# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.010 0.113 0.811 2 R 0.027 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.135 0.739 3 G 0.341 0.300 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.037 0.055 0.245 4 P 0.292 0.308 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.061 0.271 5 E 0.114 0.204 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.088 0.059 0.073 0.444 6 A 0.217 0.113 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.127 0.035 0.096 0.396 7 F 0.085 0.035 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.153 0.064 0.146 0.492 8 L 0.017 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.043 0.135 0.600 9 K 0.047 0.073 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.024 0.104 0.678 10 L 0.128 0.207 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.036 0.126 0.445 11 P 0.144 0.468 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.036 0.048 0.284 12 K 0.062 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.035 0.051 0.359 13 D 0.092 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.021 0.154 14 L 0.077 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.024 0.147 15 K 0.015 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.013 0.116 16 D 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.013 17 R 0.009 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.010 18 E 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.012 19 A 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.014 20 L 0.010 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.007 21 Q 0.043 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.009 0.036 22 D 0.041 0.625 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.110 0.028 0.181 23 I 0.224 0.377 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.126 0.050 0.195 24 M 0.326 0.061 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.201 0.078 0.308 25 Q 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.059 0.093 0.740 26 D 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.106 0.826 27 I 0.114 0.009 0.017 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.052 0.138 0.649 28 G 0.055 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.116 0.787 29 N 0.376 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.049 0.513 30 S 0.344 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.065 0.495 31 D 0.076 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.048 0.085 0.665 32 D 0.039 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.018 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.174 0.085 0.098 0.433 33 I 0.021 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.007 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.125 0.090 0.130 0.509 34 L 0.024 0.215 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.013 0.021 0.009 0.003 0.360 0.145 0.062 0.133 35 A 0.011 0.129 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.011 0.004 0.276 0.125 0.085 0.338 36 A 0.005 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.730 0.112 0.025 0.080 37 V 0.030 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.630 0.145 0.028 0.122 38 V 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.085 0.035 0.214 39 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.004 0.011 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.533 0.052 0.064 0.305 40 S 0.006 0.003 0.009 0.001 0.044 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.380 0.038 0.067 0.427 41 A 0.012 0.004 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.044 0.111 0.572 42 T 0.647 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.092 0.032 0.178 43 P 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.051 0.135 0.704 44 G 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.018 0.102 0.589 45 A 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.046 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.260 0.051 0.091 0.355 46 V 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.023 0.003 0.011 0.004 0.003 0.005 0.481 0.075 0.070 0.280 47 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.077 0.045 0.023 0.006 0.626 0.057 0.020 0.102 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.314 0.223 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.017 0.005 0.193 0.044 0.011 0.101 49 F 0.001 0.001 0.016 0.002 0.443 0.029 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.365 0.032 0.012 0.067 50 R 0.375 0.001 0.007 0.001 0.121 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.076 0.026 0.184 51 K 0.379 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.040 0.057 0.502 52 N 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.009 0.106 0.834 53 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.012 0.114 0.690 54 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.378 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.018 0.014 0.056 55 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.050 0.084 0.002 0.062 0.007 0.002 0.003 0.130 0.067 0.042 0.439 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.329 0.204 0.039 0.003 0.327 0.017 0.010 0.059 57 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.021 0.023 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.113 0.254 0.026 0.219 0.025 0.020 0.205 58 I 0.008 0.008 0.006 0.001 0.048 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.501 0.042 0.072 0.283 59 T 0.494 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.062 0.037 0.258 60 G 0.501 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.066 0.043 0.285 61 D 0.024 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.050 0.059 0.465 62 G 0.022 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.042 0.024 0.132 63 L 0.029 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.059 0.021 0.062 64 K 0.027 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.029 0.016 0.041 65 A 0.019 0.732 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.018 0.076 0.025 0.100 66 A 0.116 0.641 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.080 0.034 0.067 67 H 0.168 0.155 0.030 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.321 0.058 0.205 68 R 0.056 0.073 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.150 0.103 0.561 69 F 0.148 0.044 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.084 0.126 0.521 70 L 0.116 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.068 0.141 0.620 71 S 0.017 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.034 0.127 0.782 72 N 0.063 0.017 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.132 0.716 73 D 0.227 0.022 0.003 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.079 0.088 0.543 74 P 0.047 0.010 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.030 0.113 0.758 75 K 0.086 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.021 0.090 0.758 76 I 0.438 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.045 0.070 0.411 77 G 0.101 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.022 0.111 0.710 78 E 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.104 0.031 0.073 0.734 79 K 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.006 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.343 0.039 0.115 0.453 80 R 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 0.249 0.025 0.075 0.609 81 I 0.009 0.001 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.004 0.002 0.399 0.043 0.083 0.408 82 R 0.396 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.001 0.136 0.219 0.041 0.180 83 P 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.047 0.227 0.558 84 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.014 0.116 0.569 85 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.039 0.042 0.106 86 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.563 0.087 0.042 0.272 87 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.935 0.022 0.004 0.025 88 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.011 0.003 0.749 0.091 0.008 0.097 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.146 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.671 0.022 0.020 0.093 90 K 0.004 0.001 0.001 0.002 0.228 0.467 0.128 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.009 0.005 0.040 91 K 0.007 0.001 0.014 0.001 0.479 0.018 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.048 0.043 0.243 92 T 0.707 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.030 0.016 0.215 93 E 0.318 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.036 0.599 94 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.023 0.048 0.884 95 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.134 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.030 0.044 0.354 96 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.414 0.108 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.034 0.010 0.014 0.059 97 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.079 0.008 0.323 0.097 0.026 0.012 0.093 0.036 0.036 0.243 98 Q 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.231 0.448 0.148 0.010 0.093 0.027 0.005 0.027 99 I 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.066 0.152 0.028 0.182 0.093 0.055 0.356 100 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.601 0.031 0.038 0.315 101 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.005 0.124 0.672 102 L 0.038 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.026 0.127 0.493 103 P 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.045 0.264 0.514