# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.003 0.004 0.001 0.019 0.018 0.025 0.163 0.001 0.001 0.024 0.741 2 R 0.017 0.048 0.002 0.020 0.019 0.025 0.133 0.004 0.001 0.045 0.686 3 G 0.305 0.250 0.004 0.006 0.008 0.009 0.052 0.029 0.002 0.045 0.289 4 P 0.248 0.330 0.004 0.006 0.005 0.008 0.049 0.016 0.002 0.034 0.296 5 E 0.118 0.189 0.012 0.021 0.009 0.031 0.057 0.016 0.004 0.038 0.506 6 A 0.193 0.052 0.008 0.055 0.015 0.044 0.081 0.015 0.003 0.063 0.472 7 F 0.087 0.010 0.003 0.054 0.023 0.032 0.106 0.004 0.002 0.058 0.622 8 L 0.006 0.006 0.001 0.042 0.037 0.037 0.120 0.001 0.001 0.034 0.716 9 K 0.019 0.024 0.002 0.024 0.014 0.018 0.110 0.004 0.001 0.036 0.749 10 L 0.221 0.103 0.002 0.016 0.009 0.007 0.097 0.021 0.001 0.047 0.476 11 P 0.157 0.213 0.003 0.006 0.003 0.003 0.066 0.021 0.002 0.044 0.481 12 K 0.061 0.285 0.004 0.009 0.002 0.005 0.074 0.013 0.002 0.054 0.492 13 D 0.117 0.538 0.005 0.005 0.001 0.002 0.032 0.017 0.002 0.044 0.239 14 L 0.089 0.585 0.004 0.004 0.001 0.002 0.035 0.015 0.002 0.051 0.212 15 K 0.029 0.783 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.029 0.129 16 D 0.023 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.012 0.036 17 R 0.020 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.058 0.035 18 E 0.013 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.039 0.025 19 A 0.009 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.031 0.020 20 L 0.015 0.941 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.007 0.013 21 Q 0.076 0.648 0.017 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 0.007 0.165 0.063 22 D 0.099 0.507 0.046 0.002 0.001 0.002 0.024 0.021 0.028 0.070 0.199 23 I 0.244 0.369 0.023 0.004 0.004 0.005 0.043 0.042 0.012 0.068 0.186 24 M 0.305 0.068 0.026 0.004 0.001 0.002 0.051 0.031 0.028 0.052 0.432 25 Q 0.025 0.014 0.004 0.006 0.007 0.010 0.126 0.001 0.002 0.044 0.761 26 D 0.026 0.011 0.003 0.009 0.002 0.005 0.069 0.003 0.001 0.030 0.840 27 I 0.141 0.007 0.004 0.016 0.009 0.008 0.215 0.005 0.002 0.074 0.520 28 G 0.066 0.009 0.003 0.013 0.003 0.004 0.098 0.003 0.002 0.025 0.773 29 N 0.188 0.015 0.002 0.012 0.002 0.004 0.070 0.004 0.001 0.020 0.684 30 S 0.285 0.023 0.002 0.010 0.002 0.004 0.081 0.004 0.001 0.026 0.562 31 D 0.147 0.015 0.003 0.015 0.006 0.010 0.122 0.002 0.001 0.053 0.628 32 D 0.010 0.012 0.002 0.051 0.018 0.060 0.173 0.001 0.001 0.071 0.602 33 I 0.035 0.020 0.002 0.056 0.038 0.089 0.136 0.002 0.001 0.087 0.533 34 L 0.017 0.009 0.001 0.094 0.189 