# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.004 0.004 0.041 0.037 0.083 0.007 0.142 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.033 0.028 0.113 0.146 0.151 0.188 0.001 2 R 0.001 0.001 0.030 0.028 0.033 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.026 0.039 0.055 0.214 0.530 0.001 3 G 0.001 0.001 0.011 0.016 0.035 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.115 0.029 0.151 0.582 0.001 4 P 0.001 0.002 0.026 0.025 0.036 0.004 0.082 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.037 0.028 0.411 0.030 0.059 0.226 0.001 5 E 0.005 0.008 0.038 0.022 0.063 0.017 0.355 0.133 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.010 0.042 0.025 0.106 0.051 0.052 0.056 0.001 6 A 0.014 0.015 0.062 0.036 0.081 0.017 0.162 0.212 0.005 0.002 0.009 0.007 0.015 0.027 0.082 0.032 0.065 0.053 0.060 0.041 0.002 7 F 0.018 0.021 0.100 0.072 0.105 0.013 0.099 0.153 0.008 0.002 0.012 0.008 0.027 0.025 0.082 0.042 0.099 0.028 0.050 0.034 0.003 8 L 0.015 0.023 0.063 0.058 0.083 0.017 0.198 0.095 0.012 0.002 0.009 0.008 0.023 0.021 0.074 0.033 0.104 0.043 0.053 0.061 0.003 9 K 0.012 0.013 0.048 0.045 0.105 0.009 0.126 0.042 0.011 0.002 0.007 0.005 0.012 0.015 0.049 0.047 0.104 0.079 0.104 0.161 0.002 10 L 0.001 0.001 0.014 0.026 0.029 0.002 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.039 0.114 0.044 0.202 0.470 0.001 11 P 0.001 0.001 0.005 0.007 0.018 0.004 0.037 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.029 0.411 0.056 0.114 0.267 0.001 12 K 0.001 0.001 0.012 0.012 0.013 0.014 0.168 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.347 0.078 0.071 0.128 0.001 13 D 0.001 0.001 0.008 0.005 0.019 0.013 0.134 0.219 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.094 0.108 0.178 0.198 0.001 14 L 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.004 0.034 0.268 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.548 0.023 0.037 0.057 0.001 15 K 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.010 0.088 0.690 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.094 0.032 0.024 0.035 0.001 16 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.030 0.736 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.097 0.017 0.052 0.048 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.004 0.003 0.006 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.852 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.003 0.004 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.163 0.592 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.005 0.003 0.005 0.001 26 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.374 0.206 0.052 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.076 0.020 0.016 0.001 27 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.046 0.065 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.158 0.098 0.438 0.158 0.001 28 G 0.001 0.001 0.012 0.003 0.013 0.011 0.052 0.049 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.340 0.189 0.111 0.191 0.001 29 N 0.001 0.001 0.011 0.005 0.010 0.013 0.167 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.187 0.058 0.208 0.285 0.001 30 S 0.001 0.001 0.006 0.006 0.009 0.001 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.535 0.043 0.128 0.173 0.001 31 D 0.001 0.001 0.029 0.012 0.015 0.003 0.145 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.041 0.301 0.055 0.124 0.239 0.001 32 D 0.001 0.001 0.031 0.019 0.052 0.007 0.231 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.034 0.214 0.132 0.087 0.139 0.001 33 I 0.009 0.012 0.048 0.023 0.096 0.004 0.214 0.008 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.016 0.059 0.052 0.081 0.114 0.116 0.127 0.003 34 L 0.031 0.027 0.153 0.075 0.065 0.002 0.035 0.007 0.001 0.001 0.007 0.008 0.013 0.031 0.143 0.077 0.074 0.021 0.080 0.139 0.009 35 A 0.054 0.128 0.052 0.051 0.203 0.002 0.035 0.008 0.001 0.001 0.018 0.025 0.055 0.070 0.072 0.118 0.041 0.007 0.011 0.010 0.039 36 A 0.122 0.227 0.047 0.034 0.056 0.001 0.012 0.008 0.002 0.001 0.040 0.034 0.087 0.144 0.073 0.041 0.003 0.002 0.005 0.002 0.061 37 V 0.136 0.198 0.024 0.036 0.075 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.033 0.046 0.105 0.198 0.052 0.028 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 38 V 0.258 0.253 0.015 0.035 0.080 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.025 0.055 0.158 0.025 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 