# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.457 0.215 0.169 0.088 0.050 0.018 0.002 2 W 0.299 0.221 0.189 0.180 0.074 0.032 0.004 3 K 0.470 0.228 0.177 0.080 0.030 0.013 0.002 4 A 0.288 0.261 0.214 0.131 0.068 0.032 0.006 5 V 0.102 0.113 0.138 0.208 0.231 0.170 0.038 6 M 0.101 0.111 0.129 0.195 0.217 0.189 0.058 7 N 0.165 0.188 0.173 0.186 0.141 0.108 0.038 8 A 0.154 0.164 0.162 0.182 0.170 0.123 0.045 9 W 0.136 0.127 0.133 0.192 0.194 0.161 0.058 10 N 0.227 0.202 0.166 0.159 0.124 0.091 0.031 11 G 0.239 0.216 0.172 0.161 0.116 0.078 0.018 12 T 0.286 0.205 0.182 0.153 0.110 0.052 0.012 13 E 0.379 0.293 0.137 0.119 0.048 0.021 0.004 14 S 0.380 0.230 0.174 0.113 0.071 0.029 0.003 15 Q 0.278 0.207 0.184 0.181 0.103 0.042 0.005 16 S 0.394 0.309 0.157 0.095 0.034 0.010 0.001 17 K 0.334 0.303 0.155 0.135 0.056 0.016 0.001 18 N 0.289 0.237 0.196 0.160 0.087 0.030 0.002 19 V 0.216 0.190 0.218 0.221 0.120 0.032 0.003 20 S 0.465 0.307 0.130 0.072 0.021 0.006 0.001 21 N 0.329 0.277 0.196 0.115 0.061 0.020 0.002 22 I 0.154 0.169 0.213 0.246 0.147 0.064 0.006 23 Q 0.230 0.285 0.221 0.154 0.072 0.034 0.003 24 S 0.117 0.238 0.258 0.210 0.129 0.045 0.004 25 Y 0.034 0.072 0.150 0.262 0.275 0.192 0.016 26 S 0.059 0.195 0.246 0.238 0.174 0.078 0.011 27 F 0.016 0.041 0.125 0.315 0.341 0.148 0.013 28 E 0.219 0.405 0.271 0.078 0.019 0.007 0.001 29 D 0.027 0.155 0.342 0.316 0.134 0.024 0.002 30 M 0.004 0.006 0.012 0.065 0.403 0.480 0.030 31 K 0.033 0.175 0.387 0.314 0.075 0.014 0.001 32 R 0.187 0.516 0.236 0.047 0.011 0.003 0.001 33 I 0.020 0.092 0.249 0.406 0.192 0.040 0.001 34 V 0.022 0.054 0.115 0.316 0.386 0.105 0.003 35 G 0.341 0.448 0.170 0.034 0.006 0.001 0.001 36 K 0.589 0.308 0.076 0.022 0.004 0.001 0.001 37 H 0.529 0.351 0.093 0.022 0.004 0.001 0.001 38 D 0.375 0.329 0.198 0.078 0.018 0.002 0.001 39 P 0.317 0.402 0.183 0.081 0.015 0.002 0.001 40 N 0.090 0.295 0.353 0.172 0.074 0.016 0.001 41 V 0.001 0.009 0.061 0.187 0.500 0.235 0.007 42 V 0.001 0.002 0.009 0.041 0.209 0.581 0.158 43 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.340 0.629 44 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.336 0.634 45 D 0.001 0.004 0.021 0.123 0.267 0.328 0.258 46 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.123 0.506 0.354 47 R 0.004 0.026 0.108 0.252 0.348 0.227 0.036 48 E 0.122 0.350 0.270 0.170 0.057 0.029 0.003 49 P 0.170 0.245 0.272 0.195 0.093 0.024 0.001 50 S 0.420 0.336 0.146 0.071 0.020 0.007 0.001 51 E 0.139 0.236 0.228 0.209 0.153 0.033 0.001 52 Y 0.132 0.131 0.203 0.279 0.180 0.070 0.004 53 S 0.356 0.299 0.197 0.100 0.036 0.012 0.001 54 I 0.325 0.279 0.190 0.127 0.055 0.020 0.003 55 V 0.203 0.216 0.206 0.166 0.133 0.069 0.008 56 H 0.088 0.143 0.209 0.236 0.188 0.112 0.024 57 I 0.065 0.075 0.116 0.192 0.251 0.240 0.060 58 P 0.124 0.232 0.218 0.209 0.131 0.067 0.018 59 A 0.083 0.169 0.216 0.237 0.160 0.098 0.036 60 S 0.027 0.032 0.056 0.106 0.230 0.390 0.159 61 I 0.035 0.084 0.125 0.223 0.233 0.230 0.071 62 N 0.054 0.111 0.161 0.200 0.224 0.193 0.057 63 V 0.041 0.067 0.103 0.199 0.245 0.270 0.075 64 P 0.078 0.179 0.225 0.223 0.173 0.101 0.021 65 Y 0.058 0.089 0.146 0.275 0.266 0.149 0.019 66 R 0.357 0.323 0.193 0.086 0.027 0.012 0.002 67 S 0.282 0.341 0.202 0.111 0.047 0.016 0.002 68 H 0.097 0.101 0.137 0.270 0.278 0.109 0.008 69 P 0.320 0.293 0.216 0.123 0.036 0.011 0.001 70 