0.332 0.078 0.002 0.001 0.114 0.166 35 A 0.001 0.004 0.001 0.109 0.128 0.398 0.061 0.001 0.001 0.072 0.225 36 A 0.001 0.001 0.001 0.151 0.290 0.466 0.016 0.001 0.001 0.034 0.042 37 V 0.002 0.001 0.001 0.184 0.360 0.355 0.012 0.001 0.001 0.025 0.059 38 V 0.003 0.001 0.001 0.118 0.400 0.348 0.016 0.001 0.001 0.036 0.078 39 L 0.006 0.001 0.001 0.103 0.325 0.384 0.029 0.001 0.001 0.031 0.122 40 S 0.006 0.001 0.001 0.067 0.182 0.332 0.082 0.001 0.001 0.031 0.298 41 A 0.016 0.001 0.001 0.020 0.082 0.104 0.101 0.001 0.001 0.028 0.647 42 T 0.608 0.002 0.001 0.009 0.025 0.016 0.039 0.003 0.001 0.032 0.263 43 P 0.040 0.002 0.001 0.004 0.011 0.012 0.118 0.001 0.001 0.039 0.772 44 G 0.004 0.003 0.001 0.033 0.078 0.113 0.094 0.001 0.001 0.038 0.635 45 A 0.005 0.004 0.001 0.031 0.171 0.341 0.062 0.001 0.001 0.038 0.347 46 V 0.001 0.001 0.001 0.014 0.408 0.401 0.026 0.001 0.001 0.016 0.134 47 E 0.001 0.002 0.001 0.017 0.318 0.575 0.005 0.001 0.001 0.024 0.057 48 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.419 0.477 0.011 0.001 0.001 0.023 0.061 49 F 0.003 0.001 0.001 0.010 0.390 0.508 0.010 0.001 0.001 0.022 0.055 50 R 0.198 0.001 0.001 0.016 0.206 0.251 0.029 0.001 0.001 0.053 0.242 51 K 0.292 0.001 0.001 0.012 0.022 0.028 0.062 0.001 0.001 0.053 0.528 52 N 0.007 0.001 0.001 0.008 0.018 0.016 0.072 0.001 0.001 0.016 0.860 53 G 0.011 0.001 0.001 0.008 0.060 0.031 0.056 0.001 0.001 0.019 0.814 54 E 0.002 0.001 0.001 0.017 0.514 0.205 0.048 0.001 0.001 0.024 0.189 55 T 0.001 0.001 0.001 0.042 0.178 0.282 0.052 0.001 0.001 0.055 0.389 56 I 0.001 0.001 0.001 0.031 0.384 0.491 0.016 0.001 0.001 0.008 0.070 57 R 0.004 0.001 0.001 0.133 0.228 0.302 0.025 0.001 0.001 0.024 0.283 58 I 0.003 0.001 0.001 0.055 0.432 0.189 0.045 0.001 0.001 0.030 0.244 59 T 0.116 0.050 0.001 0.113 0.073 0.081 0.066 0.005 0.001 0.044 0.450 60 G 0.166 0.159 0.001 0.035 0.017 0.020 0.071 0.005 0.001 0.051 0.474 61 D 0.014 0.247 0.002 0.027 0.018 0.032 0.092 0.003 0.001 0.043 0.522 62 G 0.015 0.715 0.002 0.011 0.017 0.042 0.024 0.005 0.001 0.044 0.123 63 L 0.035 0.728 0.002 0.009 0.022 0.030 0.018 0.010 0.001 0.064 0.081 64 K 0.056 0.730 0.003 0.003 0.023 0.037 0.009 0.005 0.001 0.074 0.057 65 A 0.020 0.789 0.004 0.003 0.012 0.026 0.010 0.004 0.001 0.045 0.084 66 A 0.053 0.762 0.008 0.002 0.012 0.023 0.013 0.017 0.003 0.034 0.072 67 H 0.278 0.243 0.019 0.008 0.026 0.033 0.029 0.016 0.006 0.219 0.123 68 R 0.076 0.121 0.021 0.021 0.019 0.031 0.072 0.013 0.012 0.184 0.431 69 F 