# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.340 0.199 0.243 0.085 0.046 0.037 0.021 0.002 0.024 0.002 0.001 2 W 0.497 0.129 0.234 0.059 0.022 0.028 0.010 0.001 0.016 0.002 0.001 3 K 0.751 0.069 0.098 0.045 0.007 0.013 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 4 A 0.663 0.116 0.113 0.043 0.030 0.016 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 5 V 0.595 0.214 0.103 0.032 0.007 0.030 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 6 M 0.596 0.177 0.135 0.037 0.013 0.024 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 7 N 0.461 0.172 0.149 0.091 0.039 0.049 0.010 0.002 0.023 0.002 0.001 8 A 0.557 0.102 0.151 0.090 0.036 0.025 0.016 0.003 0.016 0.003 0.002 9 W 0.545 0.106 0.106 0.169 0.020 0.018 0.010 0.002 0.020 0.002 0.001 10 N 0.183 0.065 0.149 0.393 0.024 0.017 0.138 0.007 0.018 0.004 0.002 11 G 0.036 0.008 0.037 0.021 0.103 0.008 0.067 0.464 0.004 0.252 0.001 12 T 0.235 0.199 0.398 0.083 0.023 0.029 0.008 0.002 0.019 0.002 0.002 13 E 0.440 0.119 0.282 0.078 0.020 0.029 0.011 0.002 0.012 0.003 0.005 14 S 0.505 0.121 0.127 0.123 0.055 0.025 0.017 0.007 0.014 0.003 0.002 15 Q 0.348 0.205 0.155 0.207 0.034 0.020 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 16 S 0.234 0.196 0.312 0.060 0.048 0.044 0.033 0.004 0.060 0.006 0.003 17 K 0.689 0.048 0.154 0.067 0.012 0.009 0.009 0.002 0.006 0.002 0.003 18 N 0.345 0.091 0.169 0.225 0.037 0.051 0.045 0.014 0.018 0.005 0.001 19 V 0.405 0.166 0.219 0.135 0.022 0.014 0.015 0.002 0.019 0.001 0.001 20 S 0.354 0.134 0.228 0.131 0.032 0.024 0.057 0.012 0.016 0.008 0.003 21 N 0.175 0.126 0.190 0.263 0.060 0.062 0.075 0.025 0.018 0.006 0.002 22 I 0.118 0.336 0.399 0.054 0.029 0.030 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 23 Q 0.168 0.341 0.305 0.100 0.027 0.032 0.014 0.001 0.010 0.001 0.001 24 S 0.034 0.404 0.190 0.080 0.169 0.052 0.051 0.006 0.011 0.001 0.001 25 Y 0.013 0.618 0.176 0.017 0.149 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 26 S 0.003 0.109 0.554 0.003 0.014 0.208 0.002 0.001 0.106 0.001 0.001 27 F 0.931 0.002 0.051 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.989 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.974 0.006 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.953 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.836 0.007 0.017 0.127 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 35 G 0.589 0.010 0.035 0.129 0.022 0.009 0.118 0.051 0.006 0.030 0.001 36 K 0.376 0.033 0.072 0.478 0.006 0.007 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 37 H 0.177 0.051 0.134 0.473 0.022 0.035 0.053 0.034 0.013 0.006 0.002 38 D 0.018 0.157 0.300 0.010 0.033 0.013 0.037 0.001 0.426 0.005 0.001 39 P 0.574 0.002 0.376 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 40 N 0.109 0.035 0.040 0.705 0.022 0.011 0.057 0.015 0.004 0.001 0.001 41 V 0.003 0.656 0.207 0.010 0.081 0.005 0.012 0.001 0.026 0.001 0.001 42 V 0.010 0.633 0.281 0.002 0.013 0.049 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 43 L 0.003 0.435 0.374 0.005 0.007 0.164 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 44 V 0.018 0.791 0.084 0.008 0.047 0.038 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 45 D 0.012 0.270 0.406 0.010 0.062 0.167 0.020 0.002 