39 L 0.163 0.227 0.043 0.046 0.070 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.023 0.024 0.080 0.097 0.168 0.021 0.002 0.002 0.003 0.003 0.020 40 S 0.144 0.185 0.062 0.162 0.105 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.016 0.016 0.033 0.035 0.058 0.061 0.021 0.018 0.026 0.022 0.013 41 A 0.047 0.064 0.076 0.052 0.259 0.002 0.036 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.019 0.021 0.112 0.067 0.077 0.053 0.027 0.066 0.004 42 T 0.016 0.012 0.046 0.083 0.052 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.018 0.034 0.236 0.440 0.001 43 P 0.001 0.002 0.008 0.040 0.100 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.730 0.019 0.017 0.051 0.001 44 G 0.009 0.015 0.047 0.030 0.049 0.005 0.705 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.021 0.030 0.009 0.033 0.001 45 A 0.060 0.067 0.073 0.127 0.272 0.005 0.122 0.023 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.013 0.008 0.039 0.067 0.044 0.064 0.002 46 V 0.183 0.309 0.075 0.096 0.251 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.002 0.008 0.007 0.006 0.007 0.007 0.008 0.006 47 E 0.293 0.365 0.064 0.120 0.090 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 48 A 0.232 0.310 0.058 0.202 0.140 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.004 0.013 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 49 F 0.163 0.386 0.045 0.071 0.257 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 0.002 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.016 50 R 0.340 0.240 0.046 0.143 0.150 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.002 0.007 0.003 0.001 0.020 0.008 0.002 0.010 51 K 0.084 0.035 0.307 0.307 0.201 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.002 0.008 0.002 0.004 0.017 0.001 52 N 0.008 0.031 0.045 0.110 0.064 0.001 0.543 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.023 0.016 0.013 0.126 0.001 53 G 0.024 0.027 0.026 0.014 0.158 0.001 0.399 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.007 0.010 0.073 0.205 0.009 0.033 0.002 54 E 0.024 0.021 0.742 0.121 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.002 0.005 0.005 0.016 0.003 55 T 0.024 0.049 0.002 0.002 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 I 0.179 0.150 0.177 0.213 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.075 0.023 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 57 R 0.233 0.207 0.003 0.014 0.306 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.040 0.101 0.035 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 58 I 0.446 0.245 0.037 0.032 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.049 0.053 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 59 T 0.103 0.117 0.030 0.085 0.272 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.048 0.042 0.101 0.067 0.021 0.005 0.013 0.043 0.005 60 G 0.047 0.073 0.058 0.050 0.101 0.001 0.054 0.004 0.001 0.001 0.008 0.008 0.014 0.012 0.227 0.048 0.137 0.057 0.038 0.061 0.001 61 D 0.014 0.013 0.072 0.038 0.055 0.006 0.167 0.032 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.004 0.067 0.025 0.255 0.051 0.050 0.136 0.001 62 G 0.018 0.020 0.043 0.024 0.148 0.009 0.184 0.120 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.026 0.012 0.162 0.107 0.046 0.068 0.001 63 L 0.020 0.020 0.033 0.029 0.095 0.007 0.067 0.314 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.029 0.007 0.244 0.031 0.047 0.039 0.001 64 K 0.011 0.009 0.024 0.033 0.018 0.008 0.031 0.631 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.002 0.165 0.007 0.014 0.021 0.001 65 A 0.013 0.012 0.004 0.010 0.032 0.010 0.058 0.725 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.091 0.014 0.011 0.006 0.001 66 A 0.008 0.009 0.007 0.010 0.009 0.008 0.041 0.756 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.002 0.094 0.013 0.016 0.008 0.001 67 H 0.006 0.004 0.006 0.007 0.010 0.007 0.036 0.708 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.159 0.012 0.016 0.013 0.001 68 R 0.004 0.004 0.005 0.006 0.012 0.027 0.103 0.608 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.160 0.021 0.017 0.012 0.001 69 F 0.003 0.004 0.007 0.009 0.013 0.017 0.208 0.376 0.015 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.005 0.178 0.061 0.052 0.027 0.001 70 L 0.002 0.002 0.017 0.011 0.019 0.011 0.110 0.152 0.018 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.010 0.371 0.054 0.090 0.110 0.001 71 S 