# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.063 0.038 0.029 0.052 0.060 0.009 0.677 2 W 0.037 0.065 0.042 0.037 0.076 0.089 0.006 0.649 3 K 0.047 0.081 0.046 0.054 0.089 0.090 0.007 0.587 4 A 0.075 0.145 0.085 0.048 0.083 0.080 0.010 0.474 5 V 0.101 0.211 0.130 0.048 0.076 0.056 0.011 0.367 6 M 0.049 0.235 0.204 0.076 0.128 0.046 0.007 0.256 7 N 0.044 0.157 0.162 0.079 0.136 0.052 0.008 0.361 8 A 0.070 0.159 0.111 0.043 0.089 0.052 0.016 0.460 9 W 0.102 0.179 0.112 0.033 0.057 0.105 0.026 0.386 10 N 0.109 0.122 0.082 0.028 0.042 0.127 0.042 0.448 11 G 0.272 0.061 0.071 0.015 0.027 0.097 0.057 0.400 12 T 0.205 0.053 0.124 0.029 0.028 0.136 0.019 0.407 13 E 0.019 0.026 0.034 0.018 0.021 0.106 0.005 0.771 14 S 0.059 0.030 0.027 0.015 0.035 0.165 0.010 0.659 15 Q 0.236 0.071 0.046 0.014 0.025 0.174 0.021 0.414 16 S 0.161 0.096 0.026 0.039 0.037 0.194 0.023 0.425 17 K 0.058 0.043 0.016 0.009 0.016 0.054 0.008 0.795 18 N 0.103 0.094 0.030 0.025 0.043 0.260 0.022 0.422 19 V 0.284 0.109 0.030 0.032 0.039 0.097 0.026 0.383 20 S 0.092 0.114 0.039 0.027 0.031 0.180 0.022 0.496 21 N 0.139 0.038 0.030 0.014 0.019 0.108 0.029 0.623 22 I 0.212 0.046 0.126 0.030 0.036 0.104 0.022 0.423 23 Q 0.054 0.040 0.105 0.058 0.058 0.210 0.009 0.466 24 S 0.089 0.028 0.091 0.032 0.073 0.060 0.011 0.618 25 Y 0.176 0.045 0.292 0.052 0.059 0.106 0.006 0.265 26 S 0.024 0.028 0.047 0.028 0.022 0.361 0.003 0.486 27 F 0.005 0.017 0.013 0.003 0.008 0.047 0.001 0.907 28 E 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.537 0.001 0.446 29 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.024 30 M 0.069 0.885 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.033 31 K 0.004 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 R 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 33 I 0.059 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 34 V 0.059 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.015 35 G 0.140 0.555 0.017 0.003 0.001 0.011 0.157 0.115 36 K 0.376 0.237 0.044 0.011 0.002 0.011 0.117 0.201 37 H 0.240 0.089 0.038 0.004 0.003 0.042 0.093 0.490 38 D 0.307 0.030 0.074 0.023 0.009 0.112 0.039 0.408 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 40 N 0.018 0.001 0.054 0.023 0.019 0.690 0.004 0.192 41 V 0.732 0.001 0.081 0.012 0.010 0.030 0.005 0.130 42 V 0.014 0.002 0.763 0.059 0.063 0.038 0.001 0.059 43 L 0.002 0.001 0.716 0.073 0.096 0.011 0.001 0.101 44 V 0.002 0.001 0.881 0.045 0.042 0.015 0.001 0.015 45 D 0.001 0.001 0.480 0.132 0.120 0.031 0.001 0.235 46 V 0.002 0.001 0.554 0.067 0.132 0.090 0.001 0.154 47 R 0.009 0.001 0.089 0.028 0.054 0.618 0.003 0.198 48 E 0.040 0.001 0.023 0.008 0.023 0.150 0.008 0.745 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 50 S 0.022 0.004 0.014 0.011 0.027 0.187 0.004 0.731 51 E 0.366 0.014 0.009 0.010 0.017 0.117 0.012 0.454 52 Y 0.287 0.132 0.030 0.035 0.074 0.084 0.013 0.345 53 S 0.110 0.223 0.061 0.060 0.078 0.152 0.013 0.303 54 I 0.151 0.207 0.076 0.034 0.054 0.044 0.026 0.408 55 V 0.219 0.141 0.148 0.055 0.064 0.056 0.030 0.288 56 H 0.124 0.075 0.162 0.051 0.060 0.095 0.024 0.410 57 I 0.059 0.038 0.292 0.082 0.120 0.098 0.009 0.303 58 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.989 59 A 0.020 0.006 0.081 0.027 0.059 0.190 0.006 0.612 60 S 0.380 0.008 0.184 0.018 0.023 0.056 0.012 0.318 61 I 0.090 0.028 0.454 0.080 0.065 0.066 0.009 0.206 62 N 0.065 0.015 0.302 0.042 0.089 0.066 0.009 0.413 63 V 0.052 0.009 0.497 0.073 0.077 0.109 0.004 0.178 64 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.990 65 Y 0.015 0.003 0.054 0.023 0.059 0.118 0.003 0.724 66 R 0.115 0.009 0.038 0.020 0.027 0.157 0.009 0.624 67 S 0.270 0.014 0.012 0.007 0.016 0.097 0.024 0.560 68 H 0.465 0.025 0.036 0.013 0.024 0.074 0.021 0.343 69 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 70 D 0.028 0.011 0.015 0.010 0.021 0.161 0.005 