D 0.457 0.299 0.147 0.069 0.022 0.006 0.001 71 A 0.269 0.271 0.200 0.157 0.078 0.024 0.002 72 F 0.187 0.191 0.214 0.210 0.137 0.058 0.003 73 A 0.294 0.264 0.224 0.132 0.066 0.019 0.001 74 L 0.217 0.298 0.213 0.191 0.062 0.018 0.001 75 D 0.376 0.316 0.167 0.081 0.044 0.014 0.001 76 P 0.346 0.302 0.205 0.111 0.030 0.005 0.001 77 L 0.474 0.379 0.091 0.045 0.009 0.002 0.001 78 E 0.093 0.255 0.339 0.211 0.089 0.013 0.001 79 F 0.014 0.022 0.061 0.222 0.505 0.171 0.006 80 E 0.101 0.348 0.336 0.175 0.035 0.005 0.001 81 K 0.317 0.496 0.128 0.044 0.012 0.002 0.001 82 Q 0.068 0.180 0.304 0.283 0.137 0.026 0.001 83 I 0.032 0.049 0.111 0.309 0.361 0.131 0.007 84 G 0.234 0.433 0.234 0.074 0.021 0.004 0.001 85 I 0.323 0.328 0.192 0.112 0.037 0.007 0.001 86 P 0.385 0.314 0.188 0.081 0.027 0.005 0.001 87 K 0.490 0.360 0.098 0.042 0.008 0.002 0.001 88 P 0.282 0.271 0.243 0.130 0.068 0.007 0.001 89 D 0.337 0.504 0.089 0.061 0.008 0.001 0.001 90 S 0.334 0.360 0.183 0.079 0.042 0.003 0.001 91 A 0.175 0.488 0.137 0.163 0.030 0.006 0.001 92 K 0.040 0.136 0.278 0.307 0.208 0.031 0.001 93 E 0.010 0.087 0.275 0.384 0.193 0.048 0.003 94 L 0.001 0.003 0.016 0.063 0.305 0.549 0.064 95 I 0.001 0.003 0.010 0.027 0.110 0.521 0.329 96 F 0.001 0.002 0.004 0.013 0.038 0.329 0.614 97 Y 0.001 0.003 0.006 0.022 0.067 0.303 0.598 98 C 0.003 0.009 0.022 0.078 0.172 0.333 0.383 99 A 0.017 0.050 0.099 0.131 0.177 0.292 0.235 100 S 0.017 0.050 0.084 0.142 0.196 0.328 0.183 101 G 0.019 0.051 0.091 0.166 0.252 0.295 0.127 102 K 0.047 0.129 0.168 0.203 0.204 0.175 0.074 103 R 0.022 0.055 0.110 0.197 0.243 0.243 0.129 104 G 0.005 0.009 0.021 0.050 0.159 0.434 0.321 105 G 0.015 0.057 0.122 0.200 0.269 0.235 0.101 106 E 0.011 0.059 0.132 0.258 0.269 0.173 0.099 107 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.060 0.443 0.477 108 Q 0.002 0.009 0.031 0.095 0.218 0.386 0.259 109 K 0.014 0.104 0.175 0.264 0.209 0.158 0.076 110 V 0.008 0.029 0.086 0.216 0.291 0.283 0.087 111 A 0.004 0.008 0.015 0.042 0.160 0.514 0.257 112 S 0.021 0.105 0.182 0.311 0.237 0.121 0.023 113 S 0.077 0.228 0.241 0.235 0.143 0.064 0.013 114 H 0.048 0.142 0.202 0.276 0.179 0.136 0.017 115 G 0.048 0.125 0.173 0.218 0.258 0.148 0.030 116 Y 0.026 0.077 0.156 0.303 0.270 0.144 0.024 117 S 0.159 0.304 0.281 0.153 0.067 0.031 0.006 118 N 0.038 0.160 0.251 0.284 0.169 0.081 0.016 119 T 0.007 0.011 0.026 0.081 0.301 0.457 0.116 120 S 0.020 0.084 0.161 0.227 0.221 0.211 0.077 121 L 0.013 0.034 0.060 0.134 0.209 0.353 0.198 122 Y 0.007 0.022 0.046 0.126 0.246 0.373 0.180 123 P 0.042 0.142 0.222 0.227 0.165 0.136 0.067 124 G 0.026 0.070 0.138 0.198 0.237 0.255 0.076 125 S 0.010 0.024 0.051 0.110 0.238 0.411 0.156 126 M 0.020 0.055 0.100 0.188 0.261 0.294 0.082 127 N 0.113 0.277 0.257 0.198 0.110 0.036 0.009 128 D 0.088 0.311 0.256 0.234 0.077 0.029 0.005 129 W 0.017 0.026 0.071 0.193 0.440 0.239 0.014 130 V 0.053 0.140 0.234 0.288 0.212 0.069 0.004 131 S 0.276 0.388 0.205 0.095 0.029 0.006 0.001 132 H 0.340 0.322 0.185 0.113 0.035 0.006 0.001 133 G 0.374 0.285 0.188 0.106 0.037 0.009 0.001 134 G 0.602 0.249 0.106 0.034 0.008 0.001 0.001 135 D 0.725 0.221 0.039 0.012 0.002 0.001 0.001 136 K 0.531 0.280 0.120 0.050 0.017 0.002 0.001 137 L 0.337 0.261 0.187 0.154 0.053 0.008 0.001 138 D 0.608 0.253 0.094 0.035 0.008 0.001 0.001 139 L 0.588 0.277 0.080 0.041 0.012 0.002 0.001