# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.162 0.054 0.013 0.150 0.016 0.034 0.235 0.100 0.088 0.049 2 W 0.095 0.182 0.052 0.017 0.183 0.020 0.031 0.246 0.092 0.047 0.035 3 K 0.069 0.093 0.030 0.015 0.125 0.022 0.044 0.391 0.135 0.051 0.027 4 A 0.093 0.082 0.024 0.009 0.145 0.013 0.049 0.388 0.099 0.069 0.030 5 V 0.148 0.128 0.019 0.006 0.239 0.008 0.030 0.293 0.058 0.041 0.031 6 M 0.118 0.083 0.022 0.011 0.174 0.017 0.034 0.353 0.098 0.051 0.039 7 N 0.078 0.099 0.034 0.015 0.172 0.019 0.046 0.333 0.118 0.050 0.037 8 A 0.084 0.077 0.043 0.014 0.120 0.018 0.064 0.315 0.115 0.108 0.042 9 W 0.077 0.084 0.041 0.020 0.105 0.033 0.094 0.266 0.114 0.117 0.049 10 N 0.038 0.250 0.123 0.074 0.090 0.049 0.079 0.106 0.058 0.099 0.035 11 G 0.047 0.090 0.145 0.149 0.052 0.029 0.020 0.059 0.049 0.271 0.088 12 T 0.078 0.251 0.110 0.025 0.185 0.016 0.029 0.138 0.091 0.049 0.027 13 E 0.045 0.099 0.044 0.020 0.076 0.042 0.064 0.293 0.205 0.077 0.035 14 S 0.071 0.084 0.042 0.014 0.112 0.017 0.063 0.271 0.150 0.136 0.041 15 Q 0.067 0.143 0.058 0.018 0.111 0.028 0.051 0.155 0.111 0.213 0.043 16 S 0.120 0.256 0.098 0.017 0.265 0.011 0.014 0.082 0.045 0.042 0.051 17 K 0.040 0.091 0.028 0.013 0.094 0.027 0.062 0.330 0.226 0.068 0.020 18 N 0.113 0.079 0.046 0.011 0.163 0.016 0.055 0.169 0.098 0.198 0.053 19 V 0.126 0.113 0.031 0.013 0.152 0.017 0.026 0.204 0.155 0.117 0.047 20 S 0.049 0.116 0.066 0.053 0.088 0.074 0.111 0.224 0.105 0.082 0.032 21 N 0.156 0.082 0.036 0.022 0.178 0.019 0.032 0.102 0.074 0.223 0.075 22 I 0.159 0.172 0.029 0.014 0.351 0.018 0.028 0.089 0.065 0.042 0.034 23 Q 0.082 0.183 0.066 0.018 0.253 0.044 0.088 0.131 0.050 0.039 0.044 24 S 0.317 0.073 0.014 0.004 0.302 0.004 0.012 0.032 0.017 0.102 0.123 25 Y 0.046 0.478 0.123 0.008 0.229 0.023 0.019 0.013 0.006 0.021 0.033 26 S 0.085 0.540 0.166 0.001 0.182 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.018 27 F 0.005 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.531 0.422 0.011 0.003 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.871 0.117 0.002 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.047 0.018 0.001 30 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.855 0.107 0.033 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.887 0.106 0.001 0.001 32 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.899 0.072 0.011 0.001 33 I 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.044 0.829 0.062 0.050 0.001 34 V 0.019 0.094 0.029 0.009 0.046 0.015 0.069 0.466 0.187 0.055 0.011 35 G 0.018 0.012 0.011 0.009 0.018 0.039 0.086 0.327 0.222 0.217 0.041 36 K 0.055 0.176 0.079 0.014 0.151 0.018 0.082 0.190 0.101 0.114 0.019 37 H 0.106 0.083 0.049 0.025 0.120 0.055 0.101 0.052 0.074 0.253 0.082 38 D 0.313 0.078 0.018 0.002 0.518 0.001 0.001 0.004 0.009 0.007 0.048 39 P 0.025 0.058 0.023 0.017 0.055 0.039 0.106 0.162 0.453 0.049 0.012 40 N 0.067 0.032 0.018 0.012 0.043 0.038 0.166 0.023 0.039 0.452 0.111 41 V 0.110 0.166 0.001 0.001 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 42 V 0.066 0.062 0.001 0.001 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.536 0.007 0.001 0.001 0.430 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 44 V 0.163 0.121 0.011 0.014 0.596 0.031 0.013 0.002 0.003 0.005 0.040 45 D 0.184 0.117 0.045 0.004 0.562 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.071 