0.750 71 A 0.269 0.019 0.025 0.006 0.010 0.093 0.008 0.571 72 F 0.156 0.062 0.026 0.011 0.014 0.290 0.010 0.433 73 A 0.390 0.068 0.030 0.015 0.024 0.087 0.018 0.370 74 L 0.288 0.119 0.064 0.011 0.022 0.080 0.016 0.401 75 D 0.077 0.070 0.015 0.006 0.007 0.329 0.010 0.486 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 77 L 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.628 0.001 0.358 78 E 0.021 0.008 0.001 0.001 0.001 0.914 0.001 0.056 79 F 0.094 0.807 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.076 80 E 0.010 0.970 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 81 K 0.012 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 82 Q 0.046 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 83 I 0.083 0.838 0.004 0.001 0.001 0.002 0.041 0.028 84 G 0.217 0.399 0.041 0.005 0.004 0.012 0.193 0.129 85 I 0.398 0.110 0.093 0.016 0.006 0.029 0.064 0.285 86 P 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.985 87 K 0.137 0.009 0.025 0.044 0.043 0.079 0.020 0.643 88 P 0.018 0.001 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.965 89 D 0.028 0.007 0.026 0.139 0.072 0.195 0.004 0.530 90 S 0.015 0.001 0.003 0.002 0.003 0.018 0.001 0.959 91 A 0.018 0.001 0.006 0.003 0.003 0.897 0.003 0.070 92 K 0.842 0.001 0.007 0.005 0.003 0.071 0.033 0.037 93 E 0.094 0.005 0.282 0.042 0.039 0.148 0.008 0.381 94 L 0.004 0.001 0.498 0.122 0.180 0.058 0.001 0.136 95 I 0.004 0.001 0.739 0.070 0.135 0.016 0.001 0.035 96 F 0.001 0.001 0.732 0.094 0.117 0.010 0.001 0.044 97 Y 0.001 0.001 0.865 0.037 0.054 0.015 0.001 0.027 98 C 0.001 0.001 0.617 0.072 0.096 0.049 0.001 0.164 99 A 0.003 0.001 0.337 0.055 0.115 0.195 0.002 0.292 100 S 0.014 0.001 0.073 0.011 0.035 0.201 0.006 0.659 101 G 0.156 0.004 0.028 0.009 0.021 0.156 0.043 0.583 102 K 0.222 0.015 0.021 0.009 0.011 0.226 0.015 0.480 103 R 0.039 0.045 0.013 0.013 0.026 0.266 0.006 0.593 104 G 0.060 0.155 0.015 0.016 0.065 0.155 0.007 0.527 105 G 0.051 0.345 0.011 0.009 0.020 0.138 0.005 0.422 106 E 0.017 0.542 0.004 0.004 0.005 0.153 0.002 0.272 107 A 0.006 0.885 0.002 0.001 0.003 0.029 0.001 0.073 108 Q 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 109 K 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 110 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 A 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.014 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 113 S 0.033 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 114 H 0.080 0.563 0.004 0.001 0.001 0.007 0.287 0.058 115 G 0.671 0.059 0.024 0.002 0.001 0.004 0.163 0.075 116 Y 0.025 0.026 0.819 0.016 0.005 0.016 0.004 0.088 117 S 0.017 0.030 0.111 0.076 0.023 0.208 0.008 0.527 118 N 0.099 0.021 0.076 0.007 0.015 0.044 0.008 0.729 119 T 0.153 0.032 0.490 0.014 0.017 0.075 0.011 0.208 120 S 0.039 0.018 0.359 0.179 0.071 0.188 0.007 0.139 121 L 0.061 0.019 0.368 0.037 0.068 0.122 0.009 0.316 122 Y 0.033 0.017 0.419 0.087 0.118 0.145 0.004 0.177 123 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 124 G 0.016 0.004 0.017 0.007 0.021 0.347 0.006 0.581 125 S 0.551 0.008 0.011 0.003 0.005 0.154 0.013 0.256 126 M 0.078 0.137 0.041 0.023 0.034 0.159 0.006 0.521 127 N 0.022 0.092 0.013 0.018 0.042 0.207 0.003 0.602 128 D 0.058 0.342 0.021 0.009 0.019 0.146 0.004 0.402 129 W 0.058 0.743 0.010 0.005 0.016 0.034 0.009 0.125 130 V 0.031 0.913 0.004 0.004 0.010 0.005 0.004 0.030 131 S 0.042 0.900 0.004 0.003 0.005 0.005 0.011 0.030 132 H 0.215 0.571 0.005 0.004 0.005 0.005 0.104 0.091 133 G 0.429 0.162 0.018 0.007 0.007 0.016 0.166 0.196 134 G 0.135 0.066 0.081 0.030 0.018 0.077 0.045 0.548 135 D 0.008 0.003 0.010 0.005 0.005 0.023 0.002 0.943 136 K 0.042 0.006 0.018 0.013 0.016 0.066 0.003 0.835 137 L 0.119 0.021 0.056 0.042 0.051 0.153 0.004 0.554 138 D 0.072 0.037 0.048 0.059 0.073 0.143 0.006 0.564 139 L 0.063 0.040 0.045 0.044 0.076 0.079 0.006 0.646