# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2643 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.105 0.104 0.138 0.145 0.124 0.084 0.060 0.034 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 2 W 0.155 0.110 0.121 0.156 0.148 0.110 0.080 0.055 0.034 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 3 K 0.282 0.148 0.138 0.121 0.096 0.077 0.052 0.032 0.025 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 4 A 0.179 0.118 0.112 0.122 0.132 0.113 0.079 0.054 0.040 0.025 0.016 0.007 0.003 0.002 5 V 0.064 0.047 0.061 0.087 0.125 0.135 0.127 0.127 0.082 0.063 0.041 0.023 0.013 0.005 6 M 0.063 0.045 0.054 0.082 0.116 0.122 0.120 0.125 0.098 0.074 0.047 0.032 0.014 0.007 7 N 0.107 0.073 0.078 0.095 0.105 0.108 0.098 0.097 0.086 0.062 0.049 0.026 0.010 0.006 8 A 0.081 0.060 0.075 0.095 0.127 0.118 0.119 0.104 0.077 0.058 0.049 0.021 0.009 0.006 9 W 0.062 0.051 0.066 0.089 0.133 0.128 0.122 0.114 0.088 0.065 0.043 0.020 0.011 0.006 10 N 0.088 0.067 0.074 0.103 0.131 0.127 0.115 0.108 0.074 0.056 0.031 0.015 0.008 0.004 11 G 0.111 0.094 0.095 0.127 0.146 0.122 0.107 0.081 0.052 0.035 0.017 0.008 0.003 0.002 12 T 0.150 0.108 0.119 0.125 0.129 0.110 0.089 0.069 0.045 0.028 0.017 0.006 0.003 0.002 13 E 0.291 0.148 0.134 0.132 0.101 0.069 0.053 0.032 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 14 S 0.277 0.169 0.133 0.135 0.105 0.073 0.049 0.026 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.164 0.120 0.110 0.144 0.158 0.119 0.080 0.051 0.028 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 16 S 0.418 0.188 0.132 0.091 0.065 0.043 0.031 0.012 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 17 K 0.359 0.183 0.129 0.115 0.082 0.063 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 18 N 0.203 0.146 0.130 0.151 0.147 0.095 0.062 0.030 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 19 V 0.146 0.112 0.116 0.154 0.166 0.122 0.076 0.049 0.032 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 20 S 0.440 0.184 0.119 0.080 0.057 0.050 0.033 0.014 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 21 N 0.223 0.159 0.127 0.143 0.126 0.104 0.053 0.027 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 22 I 0.090 0.078 0.088 0.132 0.165 0.149 0.112 0.083 0.049 0.028 0.014 0.008 0.004 0.001 23 Q 0.144 0.099 0.121 0.145 0.155 0.120 0.088 0.057 0.036 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 24 S 0.154 0.110 0.101 0.136 0.143 0.122 0.083 0.058 0.046 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 25 Y 0.182 0.106 0.093 0.119 0.150 0.114 0.084 0.076 0.034 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 26 S 0.121 0.117 0.146 0.163 0.156 0.124 0.072 0.040 0.040 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 27 F 0.035 0.049 0.074 0.153 0.204 0.179 0.133 0.089 0.055 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 28 E 0.611 0.192 0.119 0.039 0.020 0.010 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.187 0.293 0.259 0.125 0.061 0.053 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.009 0.014 0.018 0.081 0.164 0.218 0.250 0.153 0.070 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 31 K 0.079 0.216 0.280 0.192 0.121 0.070 0.025 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.621 0.245 0.085 0.023 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.031 0.069 0.093 0.286 0.241 0.169 0.071 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.043 0.061 0.077 0.202 0.275 0.173 0.094 0.055 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.567 0.236 0.131 0.037 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.638 0.168 0.108 0.044 0.021 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.367 0.168 0.259 0.102 0.055 0.024 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.331 0.218 0.251 0.095 0.051 0.031 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.158 0.211 0.221 0.162 0.104 0.073 0.043 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 40 N 0.022 0.060 0.068 0.163 0.230 0.187 0.111 0.081 0.048 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 41 V 0.003 0.004 0.008 0.018 0.045 0.083 0.157 0.161 0.204 0.151 0.072 0.058 0.029 0.007 42 V 0.002 0.002 0.004 0.007 0.021 0.038 0.081 0.135 0.160 0.168 0.198 0.113 0.047 0.024 43 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.022 0.047 0.103 0.152 0.185 0.237 0.146 0.085 44 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.018 0.038 0.111 0.199 0.159 0.251 0.152 0.053 45 D 0.002 0.005 0.006 0.014 0.033 0.051 0.130 0.162 0.148 0.155 0.144 0.072 0.033 0.044 46 V 0.002 0.003 0.005 0.009 0.024 0.047 0.091 0.137 