# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.031 0.055 0.147 0.193 0.041 0.061 0.155 0.089 0.014 0.006 0.037 0.023 0.044 0.015 0.067 0.021 2 R 0.029 0.107 0.298 0.170 0.003 0.032 0.014 0.031 0.041 0.026 0.017 0.011 0.030 0.001 0.018 0.171 3 G 0.087 0.009 0.022 0.051 0.005 0.613 0.004 0.003 0.023 0.022 0.047 0.054 0.050 0.002 0.001 0.008 4 P 0.027 0.092 0.018 0.032 0.002 0.045 0.001 0.005 0.001 0.001 0.607 0.113 0.052 0.001 0.002 0.002 5 E 0.003 0.071 0.011 0.041 0.001 0.029 0.001 0.003 0.002 0.001 0.041 0.734 0.054 0.002 0.003 0.002 6 A 0.008 0.026 0.093 0.105 0.002 0.027 0.008 0.003 0.004 0.001 0.031 0.061 0.584 0.002 0.009 0.038 7 F 0.017 0.015 0.132 0.103 0.004 0.027 0.029 0.002 0.003 0.001 0.027 0.036 0.559 0.009 0.007 0.027 8 L 0.022 0.053 0.155 0.263 0.002 0.028 0.009 0.008 0.003 0.001 0.014 0.026 0.380 0.002 0.009 0.026 9 K 0.009 0.053 0.180 0.352 0.008 0.072 0.020 0.002 0.008 0.003 0.009 0.011 0.181 0.007 0.002 0.084 10 L 0.029 0.030 0.220 0.223 0.012 0.166 0.029 0.008 0.002 0.002 0.042 0.015 0.193 0.008 0.008 0.013 11 P 0.007 0.120 0.060 0.093 0.011 0.347 0.014 0.016 0.005 0.003 0.080 0.056 0.155 0.010 0.010 0.014 12 K 0.018 0.146 0.028 0.112 0.003 0.037 0.005 0.011 0.006 0.003 0.314 0.123 0.144 0.006 0.014 0.031 13 D 0.014 0.029 0.040 0.022 0.003 0.168 0.010 0.003 0.005 0.002 0.030 0.368 0.264 0.013 0.008 0.020 14 L 0.014 0.031 0.067 0.015 0.002 0.033 0.015 0.004 0.001 0.001 0.305 0.035 0.431 0.006 0.017 0.023 15 K 0.006 0.090 0.053 0.030 0.001 0.030 0.005 0.006 0.002 0.002 0.042 0.406 0.280 0.005 0.015 0.025 16 D 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.180 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.087 0.669 0.002 0.003 0.008 17 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.028 0.597 0.001 0.001 0.002 18 E 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.479 0.478 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.981 0.001 0.001 0.002 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.002 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.008 0.002 0.001 25 Q 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.004 0.018 0.014 26 D 0.006 0.004 0.007 0.007 0.001 0.002 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.325 0.143 0.006 0.455 27 I 0.028 0.004 0.366 0.007 0.002 0.011 0.174 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.212 0.027 0.135 0.026 28 G 0.009 0.102 0.247 0.033 0.014 0.048 0.097 0.021 0.003 0.007 0.031 0.009 0.149 0.024 0.042 0.163 29 N 0.053 0.024 0.010 0.023 0.056 0.317 0.032 0.048 0.011 0.011 0.103 0.088 0.104 0.087 0.017 0.015 30 S 0.007 0.040 0.027 0.005 0.014 0.022 0.021 0.037 0.007 0.003 0.598 0.048 0.067 0.032 0.056 0.015 31 D 0.015 0.064 0.022 0.014 0.001 0.024 0.004 0.044 0.025 0.010 0.058 0.441 0.111 0.004 0.138 0.026 32 D 0.087 0.052 0.119 0.023 0.001 0.014 0.008 0.002 0.043 0.007 0.029 0.041 0.170 0.001 0.010 0.394 33 I 0.172 0.029 0.606 0.082 0.001 0.008 0.009 0.001 0.002 0.001 0.008 0.015 0.045 0.001 0.002 0.019 34 L 0.010 0.036 0.528 0.207 0.002 0.154 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.034 0.001 0.001 0.003 35 A 0.002 0.214 0.086 0.662 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 36 A 0.002 0.005 0.024 0.959 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 37 V 0.006 0.002 0.302 0.677 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.001 0.016 0.257 0.475 0.226 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 39 L 0.001 0.305 0.002 0.500 0.002 0.015 0.001 0.152 0.002 0.001 0.008 0.003 0.006 0.001 0.005 0.001 40 S 0.002 0.044 0.005 0.590 0.006 0.129 0.005 0.001 0.069 0.036 0.004 0.006 0.015 0.001 0.001 0.087 41 A 0.319 0.070 0.362 0.154 0.014 0.010 0.007 0.008 0.003 0.001 0.023 0.005 0.014 0.001 0.003 0.006 42 T 0.001 0.010 0.029 0.060 0.193 0.606 0.040 0.006 0.002 0.007 0.005 0.016 0.008 0.016 0.001 0.001 43 P 0.009 0.108 0.012 0.067 0.033 0.051 0.004 0.308 0.002 0.002 0.320 0.007 0.017 0.006 0.055 0.002 44 G 0.005 0.110 0.008 0.112 0.001 0.014 0.002 0.018 0.332 0.047 0.027 0.239 0.017 0.002 0.018 0.049 45 A 0.443 0.045 0.194 0.180 0.001 0.005 0.004 0.001 0.012 0.002 0.003 0.008 0.017 0.001 0.003 0.085 46 V 0.031 0.006 0.713 0.172 0.001 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 47 E 0.002 0.051 0.116 0.823 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.010 0.974 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.001 0.022 0.035 0.915 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.003 0.001 0.083 0.252 0.646 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.001 0.018 0.001 0.004 0.758 0.003 0.027 0.028 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 52 N 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.618 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.353 0.001 53 G 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.428 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.530 54 E 