# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.006 0.004 0.014 0.024 0.039 0.170 0.011 0.732 2 R 0.093 0.070 0.018 0.029 0.036 0.121 0.074 0.559 3 G 0.218 0.192 0.010 0.015 0.019 0.085 0.075 0.387 4 P 0.177 0.191 0.015 0.015 0.024 0.084 0.050 0.444 5 E 0.145 0.108 0.036 0.035 0.062 0.114 0.076 0.423 6 A 0.157 0.063 0.041 0.032 0.077 0.106 0.076 0.448 7 F 0.139 0.033 0.028 0.048 0.063 0.100 0.087 0.503 8 L 0.025 0.020 0.025 0.038 0.053 0.143 0.031 0.666 9 K 0.025 0.041 0.021 0.018 0.034 0.114 0.035 0.712 10 L 0.261 0.173 0.009 0.009 0.010 0.063 0.092 0.382 11 P 0.178 0.276 0.005 0.004 0.004 0.058 0.095 0.380 12 K 0.028 0.202 0.007 0.003 0.005 0.076 0.055 0.624 13 D 0.114 0.566 0.008 0.002 0.002 0.030 0.066 0.212 14 L 0.131 0.537 0.007 0.002 0.002 0.037 0.068 0.215 15 K 0.018 0.665 0.004 0.002 0.002 0.028 0.041 0.240 16 D 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.033 17 R 0.024 0.888 0.003 0.001 0.001 0.005 0.058 0.022 18 E 0.014 0.900 0.002 0.001 0.001 0.007 0.048 0.027 19 A 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.018 0.020 20 L 0.011 0.957 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 21 Q 0.040 0.820 0.008 0.001 0.001 0.010 0.088 0.033 22 D 0.077 0.635 0.021 0.001 0.001 0.025 0.116 0.124 23 I 0.248 0.375 0.054 0.003 0.003 0.031 0.151 0.135 24 M 0.373 0.086 0.022 0.002 0.002 0.063 0.129 0.323 25 Q 0.030 0.017 0.004 0.001 0.001 0.096 0.018 0.833 26 D 0.022 0.020 0.006 0.001 0.002 0.074 0.017 0.858 27 I 0.131 0.018 0.019 0.005 0.004 0.129 0.105 0.590 28 G 0.039 0.007 0.008 0.003 0.004 0.126 0.018 0.795 29 N 0.117 0.020 0.005 0.001 0.002 0.061 0.030 0.763 30 S 0.408 0.026 0.009 0.001 0.002 0.093 0.077 0.385 31 D 0.063 0.024 0.018 0.004 0.007 0.149 0.052 0.681 32 D 0.032 0.023 0.028 0.011 0.031 0.138 0.050 0.687 33 I 0.038 0.021 0.075 0.037 0.058 0.178 0.057 0.536 34 L 0.013 0.016 0.167 0.101 0.167 0.110 0.107 0.318 35 A 0.006 0.009 0.150 0.066 0.279 0.064 0.111 0.316 36 A 0.002 0.004 0.264 0.194 0.332 0.031 0.040 0.133 37 V 0.003 0.002 0.274 0.319 0.244 0.027 0.049 0.081 38 V 0.005 0.001 0.153 0.244 0.394 0.028 0.047 0.128 39 L 0.003 0.001 0.134 0.283 0.351 0.032 0.039 0.159 40 S 0.006 0.001 0.053 0.270 0.343 0.065 0.043 0.221 41 A 0.004 0.001 0.024 0.060 0.058 0.082 0.017 0.755 42 T 0.506 0.011 0.008 0.012 0.009 0.045 0.258 0.151 43 P 0.148 0.011 0.007 0.006 0.016 0.127 0.020 0.665 44 G 0.003 0.004 0.022 0.132 0.287 0.057 0.022 0.473 45 A 0.003 0.005 0.017 0.113 0.552 0.041 0.064 0.206 46 V 0.001 0.002 0.009 0.444 0.465 0.013 0.014 0.052 47 E 0.001 0.002 0.009 0.425 0.515 0.004 0.016 0.028 48 A 0.001 0.001 0.014 0.507 0.418 0.005 0.025 0.029 49 F 0.001 0.001 0.017 0.406 0.539 0.003 0.009 0.026 50 R 0.187 0.001 0.018 0.233 0.266 0.030 0.060 0.206 51 K 0.560 0.001 0.006 0.047 0.028 0.030 