 0.018 0.045 0.001 0.001 0.001 0.869 137 L 0.066 0.017 0.004 0.044 0.026 0.038 0.187 0.001 0.001 0.009 0.608 138 D 0.108 0.023 0.004 0.042 0.044 0.067 0.154 0.001 0.001 0.011 0.545 139 L 0.088 0.046 0.008 0.059 0.042 0.091 0.101 0.002 0.001 0.010 0.553