0.001 0.001 0.012 0.013 0.013 0.009 0.147 0.073 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 0.349 0.068 0.105 0.175 0.001 72 N 0.001 0.001 0.007 0.005 0.026 0.005 0.161 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.011 0.475 0.114 0.058 0.088 0.001 73 D 0.001 0.001 0.021 0.014 0.007 0.002 0.044 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.120 0.047 0.303 0.399 0.001 74 P 0.001 0.001 0.007 0.006 0.041 0.004 0.048 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.574 0.083 0.064 0.126 0.001 75 K 0.001 0.001 0.026 0.014 0.018 0.019 0.390 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.008 0.275 0.050 0.052 0.079 0.001 76 I 0.001 0.001 0.018 0.021 0.024 0.003 0.111 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.111 0.072 0.274 0.320 0.001 77 G 0.002 0.002 0.033 0.025 0.079 0.003 0.063 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.031 0.253 0.093 0.121 0.252 0.001 78 E 0.005 0.004 0.044 0.032 0.067 0.011 0.323 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 0.017 0.201 0.035 0.055 0.140 0.001 79 K 0.008 0.009 0.064 0.043 0.095 0.023 0.243 0.023 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.006 0.045 0.029 0.073 0.157 0.079 0.080 0.004 80 R 0.011 0.013 0.134 0.070 0.152 0.004 0.039 0.009 0.001 0.001 0.007 0.004 0.008 0.012 0.041 0.126 0.034 0.064 0.195 0.071 0.004 81 I 0.015 0.024 0.209 0.062 0.148 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.009 0.173 0.030 0.026 0.042 0.103 0.112 0.008 82 R 0.035 0.017 0.094 0.090 0.116 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.009 0.026 0.050 0.023 0.008 0.098 0.404 0.005 83 P 0.008 0.018 0.036 0.164 0.199 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.085 0.045 0.289 0.011 0.022 0.058 0.006 84 G 0.043 0.143 0.061 0.043 0.134 0.001 0.304 0.004 0.001 0.001 0.010 0.011 0.014 0.015 0.057 0.076 0.015 0.026 0.014 0.016 0.013 85 A 0.157 0.140 0.238 0.142 0.120 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.007 0.012 0.018 0.019 0.063 0.023 0.002 0.005 0.007 0.012 0.022 86 L 0.168 0.397 0.011 0.034 0.306 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.016 0.009 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 87 I 0.297 0.454 0.045 0.084 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.018 0.004 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 88 R 0.275 0.614 0.008 0.042 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 89 V 0.405 0.429 0.007 0.023 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 90 K 0.273 0.383 0.095 0.138 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 91 K 0.166 0.152 0.021 0.048 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.004 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 92 T 0.151 0.118 0.177 0.248 0.151 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.080 0.002 0.007 0.017 0.013 0.025 0.001 93 E 0.025 0.019 0.255 0.251 0.216 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.074 0.014 0.013 0.058 0.001 94 K 0.019 0.030 0.072 0.068 0.145 0.001 0.458 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.090 0.041 0.012 0.052 0.001 95 G 0.044 0.030 0.268 0.070 0.216 0.001 0.137 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 0.027 0.124 0.015 0.049 0.001 96 S 0.052 0.083 0.114 0.051 0.615 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.007 0.004 0.010 0.011 0.007 0.018 0.002 97 W 0.131 0.155 0.107 0.049 0.423 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.031 0.003 0.045 0.004 0.004 0.003 0.005 0.005 0.007 98 Q 0.214 0.255 0.075 0.141 0.145 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.015 0.056 0.012 0.043 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 99 I 0.246 0.190 0.047 0.104 0.253 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.018 0.045 0.012 0.035 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.007 100 V 0.189 0.268 0.119 0.126 0.066 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.019 0.015 0.040 0.020 0.067 0.007 0.004 0.005 0.005 0.007 0.006 101 Q 0.167 0.128 0.035 0.051 0.362 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.028 0.013 0.020 0.035 0.010 0.052 0.022 0.016 0.007 102 L 0.083 0.074 0.151 0.111 0.151 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.007 0.081 0.030 0.016 0.026 0.068 0.175 0.004 103 P 0.015 0.013 0.026 0.060 0.225 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.031 0.041 0.082 0.015 0.141 0.332 0.002