0.064 0.264 52 N 0.009 0.001 0.003 0.003 0.015 0.068 0.010 0.891 53 G 0.044 0.001 0.009 0.014 0.032 0.125 0.011 0.766 54 E 0.001 0.001 0.019 0.336 0.511 0.017 0.006 0.110 55 T 0.003 0.001 0.053 0.095 0.218 0.041 0.072 0.518 56 I 0.002 0.001 0.072 0.518 0.232 0.026 0.021 0.129 57 R 0.002 0.001 0.165 0.225 0.278 0.042 0.037 0.250 58 I 0.004 0.002 0.108 0.347 0.270 0.043 0.029 0.197 59 T 0.100 0.149 0.092 0.074 0.076 0.067 0.158 0.285 60 G 0.168 0.166 0.039 0.020 0.032 0.107 0.078 0.391 61 D 0.024 0.298 0.051 0.073 0.070 0.079 0.081 0.324 62 G 0.022 0.722 0.016 0.010 0.024 0.031 0.035 0.140 63 L 0.035 0.751 0.018 0.014 0.016 0.025 0.062 0.079 64 K 0.041 0.776 0.010 0.011 0.015 0.021 0.049 0.076 65 A 0.060 0.730 0.015 0.008 0.015 0.023 0.044 0.105 66 A 0.108 0.652 0.020 0.008 0.014 0.023 0.061 0.114 67 H 0.168 0.274 0.033 0.010 0.013 0.056 0.224 0.223 68 R 0.144 0.096 0.029 0.009 0.013 0.106 0.121 0.481 69 F 0.129 0.043 0.049 0.014 0.021 0.110 0.107 0.528 70 L 0.128 0.024 0.018 0.008 0.010 0.114 0.042 0.656 71 S 0.023 0.022 0.006 0.005 0.008 0.107 0.024 0.804 72 N 0.014 0.037 0.005 0.002 0.004 0.099 0.015 0.824 73 D 0.437 0.274 0.004 0.003 0.002 0.028 0.100 0.151 74 P 0.137 0.142 0.015 0.006 0.009 0.090 0.051 0.550 75 K 0.075 0.031 0.016 0.007 0.013 0.084 0.026 0.748 76 I 0.258 0.034 0.013 0.008 0.012 0.077 0.103 0.495 77 G 0.090 0.018 0.014 0.009 0.015 0.151 0.063 0.641 78 E 0.049 0.008 0.006 0.011 0.026 0.088 0.027 0.785 79 K 0.024 0.005 0.051 0.074 0.055 0.127 0.049 0.616 80 R 0.006 0.001 0.098 0.097 0.217 0.111 0.035 0.435 81 I 0.014 0.001 0.030 0.054 0.062 0.100 0.013 0.727 82 R 0.626 0.011 0.015 0.010 0.005 0.034 0.213 0.085 83 P 0.023 0.013 0.016 0.005 0.021 0.133 0.025 0.765 84 G 0.015 0.009 0.040 0.038 0.079 0.126 0.027 0.665 85 A 0.002 0.003 0.064 0.191 0.601 0.022 0.050 0.068 86 L 0.003 0.010 0.079 0.190 0.386 0.028 0.090 0.215 87 I 0.002 0.009 0.016 0.450 0.466 0.007 0.009 0.041 88 R 0.004 0.003 0.048 0.373 0.424 0.013 0.064 0.070 89 V 0.004 0.002 0.016 0.352 0.487 0.017 0.036 0.087 90 K 0.011 0.002 0.023 0.425 0.347 0.034 0.022 0.135 91 K 0.010 0.001 0.031 0.165 0.284 0.052 0.025 0.432 92 T 0.311 0.003 0.006 0.023 0.021 0.045 0.126 0.466 93 E 0.230 0.005 0.005 0.018 0.017 0.075 0.044 0.607 94 K 0.024 0.003 0.002 0.005 0.010 0.084 0.008 0.865 95 G 0.014 0.008 0.013 0.077 0.153 0.099 0.032 0.605 96 S 0.005 0.005 0.018 0.146 0.388 0.050 0.065 0.323 97 W 0.006 0.005 0.034 0.383 0.253 0.034 0.046 0.239 98 Q 0.010 0.005 0.058 0.330 0.443 0.019 0.029 0.106 99 I 0.050 0.003 0.042 0.205 0.235 0.044 0.089 0.333 100 V 0.005 0.001 0.045 0.267 0.542 0.021 0.008 0.111 101 Q 0.006 0.001 0.028 0.137 0.219 0.064 0.024 0.520 102 L 0.017 0.002 0.033 0.185 0.122 0.130 0.040 0.470 103 P 0.054 0.009 0.046 0.037 0.054 0.134 0.090 0.577