0.046 0.004 0.002 46 V 0.077 0.364 0.306 0.065 0.056 0.088 0.020 0.002 0.017 0.001 0.004 47 R 0.056 0.492 0.199 0.062 0.142 0.016 0.004 0.001 0.024 0.003 0.001 48 E 0.003 0.105 0.468 0.001 0.022 0.057 0.004 0.001 0.337 0.002 0.001 49 P 0.752 0.001 0.201 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 50 S 0.797 0.045 0.049 0.076 0.005 0.005 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 51 E 0.667 0.090 0.068 0.141 0.010 0.010 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 52 Y 0.518 0.121 0.152 0.141 0.028 0.013 0.009 0.002 0.015 0.001 0.001 53 S 0.586 0.127 0.138 0.061 0.025 0.021 0.020 0.004 0.013 0.003 0.002 54 I 0.483 0.195 0.108 0.146 0.031 0.009 0.011 0.002 0.014 0.001 0.001 55 V 0.248 0.172 0.197 0.184 0.069 0.036 0.059 0.015 0.015 0.004 0.002 56 H 0.096 0.375 0.275 0.092 0.065 0.043 0.022 0.004 0.027 0.001 0.001 57 I 0.026 0.442 0.331 0.003 0.010 0.037 0.007 0.001 0.143 0.001 0.001 58 P 0.412 0.008 0.481 0.030 0.006 0.017 0.002 0.001 0.002 0.008 0.032 59 A 0.150 0.086 0.115 0.199 0.154 0.017 0.103 0.130 0.026 0.019 0.002 60 S 0.195 0.287 0.310 0.063 0.086 0.016 0.013 0.007 0.018 0.003 0.002 61 I 0.170 0.485 0.172 0.088 0.034 0.018 0.008 0.001 0.021 0.001 0.002 62 N 0.035 0.216 0.334 0.046 0.056 0.179 0.094 0.008 0.026 0.002 0.003 63 V 0.043 0.557 0.242 0.009 0.079 0.023 0.002 0.001 0.041 0.003 0.001 64 P 0.028 0.026 0.797 0.003 0.005 0.106 0.003 0.001 0.013 0.005 0.014 65 Y 0.471 0.086 0.261 0.101 0.019 0.029 0.007 0.003 0.015 0.003 0.005 66 R 0.418 0.104 0.156 0.123 0.050 0.021 0.056 0.036 0.013 0.019 0.004 67 S 0.252 0.121 0.136 0.368 0.051 0.027 0.018 0.007 0.015 0.003 0.002 68 H 0.042 0.193 0.424 0.012 0.057 0.019 0.008 0.001 0.240 0.004 0.001 69 P 0.740 0.003 0.206 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 70 D 0.474 0.052 0.085 0.316 0.015 0.015 0.020 0.009 0.011 0.001 0.001 71 A 0.623 0.045 0.098 0.163 0.017 0.009 0.023 0.008 0.010 0.003 0.001 72 F 0.214 0.142 0.211 0.311 0.024 0.032 0.042 0.005 0.014 0.002 0.002 73 A 0.142 0.156 0.359 0.100 0.055 0.054 0.099 0.009 0.015 0.007 0.004 74 L 0.168 0.141 0.480 0.116 0.042 0.026 0.004 0.003 0.014 0.004 0.002 75 D 0.009 0.074 0.538 0.004 0.020 0.107 0.003 0.001 0.243 0.002 0.001 76 P 0.974 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.973 0.004 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.952 0.007 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.976 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.987 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.985 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.917 0.003 0.009 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.540 0.027 0.071 0.315 0.003 0.006 0.027 0.001 0.010 0.001 0.001 84 G 0.200 0.017 0.079 0.088 0.044 0.017 0.223 0.217 0.007 0.107 0.002 85 I 0.111 0.176 0.565 0.040 0.015 0.025 0.013 0.001 0.049 0.002 0.002 86 P 0.289 0.024 0.506 0.085 0.006 0.031 0.007 0.003 0.005 0.005 0.038 87 K 0.028 0.146 0.433 0.019 0.146 0.026 0.017 0.007 0.156 0.021 0.001 88 P 0.361 0.010 0.512 0.035 0.004 0.019 0.001 0.001 0.002 0.006 0.049 89 D 0.131 0.191 0.307 0.131 0.056 0.046 0.031 0.008 0.091 0.007 0.002 90 S 0.698 0.028 0.172 0.060 0.012 0.005 0.008 0.002 0.006 0.004 0.004 91 A 0.074 0.034 0.041 0.719 0.011 