# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.006 0.022 0.539 0.004 0.024 0.041 0.003 0.001 0.019 0.168 0.109 0.030 0.035 2 R 0.001 0.010 0.740 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.006 0.150 0.044 0.012 0.013 3 G 0.001 0.006 0.751 0.001 0.013 0.046 0.001 0.001 0.005 0.099 0.060 0.004 0.013 4 P 0.001 0.009 0.215 0.006 0.110 0.392 0.001 0.001 0.005 0.108 0.128 0.009 0.018 5 E 0.002 0.006 0.082 0.004 0.208 0.537 0.001 0.001 0.008 0.038 0.083 0.017 0.016 6 A 0.004 0.007 0.092 0.003 0.197 0.527 0.002 0.002 0.019 0.021 0.069 0.017 0.040 7 F 0.011 0.014 0.115 0.006 0.117 0.519 0.004 0.004 0.031 0.032 0.068 0.036 0.041 8 L 0.015 0.019 0.176 0.006 0.077 0.384 0.005 0.003 0.028 0.064 0.144 0.045 0.035 9 K 0.006 0.019 0.401 0.003 0.030 0.192 0.002 0.001 0.013 0.122 0.160 0.016 0.033 10 L 0.001 0.010 0.603 0.001 0.019 0.073 0.001 0.001 0.005 0.175 0.091 0.014 0.009 11 P 0.001 0.007 0.585 0.001 0.039 0.082 0.001 0.001 0.003 0.091 0.183 0.002 0.006 12 K 0.001 0.007 0.261 0.001 0.127 0.241 0.001 0.001 0.003 0.159 0.197 0.002 0.003 13 D 0.001 0.007 0.240 0.001 0.173 0.325 0.001 0.001 0.005 0.128 0.116 0.002 0.003 14 L 0.001 0.008 0.121 0.001 0.130 0.590 0.001 0.001 0.004 0.057 0.084 0.002 0.003 15 K 0.001 0.008 0.123 0.001 0.046 0.673 0.001 0.001 0.003 0.050 0.093 0.002 0.002 16 D 0.001 0.002 0.087 0.001 0.036 0.811 0.001 0.001 0.001 0.025 0.036 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.059 0.835 0.001 0.001 0.001 0.003 0.097 0.001 0.001 26 D 0.001 0.002 0.024 0.001 0.039 0.474 0.001 0.001 0.001 0.022 0.439 0.001 0.001 27 I 0.001 0.005 0.252 0.001 0.033 0.194 0.001 0.001 0.001 0.307 0.204 0.002 0.001 28 G 0.001 0.008 0.426 0.001 0.031 0.048 0.001 0.001 0.002 0.175 0.310 0.001 0.001 29 N 0.001 0.007 0.397 0.001 0.028 0.018 0.001 0.001 0.001 0.240 0.307 0.001 0.001 30 S 0.001 0.006 0.250 0.001 0.105 0.030 0.001 0.001 0.002 0.350 0.254 0.001 0.001 31 D 0.001 0.009 0.219 0.004 0.168 0.042 0.001 0.001 0.004 0.235 0.315 0.002 0.002 32 D 0.001 0.024 0.182 0.004 0.169 0.040 0.001 0.001 0.014 0.208 0.339 0.007 0.010 33 I 0.007 0.035 0.466 0.010 0.087 0.020 0.003 0.004 0.035 0.185 0.070 0.019 0.059 34 L 0.019 0.023 0.368 0.051 0.038 0.008 0.005 0.005 0.059 0.201 0.034 0.131 0.060 35 A 0.049 0.008 0.278 0.068 0.020 0.005 0.018 0.010 0.125 0.119 0.068 0.047 0.186 36 A 0.235 0.004 0.129 0.083 0.005 0.002 0.077 0.029 0.131 0.039 0.012 0.139 0.116 37 V 0.477 0.002 0.014 0.020 0.002 0.001 0.164 0.035 0.082 0.003 0.001 0.118 0.083 38 V 0.650 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.111 0.064 0.020 0.001 0.001 0.047 0.097 39 L 0.598 0.001 0.004 0.054 0.001 0.001 0.105 0.053 0.029 0.001 0.001 0.105 0.050 40 S 0.316 0.003 0.036 0.003 0.001 0.001 0.052 0.027 0.133 0.006 0.002 0.180 0.241 41 A 0.074 