46 V 0.313 0.104 0.007 0.003 0.374 0.004 0.009 0.015 0.028 0.059 0.084 47 R 0.057 0.206 0.213 0.034 0.196 0.059 0.071 0.022 0.023 0.054 0.067 48 E 0.135 0.379 0.143 0.004 0.290 0.002 0.001 0.005 0.003 0.006 0.031 49 P 0.035 0.064 0.013 0.004 0.060 0.007 0.013 0.273 0.470 0.048 0.014 50 S 0.009 0.037 0.018 0.008 0.017 0.025 0.055 0.493 0.290 0.044 0.006 51 E 0.045 0.042 0.012 0.004 0.052 0.007 0.037 0.509 0.145 0.123 0.023 52 Y 0.082 0.058 0.021 0.009 0.107 0.018 0.027 0.397 0.154 0.097 0.030 53 S 0.053 0.066 0.024 0.026 0.079 0.053 0.072 0.377 0.167 0.062 0.021 54 I 0.087 0.063 0.024 0.017 0.121 0.029 0.106 0.260 0.113 0.137 0.042 55 V 0.109 0.242 0.046 0.012 0.354 0.011 0.027 0.081 0.031 0.057 0.031 56 H 0.201 0.156 0.072 0.017 0.231 0.014 0.030 0.066 0.033 0.085 0.097 57 I 0.090 0.339 0.211 0.020 0.206 0.009 0.009 0.031 0.020 0.016 0.048 58 P 0.041 0.178 0.057 0.035 0.086 0.060 0.146 0.219 0.118 0.042 0.018 59 A 0.075 0.067 0.061 0.033 0.074 0.032 0.049 0.127 0.137 0.275 0.071 60 S 0.138 0.138 0.029 0.013 0.275 0.016 0.032 0.121 0.107 0.089 0.041 61 I 0.088 0.183 0.071 0.022 0.227 0.037 0.085 0.129 0.068 0.056 0.035 62 N 0.193 0.107 0.046 0.015 0.210 0.013 0.025 0.050 0.036 0.165 0.141 63 V 0.062 0.447 0.105 0.014 0.250 0.011 0.016 0.030 0.018 0.022 0.026 64 P 0.143 0.303 0.106 0.012 0.256 0.009 0.013 0.059 0.032 0.028 0.038 65 Y 0.057 0.076 0.019 0.009 0.088 0.017 0.032 0.313 0.303 0.060 0.026 66 R 0.033 0.060 0.032 0.016 0.071 0.026 0.067 0.398 0.175 0.100 0.021 67 S 0.062 0.076 0.031 0.011 0.090 0.017 0.069 0.199 0.083 0.318 0.045 68 H 0.078 0.332 0.167 0.012 0.220 0.007 0.009 0.075 0.026 0.032 0.041 69 P 0.021 0.069 0.025 0.015 0.035 0.032 0.060 0.495 0.191 0.042 0.015 70 D 0.055 0.092 0.037 0.011 0.078 0.020 0.061 0.291 0.162 0.161 0.032 71 A 0.051 0.090 0.023 0.010 0.098 0.011 0.031 0.331 0.214 0.118 0.025 72 F 0.035 0.053 0.026 0.017 0.055 0.036 0.077 0.361 0.177 0.130 0.034 73 A 0.103 0.159 0.046 0.010 0.191 0.011 0.037 0.180 0.065 0.136 0.062 74 L 0.037 0.296 0.158 0.017 0.110 0.043 0.060 0.088 0.033 0.118 0.039 75 D 0.090 0.483 0.170 0.002 0.210 0.001 0.001 0.016 0.003 0.009 0.016 76 P 0.004 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.626 0.330 0.012 0.002 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.887 0.097 0.004 0.001 78 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.043 0.017 0.001 79 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.838 0.111 0.041 0.001 80 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.849 0.132 0.004 0.001 81 K 0.002 0.005 0.004 0.001 0.004 0.002 0.033 0.836 0.083 0.029 0.001 82 Q 0.018 0.008 0.008 0.003 0.011 0.008 0.091 0.656 0.091 0.101 0.005 83 I 0.072 0.316 0.061 0.018 0.136 0.016 0.040 0.152 0.091 0.068 0.029 84 G 0.036 0.045 0.045 0.048 0.036 0.053 0.088 0.163 0.155 0.255 0.076 85 I 0.080 0.211 0.196 0.016 0.188 0.011 0.038 0.086 0.069 0.073 0.033 86 P 0.069 0.217 0.071 0.031 0.127 0.044 0.127 0.091 0.100 0.082 0.040 87 K 0.092 0.214 0.231 0.055 0.176 0.015 0.023 0.034 0.034 0.070 0.055 88 P 0.077 0.177 0.064 0.025 0.211 0.032 0.076 0.106 0.124 0.077 0.030 89 D 0.207 0.132 0.177 0.025 0.311 0.009 0.007 0.018 0.035 0.028 0.050 90 S 0.016 0.049 0.028 0.018 0.030 0.027 0.144 0.213 0.424 0.042 0.009 91 A 0.072 0.027 0.019 0.009 0.035 0.018 0.044 0.025 0.063 0.554 0.135 92 K 0.059 