0.015 0.095 0.008 0.004 0.001 0.001 92 K 0.021 0.352 0.382 0.058 0.063 0.024 0.072 0.004 0.022 0.001 0.001 93 E 0.022 0.297 0.598 0.025 0.009 0.034 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 94 L 0.011 0.745 0.177 0.012 0.016 0.031 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 95 I 0.006 0.791 0.110 0.004 0.058 0.022 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 96 F 0.004 0.797 0.087 0.003 0.072 0.026 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 97 Y 0.005 0.689 0.147 0.004 0.054 0.063 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 98 C 0.038 0.371 0.366 0.022 0.054 0.078 0.010 0.001 0.054 0.004 0.002 99 A 0.323 0.118 0.186 0.122 0.077 0.030 0.042 0.016 0.027 0.053 0.005 100 S 0.142 0.082 0.133 0.291 0.114 0.012 0.151 0.027 0.017 0.030 0.002 101 G 0.050 0.009 0.042 0.023 0.123 0.006 0.044 0.412 0.002 0.288 0.001 102 K 0.616 0.103 0.156 0.069 0.016 0.016 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 103 R 0.725 0.073 0.094 0.048 0.024 0.020 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 104 G 0.934 0.007 0.022 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 105 G 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.968 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.077 0.001 0.005 0.905 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.009 0.001 0.004 0.006 0.007 0.001 0.337 0.589 0.001 0.046 0.001 116 Y 0.118 0.219 0.455 0.121 0.016 0.039 0.017 0.002 0.009 0.002 0.001 117 S 0.178 0.155 0.377 0.202 0.024 0.032 0.010 0.004 0.011 0.003 0.003 118 N 0.108 0.185 0.159 0.159 0.150 0.074 0.105 0.031 0.021 0.005 0.002 119 T 0.035 0.679 0.181 0.019 0.046 0.019 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 120 S 0.052 0.550 0.271 0.031 0.040 0.034 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 121 L 0.059 0.406 0.313 0.055 0.030 0.099 0.008 0.001 0.027 0.001 0.002 122 Y 0.029 0.524 0.217 0.006 0.069 0.029 0.005 0.001 0.120 0.002 0.001 123 P 0.202 0.018 0.660 0.039 0.009 0.023 0.010 0.001 0.005 0.010 0.023 124 G 0.083 0.016 0.072 0.065 0.085 0.013 0.059 0.474 0.006 0.126 0.001 125 S 0.247 0.118 0.257 0.125 0.114 0.043 0.024 0.022 0.020 0.029 0.002 126 M 0.754 0.051 0.102 0.060 0.008 0.013 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 127 N 0.880 0.028 0.047 0.025 0.004 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 128 D 0.932 0.017 0.013 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 129 W 0.943 0.008 0.011 0.032 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 130 V 0.952 0.016 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 131 S 0.912 0.014 0.014 0.045 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 132 H 0.402 0.019 0.037 0.498 0.004 0.004 0.025 0.002 0.009 0.001 0.001 133 G 0.040 0.004 0.035 0.048 0.024 0.003 0.284 0.441 0.007 0.112 0.001 134 G 0.074 0.017 0.178 0.053 0.066 0.010 0.081 0.217 0.007 0.293 0.005 135 D 0.145 0.086 0.568 0.084 0.024 0.040 0.013 0.008 0.014 0.010 0.009 136 K 0.257 0.150 0.411 0.076 0.025 0.047 0.008 0.003 0.015 0.002 0.005 137 L 0.286 0.270 0.287 0.077 0.031 0.021 0.007 0.002 0.015 0.002 0.002 138 D 0.153 0.197 0.326 0.099 0.063 0.080 0.033 0.009 0.029 0.007 0.004 139 L 0.209 0.278 0.289 0.078 0.068 0.028 0.014 0.003 0.026 0.004 0.002