0.046 0.233 0.011 0.002 0.001 0.015 0.010 0.094 0.051 0.020 0.081 0.362 42 T 0.003 0.004 0.558 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.196 0.010 0.186 0.031 43 P 0.001 0.001 0.030 0.069 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.172 0.679 0.002 0.024 44 G 0.002 0.001 0.008 0.034 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 0.843 0.013 0.002 45 A 0.283 0.009 0.074 0.008 0.072 0.002 0.029 0.004 0.024 0.051 0.009 0.097 0.339 46 V 0.650 0.005 0.019 0.015 0.001 0.001 0.041 0.007 0.021 0.003 0.001 0.039 0.198 47 E 0.641 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.289 0.018 48 A 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.005 0.001 0.001 0.018 0.362 49 F 0.838 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 0.066 0.052 50 R 0.556 0.004 0.024 0.011 0.005 0.005 0.007 0.001 0.011 0.011 0.019 0.130 0.215 51 K 0.026 0.003 0.031 0.025 0.008 0.004 0.004 0.001 0.005 0.110 0.629 0.038 0.117 52 N 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.957 0.005 0.001 53 G 0.002 0.002 0.166 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.193 0.593 0.005 0.017 54 E 0.014 0.013 0.436 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.140 0.027 0.319 0.030 55 T 0.116 0.012 0.013 0.002 0.002 0.001 0.014 0.001 0.009 0.004 0.001 0.010 0.816 56 I 0.212 0.003 0.006 0.044 0.001 0.001 0.049 0.005 0.009 0.002 0.001 0.650 0.020 57 R 0.383 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.072 0.009 0.012 0.001 0.001 0.058 0.446 58 I 0.205 0.013 0.075 0.005 0.001 0.001 0.061 0.021 0.038 0.004 0.001 0.297 0.279 59 T 0.046 0.013 0.468 0.053 0.005 0.004 0.016 0.003 0.071 0.030 0.029 0.076 0.187 60 G 0.009 0.005 0.090 0.023 0.121 0.086 0.002 0.001 0.010 0.163 0.404 0.022 0.064 61 D 0.001 0.005 0.023 0.007 0.092 0.043 0.001 0.001 0.002 0.096 0.723 0.005 0.003 62 G 0.007 0.031 0.155 0.004 0.114 0.120 0.001 0.001 0.005 0.161 0.365 0.013 0.024 63 L 0.005 0.021 0.222 0.002 0.044 0.500 0.001 0.001 0.002 0.122 0.035 0.017 0.028 64 K 0.007 0.009 0.069 0.005 0.070 0.742 0.001 0.001 0.001 0.035 0.028 0.019 0.014 65 A 0.005 0.002 0.018 0.001 0.052 0.859 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.004 0.012 66 A 0.003 0.001 0.012 0.001 0.024 0.925 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.003 0.010 67 H 0.002 0.001 0.018 0.002 0.069 0.876 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.005 0.003 68 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.096 0.830 0.001 0.001 0.003 0.003 0.050 0.001 0.004 69 F 0.001 0.002 0.023 0.001 0.055 0.750 0.001 0.001 0.004 0.011 0.147 0.002 0.002 70 L 0.001 0.015 0.150 0.002 0.064 0.348 0.001 0.001 0.010 0.082 0.317 0.004 0.004 71 S 0.001 0.011 0.384 0.001 0.048 0.089 0.001 0.001 0.004 0.211 0.243 0.004 0.003 72 N 0.001 0.007 0.209 