0.987 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 T 0.004 0.014 0.936 0.037 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.001 0.012 0.071 0.907 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.001 0.003 0.013 0.965 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 I 0.001 0.005 0.006 0.533 0.406 0.037 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.001 0.046 0.002 0.165 0.021 0.485 0.001 0.265 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.001 0.010 0.001 0.017 0.045 0.092 0.002 0.012 0.035 0.131 0.637 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 61 D 0.020 0.042 0.003 0.016 0.001 0.011 0.001 0.046 0.006 0.003 0.081 0.753 0.010 0.001 0.008 0.001 62 G 0.005 0.022 0.037 0.035 0.003 0.041 0.005 0.002 0.053 0.040 0.087 0.336 0.275 0.001 0.003 0.054 63 L 0.032 0.004 0.037 0.014 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 0.093 0.737 0.001 0.001 0.002 64 K 0.001 0.011 0.015 0.015 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.058 0.858 0.001 0.001 0.002 65 A 0.001 0.006 0.003 0.022 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.918 0.001 0.001 0.006 66 A 0.001 0.002 0.009 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.951 0.001 0.001 0.002 67 H 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.972 0.003 0.001 0.001 68 R 0.001 0.003 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.937 0.008 0.005 0.009 69 F 0.004 0.012 0.010 0.012 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.765 0.053 0.013 0.084 70 L 0.012 0.012 0.137 0.016 0.001 0.005 0.043 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 0.586 0.027 0.073 0.069 71 S 0.018 0.023 0.095 0.025 0.002 0.105 0.035 0.004 0.002 0.002 0.007 0.020 0.525 0.022 0.030 0.087 72 N 0.041 0.137 0.171 0.062 0.003 0.017 0.016 0.010 0.005 0.003 0.121 0.013 0.243 0.021 0.024 0.114 73 D 0.026 0.024 0.071 0.058 0.004 0.291 0.024 0.004 0.007 0.003 0.027 0.169 0.236 0.019 0.024 0.014 74 P 0.014 0.072 0.090 0.021 0.012 0.028 0.019 0.006 0.001 0.001 0.359 0.026 0.287 0.014 0.015 0.034 75 K 0.013 0.081 0.033 0.059 0.076 0.027 0.087 0.025 0.005 0.003 0.039 0.276 0.078 0.168 0.018 0.013 76 I 0.017 0.018 0.156 0.040 0.005 0.064 0.052 0.067 0.010 0.003 0.032 0.022 0.218 0.008 0.249 0.038 77 G 0.024 0.072 0.060 0.048 0.010 0.061 0.017 0.013 0.063 0.059 0.118 0.058 0.186 0.007 0.018 0.187 78 E 0.336 0.082 0.040 0.111 0.002 0.029 0.007 0.009 0.015 0.003 0.044 0.181 0.109 0.010 0.008 0.014 79 K 0.022 0.099 0.513 0.150 0.001 0.024 0.003 0.003 0.007 0.001 0.013 0.026 0.103 0.001 0.011 0.023 80 R 0.021 0.038 0.275 0.514 0.003 0.026 0.009 0.001 0.003 0.001 0.006 0.006 0.057 0.002 0.001 0.039 81 I 0.031 0.042 0.384 0.483 0.017 0.007 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.001 0.002 0.007 82 R 0.001 0.001 0.016 0.043 0.789 0.013 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 83 P 0.001 0.019 0.005 0.067 0.002 0.018 0.001 0.856 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 84 G 0.001 0.013 0.001 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.870 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 85 A 0.892 0.005 0.005 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.003 0.021 0.643 0.293 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 I 0.001 0.009 0.024 0.962 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.001 0.002 0.010 0.977 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.005 0.010 0.951 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.001 0.045 0.005 0.906 0.007 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.076 0.015 0.546 0.067 0.239 0.003 0.023 0.005 0.006 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.003 0.028 0.005 0.035 0.061 0.714 0.003 0.026 0.007 0.002 0.101 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 93 E 0.002 0.062 0.003 0.009 0.214 0.010 0.039 0.014 0.003 0.005 0.557 0.028 0.002 0.048 0.001 0.002 94 K 0.004 0.055 0.010 0.010 0.002 0.004 0.002 0.357 0.011 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.488 0.001 95 G 0.005 0.007 0.073 0.014 0.001 0.005 0.004 0.001 0.222 0.035 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.620 96 S 0.889 0.016 0.059 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 97 W 0.025 0.037 0.691 0.221 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.004 0.054 0.140 0.718 0.008 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.001 0.010 0.030 0.815 0.070 0.054 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 V 0.001 0.111 0.014 0.819 0.002 0.009 0.001 0.030 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 101 Q 0.004 0.018 0.026 0.871 0.010 0.025 0.001 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 102 L 0.050 0.033 0.196 0.450 0.101 0.128 0.015 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 103 P 0.001 0.059 0.025 0.161 0.086 0.544 0.006 0.076 0.002 0.003 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001