0.171 0.143 0.219 0.069 0.049 0.030 47 R 0.014 0.041 0.056 0.118 0.156 0.159 0.129 0.133 0.085 0.054 0.025 0.014 0.009 0.006 48 E 0.082 0.122 0.119 0.177 0.139 0.126 0.096 0.052 0.047 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 49 P 0.154 0.143 0.217 0.141 0.125 0.096 0.056 0.028 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 50 S 0.455 0.184 0.141 0.073 0.052 0.042 0.028 0.009 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.204 0.150 0.108 0.140 0.138 0.116 0.074 0.034 0.021 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.096 0.073 0.073 0.126 0.169 0.150 0.120 0.094 0.048 0.025 0.014 0.008 0.003 0.001 53 S 0.307 0.149 0.141 0.103 0.086 0.077 0.050 0.031 0.028 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 54 I 0.136 0.084 0.083 0.125 0.141 0.126 0.091 0.076 0.054 0.036 0.022 0.016 0.007 0.003 55 V 0.079 0.061 0.069 0.094 0.131 0.135 0.126 0.105 0.075 0.057 0.038 0.019 0.008 0.004 56 H 0.058 0.048 0.063 0.102 0.144 0.129 0.130 0.121 0.078 0.061 0.033 0.019 0.008 0.006 57 I 0.035 0.026 0.029 0.046 0.075 0.098 0.111 0.124 0.141 0.118 0.101 0.057 0.029 0.012 58 P 0.067 0.069 0.084 0.098 0.114 0.115 0.111 0.107 0.078 0.066 0.051 0.022 0.010 0.008 59 A 0.046 0.042 0.054 0.078 0.112 0.110 0.114 0.117 0.101 0.089 0.062 0.044 0.018 0.013 60 S 0.023 0.021 0.025 0.038 0.058 0.093 0.101 0.132 0.157 0.135 0.097 0.061 0.045 0.016 61 I 0.028 0.027 0.040 0.062 0.102 0.113 0.153 0.153 0.109 0.094 0.062 0.035 0.013 0.009 62 N 0.043 0.052 0.060 0.079 0.113 0.117 0.120 0.111 0.119 0.079 0.062 0.025 0.011 0.010 63 V 0.048 0.039 0.051 0.070 0.097 0.117 0.115 0.127 0.109 0.091 0.073 0.034 0.022 0.008 64 P 0.077 0.101 0.117 0.160 0.165 0.125 0.096 0.071 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 0.002 65 Y 0.056 0.057 0.070 0.105 0.138 0.146 0.122 0.112 0.098 0.050 0.023 0.013 0.006 0.003 66 R 0.284 0.170 0.150 0.127 0.100 0.063 0.051 0.024 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 67 S 0.344 0.214 0.144 0.100 0.069 0.065 0.031 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 68 H 0.118 0.113 0.105 0.158 0.175 0.139 0.091 0.051 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 69 P 0.326 0.188 0.162 0.126 0.081 0.052 0.036 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.458 0.193 0.137 0.076 0.051 0.041 0.024 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.237 0.159 0.124 0.145 0.140 0.090 0.056 0.023 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 72 F 0.169 0.118 0.116 0.166 0.173 0.116 0.068 0.041 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 73 A 0.303 0.153 0.129 0.121 0.118 0.072 0.052 0.022 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 74 L 0.267 0.161 0.134 0.149 0.126 0.075 0.041 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.418 0.181 0.132 0.089 0.070 0.050 0.033 0.010 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.258 0.172 0.163 0.130 0.109 0.081 0.052 0.016 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.480 0.179 0.100 0.101 0.070 0.036 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.374 0.272 0.140 0.089 0.056 0.043 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.051 0.053 0.070 0.156 0.227 0.193 0.120 0.071 0.042 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 80 E 0.290 0.223 0.206 0.115 0.077 0.044 0.025 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.583 0.230 0.091 0.037 0.019 0.027 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.076 0.115 0.148 0.212 0.208 0.137 0.062 0.021 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.074 0.075 0.086 0.186 0.239 0.159 0.088 0.058 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 84 G 0.519 0.203 0.148 0.056 0.031 0.024 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.293 0.158 0.177 0.142 0.105 0.066 0.033 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.345 0.178 0.159 0.132 0.089 0.048 0.032 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.481 0.235 0.143 0.066 0.035 0.027 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.310 0.180 0.135 0.145 0.119 0.061 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.339 0.214 0.167 0.130 0.080 0.034 0.025 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.341 0.246 0.161 0.109 0.055 0.052 0.023 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.206 0.174 0.264 0.138 0.094 0.053 0.043 0.009 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 K 0.021 0.068 0.096 0.162 0.178 0.188 0.112 0.081 0.054 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 93 E 0.004 0.010 0.016 0.050 0.100 0.146 0.167 0.176 0.137 0.097 