0.001 0.031 0.034 0.001 0.001 0.001 0.301 0.415 0.001 0.001 73 D 0.001 0.005 0.503 0.001 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.330 0.129 0.001 0.001 74 P 0.001 0.008 0.268 0.001 0.200 0.039 0.001 0.001 0.001 0.228 0.252 0.001 0.002 75 K 0.001 0.019 0.219 0.001 0.167 0.035 0.001 0.001 0.003 0.258 0.294 0.002 0.002 76 I 0.001 0.023 0.450 0.002 0.148 0.026 0.001 0.001 0.006 0.261 0.070 0.007 0.007 77 G 0.001 0.016 0.407 0.009 0.130 0.065 0.001 0.001 0.014 0.141 0.200 0.005 0.013 78 E 0.002 0.014 0.294 0.014 0.190 0.033 0.001 0.001 0.008 0.137 0.275 0.018 0.015 79 K 0.005 0.018 0.279 0.013 0.141 0.032 0.001 0.001 0.020 0.243 0.132 0.055 0.058 80 R 0.017 0.042 0.330 0.002 0.032 0.015 0.004 0.003 0.077 0.088 0.038 0.157 0.196 81 I 0.020 0.329 0.252 0.008 0.012 0.004 0.005 0.004 0.052 0.065 0.015 0.069 0.166 82 R 0.002 0.010 0.743 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.074 0.009 0.092 0.051 83 P 0.001 0.003 0.040 0.072 0.020 0.003 0.001 0.001 0.005 0.082 0.719 0.013 0.040 84 G 0.001 0.001 0.045 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.866 0.003 0.002 85 A 0.033 0.007 0.390 0.019 0.013 0.001 0.011 0.001 0.028 0.174 0.029 0.227 0.067 86 L 0.187 0.012 0.026 0.004 0.002 0.001 0.029 0.004 0.035 0.007 0.001 0.013 0.680 87 I 0.392 0.004 0.003 0.060 0.001 0.001 0.046 0.009 0.006 0.001 0.001 0.467 0.012 88 R 0.598 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.064 0.004 0.003 0.001 0.001 0.078 0.243 89 V 0.782 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 0.033 0.144 90 K 0.493 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.426 0.042 91 K 0.162 0.005 0.027 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.012 0.004 0.046 0.732 92 T 0.014 0.017 0.399 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.178 0.048 0.219 0.099 93 E 0.004 0.006 0.097 0.033 0.024 0.005 0.001 0.001 0.002 0.119 0.632 0.026 0.051 94 K 0.003 0.004 0.035 0.009 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 0.124 0.761 0.008 0.014 95 G 0.015 0.011 0.219 0.024 0.030 0.004 0.002 0.001 0.003 0.326 0.246 0.078 0.042 96 S 0.049 0.021 0.287 0.013 0.008 0.007 0.004 0.001 0.019 0.098 0.045 0.146 0.303 97 W 0.223 0.029 0.069 0.017 0.003 0.002 0.024 0.003 0.021 0.014 0.003 0.097 0.492 98 Q 0.191 0.004 0.016 0.034 0.001 0.001 0.019 0.003 0.008 0.003 0.001 0.663 0.057 99 I 0.335 0.001 0.008 0.007 0.008 0.005 0.033 0.007 0.008 0.001 0.001 0.015 0.572 100 V 0.333 0.003 0.015 0.109 0.009 0.006 0.037 0.014 0.021 0.007 0.007 0.412 0.026 101 Q 0.187 0.008 0.128 0.005 0.014 0.009 0.036 0.006 0.059 0.028 0.024 0.055 0.440 102 L 0.015 0.022 0.525 0.003 0.003 0.004 0.004 0.002 0.024 0.178 0.012 0.142 0.068 103 P 0.001 0.006 0.908 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.049 0.009 0.005 0.010