0.150 0.085 0.016 0.016 0.017 0.026 0.095 0.025 0.006 0.116 0.449 70 L 0.126 0.026 0.008 0.015 0.015 0.013 0.121 0.007 0.003 0.096 0.570 71 S 0.014 0.023 0.005 0.012 0.008 0.010 0.105 0.002 0.001 0.035 0.784 72 N 0.106 0.081 0.003 0.008 0.003 0.005 0.082 0.015 0.001 0.022 0.675 73 D 0.696 0.029 0.003 0.003 0.002 0.002 0.044 0.019 0.003 0.031 0.169 74 P 0.032 0.014 0.003 0.006 0.004 0.006 0.121 0.002 0.001 0.030 0.782 75 K 0.027 0.018 0.005 0.016 0.005 0.014 0.084 0.002 0.001 0.028 0.801 76 I 0.414 0.023 0.003 0.010 0.006 0.010 0.091 0.009 0.001 0.041 0.391 77 G 0.248 0.025 0.003 0.011 0.011 0.018 0.099 0.008 0.002 0.024 0.551 78 E 0.017 0.004 0.001 0.005 0.011 0.037 0.087 0.001 0.001 0.013 0.823 79 K 0.019 0.002 0.001 0.039 0.082 0.138 0.108 0.001 0.001 0.035 0.576 80 R 0.003 0.001 0.001 0.063 0.138 0.219 0.121 0.001 0.001 0.040 0.413 81 I 0.012 0.001 0.001 0.026 0.100 0.122 0.096 0.001 0.001 0.034 0.606 82 R 0.527 0.003 0.001 0.041 0.054 0.052 0.045 0.003 0.001 0.060 0.214 83 P 0.016 0.003 0.001 0.036 0.021 0.049 0.136 0.001 0.001 0.034 0.704 84 G 0.002 0.002 0.001 0.076 0.079 0.169 0.118 0.001 0.001 0.029 0.525 85 A 0.001 0.001 0.001 0.147 0.268 0.435 0.037 0.001 0.001 0.022 0.089 86 L 0.001 0.002 0.001 0.163 0.251 0.358 0.029 0.001 0.001 0.042 0.153 87 I 0.001 0.001 0.001 0.092 0.496 0.322 0.010 0.001 0.001 0.019 0.058 88 R 0.002 0.001 0.001 0.085 0.301 0.510 0.011 0.001 0.001 0.033 0.057 89 V 0.006 0.001 0.001 0.056 0.334 0.390 0.029 0.001 0.001 0.040 0.143 90 K 0.018 0.002 0.001 0.045 0.311 0.339 0.042 0.001 0.001 0.043 0.199 91 K 0.056 0.002 0.004 0.028 0.070 0.126 0.075 0.002 0.001 0.068 0.568 92 T 0.324 0.003 0.003 0.011 0.027 0.023 0.063 0.003 0.001 0.067 0.475 93 E 0.137 0.005 0.001 0.010 0.018 0.016 0.077 0.003 0.001 0.033 0.700 94 K 0.012 0.005 0.001 0.005 0.022 0.021 0.068 0.001 0.001 0.022 0.843 95 G 0.023 0.012 0.002 0.011 0.109 0.103 0.074 0.002 0.001 0.043 0.622 96 S 0.012 0.012 0.001 0.024 0.195 0.245 0.066 0.001 0.001 0.102 0.342 97 W 0.006 0.006 0.002 0.035 0.270 0.296 0.034 0.001 0.001 0.057 0.293 98 Q 0.020 0.003 0.001 0.047 0.327 0.408 0.022 0.001 0.001 0.027 0.143 99 I 0.028 0.001 0.001 0.051 0.193 0.248 0.049 0.001 0.001 0.044 0.383 100 V 0.002 0.001 0.001 0.047 0.280 0.276 0.069 0.001 0.001 0.016 0.310 101 Q 0.003 0.001 0.001 0.057 0.097 0.208 0.094 0.001 0.001 0.016 0.522 102 L 0.018 0.001 0.001 0.032 0.077 0.061 0.141 0.001 0.001 0.029 0.638 103 P 0.074 0.006 0.001 0.044 0.048 0.045 0.131 0.003 0.001 0.035 0.612