0.514 0.009 0.003 0.371 0.004 0.006 0.003 0.004 0.010 0.017 93 E 0.242 0.081 0.006 0.003 0.602 0.007 0.009 0.002 0.002 0.011 0.034 94 L 0.164 0.034 0.001 0.001 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 95 I 0.125 0.022 0.001 0.001 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 96 F 0.321 0.019 0.002 0.001 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 97 Y 0.297 0.061 0.011 0.013 0.405 0.018 0.008 0.003 0.003 0.022 0.159 98 C 0.132 0.175 0.191 0.061 0.255 0.031 0.016 0.016 0.013 0.022 0.090 99 A 0.107 0.045 0.027 0.052 0.082 0.100 0.090 0.172 0.111 0.140 0.074 100 S 0.013 0.161 0.160 0.219 0.028 0.099 0.068 0.067 0.050 0.108 0.026 101 G 0.030 0.044 0.075 0.200 0.031 0.034 0.011 0.114 0.068 0.284 0.110 102 K 0.037 0.113 0.059 0.018 0.081 0.029 0.048 0.433 0.109 0.054 0.020 103 R 0.054 0.110 0.052 0.021 0.046 0.019 0.031 0.441 0.086 0.108 0.033 104 G 0.011 0.022 0.013 0.010 0.015 0.005 0.007 0.832 0.062 0.016 0.007 105 G 0.001 0.005 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.916 0.062 0.003 0.001 106 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.029 0.004 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.024 0.006 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.020 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.890 0.097 0.008 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.767 0.179 0.034 0.001 113 S 0.004 0.013 0.013 0.003 0.007 0.007 0.190 0.651 0.071 0.040 0.002 114 H 0.010 0.653 0.228 0.009 0.040 0.006 0.019 0.011 0.007 0.011 0.005 115 G 0.084 0.010 0.015 0.018 0.019 0.009 0.007 0.012 0.017 0.386 0.422 116 Y 0.215 0.144 0.069 0.026 0.200 0.025 0.030 0.071 0.073 0.085 0.062 117 S 0.034 0.079 0.044 0.050 0.065 0.195 0.275 0.105 0.083 0.049 0.022 118 N 0.234 0.080 0.049 0.035 0.229 0.031 0.029 0.046 0.050 0.143 0.073 119 T 0.186 0.166 0.016 0.004 0.476 0.008 0.012 0.036 0.034 0.031 0.029 120 S 0.150 0.172 0.042 0.002 0.574 0.002 0.004 0.009 0.005 0.005 0.036 121 L 0.317 0.140 0.035 0.010 0.272 0.009 0.017 0.033 0.019 0.044 0.104 122 Y 0.042 0.314 0.310 0.052 0.119 0.030 0.026 0.030 0.015 0.022 0.038 123 P 0.040 0.134 0.049 0.078 0.059 0.068 0.158 0.185 0.085 0.110 0.035 124 G 0.015 0.081 0.246 0.205 0.031 0.050 0.031 0.059 0.050 0.193 0.039 125 S 0.064 0.348 0.157 0.017 0.128 0.011 0.014 0.108 0.050 0.075 0.027 126 M 0.020 0.035 0.013 0.003 0.028 0.005 0.006 0.509 0.291 0.076 0.013 127 N 0.012 0.033 0.014 0.007 0.015 0.010 0.011 0.729 0.141 0.022 0.006 128 D 0.008 0.025 0.006 0.001 0.014 0.002 0.011 0.845 0.071 0.015 0.004 129 W 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.828 0.124 0.026 0.001 130 V 0.006 0.006 0.003 0.001 0.008 0.004 0.020 0.733 0.188 0.026 0.004 131 S 0.007 0.011 0.009 0.005 0.013 0.020 0.069 0.673 0.104 0.081 0.006 132 H 0.014 0.411 0.227 0.026 0.048 0.028 0.086 0.085 0.028 0.038 0.010 133 G 0.041 0.104 0.107 0.122 0.039 0.028 0.019 0.021 0.026 0.298 0.194 134 G 0.069 0.108 0.191 0.149 0.050 0.031 0.036 0.049 0.055 0.184 0.076 135 D 0.069 0.254 0.189 0.039 0.146 0.024 0.037 0.058 0.062 0.076 0.046 136 K 0.096 0.249 0.080 0.017 0.199 0.029 0.057 0.084 0.085 0.056 0.047 137 L 0.103 0.256 0.075 0.019 0.244 0.024 0.038 0.084 0.059 0.058 0.041 138 D 0.137 0.185 0.106 0.024 0.245 0.019 0.023 0.081 0.049 0.069 0.063 139 L 0.105 0.145 0.050 0.017 0.185 0.023 0.040 0.185 0.122 0.086 0.042