0.038 0.037 0.014 0.007 94 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.018 0.049 0.075 0.167 0.189 0.203 0.175 0.080 0.031 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.030 0.088 0.141 0.242 0.260 0.148 0.073 96 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.050 0.115 0.211 0.300 0.196 0.108 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.029 0.089 0.157 0.168 0.268 0.170 0.101 98 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.048 0.085 0.133 0.186 0.220 0.147 0.084 0.067 99 A 0.003 0.009 0.014 0.025 0.043 0.066 0.105 0.147 0.162 0.152 0.142 0.067 0.035 0.030 100 S 0.009 0.020 0.031 0.059 0.098 0.124 0.133 0.140 0.138 0.111 0.072 0.035 0.018 0.012 101 G 0.031 0.062 0.085 0.120 0.136 0.138 0.124 0.111 0.087 0.059 0.025 0.015 0.005 0.003 102 K 0.123 0.139 0.144 0.125 0.122 0.105 0.090 0.069 0.042 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 103 R 0.074 0.075 0.084 0.107 0.146 0.149 0.135 0.098 0.070 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 104 G 0.039 0.035 0.047 0.082 0.122 0.160 0.163 0.168 0.086 0.051 0.027 0.010 0.006 0.003 105 G 0.159 0.137 0.110 0.149 0.134 0.101 0.081 0.056 0.034 0.022 0.009 0.006 0.003 0.001 106 E 0.129 0.154 0.153 0.164 0.140 0.100 0.066 0.047 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 107 A 0.016 0.015 0.021 0.047 0.088 0.154 0.207 0.202 0.120 0.055 0.051 0.012 0.009 0.004 108 Q 0.034 0.070 0.088 0.163 0.193 0.179 0.133 0.081 0.034 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 109 K 0.289 0.229 0.178 0.127 0.078 0.056 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.043 0.056 0.079 0.171 0.208 0.183 0.120 0.084 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 111 A 0.032 0.032 0.046 0.090 0.152 0.193 0.196 0.146 0.063 0.021 0.017 0.005 0.004 0.001 112 S 0.189 0.209 0.180 0.164 0.121 0.083 0.031 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.409 0.170 0.147 0.103 0.072 0.054 0.023 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 114 H 0.126 0.094 0.131 0.171 0.188 0.144 0.081 0.036 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 115 G 0.185 0.118 0.138 0.146 0.150 0.118 0.073 0.035 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.181 0.113 0.085 0.135 0.155 0.117 0.088 0.064 0.033 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 117 S 0.260 0.163 0.136 0.130 0.093 0.077 0.056 0.035 0.023 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 118 N 0.115 0.103 0.119 0.155 0.163 0.129 0.078 0.061 0.035 0.021 0.011 0.007 0.003 0.002 119 T 0.052 0.039 0.041 0.066 0.100 0.127 0.134 0.133 0.109 0.079 0.062 0.031 0.020 0.007 120 S 0.089 0.065 0.082 0.105 0.124 0.121 0.116 0.108 0.075 0.055 0.032 0.016 0.006 0.004 121 L 0.050 0.042 0.050 0.076 0.112 0.108 0.127 0.131 0.105 0.077 0.064 0.032 0.016 0.010 122 Y 0.028 0.023 0.032 0.051 0.081 0.109 0.110 0.129 0.141 0.121 0.085 0.053 0.026 0.011 123 P 0.078 0.087 0.088 0.127 0.147 0.125 0.114 0.091 0.058 0.044 0.023 0.009 0.004 0.004 124 G 0.075 0.055 0.055 0.073 0.100 0.117 0.113 0.126 0.095 0.080 0.062 0.027 0.015 0.006 125 S 0.046 0.058 0.075 0.124 0.168 0.150 0.130 0.111 0.065 0.040 0.018 0.008 0.004 0.003 126 M 0.031 0.033 0.048 0.083 0.114 0.138 0.148 0.132 0.134 0.070 0.040 0.019 0.007 0.004 127 N 0.195 0.163 0.177 0.141 0.108 0.079 0.055 0.033 0.027 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 128 D 0.242 0.209 0.190 0.139 0.089 0.067 0.028 0.016 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 129 W 0.052 0.060 0.065 0.155 0.203 0.170 0.127 0.089 0.047 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 130 V 0.169 0.167 0.145 0.186 0.149 0.092 0.049 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.648 0.174 0.082 0.035 0.023 0.020 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.356 0.179 0.165 0.123 0.085 0.049 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 G 0.404 0.170 0.135 0.109 0.084 0.046 0.034 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.538 0.165 0.127 0.068 0.043 0.027 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 D 0.631 0.135 0.087 0.056 0.039 0.022 0.020 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 136 K 0.348 0.167 0.126 0.117 0.097 0.067 0.042 0.016 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.188 0.106 0.108 0.146 0.161 0.117 0.075 0.049 0.022 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 138 D 0.346 0.139 0.132 0.115 0.096 0.061 0.048 0.024 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 139 L 0.245 0.125 0.110 0.135 0.123 0.094 0.063 0.043 0.026 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001